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[期刊] 华北农学报
[作者]
保长虹 李昭楠 关却多杰 李长忠 尹格玛 贺彩霞 金文杰 周叶吉 陈艳霞
为正确区分青海湖裸鲤和花斑裸鲤，向科学研究及偷捕鱼货物的司法鉴定提供相应的数据支撑。对青海湖裸鲤和花斑裸鲤的线粒体基因组进行测序和生物信息学分析。此外，基于36种鲤科鱼类的线粒体全基因组序列用最大似然法(ML)构建鲤科鱼类系统发育树。结果表明，青海湖裸鲤线粒体基因组全序列全长为16 720 bp,包括13个蛋白编码基因，22个tRNA基因，2个rRNA基因和1个D-Loop控制区，整个青海湖裸鲤线粒体基因组的核苷酸组成为28.68%A、27.29%T、18.16%G及25.87%C,AT偏向性显著(55.97%)。花斑裸鲤线粒体基因组全序列全长为16 760 bp,包括13个蛋白编码基因，22个tRNA基因，2个rRNA基因和1个D-Loop控制区，整个花斑裸鲤线粒体基因组的核苷酸组成为28.63%A、27.22%T、18.26%G及25.88%C,同样具有明显的AT偏向性(55.85%)。青海湖裸鲤和花斑裸鲤线粒体基因组所有蛋白编码基因以ATG作为起始密码子，绝大多数蛋白编码基因以TAG或TAA作为终止密码子，少数以不完全密码子(T--)作为终止密码子，所有的tRNA基因均能形成典型的三叶草结构。系统发育分析结果显示，裸鲤属所有物种都聚为一个类群，并与光倒刺鲃、大理裂腹鱼和扁吻鱼的亲缘关系较近。该研究基于线粒体基因组的系统发育分析未将青海湖裸鲤和花斑裸鲤准确区分，但为重新建立更清晰的鲤科鱼类分类体系奠定了基础。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
陈大庆 张春霖 鲁成 张信
利用PCR技术扩增青海湖3个不同地区(黑马河,布哈河,沙柳河)的青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii(Kessler))线粒体D-loop基因片段,测定该基因片段1 005 bp序列。通过线粒体基因组D-loop区序列比较分析,对比3个不同地区的83尾青海湖裸鲤的遗传结构进行研究,共检测出多态性位点65个,其中有1个插入位点(b3,nt-569),2个缺失位点(s6和b37,nt-169、nt-170),多态性位点数62。3个群体内的多态性位点分别为黑马河51个、布哈河38个、沙柳河39个,平均核苷酸位点差异数分别为9.377、7.782和7.510。结果表明,不同地区的...
[期刊] 水产学报
[作者]
张海琛 许保可 阿琳林 马清花 高强 田文根 俞录贤 梁健
主要组织相容性复合体（MHC）是机体中参与免疫应答的主要因子，在免疫功能调节过程中发挥了重要作用。为探究青海湖裸鲤中该基因可能发挥的作用，实验利用RACE技术克隆获得了青海湖裸鲤MHCⅡα/β基因和伴侣基因Ii全长cDNA序列以及花斑裸鲤MHCⅡα/β和Ii基因的编码区序列。将获得的基因序列进行对比分析，结果显示，两种鱼中该基因的序列特性基本一致。系统发生树结果表明，两种鱼的MHCⅡ与鲤科鱼类在进化地位上更接近，聚为一支。两种鱼中MHCⅡα/β氨基酸序列均包括信号肽、两个功能区、跨膜区和胞质区，且均在跨膜区发现一个不同物种中的保守结构。实时荧光定量PCR（qRT-PCR）结果表明，青海湖裸鲤MHCⅡ主要在肾脏、脑、鳃、肝脏、臀皮中表达较高，而花斑裸鲤主要在脑、肌肉、眼、鳃中高表达。对比正常状态和感染水霉后青海湖裸鲤鳃、肾脏、肝脏、肠组织中MHCⅡ 基因的表达变化，发现MHCⅡ 3个基因在肾脏组织中的表达水平显著下调，而α， β基因在鳃、肝脏、肠组织中均显著上调。对青海湖裸鲤进行不同盐碱胁迫处理后，检测到鳃、肾脏组织中MHCⅡ 基因的mRNA水平均显著降低。对两种鱼中MHCⅡα， β基因的多态性进行分析，分别获得青海湖裸鲤和花斑裸鲤MHCⅡα 8种、12种等位基因型，编码23、24种氨基酸序列，且这种序列多态性主要集中在α1功能区；MHCⅡβ 分别获得12、14种等位基因型，编码22、23种氨基酸序列。青海湖裸鲤MHCⅡα/β 的多态性均低于花斑裸鲤，暗示其与青海湖裸鲤的盐碱耐受过程联系不紧密。遗传多样性分析结果表明群体多样性在两个物种中均较高，其单倍型多样性接近1，且核苷酸多样性之间的差异较小。花斑裸鲤MHCⅡ 基因的单倍型多样性和核苷酸多样性均略高于青海湖裸鲤，反映了青海湖裸鲤种群稳定性略低于花斑裸鲤。研究表明，MHCⅡ 分子不仅在青海湖裸鲤和花斑裸鲤的免疫防御应答中发挥着重要作用，还可能参与了青海湖裸鲤的盐碱耐受过程，而基因多态性与盐碱耐受的关联度不高。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
史建全 祁洪芳 杨建新 陈大庆 段辛斌 刘绍平 王亚民
[期刊] 水产学报
[作者]
张春霖 陈大庆 史建全 祁洪芳 鲁成
采用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法对青海湖裸鲤的3个洄游繁殖群体-黑马河(HM)、布哈河(BH)及沙柳河(SL)群体各30个个体的DNA多态性进行了分析。用13个引物在三个群体中共检测出85个位点,其中多态性位点68个。青海湖裸鲤群体总的DNA多态位点百分率为80.0%。数据分析结果显示:青海湖裸鲤3个群体总的Nei基因多样性为0.3395,Shannon遗传多样性信息指数为0.4861,存在着较为丰富的遗传多样性。青海湖裸鲤3个群体间平均遗传距离为0.0788,基因分化系数Gst为0.1070,表明3个繁殖群体间产生了一定程度的遗传分化,通过UPGMA方法进行聚类分析显示,HM群体和B...
[期刊] 水产学报
[作者]
张海琛 马清花 许保可 阿琳林 梁健
为探究青海湖裸鲤在盐碱耐受过程中的基因表达变化，对青海湖河口水域以及入湖淡水河-泉吉河中的青海湖裸鲤的鳃、肾脏组织进行转录组测序，筛选青海湖裸鲤耐盐碱过程中发挥作用的免疫、代谢、渗透相关基因。结果显示，使用Trinity对所有样本质控数据(cleandata)进行从头组装后共得到541429个unigene，N50平均长度达612bp。经差异表达分析发现，共有832个基因在2个区域中的青海湖裸鲤鳃、肾脏中共表达。经GO功能注释分析，注释到结合(binding)、细胞过程(cellularprocess)、代谢过程(metabolicprocess)、单一生物过程(single-organismprocess)的DEGs占比较多。KEGG通路分析结果表明，与免疫、代谢、渗透相关的通路得到了富集。根据差异表达基因的GO注释和KEGG信号通路富集分析，我们初步筛选到了青海湖裸鲤渗透相关基因，主要包括钠/钾转运ATP酶(sodium/potassium-transporting，ATPase)、钙/钙调蛋白依赖性蛋白激酶(calcium/calmodulin-dependentproteinkinase)、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activatedproteinkinase)、溶质载体家族(solutecarrierfamily)等；免疫相关基因，主要包括白细胞介素(interleukin)、补体(complement)、整合素(integrin)等；代谢相关基因主要有一氧化氮合酶(nitricoxidesynthase)、1， 25-二羟基维生素D(3) 24-羟化酶 (1，25-dihydroxyvitamin D(3) 24-hydroxylase)、细胞色素P450 (cytochrome P450)等。本实验为青海湖裸鲤的组学研究提供了相关数据，同时也为青海湖裸鲤在盐碱耐受方面的适应性研究奠定了基础。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
梁健 陈雪妍 卫唯 马清花 才项卓玛
【目的】对青海湖裸鲤TOB1和TOB2基因进行克隆及表达分析,为揭示其在青海湖裸鲤生长和生理过程中的作用奠定基础。【方法】采用PCR和RACE技术克隆青海湖裸鲤中TOB1和TOB2基因的cDNA全长序列,对其特性进行了生物信息学分析。以β-actin为内参基因,采用实时荧光定量PCR法(qRT-PCR)检测TOB1和TOB2基因在3龄成鱼肾脏、肠、鳃、脑、心脏、肌肉等组织及发育12,72,120,168,216 h胚胎中的表达水平。【结果】青海湖裸鲤TOB1 cDNA全长为1 734 bp,5′非编码区为466 bp,3′非编码区为296 bp,开放阅读框长972 bp,编码323个氨基酸。TOB2 cDNA全长为2 785 bp,5′非编码区为51 bp,3′非编码区为1 582 bp,开放阅读框为1 152 bp,编码383个氨基酸。TOB1和TOB2在N端均具有明显的BTG家族结构域,且系统进化分析显示2个TOB蛋白与鲤科鱼类同源性较高,亲缘较近。qRT-PCR结果表明,TOB1和TOB2在3龄成鱼的肾脏、肠、鳃、脑、心脏、肌肉等组织中均有表达;TOB1在3龄成鱼的心脏组织中表达量最高,其次为脑和肌肉组织,在鳃组织中的表达量最低;TOB2在3龄成鱼的脑组织中表达量最高,其次为肌肉。TOB1及TOB2在不同发育时期胚胎中均有表达,且都在12 h胚胎中表达量最高。【结论】TOB1及TOB2在3龄成鱼各个组织及胚胎中均有表达,但表达量有较大差异,表明2个基因均具有时空表达特异性。
关键词：
TOB基因 基因克隆与表达 青海湖裸鲤
[期刊] 淡水渔业
[作者]
赵凯
本文利用随机扩增多态DNA (RAPD)技术对 4种鲤科鱼类 ,即裂腹鱼亚科的青海湖裸鲤、鲤亚科的鲤和鲫鱼、雅罗鱼亚科的草鱼基因组DNA进行了分析 ,目的是探讨青海湖裸鲤的系统分类位置。遗传距离指数计算结果显示 ,鲤亚科 2个鱼种间的相似性显著高于青海湖裸鲤和草鱼间的相似性 ,而裂腹鱼亚科的青海湖裸鲤与另两个鲤亚科三种鱼类之间的差异 (0 876 9、 0 7145、 0 6 930 )明显高于雅罗鱼亚科草鱼与鲤亚科鲤、鲫鱼之间的差异 (0 4718、 0 5 2 18)。在此基础上讨论了RAPD技术适用性的一些问题
[期刊] 华北农学报
[作者]
贺彩霞 李长忠 保长虹 王丽楠 严青春 金文杰 赵娟 王国杰 简生龙 王振吉 陈艳霞
花斑裸鲤是黄河上游重要的冷水性土著鱼类，其生长、发育缓慢，性成熟又较晚，故多年来其种群一直呈下降趋势。MSTN(肌肉生长抑制素)是一种对肌肉生长具有负调控作用的因子，通过克隆花斑裸鲤MSTN-1基因并检测其表达特性，为花斑裸鲤生长缓慢的分子调控机理提供基础资料。采用PCR、5′-RACE和3′-RACE法获得花斑裸鲤MSTN-1基因全长cDNA序列，采用qPCR检测MSTN-1基因在花斑裸鲤不同组织的表达特征和在不同鲤科鱼类肌肉组织中的差异性表达。花斑裸鲤MSTN-1基因的cDNA序列全长为2 190 bp,其中ORF长1 128 bp, 5′UTR长96 bp, 3′UTR长966 bp,共编码375个氨基酸。该蛋白是带有一个信号肽、无跨膜结构的不稳定亲水性分泌蛋白，主要分布在细胞核、线粒体和细胞质中。MSTN-1蛋白质二级结构以无规卷曲为主，存在2个TGF-β结构域：即TGF-β前肽区域(37—268 aa)和TGF-β功能区域(281—375 aa),有1个蛋白酶水解位点RIRR和9个位于TGF-β功能区域保守的半胱氨酸残基。氨基酸序列同源性分析表明，花斑裸鲤MSTN-1氨基酸序列与其他鲤科鱼类MSTN-1具有较高的相似性，而与禽类和哺乳动物的相似性较低。系统发育分析显示，花斑裸鲤MSTN-1与其他鲤科鱼类聚于同一进化支。qPCR检测结果表明，MSTN-1在花斑裸鲤的脑、肌肉、鳃、心、肝脏和肾脏组织中均有表达，但在脑和肌肉组织中表达量较高。该基因在不同鲤科鱼类肌肉组织中均有表达，在青海湖裸鲤肌肉组织中的表达量最高，其次在花斑裸鲤和黄河鲤鱼肌肉组织中。通过克隆获得花斑裸鲤MSTN-1基因cDNA序列，进行生物信息学分析和qPCR检测，MSTN-1在这几种土著鱼类肌肉组织中的特征性表达差异有助于进一步了解高原鱼类生长缓慢的分子机理。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
谢振辉 吕红健 付梅 赵荣荣 陈灵涵 史建全 祁洪芳 姚维志
2017年7月—2018年6月，在青海湖的洱海、大湖、黑马河口、泉吉河口、沙柳河口、布哈河口6处采样点，共采集青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii)繁殖群体样本295尾，对不同繁殖群体的繁殖特性进行了比较研究。结果显示，除泉吉河口的性比(♀∶♂)1)；6个繁殖群体的所有样本中，雌性的生物学最小型大于雄性。其中，雌性群体(布哈河口)的生物学最小型的年龄、全长、体重分别为5龄、157 mm、42.5 g，雄性(沙柳河口)为4龄、124 mm、24.5 g；6个繁殖群体的雌性性成熟系数(GSI)显著高于雄性(P0.05)；黑马河口平均绝对繁殖力(F_(t), 3338.18±324.25粒)和相对繁殖力(F_(r), 21.88±2.10粒/g)分别与沙柳河口的F_(t)(10699.40±613.91粒)和F_(r)(82.68±4.63粒/g)存在显著差异(P
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
卫福磊 王朝溪 师园 王辰龙 史建全 祁洪芳 李长忠
青海湖裸鲤是青海湖及其周边流域唯一的经济鱼类,在鱼-鸟-草地生态系统中处于核心地位。核糖体蛋白S3a(RPS3a)是真核细胞中核糖体40S小亚基的组成成分,为一种多功能性蛋白。开展青海湖裸鲤高盐适应机理的研究,有助于揭示青海湖裸鲤的基本生命活动规律,为该鱼种的资源保护和人工增殖放流提供理论依据。我们通过RT-PCR和RACE技术,得到了青海湖裸鲤RPS3a的完整编码序列[KC818610.1]。通过实时荧光定量检测胚胎发育不同阶段和不同盐度胁迫条件下RPS3a表达水平的变化,显示其在盐度胁迫条件下和胚胎发育过程中表达水平逐步上升,初步表明RPS3a对于青海湖裸鲤胚胎发育和盐度适应性生理机制的变...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
梁健 李长忠 史建全 祁洪芳
应用扫描电镜和透射电镜技术,观察了青海湖裸鲤精子的外部形态和超微结构。结果显示,青海湖裸鲤精子由头部、中段和尾部3部分组成。精子头部呈椭圆形,主要结构是细胞核,细胞质极少;核前端无顶体,后端偏向一侧有植入窝,植入窝约凹入细胞核的1/3;核中染色质致密。精子中段由中心粒复合体和袖套组成。中心粒复合体位于植入窝内,包括近端中心粒和基体,近端中心粒和基体之间成钝角关系;袖套与细胞核后端相连,袖套中含有线粒体。精子尾部细长,主要结构是轴丝,为典型的"9+2"型结构,轴丝外两侧为细胞质膜形成的对称性侧鳍。
关键词：
青海湖裸鲤 精子 形态结构 超微结构中
[期刊] 水产学报
[作者]
肖同乾 鲁翠云 李超 张明昭 顾颖 孙效文
对8种鲤养殖品种的线粒体Cyt b基因部分序列进行测定,并比较分析其遗传多样性和系统进化关系,结果获得425 bp的Cyt b序列,其中T、C、A、G的平均含量分别为26.8%、29.0%、29.7%、14.5%,A+T含量(56.5%)高于G+C含量(43.5%),翻译为141个氨基酸,其中突变多数存在于缬氨酸和异亮氨酸之间(两个氨基酸都为不带电荷的疏水性氨基酸),其变异不影响Cyt b的功能,说明该蛋白是一个进化缓慢的蛋白,适合用于遗传进化分析。140个个体中共检测到4个单倍型,其中75.5%的个体属于单倍型Hap 2,而单倍型Hap 1主要分布在3种表现型为镜鲤的品种。AMOVA分析结果...
关键词：
鲤 遗传多样性 细胞色素b
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