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[期刊] 华北农学报  [作者] 高双成  王世华  施江  孔祥生  史国安  
为了加快小麦基因组的测序,以Langdon库中的一个BAC克隆(BAC790O10)为材料,利用HydroShear DNA剪切仪将其打断,产生许多大小不同的DNA随机片段,回收其中3~5 kb的片段,并将这些片段随机克隆入TOPO载体,构建了适合于鸟枪法测序的亚克隆文库。
[期刊] 浙江农林大学学报  [作者] 管雨  杨洋  张智俊  罗淑萍  汤定钦  
从毛竹Phyllostachys pubescens幼嫩叶片中提取纯化得到高质量的基因组DNA,经限制性内切酶BamH I对它们进行梯度酶切,脉冲场电泳选择合适酶切DNA片段,与脱磷酸化处理过的质粒载体pCLD04541按质量比3∶1相互连接,转化大肠杆菌Escherichia coli DH10B感受态细胞进行蓝白斑筛选,挑取白色克隆,获得重组率较高的阳性克隆,构建了含有104个克隆的双元细菌人工染色体(BIBAC)基因组文库,并通过脉冲场电泳检测分析后确定,所构建的毛竹BIBAC文库平均插入片段为105 kb,约覆盖5倍毛竹基因组。该文库的构建为毛竹基因组研究做好了前期的基础工作。
[期刊] 水产学报  [作者] 刘鹏飞  谷俊刚  毕燕会  周志刚  
UV性别决定系统在一些低等生物生活史的单倍体阶段展现出特定的进化和遗传特性。本研究构建了一个海带雌配子体基因组的细菌人工染色体(BAC)文库。该文库包含31 872个克隆,插入片段平均长为115 kb,覆盖6.57倍的海带基因组。利用海带雌配子体特异性的标记FRML-1488的序列为探针筛选BAC文库,获得4个阳性BAC克隆。随机挑选一个克隆(638-C12)通过Roche454第二代测序平台进行测序,并经过间隔序列的扩增、克隆和测序,了解到该BAC克隆的插入片段长为86 996 bp。该序列位于海带基因组的Scaffold285上,占后者序列总长的22.4%。序列分析结果显示在雌配子体特异性标记FRML-1488的上游存在大量的微卫星以及Copia逆转录转座子等重复序列。综合这些信息,推测BAC克隆638-C12的插入片段可能与海带U染色体的性别决定区相关。本研究是BAC文库在海带性别相关序列图位克隆的首次应用报道,将有助于海带性别染色体结构的揭示及性别决定机制的解析。
[期刊] 华北农学报  [作者] 邢苗苗  田多成  李海龙  姚丽君  冀瑞琴  康俊根  
细菌人工染色体(BAC)文库是克隆甘蓝抗病优质重要基因的基础,以抗枯萎病、富含硫代葡萄糖苷的结球甘蓝自交系R4P1为材料,美国Epicentre公司的CopyControlTMpCC1BACTM为载体,构建了甘蓝细菌人工染色体文库。该文库有73 344个克隆,插入片段平均大小约97 kb,空载率<3%,覆盖甘蓝基因组约10.9倍,筛选到甘蓝任一基因的概率为99.99%,这些结果表明,构建的文库质量较好,可用于后续分析。构建的甘蓝BAC文库不仅可用于枯萎病基因的克隆,而且为克隆其他重要的功能基因及基因组学等的研究奠定了基础。
[期刊] 中国水产科学  [作者] 耿波  关云涛  孙效文  
为了开展鲤基因组研究,深入研究遗传连锁图谱遗传标记的定位及数量性状的定位和克隆,并最终为分子育种提供服务,本实验构建了鲤的BAC基因组文库。通过采集黑龙江野鲤(Cyprinus caxpio haematopterus)全血细胞制备琼脂糖凝胶包埋块的方法获得了高分子量(HMW)DNA。通过BamHⅠ部分酶切和PFGE电泳分离选择获得100~300kb的DNA片段,用电洗脱和透析的方法对产物进行浓缩和纯化。纯化的HMWDNA连接到大小为7.2kb的克隆载体pEZBAC上。为了评估构建的文库的质量使用一系列引物对文库进行了验证。本研究首次构建黑龙江野鲤的BAC文库,该库含有46656个克隆,插入片...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)  [作者] 黄代青  吕柳新  王平  
观察了50个银杏根尖的染色体,发现在约半数根尖中,最大的1对染色体(第1染色体)随体有差异,其中1条随体较大而明显,另1条则很小.采用玻璃针分离法,通过显微操作系统成功地分离了随体较为明显的那条第1染色体.将分离到的单条染色体去蛋白,Sau3A酶切,并在染色体DNA片段两端加上Sau3A人工接头,进行2轮PCR扩增,得到了大小为300-3000bp的扩增片段.用第2轮PCR产物构建质粒文库,得到了约含有75000个重组子的该染色体DNA文库.随机挑取66个重组子进行分析,发现插入片段大小主要分布在500-2000bp,平均为800bp.该文库为银杏第1染色体特异探针的筛选、遗传图谱的构建、重要...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 佘茂云  郭东伟  李连城  徐兆师  陈明  曲延英  马有志  
【目的】优化小麦染色体流式分选及特定染色体BAC文库构建技术体系,为加速小麦基因组学研究提供技术支撑。【方法】采用双阻断法对中国春5DL端体根尖分生组织进行细胞周期同步化处理,结合机械匀浆法制备染色体悬浮液进行流式核型分析,分选染色体5DL及PCR检测,对小麦染色体分选技术体系进行优化。对复合峰分选产物BamHI酶切制备高分子量(high molecular weight,HMW)DNA,按10﹕1质量比与双元细菌人工染色体(binary-bacterial artificial chromosome,BIBAC)连接,电激转化感受态细胞DH10B,随机挑取100个重组子,经NotI完全酶切后...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 王三红  章镇  蔡斌华  渠慎春  
【目的】建立苹果DNA纤维荧光原位杂交(Fiber FISH)技术体系,从而为利用该技术确定苹果基因组DNA序列间的位置关系、构建精细物理图谱等方面的应用奠定基础。【方法】以‘Florina’苹果幼叶为试材,通过液氮研磨,尼龙膜过滤和TritonX-100去除叶绿素等步骤提取细胞核。细胞核经碱裂解,采用盖玻片拉伸方法制备DNA纤维。比较细胞核不同裂解时间和在5种不同包被类型的载玻片上DNA纤维拉伸的效果。用碱裂解方法提取来自苹果‘Florina’自交不亲和S9基因座的4个细菌人工染色体(Bacterium Artificial Chromosome)BAC 34G16、BAC 45M19、BA...
[期刊] 淡水渔业  [作者] 王朝元  汤伏生  龙华  
鲢、鳙染色体基因文库的构建王朝元,汤伏生,龙华(中国水产科学研究院长江水产研究所,荆沙市434000)实验材料和方法(一)材料鲢(Hypophthalmichthysmolitrix)鳙(Ariistchthysnobilis)基因工程菌、酶等试剂均...
[期刊] 淡水渔业  [作者] 耿青  肖炜  李大宇  邹芝英  祝璟琳  杨弘  
以尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)为对象,采用体内注射植物血细胞凝集素(PHA)方式收集有丝分裂后期的鱼体头肾细胞,低渗法制片,运用激光显微分离获得尼罗罗非鱼1号染色体,分离后的单染色体通过特异性酶切和LA-PCR体外扩增,得到500~2 000 bp之间的DNA片段,并通过Southern blot和微卫星标记得到验证。扩增片段通过电泳回收、连接转化、感受态细胞培养等步骤构建尼罗罗非鱼1号染色体微克隆文库,克隆片段长度在300~600 bp之间。
[期刊] 华北农学报  [作者] 贾小平  袁玺垒  陆平  侯典云  戴凌峰  
克隆谷子雄性不育材料1066A的不育基因,分析不育基因与可育基因存在的突变位点,为揭示谷子雄性不育分子机制、利用分子标记辅助选择方法选育多用途的不育材料奠定基础。利用谷子全基因组测序数据及前人不育基因定位结果克隆谷子雄性不育材料1066A的雄性不育基因,发掘导致不育的突变位点,旨在为从分子水平揭示谷子不育机制、利用分子标记辅助选择方法选育多用途的不育材料奠定基础。首先利用生物信息学方法从豫谷1号6号染色体找到1个雄性不育基因位点(Si015780m.g),该基因全长5 027个碱基,编码479个氨基酸,且
[期刊] 华北农学报  [作者] 田靫  卢一凡  邓继先  刘广田  
利用染色体显微切割和微克隆技术对普通小麦钢82122(Triticumaestivum2n=42)染色体长臂1D染色体进行切割和PCR扩增,得到了高分子量麦谷蛋白(HMWGS1)1Dx5亚基基因片段,可为获得新基因特异性探针打下一定的基础
[期刊] 中国农业科学  [作者] 张磊  张宝石  周荣华  孔秀英  高丽峰  贾继增  
【目的】克隆小麦的TaCKX基因并对其序列进行生物信息学分析,明确TaCKX基因在小麦基因组中的分布情况,以期为今后深入研究小麦CKX基因以及利用该基因进行小麦重要农艺性状的遗传改良奠定基础。【方法】采用同源克隆结合BAC文库筛选的方法克隆基因,通过小麦缺体-四体对其进行染色体定位。【结果】从普通小麦中国春中分离得到TaCKX5基因的gDNA和cDNA序列。分析表明,TaCKX5基因的开放阅读框为1596bp,编码531个氨基酸,含有CKX基因家族典型的功能位点FAD-binding domain,预测属于分泌蛋白,并具有糖基化位点。使用中国春缺体-四体将TaCKX5定位于小麦第三同源群。系统...
[期刊] 南京农业大学学报  [作者] 吴彬  周波  陈佩度  
定位于小麦 7个部分同源群上的 337对SSR引物中有 113对SSR引物可检测到大赖草与普通小麦基因组间多态性 ,对小麦大赖草Lr 2、Lr 7和Lr 14的异附加系和易位系的进一步分析表明 ,小麦 7BL上的SSR引物 gwm112在大赖草染色体Lr 2上具有特异扩增位点 ,可用来追踪Lr 2 ;5AS上的SSR引物 gwm2 0 5、 5AL的 gwm15 6和 5DL上的gwm2 12在Lr 7和Lr 14中均有特异扩增产物 ,可用于追踪Lr 7和Lr 14 ;而 7AL上的SSR引物 gwm6 3仅在大赖草染色体Lr 7上具有扩增位点。这不仅揭示了Lr 7可能存在第 5和第 7部分同...
[期刊] 南京农业大学学报  [作者] 史建磊  娄群峰  钱春桃  万红建  周晓慧  陈劲枫  
以综合性状优良的栽培黄瓜(Cucumis sativus L.,2n=14)北京截头为受体亲本,以携带有多种抗性性状的黄瓜珍稀野生种酸黄瓜(Cucumis hystrix Chakr.,2n=24)为供体亲本,在本实验室前期获得种间杂交异源四倍体的基础上,通过多代回交和自交,结合SSR标记辅助选择构建了以北京截头为遗传背景的黄瓜野生种染色体片段导入系,并对其导入片段的数目、分布、大小和覆盖率等进行了评价。结果表明:该导入系群体携带的38个供体片段不均匀地分布于黄瓜7条染色体上,其长度介于1.1~14.9 cM,平均长度为5.3 cM,总长度为201.9 cM,在黄瓜基因组上的覆盖率为23.5%...
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