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[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
刘家栋 王革娇 罗美中
为进一步阐明阿维菌素的生物合成路径和调控途径，提高阿维菌素的产量，采用ＢａｍＨⅠ限制性内切酶酶解阿维链霉菌基因组ＤＮａ的方法，构建了阿维链霉菌的细菌人工染色体（ＢａＣ）文库。该文库共包含２ ３０４个克隆，平均插入片段为１０１ｋＢ，空载率约９％，覆盖了该菌基因组的２５．９倍。该文库的成功构建可以为其他微生物尤其是基因组具有磷硫酰化修饰的微生物的文库构建提供参考。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
程钢 喻子牛
应用多种生物信息学方法,如序列比对、多序列比对、系统进化树分析、二级结构预测等,对阿维链霉菌中双组分信号系统蛋白进行鉴定分析。结果表明:阿维链霉菌中存在61个组氨酸蛋白激酶,其中30个组氨酸蛋白激酶包含了全部的保守传递器结构域。阿维链霉菌中也存在69个应答调控蛋白,主要分布在3种主要的应答调控蛋白家族中。与天蓝色链霉菌和其他微生物中双组分信号系统进行比较和对功能结构域进行分析,表明:在这些蛋白所组成48个双组分信号系统中,多个双信号调控系统与阿维链霉菌中环境刺激反应和调控相关。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
罗松予 罗美中 刘忠松
为促进黄籽油菜的基因组研究和利用,构建了芥菜型油菜黄籽品种四川黄籽的高质量BAC文库。该文库由82 944个单克隆组成,被保存在216块384孔板中。质粒酶切检测结果表明,文库的平均插入片段大小约为140kb,空载率约为2.5%,按照芥菜型油菜基因组1 000 Mb计算,文库覆盖度约为油菜基因组的11.6倍。BAC末端序列比对分析结果显示,克隆被均匀比对到芥菜型油菜的18条染色体上,并且无任何叶绿体、线粒体和细菌基因组DNA污染。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
刘培 俞燕飞 陶美凤
灰红链霉菌AL7对多种植物病原真菌和细菌都具有明显的抑菌活性。本研究在通用的大肠杆菌克隆宿主基础上,构建获得Dcm甲基化缺陷菌株,再引入接合转移辅助质粒pUZ8002得到菌株LP3。以LP3为宿主构建灰红链霉菌AL7的基因组粘粒文库,平均插入片段大小40kb。用高通量接合转移的方法将文库转到变铅青链霉菌TK24中,得到了异源表达文库,并从表达文库中初筛获得一些表型特异的克隆,如光秃表型、产素提前表型、产孢提前表型等。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
杨丽鸳 朱梦奕 何璟
为了探讨硫藤黄链霉菌中可能存在的次级代谢产物合成及调控机制，以链霉菌整合型质粒ｐＪＴＵ２５５４为载体，构建了硫藤黄链霉菌的基因组表达文库。以模式菌株变铅青链霉菌为异源表达宿主，通过生物活性筛选获得９株具有抑菌活性的异源表达突变菌株，同时通过ｐＣＲ筛选获得多个含有聚酮合酶和非核糖体多肽合成酶基因的克隆子。ＴＬＣ及ＨｐＬＣ－ＭＳ分析发现６个携带有ａＵＲｅｏＴＨｉｎ生物合成基因簇的ＣｏＳＭｉｄ，通过异源表达在变铅青链霉菌中成功合成聚酮类抗生素ａＵＲｅｏＴＨｉｎ，证实文库异源表达及筛选的有效性。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
贾玉艳 陈宏 邓继先
BAC(bacterialartificialchromosome,细菌人工染色体)是一种新发展起来的构建高等生物基因组文库的重要方法。由于关中奶山羊产奶性能好,成为制备乳腺生物反应器的理想动物之一,故对关中奶山羊BAC文库的构建条件进行了研究。用BamH 部分酶切关中奶山羊的基因组,用CHEF(箝位匀强电场)凝胶电泳分离大片段DNA,以电透析法回收DNA后,与酶切脱磷的pBeloBAC11载体连接,然后电激转化感受态细胞DH10β,得到了数千个阳性克隆,插入片段平均为30～40kb。在此过程中摸索了BAC载体制备、高分子量DNA制备、酶切、连接和电激转化等一系列环节对高效转化产生大片段DN...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
郭刚刚 董国清 周进 达瓦顿珠 袁兴淼 张京
【目的】从大麦BAC文库中快速筛选包含目的基因HvGW2的阳性BAC克隆。【方法】构建BAC文库三维混合池,设计2对HvGW2特异性引物,进行BAC文库筛选,对含有目的基因HvGW2的阳性BAC克隆进行测序,获得编码大麦GW2蛋白的基因组DNA序列,并与禾本科中的GW2进行同源进化分析。【结果】构建了大麦BAC文库的三维混合池160个,文库空载率为0.18%;筛选到含HvGW2的阳性BAC克隆3个,其中,BAC克隆196M02包含完整编码该基因的序列;HvGW2包含8个外显子和7个内含子,具有与其它植物GW2相似的结构特征和保守的功能结构域;同源进化分析结果显示,大麦与小麦的GW2蛋白同源性最...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
彭敏 杨红文 陈知龙 彭音 杨在清
通过构建仅含有aveC基因两端交换臂的缺失载体,与阿维链霉菌(Streptomyces avermitilis)染色体中aveC基因发生同源重组,以阻断该基因,从而获得aveC缺失突变株。并经摇瓶发酵和高效液相色谱检测不同阿维菌素组分产量。结果显示,aveC缺失突变株的阿维菌素的总产量与出发菌株的总产量差异不显著;而阿维菌素组分1的产量下降约58%,组分2的产量提高约52%。
关键词：
阿维菌素 aveC 基因缺失 产素
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
么敬静 赵有文 邹霞 崔翠 何进 喻子牛
从采集到的污水样品中分离得到1株高效降解2-甲基异茨醇(2-methylisoborneol,2-MIB)的菌株Z5,通过16S rDNA序列分析,鉴定为阴沟肠杆菌(Enterobactercloacae)。该菌在以2-MIB为唯一碳源的培养基中能正常生长代谢。经气相色谱-质谱分析,发现该菌对2-MIB的降解率高达89.7%。同时,测定了Z5在不同质量浓度2-MIB中的生长情况,结果表明:当2-MIB质量浓度为16μg/L时,其生长状况与在LB中最为接近。为了克隆降解2-MIB关键酶的编码基因并进一步研究其降解途径,本研究构建了E.cloacaeZ5的全基因组BAC文库,该文库覆盖了大约8倍的...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
赵圣国 王加启 卜登攀 刘开朗 李旦 于萍 魏宏阳 周凌云 李发弟
利用脲酶选择性培养基,从奶牛瘤胃微生物BAC文库的15 360个克隆中筛选得到了12个脲酶克隆。利用酚-次氯酸法对脲酶克隆子的酶学性质分析,表明均具有不同的尿素分解能力,酶的活力范围是30~2 466 U/mg。脲酶阳性克隆插入片段大约是60 kb,限制性内切酶HindⅢ酶切图谱表明,各个克隆具有不同DNA片段,其中脲酶Urease 1、Urease 3、Urease 4和Urease 9的最适pH8.0,最适温度为60℃。本研究从奶牛瘤胃微生物BAC文库中筛选到了具有脲酶酶活特性的克隆。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
潘腾飞 潘东明 姜翠翠 陈桂信 郭志雄
【目的】构建琯溪蜜柚BAC文库,利用该文库筛选与汁胞粒化相关的基因。【方法】用温和的物理方法获得高分子量DNA,部分酶切后进行回收、连接、转化,超低温保存阳性克隆。构建DNA样品混合样,PCR法筛选文库,生物信息学分析DNA序列。【结果】改进了适合琯溪蜜柚BAC文库构建的方法;构建的琯溪蜜柚BAC文库含有26112个单克隆,空载率小于1%,叶绿体DNA的污染率不超过1%,插入片段平均大小大约120kb,覆盖8倍的琯溪蜜柚基因组。利用与琯溪蜜柚汁胞粒化相关的EST序列设计PCR引物筛选文库,得到一段大小为1088 bp的DNA序列,该序列含有两段大小分别为122bp和172bp的内含子,经同源比...
关键词：
琯溪蜜柚 BAC文库 粒化 文库筛选
[期刊] 中国农业科学
[作者]
唐超西 龚明波 李顺鹏 朱昌雄
【目的】构建草酸青霉菌I1的cDNA文库,筛选溶磷相关基因。【方法】利用SMART技术构建草酸青霉菌I1的初级cDNA文库,通过难溶磷培养基筛选具有溶磷能力的转化子,测序并进行生物信息学分析。在难溶磷液体培养基中,进行转化子对溶液pH值、可溶磷含量的影响和产有机酸试验。【结果】成功构建了草酸青霉菌I1的初级cDNA文库,其库容量约为5.29×106cfu.mL-1,重组率为99%;利用难溶磷固体培养基筛选,得到具有溶磷圈的转化子48个,其中转化子I-4的cDNA序列全长536 bp,为一个新的序列,基因编码氨基酸残基序列长129 n.t。转化子E.coli HST08 I-4在液体难溶磷培养基...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
喻修道 屈志鹏 郭军 于秀梅 黄雪玲 韩青梅 黄丽丽 康振生
【目的】构建小麦与条锈菌亲和互作的差减文库,分离条锈菌侵染小麦过程中的差异表达基因。【方法】以小麦品种水源11和条锈菌相应毒性小种CY31号为材料,构建条锈菌侵染阶段的SSH-cDNA文库,挑选250个阳性克隆测序并进行生物信息学分析。【结果】聚类后得到149条非冗余EST(unigene)。经BlastX比对和功能分类分析,其中50条unigene(33.6%)未找到同源性匹配,25条(16.8%)与未知功能蛋白同源性较高;其余74条功能已知的unigene中,与初级代谢、能量相关的基因分别有13条和10个,占8.7%和6.7%,感病及防御相关的基因有6个约占4.0%;此外,获得两个与病原菌...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
迟吉娜 蔡肖 张建宏 甄军波 刘琳琳 田海燕 唐丽媛 刘存敬 崔瑞敏 张香云
【目的】构建优质陆地棉栽培品种冀２２８纤维均一化全长ｃＤＮＡ文库，降低纤维中存在的高峰度基因的拷贝数，提高发现纤维发育相关基因随机序列和稀有基因的效率，为公共数据库提供丰富的陆地棉ＥＳＴ资源。【方法】以优质陆地棉冀２２８开花后８—４０ Ｄ纤维为材料，将纤维全长ｃＤＮＡ与ＧＡＴＥｗＡｙ供体载体ｐ ＤＯＮＲ２２２重组，构建了棉花纤维的非剪切型全长ｃＤＮＡ原始文库。利用均一化技术获得均一化全长ｃＤＮＡ文库，进而测序获得大量的ＥＳＴ序列。采用生物信息分析手段，对所测ＥＳＴ进行拼接、比对、ｃＯＧ功能注释和ＧＯ注释。【结果】构建了优质陆地棉冀２２８纤维均一化全长ｃＤＮＡ文库，该文库初级文库库容为１．０６×．．．
关键词：
陆地棉 纤维 均一化 cDNA文库
[期刊] 中国农业科学
[作者]
赵圣国 王加启 卜登攀 刘开朗 朱雅新 周凌云
【目的】从奶牛瘤胃微生物BAC文库中筛选含乙酰CoA羧化酶(ACCase)基因的克隆子,并对其全长测序和生物信息学分析。【方法】利用PCR序列驱动筛选法,从瘤胃微生物BAC文库中筛选ACCase基因,鸟枪法测定基因序列后,进行基因注释、比对和系统发育分析。【结果】筛选得到了含ACCase基因的克隆(U12),其插入片段序列(URE12)全长43 358 bp,GC含量为43.75%,经GeneMark程序预测含有38个基因,经Signature程序预测属于变形菌门。ACCase基因(Acc-32)编码159个氨基酸,与Elusimicrobium minutum的ACCase基因具有41%的相...
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