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[期刊] 淡水渔业  [作者] 李学梅  吴兴兵  王旭歌  朱永久  杨德国  
根据鲤科鱼类同源序列设计并合成了长鳍吻(Rhinogobio ventralis)应激因子HSP70、抗体IgM、抑炎性因子IL-10和促炎性因子IL-1b基因特异引物,以长鳍吻皮肤组织总RNA为模板,RT-PCR扩增获得长度分别为412、463、520和217 bp的上述4种免疫因子基因cDNA部分序列。同时通过RT-PCR比较患小瓜虫病长鳍吻和对照组长鳍吻皮肤和肠道组织中各免疫因子的表达差异,结果显示:在皮肤组织中,IgM和IL-10在感染组鱼体中表达量显著高于对照鱼(P
[期刊] 淡水渔业  [作者] 林亚秋  郑玉才  吉红  
根据鲤热休克蛋白70(Heat shock protein,HSP70)序列(AY120894)设计并合成一对引物,以草鱼(Cteno-pharyngodon idella)肝胰脏组织总RNA为模板,RT-PCR扩增获得草鱼HSP70基因cDNA部分序列,并进行了组织表达差异性研究。结果显示:所获为序列为480 bp,获得GeneBank登陆号为FJ483832。序列测序结果显示,HSP70扩增序列与鲤、斑马鱼、鲋的同源性为:93%、91%、93%。另外,所获序列HSP70在草鱼脂肪、肌肉、肠、脑、粘液、性腺、鳔、肝胰脏、心脏、脾脏、鳃、鳍12个组织的表达存在差异,HSP70在草鱼这12个组织...
[期刊] 渔业科学进展  [作者] 刘姗姗  张静  陈松林  
为研究HIRA基因在半滑舌鳎胚胎发育中的作用及其组织差异表达,以半滑舌鳎为研究对象,采用同源克隆策略从其精巢中分离了长度为764bp的HIRA部分cDNA序列,该片段编码254个氨基酸,具有5个WD结构域。对氨基酸进行比较发现,半滑舌鳎HIRA与比较物种的氨基酸序列具有很高的同源性,与红鳍东方鲀亲缘关系最近。实时定量PCR分析发现,HIRA mRNA在多细胞期到原肠胚期的表达量较高,表明HIRA对胚胎发育起重要作用;HIRA在不同组织中表达差异显著,其中在性腺中表达最高,推测HIRA在维持性腺的功能方面有一定作用。
[期刊] 西南农业学报  [作者] 赵永贞  陈秀荔  杨春玲  彭敏  何苹萍  陈晓汉  
为研究病毒感染凡纳滨对虾血细胞黏连因子基因表达量的变化,进而研究该因子在对虾先天免疫系统中的作用,利用RACE方法克隆凡纳滨对虾血细胞黏连因子cDNA序列,并通过荧光定量PCR方法分析其在病毒感染前后不同组织中的表达情况。成功获得了长度为1529 bp的Peroxinectin基因部分cDNA编码序列,3’端含有一段长度为319 bp的非翻译区,推测血细胞黏连因子部分序列编码402个氨基酸。凡纳滨对虾血细胞黏连因子的氨基酸序列高度保守,在线比对发现其氨基酸序列与斑节对虾和中国明对虾相似性达到90%,而与锯缘青蟹有87%的相似性。通过荧光定量PCR技术检测IHHNV感染前后血细胞黏连因子基因表达...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)  [作者] 王勇生  黄苇  侯水生  李青旺  康俊梅  
为探讨IGF-1基因对北京鸭胸肌发育的影响,试验克隆了北京鸭IGF-1 cDNA的部分序列,分析了其核苷酸及编码的氨基酸序列与其他物种的同源性,并检测了IGF-1 mRNA在不同日龄北京鸭胸肌中表达的发育性变化。结果表明,克隆的鸭IGF-1 cDNA部分序列长507 bp,编码168个氨基酸,核苷酸序列与鸡、家鸭、鹌鹑、火鸡、鸵鸟、人和猪的同源性分别为98%,99%,97%,98%,96%,84%和82%,编码的氨基酸序列与家鸭、鸡、火鸡、鹌鹑、人、挪威鼠和猪的同源性分别为99%,98%,97%,97%,84%,79%和84%。表明北京鸭与家鸭的亲缘关系最近,与鸡、鹌鹁、火鸡、鸵鸟也有较近的亲...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)  [作者] 杜宝文  杨公社  孙超  
根据Genbank已登录的细胞因子信号转导抑制因子(SOCS-2)基因序列同源区设计1对引物,从8月龄健康雄性八眉猪肾脏组织中提取总RNA,利用RT-PCR技术扩增猪SOCS-2基因;用CLUSTAL W软件进行同源性分析,利用半定量(Semi-quantitative,SQ)RT-PCR技术检测八眉猪各组织中SOCS-2 mRNA的表达量。结果表明,猪SOCS-2基因cDNA全长克隆成功(Genbank登录号为EF121242);家猪SOCS-2基因与澳洲野猪、人、小鼠、大鼠SOCS-2核苷酸同源性分别为99%,94%,91%,89%,SOCS-2蛋白氨基酸序列同源性分别达到100%,95%...
[期刊] 华北农学报  [作者] 李雯  郭巍  张霞  
昆虫围食膜是由几丁质和蛋白质组成一个半透膜结构,由中肠分泌,保护细胞免受机械性损伤和细胞微生物感染。以害虫生物防治的新靶标——中肠围食膜作为研究对象,分离和鉴定甜菜夜蛾中肠围食膜蛋白基因。依据免疫学筛选方法,用制备的甜菜夜蛾围食膜蛋白多克隆抗体,对甜菜夜蛾中肠cDNA表达文库进行免疫筛选。获得231个围食膜蛋白阳性克隆,经测序、生物信息学分析可知得到8个几丁质结合蛋白,2个肠粘蛋白;并对结构功能进行分析预测。研究结果为揭示围食膜分子结构,进一步以中肠围食膜为靶标进行生物防治奠定了基础。
[期刊] 水产学报  [作者] 朱炳林  李俊  方维焕  李肖梁  
MyD88(Myeloid differentiation factor 88,MyD88)是多数TLRs(Toll like receptor,TLRs)信号转导过程中的关键接头分子。研究根据MyD88(Myeloid differentiation factor 88,MyD88)TIR结构域(Toll-like/IL-1 receptor domain)保守区设计简并引物,通过PCR扩增,成功地从中华鳖脾脏cDNA中扩增出351bp的目标序列。测序后经结构域和序列比较分析,扩增片段为中华鳖的MyD88 TIR结构域。该序列与大黄鱼、鸡等脊椎动物的MyD88的TIR结构域序列同源性和相似性...
[期刊] 中国水产科学  [作者] 贾成霞  张照斌  张清靖  刘盼  朱华  
克隆了虹鳟(Oncorhynchus mykiss)过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferator activated receptor,PPAR)αmRNA全序列。对其序列分析发现,虹鳟PPARα与其他脊椎动物PPARα有较高的同源性,其中mRNA序列有66.4%~97.5%相同,氨基酸序列有69.2%~98.9%相同。DNA结合结构域和配体结合结构域从鱼类到人类高度保守,其中DNA结合结构域有88.0%~98.8%的氨基酸序列相同;配体结合结构域有74.6%~99.6%的氨基酸序列相同。系统发生树分析表明,虹鳟的PPARα基因与同属鲑科鱼类的大西洋鲑(Salmo...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 占思远  董尧  李利  仲涛  王林杰  张红平  
【目的】克隆获得南江黄羊IGFBP-2(InsulIn-lIke Growth Factor BIndInG ProteIn-2)基因的cds区全序列,对其进行生物信息学分析,并分析IGFBP-2的mrna和蛋白组织表达特征,为深入研究该基因在出生后山羊生长和发育过程中的作用以及表达调控提供基础资料。【方法】下载ncBI的Gen Bank数据库中公布的绵羊(ovIs arIes,nm_001009436)和牛(Bos taurus,nm_174555)的IGFBP-2基因的mrna序列,经序列比对后采用保守区域序列并利用PrImer PremIer 6.0软件设计克隆引物,经Pcr扩增后采用t...
[期刊] 中国水产科学  [作者] 余晶  董晓丽  张颖  刘晓勇  潘鹏  买丽坎  孙大江  
采用RT-PCR和RACE技术,克隆了小体鲟(Acipenser ruthenus)雄激素受体(AR)基因c DNA全长序列,应用real-time q PCR法对雌、雄个体不同组织中AR m RNA的表达进行检测。序列分析表明,AR基因c DNA全长为2 953 bp,包括5′端68 bp的非编码区(untranslation region,UTR),2 528 bp的开放阅读框ORF(open reading frame)和3′端327 bp的非编码区(不包括ploy A的尾巴)。AR前体蛋白由843个氨基酸组成,理论分子质量为94.24 k D。同源比较结果表明,小体鲟AR氨基酸序列与其...
[期刊] 淡水渔业  [作者] 王晓玉  纪锋  徐黎明  赵景壮  刘淼  曹永生  尹家胜  
采用逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)方法,从哲罗鲑(HuCHo Taimen)肝脏的总Rna中扩增出胰岛素样生长因子-Ⅰ(iGF-Ⅰ)的C Dna开放阅读框(oPen ReaDinG FRame,oRF)序列,运用软件对其进行生物信息学分析,并利用荧光实时定量PCR技术检测了哲罗鲑成鱼不同组织中iGF-Ⅰ mRna的表达情况。结果显示,iGF-Ⅰ基因的C Dna开放阅读框为573 bP,编码190个氨基酸,蛋白质等电点为9.21,氨基酸结构由信号肽、b、C、a、D结构域及e肽组成;氨基酸序列与其他鲑科鱼类具有较高的同源性,其中与北极红点鲑的iGF-Ⅰ同源性最高(99.2%);组织表达分析显...
[期刊] 水产学报  [作者] 杨国坤  徐双阳  梁晓敏  秦超彬  张艳敏  孟晓林  聂国兴  
为研究GIP(葡萄糖依赖性肠促胰岛素,glucose-dependent insulinotropic polypeptide)在鲤体内的生理功能,实验利用RT-PCR(reverse transcription-polymerase chain reaction)技术从鲤前肠克隆得到gip,对其进行生物信息学分析,并对其mRNA的表达进行检测。结果显示,鲤gip的开放阅读框(open reading frame,ORF)为324 bp,编码107个氨基酸。经过结构预测鲤Gip前体蛋白包括信号肽、N端结构域、Gip成熟肽和C端结构域。氨基酸序列比对及系统进化树分析结果显示,鲤Gip蛋白与斑马鱼Gip蛋白的亲缘关系最近。Real-time PCR结果显示,gip在鲤各个组织中均有表达,但在前肠和垂体组织表达量最高。葡萄糖灌喂实验结果表明,鲤的脑和前肠中gip的表达量在灌喂葡萄糖1和2 h后显著增加。在饥饿再投喂实验中,鲤前肠中gip的表达量在饥饿后显著降低,而再投喂后表达量显著升高。在饲养实验中,高糖和高脂均能显著增加鲤前肠中gip基因的表达量。本研究克隆了鲤gip,并且不同的营养状态可以调节其表达水平。研究结果可初步阐明Gip的生理功能,为探究Gip调节鱼类糖脂代谢的机制提供理论依据。
[期刊] 水产学报  [作者] 田志环  焦传珍  成永旭  吴旭干  
为研究Akt基因在中华绒螯蟹蜕壳前后肌肉生长过程中的功能,应用RACE技术克隆得到编码中华绒螯蟹Akt(命名为Es Akt)的全长为2 200 bp的c DNA序列,包括159 bp的5′非翻译区(5′-UTR)、496 bp的3′非翻译区(3′-UTR)和长度为1545 bp编码514个氨基酸的编码序列。蛋白质结构域分析显示Es Akt含有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶家族的3个特征性保守结构域。多序列比对和系统发育分析显示,Es Akt与中国明对虾、凡纳滨对虾的Akt序列一致性都为0.889,在系统发育树中节
[期刊] 上海海洋大学学报  [作者] 韦友传  黄荣俊  陆专灵  陈代建  姬永杰  程光平  
运用RT-PCR和快速扩增cDNA末端(rapid amplication ofcDNA Ends,RACE)技术获得草鱼(Ctenopharyngodon idellus)hepcidin基因全长cDNA,为774 bp,包括ORF 282 bp、5'UTR 117 bp和3'UTR 383 bp,3'UTR存在1个多聚腺苷酸加尾信号(AATAAA)和1个mRNA不稳定基序(ATTTA)。推定编码93个氨基酸,与其它鱼类hepcidin的序列同一性为27.9%~51.6%;SignalP 4.0软件预测信号肽位于1~24位。在邻接(neighbor-joining,NJ)法构建的系统进化树中...
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