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[期刊] 中国水产科学
[作者]
姜敏 张希昭 杨彦平 尹登花 代培 应聪萍 刘凯
于2017年洄游汛期内采集刀鲚(Coilianasus)样本,解剖后选取6尾感染陈氏刺棘虫(Acanthosentischeni)的刀鲚样本作为感染组,同时选取6尾未感染刀鲚作为对照组,采用16S rDNA高通量测序技术研究陈氏刺棘虫感染对刀鲚肠道微生物群落结构的影响。结果共鉴定出23个细菌门,其中对照组包含22个门,感染组鉴定出18个门,其中疣微菌门(Verrucomicrobia)只在感染组刀鲚中检测到;两组刀鲚肠道中主要的微生物类群均为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和软壁菌门(Tenericutes),且相对丰度总量均高于85%;感染组中厚壁菌门、梭杆菌门(Fusobacteria)和纤维杆菌门(Fibrobacteres)平均含量高于对照组,其余菌门相对丰度含量与对照组相比均呈下降趋势,但两组间微生物组成比例没有显著差异(P>0.05)。此外,在已明确的130个科中,厚壁菌门中的梭菌科(Clostridiaceae)、消化链球菌科(Peptostreptococcaceae)、乳杆菌科(Lactobacillaceae)和变形菌门中的肠杆菌科(Enterobacteriaceae)含量高于对照组(P<0.05),紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)和毛螺菌科(Lachnospiraceae)中的Eisenbergiella丰富度在感染组刀鲚肠道中显著更高(P0.05)。虽然陈氏刺棘虫感染对肠道微生物的群落结构和物种多样性影响不显著,但是在特定微生物物种的组成上存在显著差异。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
代金君 张池 周波 孙迎韬 黄钰婷 任宗玲 戴军
为研究重金属污染土壤经不同生态类型蚯蚓消化后蚓粪和消化前土壤的微生物群落结构差异,选取2种不同污染特征的重金属污染水稻土,分别接种表栖型赤子爱胜蚓Eisenia fetida和内栖型壮伟环毛蚓Amynthas robustus进行10d室内盆钵培养后采集新鲜蚓粪,通过变性梯度凝胶电泳技术和序列分析研究蚓粪和对照土壤的微生物种群特征。蚓粪微生物丰富度和Shannon指数均明显高于对照土壤(P
[期刊] 华北农学报
[作者]
田亚东 张大为 李敬 孙桂荣 韩瑞丽 蒋瑞瑞 康相涛
选取1日龄AA肉仔鸡母雏360只,随机分为3个处理组,分别饲喂以玉米、小麦、大米为单一淀粉源配制等能等氮饲粮,饲养28 d,利用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)技术测定不同饲粮类型对肉仔鸡肠道微生物群落多样性的影响。结果显示,限制性片段T-RF 160、T-RF 253和T-RF 292所代表的菌群是十二指肠、空肠和回肠中的优势菌群,大米饲粮组T-RF 253和T-RF 292片段所代表菌群优势度较玉米饲粮组和小麦饲粮组稍低,盲肠中优势菌群结构和含量与小肠存在较大差异。不同饲粮组间肉仔鸡肠道微生物群落的香侬-威纳指数、辛普森指数和均匀度指数均无显著差异(P>0.05),但大米饲粮组较玉...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
赵康宁 孙锴 刘晶 高峰 韦莹莹 肖红梅
选择120只1日龄健康AA肉仔鸡,随机分为2组,每组60只,试验组饲喂含转基因双抗杂交稻的日粮,对照组饲喂含非转基因水稻的日粮,研究转基因双抗水稻(含有Bar基因和Bt-Cry1Ac基因)对肉仔鸡生产性能及肠道微生物群落的影响。屠宰试验表明:2组肉仔鸡增加的体质量、耗料量和料重比等生产指标,以及全净膛率、胸肌率、腿肌率和腹脂率等屠宰指标差异均不显著(P>0.05)。微生物培养试验表明:2组肉仔鸡回肠和盲肠中的需氧菌、大肠杆菌和乳酸杆菌数量均未达到显著性差异(P>0.05)。PCR-DGGE及聚类分析结果表明:饲喂转基因水稻对肉仔鸡回肠和盲肠微生物种群数量未产生明显影响,不同肉仔鸡个体差异较大,...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
马清扬 王元 李传步 范培莉 周俊芳 房文红
通过运用16S rDNA高通量测序技术,研究了蓝藻水华的发生对中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)体内及其养殖环境中微生物群落结构的影响。结果显示,蓝藻水华以蓝藻门的浮丝藻(Planktothrix sp.)和拉氏拟柱胞藻(Cylindrospermopsis raciborskii)为优势种。总体来看,蓝藻池中的群落丰富度高于对照池,微生物多样性低于对照池。蓝藻池和对照池中伊乐藻中的细菌种类很少,而底泥中的细菌种类很丰富。基于门水平下的菌群分类,在蓝藻池水中优势菌群为蓝细菌门(Cyanobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia),对照池水中则为变形菌门、放线菌门和拟杆菌门(Bacteroidetes)。中华绒螯蟹鳃中均以放线菌门、拟杆菌门和变形菌门为优势菌,但在物种相对丰度上存在差异;中华绒螯蟹肠道均以拟杆菌门、柔膜菌门(Tenericutes)、变形菌门、厚壁菌门(Firmicutes)为优势菌。基于属水平下的菌群分类,蓝藻池池水的优势菌群为浮丝藻属(Planktothrix)、CL500-29_marine_group属和hgcI_clade属,对照池池水中以不动杆菌属(Acinetobacter)、Candidatus_Aquiluna属和hgcI_clade属为优势菌属。中华绒螯蟹鳃中优势属为Ilumatobacter属,且蓝藻池中Ilumatobacter属生物相对丰度更高;中华绒螯蟹肠道样品中Candidatus_Bacilloplasma属和Prolixiibacter属生物相对丰度较高。基于NMDS分析,中华绒螯蟹肠道的菌群结构较为稳定,样本层级聚类分析的结果也映证了这一点。研究结果表明,蓝藻水华的发生会影响养殖环境和中华绒螯蟹肠道及鳃的菌群结构。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
胡方正 孙大川 郭衍硕 姚妙兰 刘文畅 谭洪新
为了解硝化型和光合自养型生物絮团对于泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)的养殖效果,设置清水组(CW组)、硝化组(BFT组)和光合自养组(ABFT组)生物絮团养殖泥鳅45 d,比较泥鳅的生长和消化酶活性、两类絮团的营养组成情况,以及养殖水体和泥鳅肠道微生物的群落结构。结果显示,BFT组和ABFT组的饲料转化率、特定生长率和末均重没有显著性差异(P>0.05)。与CW组相比,两实验组的饲料转化率显著降低;BFT组的终末密度与CW组相比没有显著性差异(P>0.05)。与CW组相比,BFT组和ABFT组生物絮团可以提供(36.69±1.17)%和(40.20±1.05)%的粗蛋白;与BFT组相比,ABFT组的生物絮团粗脂肪含量显著提高(P<0.05),并且促进脂肪酸由饱和向不饱和转化。ABFT的泥鳅胰蛋白酶和脂肪酶的活性显著高于另外两组(P<0.05)。微生物群落分析表明,添加藻类对成熟生物絮团Alpha多样性指数、群落门水平和属水平没有显著影响。泥鳅摄食生物絮团会导致肠道菌群sobs指数显著降低。BFT组肠道的优势菌群为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteriota)和绿弯菌门(Chloroflexi);ABFT组为变形菌门和蓝藻门(Cyanobacteria)。属水平上,ABFT组检测到高水平的气单胞菌属(Aeromonas)。本研究表明,硝化型和光合自养型生物絮团养殖均适合作为泥鳅绿色健康养殖的新模式。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
郑菲菲 单宇峰 祝东梅 杨禧文 陈菲 叶可 马帅 王玉军
为探究不同养殖模式下黄鳝(Monopterus albus)胃肠道微生物的群落结构，本实验采用16S rRNA高通量测序技术研究虾塘散养、蟹塘散养、网箱投喂鱼浆和网箱投喂水蚯蚓4种养殖模式下黄鳝胃肠道微生物的组成和群落结构。Alpha多样性分析和Venn图结果显示，网箱投喂水蚯蚓组黄鳝胃肠道微生物多样性和丰度均较高，而蟹塘散养组最低。除蟹塘散养组黄鳝肠道的优势菌为变形菌门，其余3种养殖模式黄鳝胃肠道优势菌群均为厚壁菌门，推测黄鳝胃肠道微生物的核心菌群为厚壁菌门。在属水平上，网箱投喂水蚯蚓养殖模式中黄鳝胃的优势菌群为粪杆菌属(Faecalibacterium)与嗜黏蛋白阿克曼菌属(Akkermansia),其余3种养殖模式中黄鳝胃的优势菌群都为韦荣球菌属(Veillonella);而虾塘散养组黄鳝肠道的优势菌群为瘤胃球菌属(Ruminococcus),其余3种养殖模式的优势菌群中都有双歧杆菌属(Bifidobacterium)。结果表明：网箱投喂水蚯蚓组黄鳝胃肠道微生物多样性和丰度均较高，且益生菌群占比高，潜在致病菌较少，是比较健康的养殖模式。
[期刊] 水产学报
[作者]
王春忠 林国荣 严涛 郑志鹏 欧清峰 陈斌 孙富林
为了研究长毛对虾养殖环境以及对虾肠道微生物种群结构的特征,实验分别采集养殖区进水口水体、养殖池底泥、养殖池水体以及长毛对虾肠道样品,采用构建16S rRNA基因克隆文库的方法对不同样品间的微生物群落组成进行了研究。结果表明,4组样品中共获得621条序列,操作分类单元(OTU)总数达212个,表明养殖环境微生物群落结构具有高度的多样性。从遗传进化树分析发现,进水口水体中细菌优势种群为蓝细菌(53.97%)、α-变形杆菌(13.76%)和γ-变形杆菌(10.58%);养殖池水体细菌优势种群为蓝细菌(33.55%)、γ-变形杆菌(14.84%)、厚壁菌(14.19%)、拟杆菌(12.26%)和α-变...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
吴欢欢 王伟继 吕丁 胡玉龙 孔杰
采用基于Illumina测序平台的高通量测序技术,对大菱鲆(Scophthalmus maximus)幼鱼肠道及其养殖水体、生物饵料中细菌种类及丰度进行研究。测序结果显示,养殖水体、生物饵料和大菱鲆幼鱼肠道等19个样品共获得有效序列547621条,可聚类于3771个可分类操作单元(OTUs),归属于养殖水体、生物饵料、健康幼鱼和发病幼鱼的操作分类单元(OTU)个数分别为3038、1090、87和777,其中,健康幼鱼与生物饵料、健康幼鱼与养殖水体特有的OTU个数分别为57和0,发病幼鱼与生物饵料、发病幼鱼与养殖水体特有的OTU个数分别为481和31。表明幼鱼肠道微生物多样性与生物饵料密切相关。根据细菌注释结果,拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)在大菱鲆幼鱼肠道中占优势地位,其中,健康幼鱼肠道微生物共聚类为8个门,发病幼鱼的肠道微生物可聚类为19个门。与健康幼鱼相比,发病幼鱼肠道门水平上的3种主要优势菌群落结构出现失衡。此外,对各样品中丰度最高的100位OTU分析显示,幼鱼肠道优势菌种类与生物饵料中的优势菌种类密切相关,而每个发病幼鱼肠道优势菌种类具有一定的独立性。本研究旨在为大菱鲆健康养殖和微生态调控提供实验依据。
关键词：
生物多样性 高通量测序 大菱鲆
[期刊] 水产学报
[作者]
金若晨 江敏 孙世玉 戴习林 吴昊 周俊芳 于忠利 张峰
为探究凡纳滨对虾养殖过程中其肠道和养殖环境微生物群落的结构及变化，本实验采用Illumina测序平台，基于16S rRNA基因的测序结果，对46 d和86 d虾龄的凡纳滨对虾肠道以及养殖水体、底泥中的微生物群落进行分析。结果显示，86 d时微生物Shannon-Wiener多样性指数显著高于46 d，水样中的Shannon-Wiener指数显著低于底泥和凡纳滨对虾肠道；有35个门、71个纲、155个目、274个科以及277个属在水样、底泥和虾肠道中均能检测到，其中虾肠道和底泥间共有菌类较水样中更多。微生物群落随养殖时间发生变化，46 d与86 d的差异性门类为放线菌门、绿菌门、丝状杆菌门、浮霉状菌门和TM6，相对丰度随时间增高。水样、底泥和虾肠道中有相对固定的优势菌群，在水样、底泥和虾肠道中主要的门类均为变形菌门、拟杆菌门和放线菌门，优势纲类为α变形菌纲、β变形菌纲以及放线菌纲，除此以外，虾肠道与底泥共有的优势纲为δ变形菌纲、γ变形菌纲以及芽单胞菌纲，从目、科、属的分类水平上看，水样、底泥和虾肠道中菌类相对丰度各异，鲜有明显重叠的优势菌类，在水样、底泥和虾肠道中均为一种未分类的属占优势地位，水样中优势属为hgcI＿clade，底泥和虾肠道中优势属为ambiguous＿taxa。研究结果进一步解释了虾肠道和环境微生物群落结构之间的相关性以及随虾龄增长呈现的差异性。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
荣华 谢雨晴 赵涛 殷红 袁莉芸 刘襄河 杨子寒 石宇 李修峰 张雷
本研究旨在探讨食性对鱼类肠道菌群组成和多样性的影响，并预测特定菌群对不同营养素的潜在功能。实验采用高通量16S rRNA基因测序技术，提取获得滇池高背鲫(Carassius auratus)、草鱼(Ctenopharyngodon idellus)、鳜鱼(Siniperca chuatsi)、昆明裂腹鱼(Shizothorax grahami) 4种不同食性鱼类的肠道内容物，12个样品的16S rRNA，构建文库并测序，分析这4种鱼类肠道微生物的菌落组成和多样性。结果显示，鱼类肠道菌群多样性受到食性的显著影响(P<0.05)，综合表现为杂食性(滇池高倍鲫) > 草食性(草鱼) > 滤食性(昆明裂腹鱼) > 肉食性(鳜鱼)。4种鱼类具有一些相同的优势菌群：变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)。然而，优势菌群在属水平上存在一定差异，如不动杆菌属(Acinetobacter)为鳜鱼的优势菌群，拟杆菌属(Bacteroides)为草鱼的优势菌群等。功能预测发现，鳜鱼肠道中以革兰氏阴性菌为主；草鱼抗病潜力略高于其他3种鱼类；约氏不动杆菌(A.＿ johnsonii)、鲁氏不动杆菌(A. lwoffii)和施氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)可能有助于宿主对蛋白质的消化，而拟杆菌属中的某些菌群可能有助于宿主消化纤维素。综上所述，食性是影响鱼类肠道菌群组成和多样性差异化的主要因素之一，分析食性与肠道优势菌群之间的关联，探讨特异菌群的功能，可为研究鱼类营养代谢的微生物效应奠定理论基础。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李玉宏 柴鹏程 胡修贵 孙艳 黄倢 宋晓玲
本研究应用PCR-RFLP(Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism)和PCR-DGGE(Polymerase Chain Reaction-Denaturing Gradient Gel Electrophoresis)技术,对工厂化养殖的凡纳滨对虾肠道菌群进行多样性分析。RFLP结果显示,8月样品中不同的克隆子为5个,其中以不可培养细菌(Unculturable bacteria)为主要优势菌,其次为鲁杰氏菌属菌种Ruegeria spp.和Rhodobacterales spp.。依据微生物多样性...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
曾祥标 姜之信 刘经纬 刘必林 李慷 刘利平
调查野生柳叶鳗状幼体肠道微生物群落结构组成和功能分析对于预测仔鱼营养需求以及开口饵料的研发具有重要的科学意义和实践价值。通过DNA条形码技术对2022年和2023年两次“淞航”号中西太平洋科考航次捕获到的柳叶鳗状幼体进行物种鉴定，并采用16S rDNA高通量测序技术对其肠道样本进行菌群测序，以分析肠道微生物群落结构，识别优势菌群及其相关功能。物种鉴定结果表明，捕获的16尾柳叶鳗状幼体中14尾鉴定至种水平，分别为大美体鳗(Ariosoma majus)、科氏龟草鳗(Thalassenchelys coheni)、长尾突吻鳗(Gnathophis longicauda)、大眼锥体糯鳗(Ariosoma megalops)、米克氏美体糯鳗(Ariosoma meeki)、Muraenidae sp.KY17-483和带尾裸胸鳝(Gymnothorax zonipectis)；其他2尾只鉴定至属水平，包括突吻鳗属(Gymnothorax)和裸胸鳝属(Gnathophis)。测序发现，太平洋柳叶鳗状幼体肠道内的优势菌群主要是变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)。在属分类水平上，嗜冷菌属(Psychrobacter)和不动杆菌属(Acinetobacter)丰度占比较高。然而，不同物种以及不同站点之间肠道菌群结构存在一定差异。此外，通过对肠道微生物进行功能预测发现，代谢是相对丰度占比最高的一类。在代谢类别中，丰度最高的均为氨基酸的转运和代谢，说明柳叶鳗状幼体对于蛋白类物质有较高需求。本研究初步阐述了太平洋柳叶鳗状幼体肠道微生物菌群的多样性组成，为柳叶鳗状幼体的摄食习惯及人工繁殖鳗鲡仔鱼的开口饵料的研究提供一定的参考。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
黄伟雄 安振宇 方仁 尧金燕 龙兴
【目的】探究感染根腐病番荔枝根际土壤微生物群落的多样性和分布规律,为筛选鉴定番荔枝根腐病病原菌提供参考依据。【方法】采集感染根腐病的番荔枝根际土壤(感病根际土壤)和健康番荔枝根际土壤(健康根际土壤)样品,采用高通量测序技术,以ITS1和ITS4为引物,对其真菌ITS1区和细菌V3+V4区进行扩增测序,在门、纲、目、属和种水平上分析其微生物群落的结构和多样性。【结果】感病根际土壤的真菌数量明显增多,细菌数量明显减少。感病根际土壤中的真菌隶属于2界5门16纲36目48科81属96种,健康根际土壤中的真菌隶属于3界7门17纲43目73科113属160种。感病根际土壤微生物的群落丰富度、多样性指数均较健康根际土壤下降,真菌种类较少但均匀度上升。在PDA培养基上培养4 d后真菌类菌株形成中等量、呈放射状的气生菌丝;菌落直径4.5 cm,菌落平铺,全缘,呈圆形,白色,气生菌丝绒状。采用供试引物对根际土壤病原菌菌株进行扩增,显示菌株的ITS序列与Fusarium acutatum(登录号AY569567.1)同源性达99.45%,说明扩增出的ITS序列(RRD-1)为F.acutatum的基因片段。【结论】感染根腐病番荔枝根际土壤微生物的群落丰富度、多样性指数均较健康荔枝根际土壤明显下降,而真菌种类较少,均匀度上升。经病原菌形态学观察和生物比对鉴定,初步确定引起广西地区番荔枝根腐病的病原菌可能为真菌镰刀属的F.acutatum。
关键词：
番荔枝 根腐病 根际土壤 高通量测序
[期刊] 中国农业科学
[作者]
夏雪 谷洁 车升国 高华 秦清军
【目的】研究不同施氮量对土壤微生物群落功能多样性和酶活性的影响。【方法】通过野外大田定位试验,于2009年7月15至2009年9月30采用微生物自动分析系统BIOLOG微平板分析法,对不同施氮水平下土壤微生物群落功能多样性,及水解酶活性的动态变化进行了研究。研究涉及N0(0 kg.hm-2)、N1(60 kg.hm-2)、N2(120 kg.hm-2)和N3(180 kg.hm-2)4个施氮水平。【结果】低氮(N1)、中氮(N2)和高氮(N3)处理的微生物群落碳源利用率(AWCD)、微生物群落Shannon指数(H)和微生物群落丰富度指数(S)均高于零氮(N0)处理,其中N2处理最高。主成分分...
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