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[期刊] 中国水产科学
[作者]
刘丽 刘楚吾 郭昱嵩 董秋芬 徐田军
以中国南海海域青石斑鱼(Epinephelus awoara)为材料,构建青石斑鱼小片段部分基因组DNA文库。以M13通用引物和设计合成的微卫星核心序列引物(CA)15,用PCR法对文库进行筛选,共获得96个微卫星序列,分别分布于28个阳性重组克隆中,其中perfect(完美型)共39个(占40.6%),imperfect(非完美型)30个(占31.3%),compound perfect(混合完美型)7个(占7.3%),compound imperfect(混合非完美型)20个(占20.8%)。同时发现(CA/GT)n序列在青石斑鱼的基因组DNA中含量非常丰富。根据微卫星侧翼序列设计28对引...
[期刊] 水产学报
[作者]
董秋芬 刘楚吾 郭昱嵩 刘丽 徐田军
微卫星DNA,又称短串联重复序列(STR)或简单序列重复(SSR),是广泛存在于真核生物基因组中的简单重复DNA片段,一般每个重复单位仅1～6个碱基,重复数为10～20次,其中动物体中以双核苷酸(CA/GT)n最为常见。根据微卫星DNA核心序列两端的保守序列设计引物
[期刊] 水产学报
[作者]
吕子君 陈金涛 王超 谢少林 邹记兴
为研究青石斑鱼种群遗传结构以实现资源保护和可持续利用,实验采用PCR技术对东山湾水域53尾青石斑鱼种群的线粒体DNA(mtDNA)D-loop区全序列进行扩增并测序,序列长度为956~1 230 bp,变异很大,这可能是由于5'端含有数目不等的重复序列单元(repeat sequence unit,RSU)或者由于碱基的插入和缺失造成的。按照RSU数目的不同,把53个青石斑鱼样本分为3大类:2RSU类(占11.3%)、3RSU类(占77.4%)、4RSU类(占11.3%)。采用MEGA(version 3.0)和DnaSP(version 4.0)软件对序列进行分析,结果显示,53条序列的T、...
[期刊] 水产学报
[作者]
冯建彬 马克异 李家乐 华雪铭 丁怀宇
采用(CT)15、(CA)15两种生物素标记及磁珠富集法构建了太湖日本沼虾基因组微卫星富集文库。120个微卫星克隆中83个位点的核心序列重复在10个以上,长度介于191～580bp,平均为311bp;重复类型中,(CA/GT)n及(AG/TC)n分别占59.09%及20.45%,还检测到(GC)n、(AAG)n、(ACAA)n和(GGCAGA)n等17种类型,包括25.75%完美型、20.45%非完美型和53.80%复合性。用其中12条微卫星引物扩增吴江、滨湖、宜兴和吴兴4个群体240个个体的基因组DNA,各位点表现出较高的遗传多样性,除Mni86、Mni103和Mni114外,其它群体位点大...
关键词：
日本沼虾 微卫星引物 筛选 遗传多样性
[期刊] 中国水产科学
[作者]
鲁双庆 刘臻 刘红玉 肖调义 苏建明
采用微卫星技术,用9对微卫星引物对4个鲫鱼群体普通鲫鱼(C.auratusauratus)、红鲫(C.auratusredvar)、白鲫(C.auratuscuvieri)和彭泽鲫(C.auratusauratusvar.Pengze)的遗传多样性及亲缘关系进行研究。结果表明,4种鲫鱼的平均遗传杂合度值在0.607～0.721,其中白鲫0.721、红鲫0.652、彭泽鲫0.629、鲫鱼0.607;平均多态信息含量值在0.530～0.670,其中白鲫0.670、红鲫0.586、彭泽鲫0.549、鲫鱼0.530。由此可见,4个鲫鱼群体的遗传多样性总体水平较高,但白鲫的遗传多样性最高,鲫鱼的遗传多样...
关键词：
鲫鱼 遗传多样性 微卫星
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李伟强 陈刚 马骞 黄建盛 施钢 潘传豪 周晖 谢瑞涛 张健东 汤保贵
利用12个微卫星标记对北海(BH)、陵水(LS)、硇洲(NZ)、徐闻(XW)和三亚(SY) 5个军曹鱼(Rachycentron canadum)养殖群体进行遗传多样性分析。结果显示,12对微卫星引物在5个军曹鱼养殖群体中共检测到129个等位基因。各养殖群体的平均等位基因数为3.833～6.750,平均有效等位基因数为2.284～3.645,平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.481～0.635和0.533～0.681,平均多态信息含量为0.463～0.630;哈迪-温伯格平衡检测结果显示,各群体在多个微卫星位点上均显著偏离平衡(P<0.05);军曹鱼养殖群体间的遗传分化指数(F_(st))为0.055～0.150,遗传距离(D)为0.240～0.635,其中,BH和NZ的F_(st)最大(0.150),D最远(0.635);AMOVA分析表明,军曹鱼养殖群体的84%遗传变异来自于个体之间;基于Nei′s遗传距离构建的UPGMA系统进化树显示,BH和SY聚为一支,LS和XW聚为一支,两支聚为一支后与NZ聚为一支。研究结果将为军曹鱼种质资源保护和改良等提供科学的数据参考。
关键词：
军曹鱼 养殖群体 微卫星 遗传多样性
[期刊] 水产学报
[作者]
梁利群 常玉梅 董崇智 孙效文
从网上查询获得鳟微卫星标记30对,并对乌苏里江哲罗鱼的基因组进行遗传多样性分析,结果筛选出10对具多态性的微卫星标记。并用其中6对微卫星引物对17尾乌苏里江哲罗鱼进行基因组DNA扫描检测。用2%的琼脂糖凝胶电泳检测微卫星标记的PCR扩增产物,并对扩增结果进行了统计分析,计算了6个基因座的等位基因频率、杂合度等。结果表明,乌苏里江哲罗鱼等位基因频率为0.0455～0.7857,多态信息含量(PIC)为0.2801～0.6351,杂合度(H)为0.3368～0.6563。统计结果初步表明乌苏里江哲罗鱼的遗传多样性程度处于中等偏下水平。同时,结合资源量下降的事实,建议在保护遗传多样性的前提下对其采取...
关键词：
哲罗鱼 微卫星标记 遗传多样性 乌苏里江
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李可 马徐发 谢鹏 高萌 郭焱 谢从新 侯杰
利用16对多态性微卫星标记对新疆额尔齐斯河干流北湾河段、支流哈巴河以及乌伦古湖拟鲤(Rutilus rutilus)3个地理群体的遗传多样性及遗传结构进行了分析。结果显示,16个微卫星位点的平均多态信息含量PIC、期望杂合度He和等位基因数AN分别为0.902 9、0.916 8和18.937 5,遗传参数均反映出3个群体较高的遗传多样性水平。乌伦古湖群体的遗传多样性水平略低于哈巴河和北湾群体。主成分分析表明,影响乌伦古湖群体与哈巴河和北湾群体间遗传多样性差异的主要因素可能为盐度。遗传分化指数和UPGMA聚类分析显示3个群体间均未发生种群遗传分化。分子变异分析(AMOVA)显示个体间的变异贡献率为88.47%,仅少部分变异来源于群体间(1.83%),表明拟鲤3个群体间的遗传变异水平较低。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
曾可为 宋文 王青云 夏儒龙 王守荣 邓国乔 成为为 曹小娟
采用Illumina高通量测序技术对鳜(Siniperca chuatsi)性腺转录组进行分析,筛选获得可设计引物的微卫星序列4 986条。随机合成239对微卫星引物,其中27个微卫星标记(11.30%)在12个鳜群体中呈现多态性,等位基因数2～8(5.63±1.84),有效等位基因数1.86～6.80(3.99±1.56),观测杂合度0.21～0.78(0.49±0.16),期望杂合度0.46～0.85(0.71±0.12),平均多态信息量0.37～0.84(0.66±0.15),基因流0.11～2.14(0.67±0.45)。在12个鳜群体中,嘉鱼群体平均等位基因数和平均有效等位基因数最大;武汉群体平均观测杂合度、平均期望杂合度高;12个群体遗传距离为0.103 0～1.511 7,遗传相似系数为0.220 5～0.902 2;抚远群体和顺德群体间的遗传距离最大(1.511 7),遗传相似系数最小(0.220 5);韶关群体和顺德群体间的遗传距离最小(0.103 0),遗传相似系数最大(0.902 2);UPGMA聚类分析显示珠江水系一支与长江水系一支先聚集后再与黑龙江水体支汇聚;12个群体间的遗传分化系数F_(ST)介于0.041 8～0.611 0,群体间的遗传分化达到了显著性水平(P
[期刊] 水产学报
[作者]
梁业松 张维炜 宋飞彪 张娴 刘伊凡 刘晓春 林浩然 骆剑
遗传多样性下降被认为是水产生物经济性状降低的常见原因。虎龙杂交斑作为养殖规模最大的石斑鱼品种，近年来病害增多。为了探究是否由于群体遗传多样性的改变而影响虎龙杂交斑的养殖性状，本研究选用27个EST-SSRs标记，对苗种主产区6个虎龙杂交斑群体进行了遗传多样性和群体遗传结构分析。结果显示，6个群体其平均等位基因数(N_(a))为6.666 7～8.555 6，平均有效等位基因数(N_(e))为 3.511 6～3.959 0，平均观测杂合度0.764 6～0.794 3，平均期望杂合度（H_(e)）0.709 1～ 0.750 4，平均多态性信息含量（PIC）0.662 2～0.706 4。分子方差分析（AMOVA）结果显示，5.70%的遗传变异来自群体间，0.00%来自群体内个体间，94.3%来自所有个体间。主坐标分析（PCoA）也显示差异主要来源于个体。群体间F_(ST)(遗传分化指数)、遗传距离及聚类分析显示，HB和XC群体先聚为一支，再与WT群体聚为一支，GC和QT群体聚成一支，FP群体为独立一支。遗传结构分析显示，所有样本被分为5（K=5）个理论群体，HB群体由FP、WT、XC、GC群体集合而成。研究表明，杂交石斑鱼群体仍具有较高的遗传多样性，具有清晰的分群，杂交品种受亲本近交影响而出现衰退的可能性不高；病原生物的变异和养殖管理不规范可能是导致病害频发的原因。本研究为石斑鱼种质管理和病害防控提供理论依据。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
李燕平 覃川杰 吕云云 龚全 王均 颉江 文正勇
为研究14个不同养殖群体的黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)遗传多样性及遗传结构，采用8对多态性微卫星引物对14个群体的209尾个体进行遗传多样性和遗传结构分析。结果显示：14个群体的平均等位基因数在8～10之间，平均有效等位基因在5.160～6.882之间，平均观测杂合度在0.633～0.717之间，平均期望杂合度在0.358～0.749之间，平均多态信息含量在0.594～0.681之间，均大于0.5。分子方差分析结果表明：3.69%的遗传变异来自群体间，3.93%来自群体内个体间，92.38%来自所有个体间，变异来源主要来自个体间，其中RB群体和WH群体的遗传分化最大(F_(st)=0.116),ZL群体和XB群体的遗传分化最小(F_(st)=-0.009)。基于遗传距离构建了UPGMA系统树，发现14个群体共分为5个聚类支，HJ、YZ、YH、YB 4个群体聚为一支，HQ和LG单独各自聚为一支，LZ和RB 2个群体聚为一支，DB、ZJ、WH、XH、XB和ZL 6个群体聚为一支。基于贝叶斯的Structure聚类分析同样支持14个黄颡鱼群体可分为5个聚类支，与聚类树的结果吻合。14个黄颡鱼群体的遗传多样性均处于高度多态水平，遗传分化处于低等分化水平。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
郑义 鲁翠云 郑先虎 那荣滨 唐富江
为研究移植大银鱼(Protosalanx chinensis)群体的遗传多样性和遗传结构,本研究从大银鱼基因组中筛选了18对多态微卫星引物,对2016—2020年采集的4个水系(8个水体)大银鱼共计281个样本进行群体遗传学分析。共得到172个等位基因,其中等位基因数(N_a)为3～24,平均值为9.600;有效等位基因数(N_e)为1.039～4.595,平均值为2.384;期望杂合数(H_e)为0.035～0.804,平均值为0.507;多态信息含量(PIC)为0.034～0.775,平均值为0.469,其中10个位点属于高度多态位点(PIC>0.5)。群体平均等位基因数(N_a)为3.389～5.389,多态信息含量(PIC)为0.373～0.479,8个水体的群体均处于中度多态水平(0.250.15)。为防止群体遗传衰退,建议将南方和北方作为不同群体进行保护,连环湖作为大银鱼的主要产地,应当进行重点保护。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
邹杰 马爱军 赵艳飞 何伟国 王婷 岳亮 刘大勇 郭正龙
针对3个暗纹东方鲀养殖群体,采用21对微卫星引物对其遗传多样性进行分析,成功扩增出具有一定多态性片段的微卫星位点共19个。共得到125个等位基因,每位点等位基因数为3-11,平均值为6.58,有效等位基因数为1.7-7.8,平均值为4.5,平均观测杂合度为0.156-1.000,平均期望杂合度为0.399-0.876,平均多态信息含量(PIC)为0.353-0.858。广州、上海、江苏3个群体的PIC由小到大依次为0.588、0.633、0.655,三群体间遗传分化指数分别为0.048、0.062、0.076,平均值为0.081,表明三群体间发生了小程度的遗传分化。三群体间的遗传距离和UPGA...
关键词：
暗纹东方鲀 养殖群体 微卫星 遗传多样性
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
夏婷婷 周丽 陈兴勇 匡厚坤 耿照玉
利用14个微卫星标记分析安徽省地方品种巢湖麻鸭群体的遗传多样性.结果表明,14个微卫星标记在巢湖麻鸭群体中共检测出48个等位基因,每个基因座平均等位基因数为3.43个,各个基因的基因频率分布在0.0265-0.9735之间,14个微卫星座位的多态信息含量在0.1866-0.9471之间,有效等位基因数为2-6个,基因遗传杂合度变化范围为0.0516-0.8054.群体遗传结构显示巢湖麻鸭核心群存在一定的遗传多样性,可用于巢湖麻鸭的定向选育.
关键词：
巢湖麻鸭 微卫星标记 群体遗传多样性
[期刊] 水产学报
[作者]
章芸 俞丹娜 杜卫国 郑荣泉 杨光
利用8个微卫星标记对7个乌龟养殖群体进行了遗传多样性和遗传结构的检测。结果显示,7个养殖群体都表现出较高的多态性,8个位点共检测出130个等位基因,范围在9～26,平均16.25;其多态信息含量(PIC)范围为0.57～0.92,平均值为0.71;观测杂合度(HO)和期望杂合度(HE)分别为0.30～0.87和0.60～0.93。分子变异方差分析(AMOVA)结果表明,遗传变异5.91%来自群体间,84.29%来自群体内部,两两群体间FST值在0.0143～0.1127,其中57.14%的两两群体间无分化,42.86%的两两群体间出现了中等程度的分化。哈迪-温伯格平衡检测表明,8个位点中有5个...
关键词：
乌龟 遗传多样性 微卫星
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