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[期刊] 淡水渔业
[作者]
蒲艳 田辉伍 陈大庆 段辛斌 刘绍平 汪登强
为探明大坝建设及过度捕捞等可能会对圆筒吻鮈资源造成的影响,采用线粒体DNA Cyt b基因序列对长江中上游宜宾、泸州、合江、江津、巴南、涪陵和黄冈7个圆筒吻鮈(Rhinogobio cylindricus)群体进行研究,分析其遗传多样性及遗传结构。结果表明:在获得的998 bp序列长度中检测到14个变异位点,140尾样本定义15个单倍型,平均单倍型多样性(Hd)和平均核苷酸多样性(Pi)分别为0.625、0.000 77,说明圆筒吻鮈种群遗传多样性较贫乏。分子变异方差分析(AMOVA)表明圆筒吻鮈地理群体间未出现显著遗传分化。单倍型Network网络分析呈星型结构,邻接系统发育(NJ)树显示单倍型没有出现高支持率的分支,表明群体内部没有发生遗传分化。中性检验、错配分布及BSP分析均表明圆筒吻鮈发生历史种群扩张事件,种群扩张发生在0.06 Ma(百万年前)。综上表明,圆筒吻鮈的群体遗传多样性较低,群体间遗传分化不显著,建议将圆筒吻鮈群体作为一个整体就地保护,并在今后应加强长期监测。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
欧阳美 张晓宇 张富铁 刘焕章
为了较全面了解长江中上游草鱼(Ctenopharyngodon idellus)的种质情况,本研究基于线粒体Cyt b基因序列特征,比较分析了长江中上游大范围内草鱼3个野生群体和19个养殖群体的遗传多样性水平。结果显示:677个样本共检测到35个单倍型,17个简约信息位点和42个多态位点;野生群体遗传多样性最高(H_d:0.769;P_i:0.001 43),原种场群体次之(H_d:0.766;P_i:0.001 13),苗种场群体最低(H_d:0.649;P_i:0.000 84)。野生群体中,万州群体遗传多样性最高(H_d:0.857;P_i:0.002 05),中性检验结果表明万州群体曾经历过种群扩张事件;遗传结构分析表明草鱼野生群体间不存在遗传分化,群体间基因交流广泛;对比历史数据,草鱼野生群体多样性水平近10年来未出现下降。苗种场群体中,遗传多样性最高(H_d:0.791;P_i:0.001 47)和最低(H_d:0.247;P_i:0.000 24)的分别是阳新和蔡甸1群体,部分养殖群体遗传多样性下降;遗传结构分析表明养殖群体间存在大范围的显著遗传分化,群体间缺乏交流。综上,草鱼养殖群体遗传多样性下降明显,在进行草鱼苗种繁育时要注意近交等带来的不利影响。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
陈会娟 刘明典 汪登强 董微微 吕浩 陈大庆 李云
鲢(Hypophthalmichthys molitrix)是我国重要的淡水经济鱼类,长江是其重要的种质资源库。为了研究长江中上游鲢群体遗传多样性现状,比较中上游群体的遗传分化,本研究采用线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b基因(Cyt b)和控制区(D-loop)序列分析了长江中上游鲢群体遗传多样性及遗传分化状况,为鲢资源的保护和开发提供科学依据。采集了长江中上游江津(JJ)、宜昌(YC)、嘉鱼(JY)、黄冈(HG)等4个鲢群体共151尾样本。结果表明:135条Cyt b序列共检测出53个多态位点和19
[期刊] 中国水产科学
[作者]
沙航 罗相忠 李忠 邹桂伟 梁宏伟
为了对长江中上游鲢(Hypophthalmichthys molitrix)种质资源现状进行监测和评价,本研究利用线粒体细胞色素C氧化酶I(cytochrome c oxidase subunit I)基因(COI)对长江中上游宜宾、忠县、万州、石首、监利、湘江6个鲢群体进行了遗传多样性分析。结果表明,在648 bp的COI序列中共检测到42个变异位点,其中单变异位点14个,简约信息位点28个。6个群体123个个体共定义了26个单倍型,单倍型多样性为0.0476~0.0945,核苷酸多样性为0.00196~0.00982。6个鲢群体总体遗传多样性丰富,万州群体单倍型多样性和核苷酸多样性均最高,忠县群体单倍型多样性最低,核苷酸多样性最低的为石首群体。遗传变异主要来自群体内个体间,单倍型网络图和系统进化树显示各群体的单倍型没有形成明显的地理格局。此外,上游宜宾群体和万州群体与中游的石首、监利和湘江群体具有明显的遗传分化,中游的监利群体与石首群体和湘江群体也有一定的遗传分化,上游群体和中游群体应该分属于长江水系两个不同的种群。
关键词：
鲢 COI 遗传结构 遗传多样性
[期刊] 长江流域资源与环境
[作者]
熊美华 邵科 赵修江 朱滨 史方
为科学地开展圆口铜鱼人工繁殖和增殖放流等保护工作,研究采用9个四碱基重复的圆口铜鱼(Coreius guichenoti)微卫星标记,对采自宜昌、三峡库区、宜宾、永善、巧家、攀枝花6个江段的199尾圆口铜鱼样本的遗传多样性和遗传结构进行了分析。依照采样点不同将圆口铜鱼分成6个群体,研究结果显示,9个微卫星标记均具有较高的多态性,各群体遗传多样性水平较高。AMOVA显示6个群体并未达到显著遗传分化水平。Structure分析将6个群体分为2组,三峡库区群体中部分个体与宜宾群体中部分个体为一组,其他为另一组。分子方差分析(AMOVA)结果与Structure分析结果间存在一定差异,可能原因在于AMOVA结果是将每个群体作为一个整体来显示的,而Structure分析结果是将每个群体按照个体数所占比例来显示的。因此,为避免遗传背景污染事件的发生,进行圆口铜鱼人工繁殖的遗传管理,分析比较放流群体和野生群体的遗传结构是必须的。
关键词：
圆口铜鱼 微卫星 遗传结构
[期刊] 淡水渔业
[作者]
单红 王庆 朱银安 张其中
采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对取自长江中上游合川、木洞、涪陵、彭水、巫山、宜昌及岳阳7个江段的南方鲇(Silurus meridionalisChen)野生群体的遗传多样性进行了分析,24个随机引物共检测出327个位点(200~2500 bp)。各群体的多态位点比例在28.75%~48.62%之间,基因多样性指数为0.2047~0.3074。遗传距离显示长江中上游南方鲇各群体间有一定遗传分化,其中,木洞和合川群体间遗传距离最小为0.0537),而合川和岳阳群体间的遗传距离最大(0.1205),群体间遗传分化系数为0.1866。聚类分析(UPGMA)显示,7个群体聚为两大类群,合川和...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
孔杰 刘伟 李世凯 周洲 赵凤
【目的】为评估施氏鲟和西伯利亚鲟后备亲鱼群体的遗传多样性,为鲟鱼的遗传选育提供参考。【方法】以施氏鲟和西伯利亚鲟亲鱼群体为研究对象,进行了线粒体控制区(D-loop)全序列和细胞色素b(Cyt b)基因序列对比分析,探讨2标记对鲟鱼遗传多样性分析结果的差异与关系。【结果】西伯利亚鲟和施氏鲟Cyt b和D-loop的A+T含量均高于G+C含量,碱基组成具有偏倚性。Cyt b基因在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点5个,单倍型多样性0.151,核苷酸多样性0.00036;在施氏鲟中定义单倍型4个,多态性位点4个,单倍型多样性0.612,核苷酸多样性0.00114。D-loop在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点2个,单倍型多样性0.385,核苷酸多样性0.00040;在施氏鲟中定义单倍型5个,多态性位点55个,单倍型多样性0.707,核苷酸多样性0.02242。【结论】西伯利亚鲟和施氏鲟亲鱼群体的遗传多样性匮乏,尤其在利用西伯利亚鲟亲鱼进行繁殖育苗时要注意近交的不利影响。
[期刊] 水产学报
[作者]
肖同乾 鲁翠云 李超 张明昭 顾颖 孙效文
对8种鲤养殖品种的线粒体Cyt b基因部分序列进行测定,并比较分析其遗传多样性和系统进化关系,结果获得425 bp的Cyt b序列,其中T、C、A、G的平均含量分别为26.8%、29.0%、29.7%、14.5%,A+T含量(56.5%)高于G+C含量(43.5%),翻译为141个氨基酸,其中突变多数存在于缬氨酸和异亮氨酸之间(两个氨基酸都为不带电荷的疏水性氨基酸),其变异不影响Cyt b的功能,说明该蛋白是一个进化缓慢的蛋白,适合用于遗传进化分析。140个个体中共检测到4个单倍型,其中75.5%的个体属于单倍型Hap 2,而单倍型Hap 1主要分布在3种表现型为镜鲤的品种。AMOVA分析结果...
关键词：
鲤 遗传多样性 细胞色素b
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
李大命 唐晟凯 刘燕山 谷先坤 刘小维 殷稼雯 张彤晴 潘建林
为了解江苏省湖泊大银鱼种群遗传多样性及遗传结构，基于PCR扩增与测序技术对太湖、高邮湖、洪泽湖和骆马湖4个群体共160尾鱼的线粒体Cyt b基因序列进行分析。结果显示，160条Cyt b基因序列共发现25个变异位点，其中单一信息位点11个，简约信息位点14个。4个群体中共检测到23个单倍型，单倍型和核苷酸多样性分别为0.878±0.014和0.0021± 0.0001，呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性模式。4个群体中，高邮湖群体的单倍型多样性最高(0.871±0.031)，太湖群体的核苷酸多样性最高(0.0029±0.0001)。洪泽湖群体的单倍型和核苷酸多样性均最低，分别为0.755±0.455和0.0013±0.0001。分子方差分析结果显示，大银鱼群体间的遗传变异占15.13%，群体内的遗传变异占84.87%，遗传变异主要发生在群体内。遗传分化指数F_(st)值统计表明，高邮湖、洪泽湖和骆马湖群体之间无显著性差异，但均与太湖群体存在显著性差异，这表明应将太湖群体与其他3个群体作为不同的进化单元进行管理和保护。核苷酸不配对分布和中性检验结果均显示大银鱼经历了近期的群体扩张事件，推测扩张时间大约在10.3～4.1万年前，属于更新世晚期。虽然江苏省4个湖泊大银鱼种群的遗传多样性较高，但其资源量已经呈现出明显衰退迹象，应加强相应的渔业管理和保护措施，合理开发和利用大银鱼资源做到可持续发展。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
麻智芳 潘秋芝 安苗 余科 黄胜 李珊 何孝宽
通过mtDNACytb基因和D-Loop区测序技术，分析了清水江287尾野生斑鳜(Sinipercascherzeri)的遗传结构及遗传多样性，阐明贵州省境内清水江流域野生斑鳜群体的遗传多样性现状。结果表明：分别获得287条斑鳜的完整Cytb基因序列(1141bp)和D-Loop区部分序列(840～841bp)；两个基因序列的碱基组成中A+T含量分别为51.6%和64.1%，均高于C+G含量的48.4%和35.9%，多态位点分别有23和44个，单倍型数分别为25和43种；单倍型多样性指数（核苷酸多样性指数）分别为0.821±0.018(0.0020±0.0001)和0.919±0.009(0.0083±0.0003)；群体内平均遗传距离分别是0.0021和0.0087；AMOVA分析显示，群体内个体间变异是变异的主要来源（Cytb基因为97.54%，D-Loop区为97.32%）；NJ系统发生树显示，Cytb和D-Loop区都聚为两支，两支的单倍型在河流的上中下游均有分布；清水江野生斑鳜群体的mtDNACytb的Fu’sFs值呈显著负值（﹣0.9553（P=0.007）），检测出了种群扩张，据公式推算出清水江斑鳜种群于0.176Ma年前发生了种群扩张，而D-Loop区符合中性进化的假设，未检测到种群扩张。综上所述，清水江野生斑鳜没有发生明显的遗传分化现象，遗传多样性高，呈现出较高的单倍型和核苷酸多态性。研究可为清水江野生斑鳜资源保护和持续发展与利用提供基础的参考材料。
[期刊] 水产学报
[作者]
张岩 肖永双 高天翔 陈四清 于函
Random amplified polymorphic DNA(RAPD) technique was employed to detect the DNA polymorphism in 30 individuals of natural population of Pleuronectes yokohamae.20 arbitrary primers selected from 48 primers were used and 148 clear,repeatable RAPD bands were generated in which 94 bands were polymorphic...
关键词：
钝吻黄盖鲽 遗传多样性 RAPD
[期刊] 淡水渔业
[作者]
巩政 刘艳超 马聪敏 李小兵
以线粒体Cyt b基因作为分子标记对雅鲁藏布江中游10条支流中短尾高原鳅(Triplophysa brevicauda)的遗传多样性、遗传分化及种群历史动态进行分析。结果显示：125尾个体中共检测到52个单倍型，各群体的单倍型多样性(0.600～0.900)与核苷酸多样性(0.001 87～0.019 65)普遍处于较高水平。基于单倍型构建的系统发育树和进化网络图显示所有单倍型可被划分为5支谱系，各单倍型多为单一群体独享，群体间共享单倍型极少；不同谱系内各地理群体所属单倍型混杂分布，不符合群体的地理分布格局。群体间遗传分化指数检验结果表明多数地理群体间存在高度分化；分子方差分析显示组群间的遗传变异占总变异的39.51%,遗传分化水平为极显著。中性检验和错配分析表明短尾高原鳅总体和部分支流群体历史上发生过种群扩张。贝叶斯天际图进一步推断出短尾高原鳅总体在较近的历史时期(约1.12 kya)经历过快速的种群扩张和收缩，推测其种群动态受到了全新世以来青藏高原南部气候波动及水系变迁的影响。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
刘伟 代应贵 袁振兴 孙际佳 刘丽
以采自都柳江４０尾粗唇（Ｌｅｉｏｃａｓｓｉｓ ｃｒａｓｓｉＬａｂｒｉｓ）个体为样品，采用Ｐｃｒ和ＤＮａ测序技术对粗唇都柳江种群ｃｙｔ ｂ基因和Ｄ－ＬｏｏＰ序列进行了分析。获得了长度分别为１ １１８ ｂＰ、７７６～７７８ ｂＰ的粗唇ｃｙｔ ｂ基因、ＤＬｏｏＰ序列。２段序列的碱基组成均为ａ＋ｔ的含量高于Ｇ＋ｃ的含量，但ｃｙｔ ｂ基因碱基变异率（０．２７％）显著低于Ｄ－ＬｏｏＰ的碱基变异率（３．３４％～３．３５％）。对粗唇Ｄ－ＬｏｏＰ序列结构进行了分析，识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区等的特征序列。都柳江粗唇４０个个体ｃｙｔ ｂ基因、Ｄ－ＬｏｏＰ序列中分别有３、２０个多态位点，分．．．
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
翟明霞 强巴央宗 李齐发 商鹏 谢庄
通过19对微卫星引物对西藏不同地区的藏鸡群体(拉萨、林芝、山南和日喀则)进行遗传多样性分析,统计了藏鸡群体多态信息含量(PIC)、遗传杂合度(H)、F-统计量和群体内遗传距离,并采用UPGMA法构建群体的聚类图,比较藏鸡不同地方鸡群体间的遗传变异。试验结果表明:藏鸡群体多态等位基因数为2～8个,平均有效等位基因数为3.9个,藏鸡群体PIC值分布在0.223 2～0.823 1之间,H值在0.256 8～0.846 0之间,PIC和H平均值分别为0.615 1和0.694 3。在所检测的4个地方群体中,各群体均有较高的遗传多态性和遗传杂合度。哈代-温伯平衡检测结果表明:藏鸡群体大部分微卫星标记均...
关键词：
藏鸡 群体 微卫星 遗传多样性 遗传距离
[期刊] 中国农业科学
[作者]
寇淑君 霍阿红 付国庆 纪军建 王瑶 左振兴 刘敏轩 陆平
【目的】利用荧光SSR研究中国糜子的遗传多样性与群体遗传结构,为糜子品种改良、种质创新和资源利用提供依据。【方法】用不同地理来源且表型差异较大的6份糜子材料对SSR引物进行筛选,通过变性聚丙烯酰胺凝胶电泳获得条带清晰、稳定性好、多态性高的糜子SSR引物,对筛选出的引物5′末端进行6-FAM、HEX、ROX和TAMRA荧光标记,利用基因分析仪检测不同等位变异的扩增片段大小,并以此来分析131份糜子材料的遗传多样性和群体结构。【结果】从202对SSR引物中共筛选出22对扩增稳定、多态性好的SSR引物,能同时适用于传统变性PAGE胶电泳和荧光SSR标记-全自动分析检测技术。22对SSR引物共检测出128个主要等位变异,平均每个位点5.82个;基因多样性指数变化范围为0.3572—0.8132,平均0.6284;多态性信息含量为0.2934—0.8150,平均0.5874;Shannon多样性指数为0.5427—1.7681,平均1.2062。不同生态区糜子种质间遗传距离的变化范围为0.0764—0.7251,平均0.3121,遗传一致度的变化范围为0.4843—0.9265,平均0.7465。其中,北方春糜子区和黄土高原春夏糜子区的遗传距离最小,遗传一致度最高,亲缘关系较近。UPGMA聚类分析显示,北方春糜子区和黄土高原春夏糜子区的材料聚为一类,个体间聚类,东北春糜子区的育成品种和农家种聚类结果一致,黄土高原春夏糜子区的育成品种在多个组群中都有出现。通过绘制K与△K的关系图,K=4时,△K最大,据此将131份糜子材料划分为4个类群,类群Ⅰ代表北方春糜子区;类群Ⅱ主要来自东北春糜子区;类群Ⅲ主要是北方春糜子区,群组Ⅳ主要是黄土高原春夏糜子区。各群体中大部分品种亲缘关系单一,少数品种含有其他组群的遗传成分。基于遗传距离的聚类分析与群体遗传结构分析结果基本一致,表明糜子的遗传差异与地理来源相关。【结论】北方春糜子区和黄土高原春夏糜子区的遗传多样性比较丰富,东北春糜子区的育成品种主要以农家种为遗传背景选育而来,黄土高原春夏糜子区在育种过程中引种资源广泛,与其他生态区存在基因交流。
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