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[期刊] 华北农学报
[作者]
高泽仁 潘鹏丞 徐文文 陈宝剑 刘明君 关志惠 谢炳坤 覃兆鲜
为探究陆川猪骨骼肌生长发育过程中MyoD1基因所起作用，对陆川猪成肌细胞决定基因1(MyoD1)进行克隆，展开生物信息学分析，对其在陆川猪不同组织中的表达进行分析，以NCBI上已公布的野猪MyoD1基因序列为模板，进行特异性引物设计，克隆陆川猪MyoD1基因CDS区，并与NCBI已公布的野猪、牛、绵羊、人、小鼠、大鼠基因序列进行相似性比对，由此构建系统进化树，通过在线软件开展生物信息学分析，而后使用实时荧光定量PCR检测在陆川猪不同组织中MyoD1基因的相对表达量。陆川猪MyoD1基因CDS区全长960 bp,共编码319个氨基酸，碱基突变共存在5处，与野猪、牛、绵羊、人类、小鼠、大鼠的MyoD1基因CDS序列相似性分别为99.2%,93.0%,92.3%,90.0%,84.3%,84.0%,其中与野猪相似性最高，表明二者亲缘关系最为接近；陆川猪MyoD1基因原子总数为4 680,蛋白的分子质量为33.99 ku,分子式为C_(1457)H_(2296)N_(442)O_(471)S_(14);不稳定系数为63.87,表明其缺乏稳定性；等电点为5.63,属于酸性蛋白；不存在跨膜结构，存在35处磷酸化位点及1处糖基化位点；蛋白二级结构以无规则卷曲为主，占比60.69%。陆川猪MyoD1基因在背最长肌中的表达量最高，且显著高于其他组织，表达量最低的组织为肾脏。陆川猪各组织中均有MyoD1基因表达，且主要在背最长肌中表达，由此推测，MyoD1基因在陆川猪肌肉生长发育过程中可能起到至关重要的作用。
[期刊] 华北农学报
[作者]
周小南 师丹丹 丁燕玲 张岩峰 赵志艳 康晓龙
为明确秦川牛CDS1基因的编码序列、分子特征及其在不同组织的表达特点，以秦川牛为研究对象，利用PCR扩增技术克隆CDS1基因的全编码区序列，利用生物信息学方法分析其全编码区的序列特征，以GAPDH为内参基因，采用qRT-PCR技术检测CDS1基因在脑、睾丸、胰、肺、脾、肾、瘤胃、背最长肌、肝、肌内脂肪和心组织中的表达水平。结果显示，秦川牛CDS1基因编码区为1 392 bp,编码464个氨基酸，CDS1基因在不同物种间具有较高的保守性，且与瘤牛的同源性最高；CDS1基因编码蛋白为疏水性不稳定跨膜蛋白，主要由α-螺旋及不规则卷曲构成；亚细胞定位分析表明，CDS1蛋白主要分布于内质网和线粒体；蛋白互作分析表明，其与PGS1、PPAPDC1系列、CDIPT、PLD系列、CRLS1等与磷脂合成相关的核糖蛋白存在相互作用，提示CDS1基因参与调节磷脂的合成代谢过程；组织表达分析表明，CDS1基因在各个组织均有广泛表达，且在睾丸中表达量最高，在脑的表达水平也较高，二者均显著高于其他组织的表达水平，在心的表达量最低。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李洁 周浩 郁建锋 姚文 顾志良
[目的]Vanin是一种泛酰巯基乙胺酶,在脂类代谢中发挥重要作用。本试验目的是扩增鹅Vanin基因亚型(VNN1)基因的c DNA序列,检测VNN1基因在鹅不同组织中m RNA水平的表达规律。[方法]以太湖鹅(Anser anser)肝脏总RNA为模板,采用RT-PCR和快速扩增c DNA末端(RACE)方法克隆鹅VNN1基因全长c DNA序列,并运用多种生物信息学软件对其进行分析,应用实时荧光定量PCR(q PCR)技术检测VNN1基因在不同组织的表达情况。[结果]序列分析表明:鹅VNN1基因(Gen
关键词：
鹅 VNN1基因 组织表达
[期刊] 华北农学报
[作者]
蔡肖 甄军波 江振兴 刘琳琳 刘迪 张建宏 田海燕 张香云 迟吉娜
为了深入研究棉花JAZ基因在低温响应中的作用机理,利用RT-PCR方法从陆地棉中棉所36中克隆出一个低温应答基因GhJAZ1(GenBank登录号KJ562212)。全长CDS序列为810 bp,编码270个氨基酸,预测编码蛋白质的分子量为29.808 ku,理论等电点为8.33,为非跨膜蛋白。该基因编码蛋白具有一个N端NT结构域、一个TIFY结构域和一个C端Jas结构域。系统进化树分析发现,该蛋白与可可树和黄麻的亲缘关系最近。荧光实时定量PCR分析发现,GhJAZ1基因在下胚轴和根中显著高表达。此外,该
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
郭咪咪 乔木 吴俊静 李良华 梅书棋 李助南
为鉴定对猪生产性状有重要影响的新分子标记,采用电子克隆技术结合PCR方法获得了猪氧化型低密度脂蛋白受体1(oxidized low-density lipoprotein receptor 1,OLR1)基因编码区序列,在OLR1基因第4内含子246bp处发现了1个新SNP位点A246G,并建立了PCR-Pag1-RFLP基因分型方法,分析了4个不同品种猪群中该等位基因频率,发现国外品种大白、长白猪群G等位基因频率高于A等位基因频率,而国内品种梅山、大梅群体A等位基因频率高于G等位基因频率。在大梅猪群体中的关联分析结果发现,A246G位点与胸腰椎间膘厚、平均背膘、背最长肌含水量、背最长肌肌内脂...
[期刊] 华北农学报
[作者]
李瑞 徐海霞 吴伟 王素莹 任梦可 张朋朋 徐永杰
为了研究转化生长因子β激活激酶1(Transforming growth factor-β-activated kinase 1,TAK1)在猪骨骼肌生长发育中的作用,通过cDNA末端快速扩增技术(RACE)获得猪TAK1的cDNA全长,并分析其时空表达及真核细胞中的亚细胞定位情况。结果表明,TAK1 cDNA全长2 163 bp(Gen Bank登录号:KU504629),ORF为1 740 bp,编码579个氨基酸,其氨基酸序列与人、恒河猴、绵羊的相似性均为98. 8%,表明该蛋白在不同物种间高度保守。猪TAK1蛋白具有催化丝氨酸/酪氨酸磷酸化的STKc_TAK1结构域,而在该结构域中还有多个保守的ATP结合位点、A-Loop结构域、TAB1(TGF-beta activated kinase 1)结合位点。荧光定量PCR结果显示,TAK1基因在出生后120 d大白猪的免疫器官脾脏中表达量最高,胰腺、背最长肌等组织中的表达量较低;而不同发育时期的背最长肌中,该基因在胚胎期65 d表达量最高,随着生长发育表达量下调;在不同品种间,TAK1基因在各时期大白猪中的表达量均高于梅山猪,除出生后90 d外,其他时期差异均达到显著水平或极显著水平。pcDNA3. 1(+)-EGFP-TAK1重组质粒转染C2C12细胞后的荧光共定位结果显示,TAK1蛋白的表达主要集中在细胞质中。综上,TAK1基因在猪骨骼肌发育过程中起着重要作用,为进一步研究猪TAK1基因的功能奠定了基础。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
张红燕 朱文旭 赵诚 张宏叶 王涛 陈树桥 尹绍武 贾永义
以河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila)为研究对象,采用c DNA末端快速扩增(RACE)技术对DMRT1的全长基因进行了克隆,并利用生物信息学技术分析其结构和功能;采用实时荧光定量PCR(qRTPCR)技术检测了河川沙塘鳢DMRT1基因在8种组织(鳃、肠、心、肌肉、脑、肝、脾、性腺)、胚胎发育的8个时期(受精卵期、桑椹胚期、原肠胚期、神经胚期、体节期、口裂期、出膜后1 d和出膜后3 d)以及性腺发育的4个时期(Ⅰ~Ⅳ期)中的表达变化。结果表明,河川沙塘鳢DMRT1基因c DNA序列的全长为2025 bp,编码297个氨基酸,其中包括894 bp的开放阅读框(ORF),73 bp的5’非编码区和1058 bp的3’非编码区。与已知物种的氨基酸序列比对后发现,河川沙塘鳢DMRT1的氨基酸序列与军曹鱼(Rachycentron canadum)、欧洲鲈鱼(Dicentrarchus labrax)的同源性最高。DMRT1基因在河川沙塘鳢的精巢组织大量表达,而在卵巢、肌肉、心以及肝4种组织中表达较少,在其它组织中几乎不表达; DMRT1基因在胚胎发育的各个时期都有表达,在原肠期的表达量最高;此外,DMRT1基因表达量在精巢发育的不同时期呈先下降后上升的趋势,在精子成熟期(Ⅳ期)达到最大值,而在卵巢发育的不同时期表达量较少且表达强度差异不明显,因而推测河川沙塘鳢DMRT1基因与精巢的发生和功能的维持有关。研究结果为解析河川沙塘鳢DMRT1基因的功能及其性别决定机制提供了基础资料,也为开展河川沙塘鳢单性育种奠定了基础。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
陶志云 朱春红 姬改革 徐文娟 单艳菊 李慧芳
以高邮鸭和金定鸭为研究对象,采用实时荧光定量PCR方法测定生肌调节因子MyoD1和Myf5基因在不同发育阶段鸭胚(13、15、17、19、21和23胚龄)骨骼肌成肌细胞中的表达水平,分析MyoD1和Myf5基因在鸭胚胎期骨骼肌成肌细胞中的表达模式和差异.结果表明,Myf5和MyoD1基因在胸腿肌成肌细胞中呈现不同的表达规律:胸肌成肌细胞中,Myf5基因的表达呈"低→高→低→较高"的趋势,类似反"∽"形;MyoD1基因的表达呈"低→高→低"的趋势,在金定鸭17胚龄时达到高峰后迅速下降(P0.05)...
[期刊] 华北农学报
[作者]
闫尊强 计亚楠 王鹏飞 张博 石海霞 滚双宝
旨在对合作猪StAR基因CDS区进行克隆及生物信息学分析，采用RT-qPCR方法检测StAR基因在不同组织中的表达量，以揭示其功能。结果发现，合作猪StAR基因CDS区长858 bp,编码285个氨基酸，与猪参考序列相比，第572位点处的A突变为G,导致第191位的赖氨酸突变成精氨酸，为错义突变，第791位点处插入1个碱基C,后续的20个氨基酸发生改变，导致移码突变；蛋白分子量90.95 ku,理论等电点8.87;消光系数33 835,不稳定系数41.49;含1个N-糖基化位点，二级结构主要由α螺旋和无规则卷曲构成，二级结构与三级结构基本一致；合作猪与猪、绵羊和黄牛StAR基因核苷酸序列相似性分别为99.77%,90.45%,91.78%;进化树结果显示，合作猪与猪亲缘关系最近，表明StAR基因编码序列具有种属特异性；StAR蛋白是不稳定的亲水性蛋白，无信号肽和跨膜区；StAR基因在脾、肾、肺等组织中均有表达，睾丸表达量较高，表明可能与合作猪睾丸发育有关。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
吴一尘 杜星 李平华 吴艳 王钧顺 刘红林 李齐发
【目的】获得苏淮猪ＶＲＴＮ基因编码区序列，了解其序列特征和组织表达特征，分析苏淮猪ＶＲＴＮ基因ｉＮｓ２９１位点的多态性。【方法】以苏淮猪卵巢组织ｃ ＤＮＡ为模板，采用克隆测序技术分离获得苏淮猪ＶＲＴＮ基因编码区序列。利用Ｂｉｏ ＥＤｉＴ ７．０软件分析其序列特征和蛋白理化性质。利用ｃｌｕｓＴＡｌ Ｗ软件进行核苷酸和蛋白质序列比对分析。利用ｕｃｓｃ基因组浏览器与ＮｃＢｉ基因组数据库进行猪ＶＲＴＮ基因的染色体定位和基因组结构分析。利用ｓＭＡＲＴ软件预测蛋白质功能域，ｃＰＨＭｏＤＥｌｓ软件预测蛋白质三级结构。随机选取３头成年苏淮猪母猪，屠宰后立即采集心、肝、脾、肺、肾、下丘脑、肌肉和卵巢等组织，提取．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
邢晋祎 戈新 贾坤航 王建华 刘忠琛 李培培 张宝珣
生长分化因子11(Growth and differentiation factor-11,简称GDF11)是BMP/TGF-β超家族一员,编码一种在早期胚胎发育过程中起重要作用的骨形态发生蛋白,在确立骨骼模式中起重要作用。本研究旨在克隆里岔黑猪GDF11基因部分cDNA,并检测其在不同组织中的表达差异。结果表明,所克隆的猪部分GDF11基因序列为1 161 bp(GenBank:HQ657211),编码332个氨基酸,与人、小鼠、大鼠、牛、马、兔、斑马鱼GDF11氨基酸序列同源性分别为99.10%,99.10%,99.10%,99.40%,99.10%,98.80%,78.82%。荧光定量P...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
殷姗姗 李茂福 王华 李洋 张秋雷 金万梅 李天忠
为研究草莓中ＳＣＦ复合体的功能，以栽培草莓品种‘７４’为试材，采用同源克隆的方法分离出２个ＳＫＰ１基因。这２个基因核苷酸序列全长均为５１９ｂＰ，核苷酸序列相似性为９８．４６％，氨基酸序列相似性为９８．８４％，并具有特殊的‘ＧＶＤＥＤ’尾巴结构，分别命名为ＦａＳＫＰ１－１ａ和ＦａＳＫＰ１－１ｂ（基因登录号分别为ＫＵ９７５０５７和ＫＵ９７５０５８）。ＲＴ－ＰＣＲ和ＤＣａＰＳ分析发现ＦａＳＫＰ１－１ａ和ＦａＳＫＰ１－１ｂ在草莓根、茎、叶、花托、花粉、花柱、果实中均高表达，在花瓣中表达量低。上述结果表明ＦａＳＫＰ１－１可能在草莓ＳＣＦ复合体的形成过程中发挥重要作用。
[期刊] 华北农学报
[作者]
申金伟 路建卫 赵雪 扎老 成述儒 梁春年
为了研究牦牛DJ-1基因的结构及功能，为后续深入研究牦牛DJ-1基因的生物学功能提供了重要的理论依据。以美仁牦牛脂肪组织cDNA为模板，利用RT-PCR克隆牦牛DJ-1基因的编码区序列(CDS),并且利用基因序列进行生物信息学分析，预测结构域及蛋白质理化性质等，再利用RT-qPCR技术进行组织表达分析。结果表明，美仁牦牛DJ-1基因的CDS区全长570 bp,共编码189个氨基酸；牦牛DJ-1结构域预测显示，在DJ-1氨基酸序列的29—168位中有1个含有Pfam的PfpI结构域；通过对DJ-1蛋白结构和功能进行预测，结果显示，无跨膜结构且无信号肽区域，分子质量20.035 31 ku,原子总数2 870,理论等电点6.84,不稳定系数28.37,表示为稳定的蛋白质；脂肪系数101.11,总平均亲水系数-0.004,为亲水蛋白，共有11个磷酸化位点；同时，亚细胞定位预测结果表明，美仁牦牛DJ-1蛋白主要分布于细胞质和线粒体中，系统进化树表明，美仁牦牛与野牦牛和欧洲牛亲缘关系最近，与北极狐和宽吻海牛亲缘关系最远；RT-qPCR结果表明，在成年美仁牦牛的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肌肉、脂肪和睾丸组织中均有所表达，在心脏组织和肌肉组织中表达水平最高，在肝脏和睾丸组织中表达水平最低。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
韦云芳 李飞翔 星云 李居东 万九生 陈方良 陈超
【目的】胰岛素样生长因子1受体（IGF1R）具有广泛的生物学功能，是研究动物生长发育过程的重要候选因子。本研究旨在探究昆明犬IGF1R基因序列结构特征及其组织表达规律，为深入探讨昆明犬IGF1R基因在生长发育中的调控机理及分子遗传育种的相关研究奠定基础。【方法】基于分子克隆技术对昆明犬IGF1R基因编码区进行扩增和测序，应用生物信息学方法进行序列同源性比对、系统进化树分析，对相应的氨基酸序列进行蛋白理化特性、蛋白结构特征分析，并构建蛋白质三级结构模型。同时利用qRT-PCR方法检测该基因在昆明犬各组织的表达情况。【结果】昆明犬IGF1R基因CDS区长4104 bp，编码1367个氨基酸，其核苷酸序列与家犬（100%）与赤狐（99.3%）的同源性较高，与鸡的同源性较低（78.8%）。IGF1R蛋白分子质量和理论等电点分别为154890 ku和5.58，包含3个纤连蛋白型结构域，1个半胱氨酸富集区和1个酪氨酸激酶结构域，属亲水性跨膜蛋白；亚细胞定位分析表明，IGF1R蛋白均匀地分布于内质网、高尔基体及质膜上，比例均为33.3%；磷酸化位点分析发现，IGF1R蛋白存在123个磷酸化位点；该蛋白的二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主。组织表达显示，IGF1R基因在昆明犬不同组织中均有表达，尤其在肺脏、心脏及肾脏中呈现高表达。【结论】IGF1R基因在生物进化过程中具有较强的保守性。昆明犬IGF1R蛋白具有IGF受体蛋白特征性结构域，属亲水性跨膜蛋白。IGF1R基因在昆明犬6个组织中均有表达，其中心脏、肺脏及肾脏组织中的表达量较高。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李晔 张宝乐 丁建华 张子敬 徐银学
为了探明G蛋白偶联受体6基因(Gpr6)的结构、功能与表达模式,克隆了含有完整阅读框的猪Gpr6的cDNA序列。利用生物信息学方法对Gpr6基因的结构及功能进行了系统研究,运用Real-time PCR技术对其在组织中的表达规律进行了分析,并利用构建的原核表达载体pET32a-Gpr6对其在BL21菌株中的最佳蛋白表达条件进行了筛选。结果表明:猪Gpr6基因的cDNA序列由1 664个核苷酸组成,编码366个氨基酸残基,等电点为7.63,相对分子质量为38.38×103,与牛、犬、人、黑猩猩、大鼠和小鼠的氨基酸相似性分别为91.2%、89.5%、88.3%、88.3%、86.3%和86.1%。...
关键词：
猪 Gpr6基因 组织表达谱 原核表达
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