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[期刊] 淡水渔业
[作者]
田辉伍 段辛斌 汪登强 刘绍平 陈大庆
采用线粒体DNA序列对长江上游长薄鳅(Leptobotia elongata Bleeker)长江干流、岷江、赤水河和嘉陵江的8个群体176尾样本的遗传结构进行了分析,长薄鳅cyt b基因序列分别检出了25个变异位点和25个单倍型,单倍型多样性(H d)和核苷酸多样性(π)分别为0.608 52和0.000 89。单倍型网络结构图和N J树均未显示与地理种群相关的信息。分子变异方差分析结果表明长薄鳅种群内的变异大于种群间的变异,变异主要来自种群内部,群体遗传分化不显著(F st1)。中性检验值(Tajima's D=-2.279 09,P<0.01;...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
申绍祎 田辉伍 汪登强 陈大庆 刘绍平
红唇薄鳅(Leptobotia rubrilabris)是长江上游特有鱼类,近年来资源量不断下降。本研究利用线粒体控制区序列片段(896 bp)分析了长江上游红唇薄鳅的遗传多样性及遗传结构,为其资源保护提供科学依据。共采集了119尾样本,来自长江上游江津、四川南溪、岷江下游蕨溪等。结果显示,共检测到58个单倍型,平均单倍型多样性为0.967,平均核苷酸多样性0.006 7,表明红唇薄鳅种群具有较高的遗传多样性。单倍型NETWORK网络关系图和分析系统树结果显示红唇薄鳅单倍型不按地理分布聚类,但是明显分成了
[期刊] 淡水渔业
[作者]
刘红艳 陈大庆 刘绍平 段辛斌
测定了采自3个地理位置(宜宾、江津、思南)共45尾中华沙鳅(Botia superciliaris)的线粒体DNA控制区序列。结果显示:在所有个体913 bp序列中检测到22个变异位点,45尾个体中发现26种单倍型。中华沙鳅的平均核苷酸多样性指数π较低(0.00365),而平均单倍型多样性指数Hd较高(0.986)。中性检验Fu′sFs值为-9.49536(P
[期刊] 长江流域资源与环境
[作者]
田辉伍 段辛斌 熊星 罗宏伟 刘绍平 陈大庆
2010年9月~2012年8月在长江上游攀枝花等9个采样点收集到长薄鳅(Leptobotia elongata Bleeker)样本1 528尾,基于体长频率数据采用世界粮农组织(FAO)开发的FiSAT II软件研究了长江上游长薄鳅的生长与种群参数。估算结果显示长薄鳅的极限体长(L∞)为656.1mm,生长系数(k)为0.15/a,理论生长起点年龄(t0)为-0.048a。采用Pauly的经验公式估算长薄鳅的自然死亡系数(M)为0.33(其中长江上游年平均水温为18.4℃),总死亡系数(Z)、捕捞死亡系数(F)和开发率(E)分别为0.85、0.53和0.62。2010~2011年长江上游长薄...
关键词：
长薄鳅 生长参数 种群参数 长江上游
[期刊] 水产学报
[作者]
孙鹏 尹飞 彭士明 施兆鸿
通过PCR扩增与测序分别获得了长度为642 bp和1 138 bp的条石鲷线粒体COⅠ和Cytb基因片段。分析表明,COⅠ序列共定义了11个单倍型,存在21个多态性位点,发生转换4次,颠换5次。A、T、G、C碱基的平均含量分别为24.5%、30.6%、18.8%和26.1%。Cytb序列共定义了11个单倍型,存在26个多态性位点,发生转换4次,颠换3次。A、T、G、C碱基的平均含量分别为24.9%、28.3%、14.8%和32.0%。基于COⅠ和Cytb两基因序列的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)和平均碱基差异(K)分别为0.795、0.008 83、5.667和0.770、0.00...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
杨慧荣 赵会宏 刘丽 陈彦珍 林权卓 黄宏辉
利用PCR技术扩增得到珠江和长江水系共29个赤眼鳟(Squaliobarbus curriculus)线粒体DNA D-loop基因片段,并测定其序列。对599 bp的D-loop基因序列进行分析,共检测到24个单倍型,25个单突变位点,39个简约信息位点。在81个突变位点中,转换位点50个,颠换位点14个,插入或缺失位点17个;A+T的含量(68.8%)明显高于C+G的含量(31.2%)。5个水域个体间的遗传变异率在0到6.03%之间。单倍型多样性(H)为0.977 8,平均核苷酸差异数(K±SD)为17.271 0,核苷酸多样性(π)为0.029 7。对5个群体D-loop序列进行分化指数...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
沙航 罗相忠 李忠 邹桂伟 梁宏伟
为了对长江中上游鲢(Hypophthalmichthys molitrix)种质资源现状进行监测和评价,本研究利用线粒体细胞色素C氧化酶I(cytochrome c oxidase subunit I)基因(COI)对长江中上游宜宾、忠县、万州、石首、监利、湘江6个鲢群体进行了遗传多样性分析。结果表明,在648 bp的COI序列中共检测到42个变异位点,其中单变异位点14个,简约信息位点28个。6个群体123个个体共定义了26个单倍型,单倍型多样性为0.0476~0.0945,核苷酸多样性为0.00196~0.00982。6个鲢群体总体遗传多样性丰富,万州群体单倍型多样性和核苷酸多样性均最高,忠县群体单倍型多样性最低,核苷酸多样性最低的为石首群体。遗传变异主要来自群体内个体间,单倍型网络图和系统进化树显示各群体的单倍型没有形成明显的地理格局。此外,上游宜宾群体和万州群体与中游的石首、监利和湘江群体具有明显的遗传分化,中游的监利群体与石首群体和湘江群体也有一定的遗传分化,上游群体和中游群体应该分属于长江水系两个不同的种群。
关键词：
鲢 COI 遗传结构 遗传多样性
[期刊] 长江流域资源与环境
[作者]
许全喜 张小峰 袁晶
长江上游来水来沙条件是三峡工程泥沙问题研究的重要基础。长江上游流域面积约100万km2,产输沙条件复杂。根据有序聚类分析法、里和海哈林法和费希尔最优分割法,对长江上游干流和主要支流控制站输沙量时间序列的跃变现象进行了研究。在显著水平0.05下,长江上游在径流量变化不大的情况下,河流输沙量在1991年后出现了明显减小的质变过程,干流寸滩站1991~2005年年均输沙量为3.13亿t,较1953~1990年均值减小了32%,特别是2001年后输沙量减小更为显著,2002~2005年仅为2.11亿t。水库拦沙、水土保持工程减沙等人类活动是导致长江上游输沙量时间序列出现跃变现象的主要原因,1991~2...
关键词：
长江上游 输沙量 时间序列 跃变
[期刊] 淡水渔业
[作者]
田辉伍 王涵 高天珩 董微微 吕浩 陈大庆 段辛斌
为探究长江上游鱼类早期资源在金沙江一期工程蓄水前后的变化情况,2011—2015年每年5月5日—7月10日在长江上游江津断面,通过定点连续采样监测对宜昌鳅鮀早期资源进行了调查。结果显示,2011—2015年累计335 d的调查中,宜昌鳅鮀(Gobiobotia filifer)鱼卵出现天数为135 d,共采集到鱼卵1 492粒,估算出采样期间江津断面宜昌鳅鱼卵径流量分别为7.18×107粒、5.54×107粒、2.62×107粒、9.85×107粒和14.11×107粒,是长江上游主要的产漂流性卵鱼类之一
[期刊] 淡水渔业
[作者]
崔光艳 付立霞 王柳富 魏文志
为了解长江下游地区10个水体脆弱象鼻溞群体的遗传结构,研究测定了脆弱象鼻溞(Bosmina fatalis)线粒体16SrRNA基因序列,结果显示,100个样本中共有8个变异位点,定义了9个单倍型,单倍型多样性(Hd=0.284)和核苷酸多样性(Nd=0.000 76)均较低。AMOVA分子变异分析结果表明,脆弱象鼻溞遗传分化主要来自群体内,占93.33%,群体间的变异低,占6.67%。Fst值统计检验表明,各水体之间遗传分化不显著。系统发育树和中介网络图说明脆弱象鼻溞单倍型间关系较近,未形成明显谱系地理
[期刊] 淡水渔业
[作者]
李梦荣 田雪 庞小磊 王良炎 胡菊 董传举 李学军 王团记
实验利用线粒体COI基因和Cytb基因的片段序列分析比较了黑锦鲤(Cyprinus carpio Karasugoi Koi)、三色锦鲤(C.carpio Taisho Sanshoku Koi)、红白锦鲤(C.carpio Kohaku Koi)、黄金锦鲤(C.carpio Kigoi Koi)、全白锦鲤(C.carpio Platinum Ogon Koi)和全红锦鲤(C.carpio Higoi Koi)6个锦鲤(Cyprinus carpio Koi)养殖品系的遗传多样性和系统进化关系。结果显示:基因序列分析得到的单倍型数分别为7、6。6个品系均具有较高的单倍型多样性指数和较低的核苷酸多样性指数。群体间遗传分化系数Fst、遗传距离和AMOVA等结果显示品种间变异高于品种内变异,黑锦鲤和黄金锦鲤间、红白锦鲤和三色锦鲤间不存在显著遗传差异,其余品系间差异显著。根据COI和Cytb基因单倍型构建的品系间NJ系统进化树得到相同结果,黑锦鲤和全红锦鲤遗传关系较近,聚为一支。三色锦鲤、红白锦鲤和黄金锦鲤遗传关系较近,聚为一支。全白锦鲤与其他品系的亲缘关系均较远,单独形成一个分支。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
吴芸 李盼盼 闫吉美 黄锡阳
【目的】探明赤水乌骨鸡品种群体的遗传多样性和起源进化特点，为赤水乌骨鸡的种质资源评估、遗传资源保护和利用提供理论依据。【方法】采用PCR扩增及测序技术对60只赤水乌骨鸡的Cytb基因进行全长序列研究，采用生物信息学方法进行遗传多样性及起源进化分析。【结果】赤水乌骨鸡Cytb基因序列全长为1 143 bp，碱基T、C、A和G的平均占比分别是24.1%、36.4%、27.5%和12.0%。Cytb基因序列分析发现共有13个突变位点，均为颠换，单倍型多样性（Hd）为0.796，核苷酸多样性（Pi）是0.00191，平均核苷酸差异（K）为2.180。单倍型网络图显示在赤水乌骨鸡Cytb基因序列的9种单倍型中Hap3和Hap2为优势单倍型。赤水乌骨鸡Cytb基因9种单倍型与红色原鸡5个亚种Cytb基因序列构建的系统发育树表明Hap1与GGS12聚为一类，Hap2与GGM1聚为一类，Hap6、Hap7和Hap3聚与GGM3形成一个小分支，Hap8和Hap9与GGS3、GGS4和GGM2聚在一起形成一个分支，Hap4和Hap5则是自成一支。【结论】赤水乌骨鸡群体遗传多样性较高，可能起源于原鸡滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)和原鸡印度亚种(Gallus gallus murghi)。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李程鹏 孙一丁 刘辉 曾千春 王炎炎 马继琼 杨奕 许明辉
ＯｓＨＭＡ２是水稻根和地上部一个主要的Ｚｎ和Ｃｄ的转运蛋白，在水稻基因组ＯｓＨＭＡ２位点存在ＯｓＨＭＡ２类似基因ＯｓＨＭＡ２－ｌｉｋｅ，编码蛋白包含水稻Ｐ１Ｂ型ＡＴＰ酶重金属转运蛋白的功能域。对来自世界不同稻区的２７份亚洲栽培稻和８份野生稻基因ＯｓＨＭＡ２－ｌｉｋｅ编码区序列进行了测序分析，以了解水稻ＯｓＨＭＡ２－ｌｉｋｅ序列的多样性，为发掘基因资源提供信息。ＯｓＨＭＡ２－ｌｉｋｅ核苷酸序列和氨基酸序列分析表明，在４７１ＢＰ的编码序列内发现了６个变异位点；ＴＡｊｉＭＡ＇ｓｄ检验表明均不显著，说明这些位点属中性进化状态；６个变异位点中，第１５、７８、１３２、２１４、４１７位点碱基不引起氨基酸的变．．．
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
赵静霞 熊合勇 吴俊颉 金方彭 高海涛 赵承远 雷春云 李光华
通过线粒体D-loop控制区全序列分析了澜沧江上游表村（BC）、叶枝（YZ）、里底(LD)以及乌弄龙(WNL)4个群体，共计77尾短尾高原鳅的遗传多样性，为澜沧江上游短尾高原鳅的遗传多样性现状与种质资源保护提供相关实验数据。结果表明：在921bp的D-loop控制区序列中，共发现变异位点22个，其中单一变异位点8个，简约变异位点14个，定义单倍型21个；澜沧江上游短尾高原鳅群体单倍型多样性指数(H_(d))为0.837～0.942，核酸多样性指数(π)为0.00516～0.00572;其中，里底群体单倍型多样性最高，表村群体最低，且各群体呈现出“高H_(d)低π”遗传多样性模式；分子方差分析(AMOVA)结果表明：短尾高原鳅遗传差异主要来自于群体内部(97.91%)，2.09%遗传变异来自于群体之间；各群体之间不存在遗传分化(F_(st)=-0.0213，P=0.805)；表村和里底群体间遗传距离最远(0.00567)，叶枝和乌弄龙群体遗传距离最近(0.00511)；核酸中性检测结果均不显著(Tajima’s D =0.624，P = 0.737；Fu’s Fs= -0.669，P = 0.377)，核酸错配未呈“泊松”单峰分布均表明澜沧江上游短尾高原鳅近期未经历过种群扩张事件。综上所述，澜沧江上游短尾高原鳅遗传多样性较为丰富，群体间遗传分化程度较低。
[期刊] 水产学报
[作者]
傅建军 徐如卫 薛婷 杨福生 姜虎成 李家乐
为进一步了解中国当前主要养殖鳅类种质资源现状,实验采用7个微卫星标记和线粒体D-Loop部分序列,对泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus,MA)、大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus,PD)和台湾大泥鳅(未见种属分类,TW)3种泥鳅进行群体遗传变异分析。结果显示,6个微卫星位点在3种泥鳅中均能获得有效扩增,1个微卫星标记(Mac239)只在MA中获得特异性扩增,而在PD和TW中未能获得有效扩增条带。在3种泥鳅共90尾个体的D-Loop部分序列中发现32个单倍型,仅在PD和TW间存在1个共享单倍型。实验中共检测到65个变异位点,其中MA与PD和TW间存...
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