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[期刊] 水产学报
[作者]
张海琛 马清花 许保可 阿琳林 梁健
为探究青海湖裸鲤在盐碱耐受过程中的基因表达变化，对青海湖河口水域以及入湖淡水河-泉吉河中的青海湖裸鲤的鳃、肾脏组织进行转录组测序，筛选青海湖裸鲤耐盐碱过程中发挥作用的免疫、代谢、渗透相关基因。结果显示，使用Trinity对所有样本质控数据(cleandata)进行从头组装后共得到541429个unigene，N50平均长度达612bp。经差异表达分析发现，共有832个基因在2个区域中的青海湖裸鲤鳃、肾脏中共表达。经GO功能注释分析，注释到结合(binding)、细胞过程(cellularprocess)、代谢过程(metabolicprocess)、单一生物过程(single-organismprocess)的DEGs占比较多。KEGG通路分析结果表明，与免疫、代谢、渗透相关的通路得到了富集。根据差异表达基因的GO注释和KEGG信号通路富集分析，我们初步筛选到了青海湖裸鲤渗透相关基因，主要包括钠/钾转运ATP酶(sodium/potassium-transporting，ATPase)、钙/钙调蛋白依赖性蛋白激酶(calcium/calmodulin-dependentproteinkinase)、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activatedproteinkinase)、溶质载体家族(solutecarrierfamily)等；免疫相关基因，主要包括白细胞介素(interleukin)、补体(complement)、整合素(integrin)等；代谢相关基因主要有一氧化氮合酶(nitricoxidesynthase)、1， 25-二羟基维生素D(3) 24-羟化酶 (1，25-dihydroxyvitamin D(3) 24-hydroxylase)、细胞色素P450 (cytochrome P450)等。本实验为青海湖裸鲤的组学研究提供了相关数据，同时也为青海湖裸鲤在盐碱耐受方面的适应性研究奠定了基础。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
王萍 来琦芳 么宗利 周凯 林听听 王慧
以青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii)为研究对象,采用半定量和定量PCR法研究HCO-3分泌相关基因SLC4(solute carrier family 4)和SLC26(solute carrier family 26)家族slc4a1、slc4a2、slc4a4和slc26a6基因组织分布情况,并对不同盐碱环境下肠道中SLC基因家族的表达情况进行定量分析,揭示青海湖裸鲤适应盐碱环境的肠道调节机制。结果表明,slc4a1、slc4a2、slc4a4和slc26a6基因在青海湖祼鲤鳃、肝脏、肾脏和肠道等多个组织中均有表达,且在肠道中的表达量较高,其中slc26a6在肠道...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
郭雯翡 么宗利 来琦芳 史建全 周凯 祁洪芳 李子牛 王慧
采用抑制消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术,研究了青海湖裸鲤(Gymnocyprisprzewalskii)在高盐碱胁迫下转录水平上的基因表达差异,实验获得差异表达序列91条,其中成功注释60条。以同是鲤科鱼类的斑马鱼(Danio rerio)的基因ID作为参照,用DAVID软件对这些序列进行功能分类,结果从正向文库获得28条功能基因片段,反向文库获得14条。按功能将其分为10类,其中,催化活性、细胞、部分结合相关基因表达上调,结合、免疫相关基因表达下调。分析发现,高盐碱胁迫会改变鱼类的渗透压和酸碱平衡,对免疫系统产生一定的抑制作...
[期刊] 华北农学报
[作者]
保长虹 李昭楠 关却多杰 李长忠 尹格玛 贺彩霞 金文杰 周叶吉 陈艳霞
为正确区分青海湖裸鲤和花斑裸鲤，向科学研究及偷捕鱼货物的司法鉴定提供相应的数据支撑。对青海湖裸鲤和花斑裸鲤的线粒体基因组进行测序和生物信息学分析。此外，基于36种鲤科鱼类的线粒体全基因组序列用最大似然法(ML)构建鲤科鱼类系统发育树。结果表明，青海湖裸鲤线粒体基因组全序列全长为16 720 bp,包括13个蛋白编码基因，22个tRNA基因，2个rRNA基因和1个D-Loop控制区，整个青海湖裸鲤线粒体基因组的核苷酸组成为28.68%A、27.29%T、18.16%G及25.87%C,AT偏向性显著(55.97%)。花斑裸鲤线粒体基因组全序列全长为16 760 bp,包括13个蛋白编码基因，22个tRNA基因，2个rRNA基因和1个D-Loop控制区，整个花斑裸鲤线粒体基因组的核苷酸组成为28.63%A、27.22%T、18.26%G及25.88%C,同样具有明显的AT偏向性(55.85%)。青海湖裸鲤和花斑裸鲤线粒体基因组所有蛋白编码基因以ATG作为起始密码子，绝大多数蛋白编码基因以TAG或TAA作为终止密码子，少数以不完全密码子(T--)作为终止密码子，所有的tRNA基因均能形成典型的三叶草结构。系统发育分析结果显示，裸鲤属所有物种都聚为一个类群，并与光倒刺鲃、大理裂腹鱼和扁吻鱼的亲缘关系较近。该研究基于线粒体基因组的系统发育分析未将青海湖裸鲤和花斑裸鲤准确区分，但为重新建立更清晰的鲤科鱼类分类体系奠定了基础。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王卓 么宗利 林听听 史建全 周凯 王慧 祁洪芳 来琦芳
青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii,以下简称裸鲤)为耐盐碱鱼类。自青海湖裸鲤救护中心取裸鲤幼鱼,全长(4.42±0.02)cm,体质量(0.84±0.01)g。碳酸盐碱度暴露浓度设定为32 mmol/L(CA32)和64 mmol/L(CA64),通过测定青海湖裸鲤幼鱼肝和肾中超氧化物歧化酶(SOD)、酸性磷酸酶(ACP)和碱性磷酸酶(AKP)酶活性变化规律,探索裸鲤幼鱼肝和肾中SOD、ACP和AKP对碳酸盐碱度胁迫的生理响应。在本试验范围内,裸鲤在高碱环境中显示出较强的适应调节能力,在碳酸盐碱度胁迫下,SOD、ACP和AKP酶活性均能在发生显著变化后快速恢复到初始水平...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
衣晓飞 来琦芳 史建全 高鹏程 周凯 祁洪芳 王慧 么宗利
采用个体生理学及定量PCR方法,研究了青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii)在32 mmol/L(CA32)和64 mmol/L(CA64)碳酸盐碱度胁迫下氮废物排泄规律及鳃和肾组织中Rhesus type b glycoproteins(Rhbg)、Rhesus type c2 glycoproteins(Rhcg2)与urea transporter(Ut)基因的表达规律。结果显示,在32 mmol/L碱度胁迫整个过程中及64 mmol/L碱度胁迫初期裸鲤氨氮排泄率显著降低,但在
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
梁健 陈雪妍 卫唯 马清花 才项卓玛
【目的】对青海湖裸鲤TOB1和TOB2基因进行克隆及表达分析,为揭示其在青海湖裸鲤生长和生理过程中的作用奠定基础。【方法】采用PCR和RACE技术克隆青海湖裸鲤中TOB1和TOB2基因的cDNA全长序列,对其特性进行了生物信息学分析。以β-actin为内参基因,采用实时荧光定量PCR法(qRT-PCR)检测TOB1和TOB2基因在3龄成鱼肾脏、肠、鳃、脑、心脏、肌肉等组织及发育12,72,120,168,216 h胚胎中的表达水平。【结果】青海湖裸鲤TOB1 cDNA全长为1 734 bp,5′非编码区为466 bp,3′非编码区为296 bp,开放阅读框长972 bp,编码323个氨基酸。TOB2 cDNA全长为2 785 bp,5′非编码区为51 bp,3′非编码区为1 582 bp,开放阅读框为1 152 bp,编码383个氨基酸。TOB1和TOB2在N端均具有明显的BTG家族结构域,且系统进化分析显示2个TOB蛋白与鲤科鱼类同源性较高,亲缘较近。qRT-PCR结果表明,TOB1和TOB2在3龄成鱼的肾脏、肠、鳃、脑、心脏、肌肉等组织中均有表达;TOB1在3龄成鱼的心脏组织中表达量最高,其次为脑和肌肉组织,在鳃组织中的表达量最低;TOB2在3龄成鱼的脑组织中表达量最高,其次为肌肉。TOB1及TOB2在不同发育时期胚胎中均有表达,且都在12 h胚胎中表达量最高。【结论】TOB1及TOB2在3龄成鱼各个组织及胚胎中均有表达,但表达量有较大差异,表明2个基因均具有时空表达特异性。
关键词：
TOB基因 基因克隆与表达 青海湖裸鲤
[期刊] 中国水产科学
[作者]
赵静 李长忠 王蓉 马淑兄 贾春艳 王璐 勾化宇 李兰英 陈艳霞 柳芳 祁洪芳 金文杰
为深入研究青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii)面临盐度胁迫时的分子应答机制， 本研究克隆了青海湖裸鲤葡萄糖调节蛋白78 (glucose-regulated protein 78kD， Grp78)基因， 并采用qPCR法检测5‰， 10‰和15‰盐度胁迫后Grp78及其相关基因的应答模式。结果显示， 青海湖裸鲤Grp78的开放阅读框长度为1962 bp， 编码653个氨基酸， 并包含HSP70超家族保守结构域。Grp78在青海湖裸鲤9个组织中均有表达， 其中在肠道、肝脏和心脏中的表达显著高于其他组织(n=3， P<0.05)。在鳃组织中， 随着盐度增加和胁迫时间的延长， Grp78、Hyou1、Prdx1、Nqo1和UBC基因的表达先被抑制， 随后逐渐上调， 而DNAJC2、Cu/Zn-SOD、Mn-SOD和Hmox1基因的表达则先上调后逐渐下调， 随后又上调; 在肾脏和肝脏中， DNAJC2、Cu/Zn-SOD、Mn-SOD、Hmox1和Nqo1基因的表达也呈现类似的先上调后下调再上调的模式。以上结果表明， Grp78及其相关基因对盐度胁迫具有复杂的响应， 可能参与了青海湖裸鲤适应和应对盐度胁迫的过程。此外， Grp78及其相关基因Hyou1、DNAJC2、Hmox1、Nqo1、UBC、Prdx1、Cu/Zn-SOD和Mn-SOD参与了机体抗氧化应激调节， 在减少盐度损伤方面发挥重要作用。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
史建全 祁洪芳 杨建新 陈大庆 段辛斌 刘绍平 王亚民
[期刊] 海洋渔业
[作者]
刘一萌 包锬 李航 么宗利 孙真 高鹏程 周凯 王菲 来琦芳
通过青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii)转录组数据获得热激蛋白60基因(GpHsp60)的序列片段,利用RACE克隆完善GpHsp60的mRNA全序列,得到序列全长2 995 bp:包括开放阅读框1 728 bp, 5′UTR和3′UTR分别为137 bp和113 bp;编码氨基酸575个,分子量为61.34 kDa,理论等电点为5.38,具有线粒体Hsp60高度保守序列。通过实时荧光定量PCR检测发现,青海湖裸鲤幼鱼受碳酸盐碱度(29 mmol·L~(-1))胁迫后,GpHsp60基因在脑、鳃、肝、肾、心脏、肠、肌肉、脾脏和皮肤等组织都有所表达。与对照组相比,胁迫组青海湖裸鲤幼鱼鳃(1.99倍)、脑(1.95倍)、肝脏(3.52倍)、心脏(2.29倍)、肌肉(3.53倍)和肾脏(4.34倍)中GpHsp60基因都呈现高表达,说明以上组织细胞中的Hsp60可能被招募参与应答水环境碱度胁迫;而肠(0.257倍)和脾脏(0.251倍)组织中的Hsp60表达量却呈现下降,这可能与组织细胞线粒体功能效率降低有关;皮肤组织在受碱度胁迫后GpHsp60基因表达量无显著变化,表明青海湖裸鲤幼鱼皮肤组织未参与对碳酸盐碱度胁迫的应答。研究结果为揭示Hsp60基因在青海湖高碳酸盐碱度环境中生活的特有物种青海湖裸鲤在碱度胁迫下发挥的作用,为探讨和研究高碳酸盐碱度胁迫下水生生物体内分子响应机制研究提供了基础数据。
关键词：
青海湖裸鲤 热激蛋白60 碳酸盐碱度
[期刊] 淡水渔业
[作者]
赵凯
本文利用随机扩增多态DNA (RAPD)技术对 4种鲤科鱼类 ,即裂腹鱼亚科的青海湖裸鲤、鲤亚科的鲤和鲫鱼、雅罗鱼亚科的草鱼基因组DNA进行了分析 ,目的是探讨青海湖裸鲤的系统分类位置。遗传距离指数计算结果显示 ,鲤亚科 2个鱼种间的相似性显著高于青海湖裸鲤和草鱼间的相似性 ,而裂腹鱼亚科的青海湖裸鲤与另两个鲤亚科三种鱼类之间的差异 (0 876 9、 0 7145、 0 6 930 )明显高于雅罗鱼亚科草鱼与鲤亚科鲤、鲫鱼之间的差异 (0 4718、 0 5 2 18)。在此基础上讨论了RAPD技术适用性的一些问题
[期刊] 淡水渔业
[作者]
祁洪芳 史建全 杨建新 惠金莉 毛月风 王东辉
[期刊] 水产学报
[作者]
张春霖 陈大庆 史建全 祁洪芳 鲁成
采用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法对青海湖裸鲤的3个洄游繁殖群体-黑马河(HM)、布哈河(BH)及沙柳河(SL)群体各30个个体的DNA多态性进行了分析。用13个引物在三个群体中共检测出85个位点,其中多态性位点68个。青海湖裸鲤群体总的DNA多态位点百分率为80.0%。数据分析结果显示:青海湖裸鲤3个群体总的Nei基因多样性为0.3395,Shannon遗传多样性信息指数为0.4861,存在着较为丰富的遗传多样性。青海湖裸鲤3个群体间平均遗传距离为0.0788,基因分化系数Gst为0.1070,表明3个繁殖群体间产生了一定程度的遗传分化,通过UPGMA方法进行聚类分析显示,HM群体和B...
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
孟鹏 史建全 祁洪芳 王伟继 孔杰 高悦勉 李晓静
使用水平淀粉凝胶电泳方法,分析了20尾青海湖裸鲤的背部肌肉、肝脏、心脏和肾脏4种不同组织的13种同工酶(LDH,MDH,ME,CAT,IDH,EST,ACP,POD,HK,PGM,GDH,SOD,GPI)差异表达,并对部分同工酶基因位点及表达酶谱表型进行了初步分析,以期为其种质资源保护和开发以及遗传育种等方面的研究提供基础资料。结果显示,13种酶类中12种在4种组织中表现出明显的组织差异性,仅有ME在4种组织间差异性较小。其中HK以及GDH的组织差异性尤为明显,仅在肝脏组织中表达。同时使用了适用于这13种酶类表达的3种缓冲系统(TC8.0、TC7.0、EBT),共检测到26个基因位点。其中,C...
关键词：
青海湖裸鲤 同工酶 组织差异
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张婷婷 杨美英 王春红 孙合美 齐春艳 侯立刚 武志海
【目的】分析盐碱浓度、胁迫时间对不同水稻品种各龄苗有机渗透调节物质的影响及不同品种对盐碱胁迫响应的差异，为盐碱地改良水稻品种的选择及其敏感期防护提供理论依据。【方法】选择耐盐碱水稻品种长白９号和普通栽培品种吉粳７８为材料，研究３个盐碱浓度（１０，４０，８０ｍｍｏｌ／ｌ）、４个处理时间（２４，４８，７２，８４ｈ）对３种苗龄（３０，４５，７０ｄ）水稻叶片脯氨酸、甜菜碱、肌醇含量及Δ１－吡咯琳－５－羧酸合成酶（Ｐ５ＣＳ）、甜菜碱醛脱氢酶（ＢＡｄｈ１、ＢＡｄｈ２）、肌醇单磷酸酶（ＩｍＰ）基因表达量的影响，以正常水培的水稻为对照。【结果】正常水培条件下长白９号叶片脯氨酸、甜菜碱含量高于吉粳７８。盐碱胁迫．．．
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