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[期刊] 林业科学
[作者]
张俊红 王洋 周生财 吴小林 吴仁超 杨琪 张毓婷 童再康
【目的】基于SSR分子标记技术研究珍稀濒危保护树种闽楠群体的遗传结构，构建核心种质资源库，为种质资源的科学管理、有效保护和高效利用提供理论依据。【方法】利用33对多态性SSR引物，分析来自福建、江西、湖南、浙江、广西5省（区）27个种源地218个闽楠家系425份种质资源群体的遗传多样性和遗传结构。应用DateTrans1.0联合Popgene32软件计算观测等位基因数(N_a)、有效等位基因数(N_e)、观测杂合度(H_o)、期望杂合度(H_e)、 Shannon信息指数(I)和Nei’s基因多样性指数(H)；运用STRUCTURE 2.3.4软件对9个闽楠群体进行遗传类群划分。采用最小距离逐步取样法构建核心种质库，通过对相关遗传参数的t检验验证核心种质库的有效性。【结果】依据种质来源地的地理分布，218个家系可分成9个群体；种质资源群体的平均有效等位基因数(N_e)、观测杂合度(H_o)、期望杂合度(H_e)均值、Shannon信息指数(I)分别为2.159、0.224、0.477和0.841，表明闽楠种质资源群体具较高遗传多样性；群体遗传结构分析表明，9个群体可划分为3个亚群；425份原始种质经最小距离逐步聚类取样得到85份核心种质和340份保留种质，核心种质占原始种质的20%，其N_a、N_e、H_o、H_e、I和H保留率分别为92.318%、103.803%、116.652%、105.052%、103.341%和104.664%。t检验表明核心种质和原始种质的遗传多样性参数无显著差异，能充分代表原始种质的遗传多样性。【结论】构建的核心种质库在保留原始种质库遗传多样性的基础上，去除遗传冗余，有利于闽楠种质资源的有效保护和科学利用，为进一步育种工作奠定基础。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
何倚剑 刘卫东 柳李旺 王倩 崔群香
采用SRAP分子标记技术,对国内外70份茄子材料的遗传多样性和群体结构进行了分析。结果表明:21对引物共扩增出375条条带,平均每条引物扩增出17.8条条带,其中多态性条带共72个,多态性比例为19.2%,各种质间遗传相似系数变幅为0.388 9～0.958 3,平均值为0.705 3,表明参试材料间存在着一定的遗传差异,但遗传基础比较狭窄。群体结构分析则得出84.29%的材料遗传结构相对比较单一,仅15.71%拥有复杂的遗传背景。从材料划分类群来看,遗传多样性和群体结构分析结果基本一致,只有少数遗传背景复杂的材料类群划分有些差异。
关键词：
茄子 遗传多样性 群体结构 SRAP
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王海平 Philipp W.Simon 李锡香 程嘉琪 沈镝 宋江萍 邱杨 张晓辉
【目的】从分子水平了解中国大蒜种质资源的群体遗传结构和遗传背景。【方法】利用AFLP、SSR和InDel这3种分子标记对国家无性繁殖蔬菜资源圃保存的212份大蒜资源进行检测,通过Mega软件进行最大相似性聚类分析,Structure 2.1软件进行群体遗传结构分析,SSPS软件进行分子标记与大蒜辣素含量和21个数量性状进行一元线性模型检测,考察两者之间的关联性及群体遗传结构的影响。【结果】3种分子标记在212份种质中扩增出502个位点,多态性位点为492个。群体遗传结构与聚类分析均将所有资源划分为5个群体,划分的类别基本一致。然而,群体遗传结构分析划分的5个群体,群内遗传信息多样性指数较小。对...
关键词：
大蒜 关联分析 群体遗传结构 遗传多样性
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
曾可为 宋文 王青云 夏儒龙 王守荣 邓国乔 成为为 曹小娟
采用Illumina高通量测序技术对鳜(Siniperca chuatsi)性腺转录组进行分析,筛选获得可设计引物的微卫星序列4 986条。随机合成239对微卫星引物,其中27个微卫星标记(11.30%)在12个鳜群体中呈现多态性,等位基因数2～8(5.63±1.84),有效等位基因数1.86～6.80(3.99±1.56),观测杂合度0.21～0.78(0.49±0.16),期望杂合度0.46～0.85(0.71±0.12),平均多态信息量0.37～0.84(0.66±0.15),基因流0.11～2.14(0.67±0.45)。在12个鳜群体中,嘉鱼群体平均等位基因数和平均有效等位基因数最大;武汉群体平均观测杂合度、平均期望杂合度高;12个群体遗传距离为0.103 0～1.511 7,遗传相似系数为0.220 5～0.902 2;抚远群体和顺德群体间的遗传距离最大(1.511 7),遗传相似系数最小(0.220 5);韶关群体和顺德群体间的遗传距离最小(0.103 0),遗传相似系数最大(0.902 2);UPGMA聚类分析显示珠江水系一支与长江水系一支先聚集后再与黑龙江水体支汇聚;12个群体间的遗传分化系数F_(ST)介于0.041 8～0.611 0,群体间的遗传分化达到了显著性水平(P
[期刊] 华北农学报
[作者]
李立新 杨途熙 魏安智 冯世静 陈旅 侯娜
为探讨花椒种质资源的遗传多样性和群体结构特征，用ＳＲＡＰ分子标记技术对采自陕西、山西、云南、四川、甘肃５个种源地的２６９份花椒属样品的遗传多样性进行了研究。结果表明：从１２０对引物组合中筛选出了１６对图谱带型清晰、丰富、重复性好的引物组合；２６９份花椒属样品用这些引物组合共扩增出１６９条清晰可重复的条带，其中多态性条带１５１条，多态性比率为９３．８％；通过ＵＰＧＭＡ分子系统聚类法，将２６９份花椒属种质划分为２个类群，即竹叶椒类群和花椒类群；在所研究的５个种源中，陕西花椒的遗传多样性水平最高，陕西和甘肃花椒的遗传距离最小，陕西和云南花椒的遗传距离最大；ＡＭＯＶＡ分子变异分析显示，在花椒总的遗传变．．．
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
张勰 伍汉斌 程勇 张春艳 王欣 蒋宏春 张森强 段爱国
【目的】评价湖南省杉木不同世代育种群体遗传多样性及其变化动态，构建核心种质，旨在为湖南省杉木下一轮遗传改良及种质利用提供理论依据和材料支撑。【方法】利用21对能获得多态性SSR引物对3个不同世代杉木育种群体中的137份样本进行PCR扩增，采用Gene Marker软件进行基因分型，利用GenAlex软件估算群体遗传参数、检测Hardy-Weinberg平衡并进行分子方差分析，利用GENEPOP软件估算无效等位基因频率，利用FSTAT软件评估成对育种群体间的遗传距离，利用STRUCTURE软件分析群体遗传结构，利用Darwin软件构建邻接系统发育树，利用Core-hunter软件构建核心种质，采用t检验和主坐标分析法验证核心种质的有效性和代表性。【结果】湖南省杉木整个育种群体（HO=0.541,HE=0.630）遗传多样性丰富，3个不同世代的育种群体均表现为杂合体缺失，显著或极显著偏离Hardy-Weinberg平衡；整个育种群体中的种质可聚为2大类群，种质间普遍存在亲缘关系；不同世代育种群体间遗传分化较小(FST为0.010～0.014)；以40%的抽样比例构建核心种质，同源性为14.55%，等位基因覆盖度为100%，群体遗传参数与整个育种群体差异不显著，核心种质在所有种质的主坐标中均匀分布。【结论】湖南省杉木多世代遗传改良策略科学合理，各世代育种群体遗传多样性较高，育种群体遗传多样性并没有因遗传改良进程而下降。构建的55份核心种质保留了整个育种群体全部等位基因，有效地限制了同源性，符合生物核心种质的构建要求，可为湖南省杉木种质创新、资源高效利用及高世代种子园建设提供优异的种质材料。
[期刊] 中国林业科学研究院
[作者]
李洪果
杜仲(Eucommia ulmoides Oliv.)是我国十分重要的国家战略资源,分布区域广,用途广泛。我国杜仲种质资源丰富,全世界99%的杜仲资源分布在我国。我国杜仲栽培利用历史悠久,由于各地种质资源的频繁交换,杜仲在种质资源收集、保存、评价和鉴定上长期处于低效状态。已收集保存的种质资源存在种质不清和种质混杂等问题,严重制约了长期杜仲育种工作的进程。随着杜仲的引种栽培逐步向良种化方向发展,一些栽培表现普通的种质及群体面临淘汰和分布区进一步缩减甚至消失的压力,而其中的遗传多样性可能随之消失。本研究以中国
[期刊] 华北农学报
[作者]
张曦 刘祎 钱玉源 王广恩 王寒菊 焦秀芬 解辉 崔淑芳 李俊兰
旨在评价陆地棉种质资源的遗传多样性和筛选代表性种质，为科学评价和高效利用陆地棉种质资源提供理论依据。基于367份陆地棉种质的SNP标记及其中353份种质的表型数据分别分析其遗传多样性、构建系统进化树及初级核心种质，并对初级核心种质的构建效果进行评价。结果显示，原始陆地棉群体SNP位点多态性信息含量为0.24,各表型性状的遗传多样性指数均接近或大于2.00,与前人研究结果相近。基于SNP标记可以将供试群体划分为3个类群，构建了73份基因型初级核心种质，初级核心种质的Nei′s遗传多样性指数、多态性信息含量等指标数值大于原始种质。基于表型数据可将供试群体划分为3个类群，各性状均值呈第Ⅰ类群最小、第Ⅱ类群居中、第Ⅲ类群最大的趋势。构建了含70份材料的表型初级核心种质，各性状均值较原始种质的差异均不显著，极差、遗传多样性指数与原始种质相近，变异系数均高于原始种质。基于SNP标记构建的初级核心种质和基于表型数据构建的初级核心种质有15份重合，这些种质多为基因型第Ⅱ类群和表型第Ⅱ类群。以上结果表明，陆地棉种质资源基因型遗传多样性较低，但表型变异丰富、遗传多样性较高。本研究构建的基因型和表型初级核心种质遗传多样性代表性较好，可作为典型种质进行保存和利用。
[期刊] 水产学报
[作者]
牛东红 冯冰冰 刘达博 沈和定 李家乐
我国缢蛏养殖规模不断扩大,而缢蛏主产区苗种的遗传结构却缺乏系统的分析研究。利用微卫星标记和线粒体COⅠ序列分析了我国浙闽沿海8个缢蛏群体的遗传多样性和遗传分化水平。基于微卫星标记的遗传多样性分析结果显示,群体的平均有效等位基因数(Ne)为6.2～9.0,期望杂合度(He)为0.806～0.875;基于线粒体COⅠ标记的遗传多样性结果显示,单倍型多态性(Hd)为0.942～1.000,核苷酸多样性指数(P)为0.005 6～0.011 5。基于微卫星标记的群体间遗传分化值(FST)为0.001 4～0.063 8,除NH和SM群体外,其他群体间均具有显著性差异;基于线粒体COⅠ标记的群体间遗传分...
关键词：
缢蛏 微卫星 线粒体DNA 遗传结构
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李双 李琪 于红 孔令锋
利用线粒体细胞色素氧化酶亚基因(mt COI)对浙闽沿岸5个葡萄牙牡蛎(Crassostrea angulata)自然群体的遗传结构及其种群历史进行分析。结果表明,葡萄牙牡蛎群体的遗传多样性处于较高水平,在183条序列中检测到44个多态性位点,共定义了39个单倍型;平均单倍型多样度和平均核苷酸多样度分别为0.8524和0.00406,平均核苷酸差异数在不同群体内差异较小。AMOVA分析显示,绝大多数的遗传变异都来自于群体内个体间(91.94%),组间和组内群体间均不存在明显的遗传分化。两两群体间的ΦST值较低(–0.01193~0.11486),但宁德群体与其他群体间出现了显著的低程度遗传差异...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘志刚 卢迈新 曹建萌 高风英
罗非鱼"粤闽1号"是用尼罗罗非鱼(Oreochromisniloticus)和奥利亚罗非鱼(O.aureus)培育的全雄罗非鱼新品种。采用同工酶电泳技术和线粒体DNA控制区序列分析方法,对罗非鱼"粤闽1号"及其繁育群体的遗传多样性、遗传结构及群体之间的遗传关系进行研究。同工酶电泳结果显示,酯酶(EST)和乳酸脱氢酶(LDH)的酶谱具有组织和群体特异性。肌肉和脾脏中的EST表达量极低,而肝脏中的EST表达量较高,LDH在3种组织中均有较高表达,但酶谱存在差异。在罗非鱼"粤闽1号"及其繁育群体中,共检测到10条EST酶带和5条LDH酶带,多态性位点比例(P)为12.50%～71.43%,平均观测杂合度(Ho)为0.0417～0.6143, Hardy-Weinberg遗传偏离指数(D)为-0.2347～0.9072。线粒体DNA控制区序列分析结果显示,mtDNA D-loop区的碱基组成无显著差异,均呈现出A+T碱基偏向性(63.39%)。在罗非鱼"粤闽1号"及其繁育群体中,共发现20种单倍型,核苷酸多样性指数(Pi)为0～0.0519,奥尼罗非鱼雌鱼(WY1)、尼罗罗非鱼雌鱼(XX)、尼罗罗非鱼雄鱼(XY)和罗非鱼"粤闽1号"(XY2)群体的Pi值(0.0440～0.0519)明显高于超雄尼罗罗非鱼(YY1)、超雄奥尼罗非鱼(YY2)和奥利亚罗非鱼雌鱼(WZ)群体的Pi值(0～0.0009)。各群体之间的遗传分化指数(FST)为-0.0115～0.9963,XY2与WY1群体之间、XX与XY群体之间以及WZ和YY2群体之间的遗传分化不显著(F_(ST)0.05)。XY2群体与尼罗罗非鱼群体(XX群体和XY群体)和奥利亚罗非鱼群体(WZ群体)之间的平均遗传距离分别为0.0639和0.0695。在NJ系统进化树中,XX、XY、YY1和XY2群体聚为一支,WY1、WZ和YY2群体聚为另一支。本研究揭示了罗非鱼"粤闽1号"的生化和分子遗传特征,为其种质鉴定、繁育群体的构建和优良性状的稳定遗传提供理论基础。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
鲁翠云 杜雪松 郑先虎 李超 程磊 孙志鹏 孙效文 陈忠
为了评估金边鲤(Cyprinus carpio var.Jinbian)群体的遗传组成,制定合理的繁殖配组策略,本研究用24个QTL标记分析了金边鲤亲本群体的遗传结构及雌、雄个体间遗传距离。结果显示:在192尾样本中共检测到184个等位基因,群体平均等位基因数(N_o)、有效等位基因数(N_e)、观测杂合度(H_o)、期望杂合度(H_e)和多态信息含量(PIC)分别为7.667、3.941、0.590、0.707和0.670,表明群体处于高度多态水平(PIC≥0.5),具备进一步选育优良品种的遗传潜力。经Bonferroni校正的Hardy-Weinberg平衡检验显示,金边鲤群体有10个位点显著或极显著偏离平衡,多数位点表现为杂合子缺失。在此基础上统计了金边鲤雌、雄个体间的遗传距离在0.1231～1.8563之间,遗传距离呈正态分布,且中间值位于0.7～0.9,占38.36%,结合聚类图将192个个体划分为3个繁殖组,组间呈现出显著的遗传分化,交叉配组能够有效避免近亲繁殖。研究结果为金边鲤选育、繁殖配组及持续利用提供参考。
[期刊] 草业科学
[作者]
卞华 申晴 韦海燕 蒋亚君 丁西朋 白昌军
种质资源遗传多样性和群体结构分析为复杂性状关联分析提供基础。本研究通过SSR分子标记技术,对68份柱花草(Stylosanthes spp.)种质资源的遗传多样性与群体结构进行分析。结果表明,30个多态性SSR标记在68份柱花草种质中共检测到146个等位基因,平均为4.867个,每个SSR标记的Shannon信息指数(I)和多态性信息含量(PIC)分别为0.676～1.690和0.363～0.764,平均为1.195和0.577。根据SSR标记数据进行遗传多样性分析,可将68份柱花草种质资源分为6类,群体结构分析中在ΔK达到最大时,K=6,因此将68份柱花草材料划分为6个群体,与遗传多样性分析结果基本一致。本研究将为柱花草遗传背景研究、种质资源评价和优良种质筛选提供依据。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
廖梅杰 王锦锦 李彬 王印庚 荣小军 张正 范瑞用
为分析中、韩、俄沿海刺参(Apostichopus japonicus)种质遗传结构，本研究采用SSR指纹图谱技术对中国青岛、烟台，韩国浦项、群山、木浦，俄罗斯符拉迪沃斯托克的8个不同地理种群的刺参群体进行遗传多样性分析和指纹图谱构建。结果显示，13个微卫星座位的平均观察杂合度(H_(o))和平均期望杂合度(H_(e))分别为0.47和0.80。13个位点的多态信息含量(PIC)为0.465(AJ06)～ 0.909(AJ09)，除AJ06为中度多态性(0.25
关键词：
刺参 SSR标记 遗传多样性 指纹图谱
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王春梅 任洪 沈建华 赵晓燕 曹绍书 王竹
利用覆盖玉米基因组的１８对ＳＳＲ引物，对２７０份贵州玉米地方种质资源及六大种质类群代表系进行多样性评价。结果显示：１８对引物供检测１０２个等位基因，平均等位基因数５．７，变幅在２～１０，平均多样性指数为０．５３。根据ＳＳＲ分子标记遗传相似系数矩阵，经中心化变换后，按类平均法（ＵＰＭＧＡ）聚类分析，分为６大类，其中第Ⅱ大类和第Ⅳ大类又分为２个亚群，与贵州玉米地方种质资源的地理来源和系谱一致，六大种质类群代表系各自单独成类。根据聚类分析结果，以２０％抽样比例，最大遗传距离方法构建的核心种质库能最大限度保存原种质库的遗传多样性。
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