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[期刊] 林业科学
[作者]
李长江 孙帆 张通 张凌云
PSAF是绿色植物光系统Ⅰ反应中心F亚基,在光合作用电子迁移过程中起着重要作用。以青杄cDNA文库为模板,根据PwPSAF的EST序列设计引物,进行5'-RACE和3'-RACE试验,以获得青杄PwPSAF的末端序列,经过与EST序列进行拼接获取青杄PwPSAF的全长cDNA序列。基于其氨基酸序列,利用Expasy tools、DNAMAN、ClustalX和MEGA等工具,进行理化性质、二级结构和三级结构的生物信息学分析。结果表明:PwPSAF是一个由253 aa组成的蛋白质,理论分子量为27.04 kDa,等电点为9.57,预测蛋白有2个跨膜区域,蛋白质的C端具有保守的结构。RT-qPCR...
[期刊] 林业科学
[作者]
游韩莉 袁义杭 李长江 张凌云
【目的】MYB转录因子家族是植物中最大的一类转录因子,在植物生长发育及抗逆调控网络中发挥重要作用。对青杄中MYB同源基因Pw MYB20的克隆与分析,有利于进一步探究Pw MYB20在植物生长发育及逆境响应中的功能,挖掘与利用青杄中的优质基因。【方法】采用RACE-PCR技术,从青杄c DNA文库中克隆得到Pw MYB20基因,并通过PCR技术克隆验证。利用Prot Param、Prot Scale、Fold Index等生物信息学软件对Pw MYB20理化性质进行分析预测。通过BLAST在线工具得到植物
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
孙帆 李长江 崔晓燕 张凌云
分子伴侣TCP-1在调节植物生长发育过程中具有重要作用,但在林木生长发育及对非生物逆境胁迫响应机制方面的研究较少。从青杄c DNA文库中筛选出1个分子伴侣PwTCP-1(T-complex polypeptide 1)片段,通过RACE-PCR技术获得PwTCP-1的末端序列,经过与EST序列拼接,获得PwTCP-1c DNA全长序列。使用clustalx、Mega5.0、DNAMAN和Expasy等工具对PwTCP-1的理化性质、二级结构和三级结构进行生物信息学分析。结果显示,PwTCP-1c DNA全长为2024 bp,开放阅读框1 605 bp,编码534个氨基酸残基的蛋白质,其理论分子...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
李兴芬 苗雅慧 孙永江 张孟娟 张凌云
【目的】通过研究青杄中的PwPEBP基因及其启动子的表达特性及生物学功能,探究PEBP基因在植物生长发育过程中响应逆境胁迫的功能及作用机制。【方法】本研究从青杄转录组测序中获得PwPEBP的c DNA序列,利用TMHMM、GOR4等在线软件对PwPEBP蛋白进行生物信息学分析,以此为基础通过PCR技术克隆得到PwPEBP开放阅读框(ORF)序列;同时对其在不同组织与不同逆境及激素处理中的表达水平进行了RT-qPCR技术分析;采用染色体步移法克隆PwPEBP的启动子序列,并利用在线软件BDGP和PlantCARE对PwPEBP启动子序列进行基础启动子区域、转录起始位点和顺式作用元件的预测;最后通过农杆菌瞬时转化烟草法验证PwPEBP启动子的功能。【结果】PwPEBP cDNA长度为1 408 bp,开放阅读框共585 bp,编码194个氨基酸。PwPEBP蛋白分子式为C_(966)H_(1 484)N_(250)O_(299)S_6,无信号肽和跨膜结构域,为亲水蛋白,含有25个磷酸化位点;进化树分析显示,PwPEBP蛋白与北美云杉的PEBP单独聚成一簇,属于新的PEBP蛋白。组织特异性分析显示,PwPEBP在成熟叶中表达量最高,嫩叶中表达量最低;PwPEBP在各激素及逆境诱导下均有表达,但对盐处理无响应。克隆的PwPEBP启动子序列长度为903 bp,其具有响应GA、ABA、SA、MeJA的顺式作用元件。GUS染色及Luc定量实验显示,PwPEBP启动子均能响应GA、ABA、MeJA和SA外源激素及干旱、高温、低温等逆境胁迫。【结论】青杄中PwPEBP基因广泛响应干旱、低温、高温等非生物胁迫,其中对干旱胁迫最为敏感,同时还参与了ABA、GA、MeJA和SA激素的信号通路。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
郜银涛 周燕妮 罗朝兵 张凌云 陈坤明
【目的】克隆青杄类伸展蛋白（ｅｘｔｅｎｓｉｎ－ｌｉｋｅ ｐｒｏｔｅｉｎｓ，ｅｌｐｓ）基因ｐｗｅｌｐ１并分析该基因的表达特性，为研究ｅｌｐ基因家族的功能奠定基础。【方法】以青杄ｃＤｎＡ文库为模板，用ｒＡｃｅ－ｐｃｒ方法克隆青杄类伸展蛋白编码基因ｐｗｅｌｐ１的ｃＤｎＡ全长，利用ＤｎＡＭＡｎ确定ｐｗｅｌｐ１的编码框及蛋白氨基酸的翻译，运用ｃｌｕｓｔＡｌｘ软件与ｅｓｐｒｉｐｔ工具进行多序列比对，利用ＭｅＧＡ ５软件的邻位相连法构建系统树，并对编码蛋白进行生物信息学分析；利用ｒｔ－ｑｐｃｒ检测ｐｗｅｌｐ１基因在青杄不同组织中表达的特异性、花粉和种子不同萌发时期及幼苗受到不同逆境处理时的表达差异，分析该基．．．
关键词：
青杄 类伸展蛋白 组织表达 非生物胁迫
[期刊] 水产学报
[作者]
舒妙安 张龙韬 徐宾朋 胡杭娇 郭晓令
采用RT-PCR及RACE技术,从拟穴青蟹眼柄组织中克隆获得14-3-3基因cDNA全序列。序列分析结果表明:拟穴青蟹14-3-3基因全长1 112 bp,开放阅读框长744 bp,编码由247个氨基酸组成的蛋白,分子量为28.086 ku,等电点为4.675。与其他物种14-3-3基因氨基酸序列进行同源性比较分析显示,拟穴青蟹14-3-3基因与斑节对虾14-3-3基因同源性最高(95%),依次为墨吉对虾(93%)、苜蓿切叶蜂(92%)。聚类分析表明,拟穴青蟹14-3-3基因氨基酸序列与斑节对虾、墨吉对虾紧密聚为一支。经荧光定量检测,拟穴青蟹14-3-3基因在肝胰腺和肌肉中的表达量较高,其次为...
[期刊] 水产学报
[作者]
刘春云 傅明骏 张子平 邹志华 贾锡伟 王艺磊
为了探讨磷脂氢谷胱甘肽过氧化物酶(phospholipid hydroperoxide glutathione peroxidase,PHGPx)在拟穴青蟹免疫防御反应和精巢发育中的作用,实验从拟穴青蟹转录组数据库中筛选出PHGPx基因的EST序列,利用SM ART-RACE技术克隆得到该基因的全长cDNA,命名为SpPHGPx。通过相关生物信息学软件对该序列进行分析,运用实时荧光定量技术对Sp-PHGPx mRNA在成熟雌雄拟穴青蟹各组织、性腺不同发育时期以及H2O2和脂多糖(LPS)应激下鳃和肝胰腺组织中的表达情况进行分析。结果发现,Sp-PHGPx基因的cDNA全长为1 024 bp,编...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
马艳 朱馨蕾 杨长庚 张富春 尹伟伦
为深入研究胡杨的抗盐分子机制,并获得与之相关的抗逆基因,采用SMART技术构建了胡杨盐胁迫处理cDNA文库。经随机测序,得到一个编号为SSL061的EST序列,与欧美杨的脱水素基因有较高相似性,通过PCR快速扩增文库的方法获得了胡杨脱水素基因(Pedhn)。分析表明,该cDNA的长度为813 bp,拥有681 bp的开放读码框,共编码227个氨基酸。该序列包括两个重复的富含赖氨酸的K片段和由7个连续的丝氨酸残基组成的S片段,但是缺乏Y片段。RT-PCR结果表明,胡杨在未受胁迫的情况下脱水素基因的转录水平较低,而随着盐胁迫浓度的升高,脱水素基因的转录水平总体呈上升趋势。
关键词：
胡杨 cDNA文库 脱水素 盐胁迫
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
王晓伟 高洁 张子平 邹志华 贾锡伟 林鹏 王艺磊
利用SMART RACE技术克隆得到拟穴青蟹ERK信号通路的酪氨酸3-加单氧酶/色氨酸5-加单氧酶激活蛋白ζ(14-3-3ζ蛋白)基因。其cDNA全长1 092 bp,编码248个氨基酸。实时定量PCR结果显示14-3-3ζ基因在各组织器官均有表达,但在卵巢中的表达量显著高于其他组织(P<0.05),在卵黄发生中期14-3-3ζ的表达量显著高于增殖期(P<0.05),推测其在青蟹卵巢中发挥重要作用。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
杨扬 许炎坤 舒琥 李强 蓝召军 刘丽
采用同源克隆、生物信息学方法及荧光定量PCR(Real-time PCR)对缩骨鲫(Carassius auratus sogu var.)肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因进行克隆,分析和组织表达状况研究。结果显示:缩骨鲫基因组MSTN基因全长4 737 bp,含有两个内含子和三个外显子;编码区长度为1 128 bp,编码375个氨基酸,包括信号肽(1aa23aa),TGF-β前肽保守区域(34aa256aa),TGF-β功能区(281aa375aa),保守的RXXR蛋白酶酶切位点以及C
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李洁 周浩 郁建锋 姚文 顾志良
[目的]Vanin是一种泛酰巯基乙胺酶,在脂类代谢中发挥重要作用。本试验目的是扩增鹅Vanin基因亚型(VNN1)基因的c DNA序列,检测VNN1基因在鹅不同组织中m RNA水平的表达规律。[方法]以太湖鹅(Anser anser)肝脏总RNA为模板,采用RT-PCR和快速扩增c DNA末端(RACE)方法克隆鹅VNN1基因全长c DNA序列,并运用多种生物信息学软件对其进行分析,应用实时荧光定量PCR(q PCR)技术检测VNN1基因在不同组织的表达情况。[结果]序列分析表明:鹅VNN1基因(Gen
关键词：
鹅 VNN1基因 组织表达
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
杨慧 周杰 高谦 刘明丽 翟万营 陈良标 谢海侠
对包括白细胞介素-2（interleukin-2）在内的细胞因子具有调控作用。本研究克隆得到长度为1685 bp的鲤（Cyprinus carpio）CISH基因（cytokine inducible SH-2 containing protein，CISH）的cDNA全长序列，开放阅读框（ORF）长666 bp，编码221个氨基酸，预测蛋白质分子量为24.91 kD。鲤CISH具有典型的SOCS家族结构特征，含有N区、中央SH2结构域和C端SOCS box结构域。系统进化分析表明，鲤CISH与同属鲤科的草鱼和斑马鱼的亲缘关系最近。鲤CISH基因的mRNA表达水平在血液中最高，肝脏中最低。嗜水气单胞菌（Aeromonas hydrophila）刺激后，鲤CISH在血液中表达量在12-24 h出现显著上升，在第48 h恢复正常水平，暗示鲤CISH在抵抗细菌感染过程中起作用。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
苏建明 肖调义 张学文 陈韬 章怀云
采用快速扩增cDNA末端方法,获得1007bp草鱼MHCⅡα基因全长cDNA片段,序列包括717bp的开放阅读框、34bp的5′端非编码区以及256bp的3′端非编码区.氨基酸序列比对和同源性比较分析结果表明,草鱼MHCⅡα与鲤鱼MHCⅡα相似性最高,为79%,与斑马鱼的相似性为75%,与人的相似性最低,为34%.RT-PCR组织表达分析,MHCⅡα基因在正常草鱼组织中除了肌肉中没有扩增出MHCⅡα基因转录本外,在所检测的其他组织中都有不同程度的表达,其中脾脏、头肾有较强的表达,血液有中等程度的表达,肝脏、眼与肌肉相对表达较弱.
[期刊] 中国水产科学
[作者]
隋娟 张志峰 邵明瑜 胡景杰
vasa基因编码DEAD-box家族成员中一种ATP依赖的RNA解旋酶,在生殖系分化过程中发挥着重要的作用。本研究采用同源克隆和cDNA末端快速扩增技术(RACE),从刺参(Apostichopus japonicus)精巢中克隆得到vasa的全长cDNA序列。该cDNA序列全长2167bp,开放阅读框1593bp,编码530个氨基酸,具有DEAD-box家族蛋白的全部9个保守域。经同源比对和系统进化分析,确定其属于DEAD-box家族的VASA亚家族成员。利用半定量RT-PCR检测,vasa mRNA专一性的在刺参性腺中表达,据此,刺参vasa基因有望用于其生殖系起源和分化的研究。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
张燕萍 邵芳 周峰 徐建荣 顾志良
本研究以赤眼鳟肌肉总RNA为模板,采用RT-PCR、3'-RACE和5'-RACE的方法,获得了赤眼鳟MyoG基因的全长cDNA序列。该基因含有完整的开放阅读框,编码274个氨基酸;编码的蛋白含有典型的bHLH结构。序列分析表明:赤眼鳟MyoG基因与其他鱼类核苷酸和氨基酸同源性都比较低,其中最高的是鲤鱼,核苷酸同源性和氨基酸同源性分别为78.42%和74.09%。进化系统分析表明,赤眼鳟MyoG基因在进化上高度保守。采用半定量RT-PCR方法,检测赤眼鳟MyoG mRNA在肌肉、脑、肠和肝脏等不同组织的表达情况。结果表明:MyoG mRNA在肌肉中的表达量最高,肾、心和脑中的表达量次之,鳃中有...
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