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[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
高爱保 王兰 袁慧
利用RT-PCR技术,扩增了长江华溪蟹(Sinopotamon yangtsekiense)β-actin基因片段,测序并结合GenBank数据库中蓝蟹(Callinectes sapidus)、中华绒螯蟹(E.sinensis)、黑背地蟹(Gecarcinus lateralis)、张口蟹(Neohelice granulata)、远海梭子蟹(Portunus pelagicus)、锯缘青蟹(Scylla serrata)6种蟹的同源序列进行比较。结果显示:在长为338 bp的β-actin同源序列中有115个变异位点,57个单碱基变化位点。7种蟹的种间核苷酸变异值从1.6%到25.3%,碱...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
马春艳 沈盎绿 马凌波 倪勇 张永
以鳀科鱼类为研究对象,分析其线粒体16S rRNA基因片断序列,探讨了5属11种中国鳀科鱼类的亲缘关系。得到16S rRNA可比序列长度为472~501 bp,共存在20个插入/缺失,125个变异位点。总体上看,序列中转换多于颠换,转换/颠换之比为1.4。根据16S rRNA基因片段差异计算的种间遗传距离从0.22%(黄吻棱鳀和中颌棱鳀,刀鲚和凤鲚)到18.54%(长颌棱鳀和康氏侧带小公鱼),以金色小沙丁鱼作为外群构建的系统树,棱鯷属依次与鲚属、黄鲫属相聚,再与棱鳀属的赤鼻棱鳀相聚;最后与鳀属和侧带小公鱼属形成的分支相聚。赤鼻棱鳀自成单独的一支,建议将赤鼻棱鳀从棱鳀属中划分出来。
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
高爱保 王兰
比较了长江华溪蟹Sinopotamon yangtsekiense心脏、肝胰腺、鳃和性腺等组织中提取总RNA的4种方法,同时比较了同一方法提取不同组织RNA的质量,总结出适合于蟹类组织RNA提取的方法。结果表明,TRIzol法提取效果最好,心脏总RNA质量最高。此外,实验中提取的总RNA污染少、完整性好,为以后进行cDNA合成、基因表达及定量分析等研究奠定了基础。
[期刊] 林业科学
[作者]
张健 张晓军 任炳忠
对天牛科4亚科32种天牛的28S rDNA基因部分序列进行测定和分析,并结合GenBank数据库中6种天牛的28S rDNA基因部分序列,采用最大简约法和贝叶斯法重建天牛科7亚科38种天牛的系统发育树,探讨它们之间的系统发育关系。在获得的772bp的序列中,保守位点521个,占全部位点的67.5%;简约信息位点136个,占全部位点的17.6%。G+C的平均含量为60.8%,明显高于A+T的平均含量,碱基组成偏向G和C,转换稍高于颠换。系统发育树表明:天牛亚科、锯天牛亚科、花天牛亚科及沟胫天牛亚科均为单系群,与传统形态分类结果一致。28S rDNA序列是一种有效的解析天牛科高级分类阶元系统发育关...
[期刊] 中国林业科学研究院
[作者]
刘霞
杨柳科(Salicaceae)是一个分布极广的植物类群,自林奈创建杨柳科以来,该科只包括杨属和柳属两个属。根据经典形态学分类方法,杨属分为6大派。由于早期的研究所用分子标记包含的系统信息不足或取样的限制,杨属6大派间的系统发育关系一直缺乏系统的研究,特别是关于杨属起源、演化历史和进化的时间框架等都是系统学家比较关心的问题。基于以上存在的问题,本研究首先以蓖麻属(Ricinus)的蓖麻(Ricinus communis)为外类群,选取54个代表了广义杨柳科中的11个属的物种,使用matK和rbcL联合序列数
[期刊] 林业科学
[作者]
潘欣 张健 朱天辉 梁洪萍
采集巨桉林下马勃子实体,培养其菌丝体,提取子实体及菌丝体基因组DNA,进行rDNA-ITS区序列的扩增、克隆和序列测定,并对rDNA-ITS不同区域作序列分析,首次构建马勃的系统发育树。结果表明:野外采集获得马勃子实体10种,其中成功培养6种,测序结果表明马勃rDNA-ITS区长度在607～766bp之间,系统发育分析表明硬皮马勃属(Scleroderma)与豆包菌(Pisolithus)亲缘关系较近,秃马勃属(Calvatia)、马勃属(Lycoperdon)及横膜马勃属(Vascellum)之间亲缘关系较近,ITS1-5.8S rDNA-ITS2区可建立马勃类真菌属间系统发育树,ITS2区...
关键词：
巨桉林 马勃 系统发育 ITS序列 四川
[期刊] 林业科学
[作者]
赵鹏 周惠娟 刘占林 Keith E. Woeste 呼东峰 党萌 李忠虎 王玛丽 赵桂仿
胡桃属植物约有21种,在亚洲、欧洲和美洲均有分布,为间断分布类群。该属植物种质资源丰富,栽培历史久,具有重要的生物学意义和经济价值。综述胡桃属植物分子系统发育和生物地理方面的研究历史和进展,对美国白核桃及我国特有种麻核桃、野核桃和胡桃楸的归属及系统地位等有争议的问题进行分析,对该属植物遗传多样性、起源分布与进化历史方面的研究前景进行展望。随着分子生物技术的迅速发展,预计二代测序技术将成为研究非模式植物胡桃属系统发育和生物地理的有利工具。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
张国庆 梁冠宇 杨森 蔡林豪 何静 董烨玮 梁日深
为从分子水平分析九棘鲈属鱼类(Cephalopholis)物种分类关系，并验证细胞色素C 氧化酶亚基 Ⅰ (COI) 作为DNA条形码对九棘鲈属物种鉴定的有效性。本研究采集了我国分布的九棘鲈属鱼类12种，利用PCR扩增及测序方法获得COI基因部分序列，结合GenBank下载的4种九棘鲈COI基因共同分析，利用MEGA7.0软件计算碱基信息与遗传距离，基于最大似然法和邻接法构建分子系统进化树。结果表明: 16种九棘鲈种内平均遗传距离为0. 002，种间平均遗传距离为0.142，两者相差71倍，表明COI基因可作为九棘鲈鱼类分子鉴定的条形码基因。构建的分子系统进化上，16种九棘鲈属鱼类聚为体色特征不同的三个类群，其中七带九棘鲈(Cephalopholis igarashiensis)与卜氏九棘鲈(Cephalopholis polleni)体色为多彩颜色，两者最先分化，位于进化树底部。剩下的九棘鲈主要形成体色为红色与体色为褐色的类群，与形态学的分类结果一致。部分存在误鉴或同种异名分类争议的九棘鲈品种：青星九棘鲈(Cephalopholis miniata)与半斑九棘鲈(Cephalopholis hemistiktos)、橙点九棘鲈(Cephalopholis aurantia)与黑边九棘鲈(Cephalopholis spiloparaea)，进化树枝长能清晰区分各物种，并且两两之间的遗传距离也远大于0.020。揭示其各自应为独立的物种，研究结果为九棘鲈属鱼类的分类及物种鉴定提供分子水平分类依据。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
杨浩 顾泽茂
通过形态学和分子生物学的方法对1种寄生于大口黑鲈体表的鲺(Argulus sp.)进行鉴定,并根据SSU rDNA序列探究鲺属内物种的系统发育关系。结果显示:鲺体呈淡黄色;雌性体长1.93±0.46(1.42～2.54) mm,雄性体长2.18±0.49(1.57～2.87) mm;背甲马蹄形,侧叶末端伸达第三游泳足后缘;吸盘由多条(雌性:44～52;雄性:46～47)几丁质条组成,每条几丁质条含不等数量(雌性:5～6;雄性:7～8)的几丁质片。形态学与形态测量学结果与日本鲺(Argulus japonicus Thiele, 1900)最为相似。比对该物种SSU rDNA序列发现与日本鲺JN558647的序列相似性高达99.77%(1 274/1 277),进一步支持鉴定为日本鲺。ML系统进化树显示:鲺属内物种主要分为3个进化支;其中,日本鲺株系多位于Clade I中且与A.foliaceus和A.rhipidiophorus呈并系类群;本次采集的日本鲺(MW866569)聚于Clade I的基部,与日本鲺KF747859和KF747860株系亲缘关系最近。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
李永 田国忠 朴春根 郭民伟 林乐民
实验应用PCR扩增i、PhyClassifer分析、序列同源性及系统发育分析等方法对海南省灰叶丛枝病病害进行了分子检测及其病原的鉴定、系统进化研究。iPhyClassifer结果显示:灰叶丛枝病植原体为花生丛枝组(16SrⅡ组)16SrⅡ-A成员。序列同源性分析结果表明:灰叶丛枝病植原体与16SrⅡ、16SrⅡ-A成员同源性最高,如与花生丛枝病植原体16S rDNA的序列同源性为99.9%r,p基因为99.9%。基于16S rRNA和rp两基因构建的系统发育树显示:灰叶丛枝病植原体与花生丛枝病植原体、甘薯丛枝病植原体起源相同,且关系相当接近。根据以上结果,灰叶丛枝病植原体归为花生丛枝组(16S...
关键词：
灰叶丛枝病 植原体 分子鉴定 系统发育
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
董菁 李晓维 张晓晨 冯纪年
【目的】对美洲棘蓟马体内共生菌Wolbachia进行分子生物学鉴定,确定该蓟马体内Wolbachia的进化位置,为进一步探讨Wolbachia对其生殖作用的调控机制提供理论依据。【方法】以wsp基因为目的基因,对美洲棘蓟马体内的共生菌Wolbachia进行特异性扩增和测序,使用Clustal X 1.83软件对所得DNA序列进行比对;在MEGA 4.0软件中采用邻接法对Wolbachia的系统发育关系进行分析。【结果】利用wsp基因的特异性引物从美洲棘蓟马体内扩增出了632bp的Wolbachia的wsp基因片段(GenBank登录号为JN315668),580bp的Wolbachia A群的...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
李明云 张祖兴 邬勇 陈炯 史雨红
根据已报道的HSP基因序列(EMB登录号:AF506290),设计出特异引物,PCR扩增后测序,获得1.7 kb大小的大黄鱼热激蛋白cDNA基因序列。HSP氨基酸序列的系统进化分析表明:不同物种编码的HSP存在一些明显相关的群体,高等动物编码的HSP在进化上紧密相关,形成一个显著群体,大黄鱼编码的HSP蛋白位于高等动物群体中,这与大黄鱼的亲缘关系大致吻合,其中与非洲爪蟾的同源性最高(92.3%),也间接印证了脊椎动物中两栖纲动物与鱼纲动物的亲源关系。通过大黄鱼HSP基因的提取和分析,可为以后制备出核酸探针、筛选和克隆出一批具有优良性状的基因、构建基因文库等研究工作奠定基础,同时对大黄鱼的品质改...
关键词：
大黄鱼 热激蛋白cDNA 克隆 系统发育
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
杨建军 田向楠 伍建榕 郑艳玲 田斌 马焕成
以开红花和黄花木棉属木棉Bombax malabaricum的14株个体的核糖体DNA ITS序列测序结果,构建了系统发育树,并选取与木棉属较近亲缘关系的吉贝属Ceiba Mill.emend.Gaertn.、轻木属Ochroma Swartz的种作为外类群,基于Maximum likelihood analysis(最大似然法)、Maximum parsimony analysis(最大简约法)和Bayesian inference(贝叶斯方法 )对木棉属红花和黄花的木棉个体植株进行分子系统发育重建。结果表明,开红花木棉和开黄花木棉的植物学特征描述基本一致,来源于不同地点或同一地点供试木棉植...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
杨建军1 田向楠1 伍建榕1 2 郑艳玲1 田 斌1 马焕成1
摘 要：以开红花和黄花木棉属木棉 Bombax malabaricum 的 14 株个体的核糖体 DNA ITS 序列测序结果，构建了系统发育树，并选取与木棉属较近亲缘关系的吉贝属 Ceiba Mill.emend.Gaertn.、轻木属 Ochroma Swartz 的种作为外类群，基于 Maximum likelihood analysis（最大似然法）、Maximum parsimony analysis（最大简约法）和Bayesian inference（贝叶斯方法）对木棉属红花和黄花的木棉个体植株进行分子系统发育重建。结果表明，开红花木棉和开黄花木棉的植物学特征描述基本一致，来源于不...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
赵文植 杨琳懿 曹正英 辛静 马路遥 王飞 李卫英 辛培尧
【目的】根据基因组浅层测序结果，解析无毛青藤叶绿体基因组的结构、大小、基因组成、密码子偏好性、简单重复序列（SSR）位点及系统发育关系。【方法】以无毛青藤为材料，对其叶绿体基因组进行测序，组装后获得其叶绿体DNA全长序列并进行基因组特征、密码子偏好性、SSR位点及系统发育分析。【结果】无毛青藤叶绿体基因组全长为156 513 bp。其中，GC含量为39.1%。其结构包括大单拷贝区（LSC,85 225 bp）、小单拷贝区（SSC,18 779 bp）以及反向重复序列（IRs,26 254 bp）。4个区段中，IR区的GC含量最高（43.3%）,LSC区的GC含量为37.7%,SSC区最低。共注释得到131个基因，其中，84个位于LSC区，SSC区13个，两个IR区各17个。鉴定出61个SSR位点，碱基组成以A/T碱基类型为主；33个无毛青藤叶绿体基因组密码子的使用具有偏好性，并以A/U碱基结尾。系统发育进化树表明,青藤属6个种分为两支，其中大花青藤与无毛青藤具有较近的亲缘关系，IR/SC边界分析结果显示除红花青藤外，其余5种青藤属植物的JLB(LSC/IRb)边界较为保守。6种青藤叶绿体基因组的基因构成和顺序较为保守，大多数变异存在于相邻基因间隔区内。【结论】无毛青藤的叶绿体基因组相对较大，且较为保守，并与大花青藤具有较近的亲缘关系。研究结果可为无毛青藤及其近缘种叶绿体基因组系统进化分析提供重要的理论参考。
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无毛青藤 叶绿体基因组 特征 系统发育
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