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[期刊] 华北农学报
[作者]
王辉 郧海丽 赵军锋 王多 冉然 胡玉红
为了从生物体中寻找新颖的抗菌肽类药物分子,以阔褶水蛙(Hylarana latouchii)为研究材料,运用3′RACE技术成功从其皮肤组织中筛选出2个抗菌肽前体cDNA编码序列,经blast生物信息学分析,确定其为首次发现,推导出的这2条新颖的抗菌肽序列,命名为latouchiin-1和latouchiin-2。
关键词：
阔褶水蛙 抗菌肽 分子克隆 皮肤组织
[期刊] 华北农学报
[作者]
王辉 张秀清 胡玉红 刘敬兰 孙君社
运用SMART技术成功构建了阔褶水蛙(Hylarana latouchii)皮肤组织全长cDNA文库,用来筛选抗菌肽及其他功能性基因。经鉴定,原始文库滴度为9.7×106cfu/mL,重组率达到91%,插入片段大小在0.3~1.5 kb范围内,文库扩增后的滴度为1.9×109cfu/mL,说明所构建文库质量较高。通过该文库成功筛选出2个抗菌肽cDNA序列,此序列属于brevinin-2家族,因此命名为brevinin-2LT1和brevinin-2LT2。
关键词：
阔褶水蛙 cDNA文库 抗菌肽 文库滴度
[期刊] 淡水渔业
[作者]
姜玉松 张文琪 樊汶樵 徐敬明
基于棘腹蛙（Ｐａａ ｂｏｕｌｅｎｇｅｒｉ）皮肤转录组数据库，釆用ｒＴ－ＰＣｒ方法从棘腹蛙皮肤组织中克隆到了编码ＣａＴｈｅｌｉＣｉｄｉｎ－Ｐｂ前体的核苷酸序列，其完整ｏｒＦ长度为４４１ ｂＰ，编码１４６个氨基酸残基。通过信号肽预测和结构域查找比对，发现ＣａＴｈｅｌｉＣｉｄｉｎ－Ｐｂ前体包含ｎ端２０个氨基酸残基的信号肽、１０１个氨基酸残基的中间间隔区（ＣａＴｈｅｌｉｎ结构域）和２５个氨基酸残基的成熟抗菌肽。进一步研究发现，在适度高温范围内，皮肤组织中ＣａＴｈｅｌｉＣｉｄｉｎ－Ｐｂ的表达随着生长环境温度的升高而逐渐增加，但是当环境温度超过２７℃后，其表达量急剧降低；ＣａＴｈｅｌｉＣｉｄｉｎ－Ｐｂ主要．．．
[期刊] 淡水渔业
[作者]
姜玉松 张文琪 樊汶樵 徐敬明
基于棘腹蛙(Paa boulengeri)皮肤转录组数据库,釆用RT-PCR方法从棘腹蛙皮肤组织中克隆到了编码Cathelicidin-Pb前体的核苷酸序列,其完整ORF长度为441 bp,编码146个氨基酸残基。通过信号肽预测和结构域查找比对,发现Cathelicidin-Pb前体包含N端20个氨基酸残基的信号肽、101个氨基酸残基的中间间隔区(cathelin结构域)和25个氨基酸残基的成熟抗菌肽。进一步研究发现,在适度高温范围内,皮肤组织中Cathelicidin-Pb的表达随着生长环境温度的升高而逐渐增加,但是当环境温度超过27℃后,其表达量急剧降低;Cathelicidin-Pb主要...
[期刊] 水产学报
[作者]
廖智 刘梅 王日昕 武梅 杨丽佳 鲁涛 徐田军 石戈
抗菌肽是贻贝免疫系统中的一个重要组成部分,也是目前海洋生物抗菌肽研究的重要内容。在贻贝抗菌肽家族中,mytilin和myticin是目前贻贝抗菌肽研究中发现成员最多,丰度最高的两个家族,在贻贝免疫系统中占有重要的地位。为了解厚壳贻贝抗菌肽mytilin和myticin的基因组成及其多样性机制,通过设计特异性引物,以厚壳贻贝血细胞cDNA文库为模板进行PCR扩增以筛选文库,共克隆到8条mytilin的同源cDNA序列和9条myticin的同源cDNA序列,并对其基因序列及推导的氨基酸序列进行了序列比对和变异位点初步分析。上述研究为将来深入研究厚壳贻贝的免疫机制及筛选具有开发价值的抗菌肽分子奠定了...
[期刊] 华北农学报
[作者]
王辉 张秀清 胡玉红 孙君社
运用SMART技术成功构建了虎纹蛙(Hoplobatrachus rugulosus)皮肤组织全长cDNA文库。根据蛙科动物抗菌肽的信号肽保守序列设计简并引物,以PCR法成功从文库中随机挑选的阳性克隆中筛选出2个抗菌肽cDNA序列,命名为tigerinin-HR1和tigerinin-HR2。这2个抗菌肽cDNA序列是首次从虎纹蛙皮肤组织中克隆出的抗菌肽编码基因。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
郭娜 肖向红 徐义刚 柴龙会 张晶钰
【目的】利用毕赤酵母菌真核表达系统重组表达东北林蛙皮肤抗菌肽dybowskin-1ST,分析评价dybowskin-1ST的抑菌活性。【方法】采用TRIzol法提取蛙皮总RNA,经RT-PCR扩增获得抗菌肽dybowskin-1ST基因,将目的基因克隆到毕赤酵母菌分泌型表达质粒pPIC9K中,得到重组质粒pPIC9K-1ST。经电转化将pPIC9K-1ST转入到毕赤酵母菌GS115中,获得高效表达dybowskin-1ST的重组菌株。以甲醇诱导重组菌株,上清液经SDS-PAGE检测表明有目的蛋白dybowskin-1ST分泌表达。目的蛋白经Ni-agarose色谱柱分离纯化后,对大肠埃希氏菌、...
关键词：
东北林蛙 抗菌肽 毕赤酵母 抑菌活性
[期刊] 华北农学报
[作者]
张元臣 胡梦杰 薛爽 郭文军 沈红 王景顺
利用反转录PCR(RT-PCR)和末端快速扩增(RACE)技术从三龄黏虫体内获得新型抗菌肽Diapausin基因的全长序列，利用生物信息学软件对该序列进行分析，并用原核表达体系对其进行诱导表达，为探究该基因的结构和功能提供理论参考。结果表明，成功克隆到了黏虫新型抗菌肽Diapausin基因，命名为Mysdiap(GenBank登录号：AZJ51075)。该基因全长537 bp,其中5′端和3′端非编码区分别为63,279 bp,开放阅读框全长195 bp,编码64个氨基酸残基，预测蛋白质分子质量为7.13 ku,等电点为5.59。Mysdiap的N端前24个氨基酸残基为信号肽序列。多重联配结果表明，Mysdiap氨基酸序列中具有高度保守区域ECCRAHG。成功构建了pET-Mysdiap重组表达质粒，并在大肠杆菌中用IPTG诱导其表达，表达的重组蛋白分子质量在20 ku左右，以包涵体和可溶性蛋白形式存在。综上，从黏虫中克隆获得了新型抗菌肽基因Mysdiap的全长序列，并在大肠杆菌中成功诱导其表达。
[期刊] 水产学报
[作者]
张果苹 汪桂玲 郭诗照 白志毅 李家乐
采用RACE方法,克隆了背角无齿蚌抗菌肽theromacin基因的cDNA全序列。结果显示,该cDNA序列全长为870 bp,5'端非翻译区104 bp,3'端非翻译区460 bp,开放阅读框长为306 bp,共编码101个氨基酸,相对分子量为11 166.9 u。同源性分析显示,该基因编码的蛋白与三角帆蚌theromacin基因氨基酸序列的相似度最高,为73%;与贻贝中发现的抗菌肽defensins、mytilins、myticins和mytimycins等4种类型相似度较低,属于Macin家族(登录号:KJ598604)。实时荧光定量PCR分析结果显示,该基因在血液、肝脏、外套膜、鳃、斧足...
[期刊] 华北农学报
[作者]
陈晓武 施志仪 李倩 江山
抗菌肽是鱼类先天免疫的组成部分,发现新的抗菌肽对于动物抗病机理的研究和寻找新药物有重要意义。经过对GenBank数据库中牙鲆EST文库进行同源比对后,筛选得到一个具有完整编码框的抗菌肽cDNA序列,结果再经过RT-PCR进行验证,命名为LEAP-2,对该序列进行注释,获得序列登录号EU586111。该抗菌肽能编码102个氨基酸的多肽,前28个氨基酸组成信号肽。推测编码蛋白质分子量为11 276.9 u,理论等电点(PI)为9.33。其蛋白质序列与另外9种鱼类的同源抗菌肽序列比较发现,同源性介于38.2%～61.7%。其中57至92位氨基酸为高度保守区,是维持其空间结构的主要区域,其中包含有4个...
关键词：
牙鲆 肝抗菌肽2 序列分析 同源建模
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
阮佳佳 袁进强 杨仙玉
为研究日本蟾蜍Bufo japonicus formosus皮肤中多肽类有效成分,通过菌落聚合酶链式反应(PCR)对日本蟾蜍皮肤cDNA质粒文库进行筛选,克隆到2条claudin-4全长cDNA序列(GenBank登录号为JX481975和JX481976),并对它们进行生物信息学分析。日本蟾蜍claudin-4的2条cDNA全长分别为1 707 bp和1 697 bp,开放阅读框均为630 bp,其中虽有5个碱基不同,但编码的209个氨基酸完全相同。两者的5′端非翻译区域序列长度不同,前者为50 bp,后者为41 bp,3′端非翻译区域则分别为1 027 bp和1 026 bp。氨基酸序列同...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
李伟 孙文秀 熊涛
根据已知鱼类抗菌肽hepcidin的同源性设计简并引物,利用同源克隆结合RACE法从黄鳝(Monopterus albus)肝脏中扩增得到了黄鳝hepcidin基因全长cDNA序列(GenBank accession number FJ436808).结果表明,黄鳝hepcidin基因cDNA全长712bp,5′端非翻译区有133bp,3′端非翻译区有306bp,包含1个273bp的开放阅读框,编码1个长90氨基酸的前体肽.同源性分析表明,黄鳝hepcidin推测的氨基酸序列与其他鱼类报道的hepcidin具有较高的同源性,并具有8个半胱氨酸这一典型特征,是hepcidin家族的1个新成员.采...
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
宋敏国 袁进强 杨仙玉 张姝芳 诸葛慧 徐跃
为研究蟾酥、蟾衣、蟾皮中多肽类有效成分,通过菌落聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)对日本蟾蜍Bufo japonicus formosus皮肤cDNA质粒文库进行了筛选,获得胸腺素α原(prothymosin-α,ProTα)全长cD-NA序列,并对它们进行了生物信息学分析。日本蟾蜍ProTαcDNA全长为1 480 bp,包括339 bp的完整开放阅读框(open reading frame,ORF),5′端125 bp及3′端1 016 bp的非翻译区(untranslated region,UTR)。根据cDNA序列推导的日本蟾蜍ProTα由11...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
邱莹 胡传伟 朱晓林 谢之景 赵宏坤 姜世金 张兴晓 陈甜甜
根据GeneBank上发表的猪细小病毒(PPV)的基因组序列,分别设计扩增非结构蛋白NS1基因和结构蛋白VP2基因的特异性引物,采用PCR方法扩增PPV泰安株(PPV-TA)NS1基因和VP2基因。结果表明,PPV-TANS1基因长1989 bp,编码662个氨基酸,与参考PPVNS1基因核苷酸同源性在98.3%~99.9%之间。PPV-TA NS1蛋白有3个糖基化位点分别是356NIS、446NFS、513NLT,除PPV Tomau/1/02在356位缺失了一个糖基化位点之外,PPV-TA与其他PPV参考毒株一致;这表明不同毒株NS1蛋白调节功能可能有差异。PPV-TA NS1蛋白的潜在磷...
关键词：
猪细小病毒 NS1基因 VP2基因
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李联泰 安贤惠 胡江 许宁 张晓磊 王静
以黄鳝皮肤黏液为材料,通过Sephadex G-50凝胶层析和DEAE Sepharose Fast Flow离子交换层析,分离纯化了具有抗菌和镇痛活性的多肽MAS-Ⅳ-4,用Tricine-SDS-PAGE测得其分子量为10.4kD,用显微熔点仪测得其熔点为208~211℃。用抑菌圈法测定其抑菌活性,结果表明,MAS-Ⅳ-4对嗜水气单胞菌、金黄色葡萄球菌、枯草芽孢杆菌有较强的抑菌效果。此外,每只注射0.75ml以上的MAS-Ⅳ-4样品液能显著提高小白鼠的痛阈值。MAS-Ⅳ-4还具有微弱的溶血活性和丝氨酸蛋白酶抑制活性。
关键词：
黄鳝 皮肤黏液 抗菌肽 痛阈值 溶血活性
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