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[期刊] 中国水产科学
[作者]
樊佳慧 叶欢 宋信华 岳华梅 黄玲 阮瑞 邵俭 郜卫华 李创举
长吻鮠(Leiocassis longirostris)是淡水特色经济鱼类， 其雄性生长速度快于雌性， 培育全雄苗种可显著提高养殖效益。为加快长吻鮠全雄苗种培育进程， 需深入了解长吻鮠性别分化及性腺发育的调控机制。本研究通过Illumina高通量测序平台对长吻鮠卵巢和精巢进行转录组测序分析。结果显示， 共有10872个雌雄差异表达基因， 其中上调基因9375个， 下调基因1497个。通过功能注释， 筛选出71个与性别相关的重要候选基因， 包括50个精巢高表达基因(dmrt1、cyp17a1、samd7、wnt6、wt1等)和21个卵巢高表达基因(foxl2、gdf9、zp3、zp1、figla、bmp15等)。KEGG通路富集分析发现， 差异表达基因显著富集到16条与性别决定与分化及性腺发育相关的信号通路， 包括Wnt信号通路、TGF-β信号通路、MAPK信号通路、卵巢类固醇通路、GnRH信号通路等。本研究筛选出与长吻鮠性别决定和分化相关差异表达基因， 揭示参与其雌雄个体性腺发育的信号通路， 为今后长吻鮠性别决定和分化机制的研究积累重要数据， 从而为其全雄苗种的培育提供理论支撑。
关键词：
长吻鮠 转录组 性腺发育 差异表达基因
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
吴丹 陈四清 柯翎 张子阳 朱金超 潘鲁莹 李凤辉 徐荣静 彭立成 边力
为探明绿鳍马面鲀(Thamnaconus septentrionalis)性腺发育相关基因表达特征，优化亲本生殖调控技术，本研究对绿鳍马面鲀雌雄亲体的精巢和卵巢进行了转录组测序分析，经de novo拼装，最终获得119 219个单基因(unigene),N50长度为1 255 bp。在NR、NT、KO、Swiss Prot、PFAM、GO及KOG数据库分别注释到24 009、35 057、18 453、26 971、30 294、11 420和21 613个unigene。绿鳍马面鲀精巢和卵巢转录组中存在18 954个差异表达基因(DEG)，相对于精巢，在卵巢中上调表达的基因有11 265个，下调表达的有7 689个。选取bmp2、sox3、figla、hsd17b1、cyp19a、cyp17、foxl2、star和amh 9个DEGs进行实时荧光定量PCR (qRT-PCR)验证，结果显示，qRT-PCR结果与RNA-Seq分析相一致。GO和KEGG富集结果分析发现，amh、cyp17和star可能在绿鳍马面鲀雄性精子发生过程中起关键作用；bmp2、foxl2、cyp19a、figla和hsd17b1在雌性卵子发生和卵巢类固醇生成过程中发挥重要作用。本研究通过比较绿鳍马面鲀精巢和卵巢的转录组表达差异，初步阐明了精巢和卵巢的基因表达特征，为进一步研究绿鳍马面鲀的性腺发育机制奠定了基础。
关键词：
绿鳍马面鲀 转录组 性腺 差异表达基因
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王伟佳 韩兆方 李完波 王志勇
为探究长链非编码RNA在大黄鱼性腺发育与分化中的作用,从雌雄各3尾大黄鱼(Larimichthys crocea)的性腺中提取总RNA,进行去除rRNA的链特异性转录组建库和二代测序。将测序数据比对到大黄鱼参考基因组,经比对、组装共得到来自31675个基因的66088个转录本,严格筛选得到来自3984个基因位点的5162条lncRNA。进一步分析获得了在大黄鱼雌雄性腺中差异表达的mRNA9341个,lncRNA2782个,高度相关的lncRNA-mRNA对1227个;有多个lncRNA靶向已知的性别分化和发育相关基因,其中lncRNA MSTRG.24346与大黄鱼的性别决定候选基因dmrt1距离相近,且相关性极显著。该研究表明lncRNA可能在大黄鱼性别分化中起到重要作用,值得深入研究阐明机制。
关键词：
大黄鱼 性腺 lncRNA 性别分化
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
杜改改 孙鹏 索玉静 韩卫娟 刁松锋 傅建敏 李芳东
为深入开发柿SSR和SNP分子标记,进而推动柿品种鉴定和遗传多样性等研究,以‘禅寺丸’柿的雌雄花芽转录组序列为基础,对SSR和SNP位点进行发掘。结果表明:转录组测序获得了154 741条unigene,其中有38.49%unigene在数据库中得到注释。利用MISA软件进行SSR位点的搜索,共得到44 304个SSR,包含83种重复基元,其中以A/T类型为主的单核苷酸重复所占的比例最高(20 006个,占47.63%),其次是以AG/CT类型为主的二核苷酸重复(16 055个,占38.23%),再次是以
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
冯陈晨 王文龙 红梅 刘宁 呼和巴特尔
为探明骆驼斯氏副柔线虫雌虫和雄虫的转录组差异,挖掘出与性别决定相关的功能基因,采用Illumina HiSeqTM2000分别对其雌虫和雄虫样本进行转录组测序,构建cDNA文库,通过建库质量评估和组装效率评估后对其进行功能注释及相关生物信息学分析。结果显示,比较雌虫和雄虫的转录本,获得6 430个差异表达基因,其中2 131个基因上调;4 299个基因下调。对差异表达基因进行GO功能分类,有341 328和714个Unigenes分别注释到生物学过程、细胞组成和分子功能三大类41个分支中。KEGG数据库分
[期刊] 中国水产科学
[作者]
周立斌 刘晓春 叶卫 林浩然
性类固醇激素对性腺发育期间的鱼类促性腺激素(GTH)分泌有负反馈作用,而对性未成熟的鱼类GTH分泌有正反馈作用。本实验选取性腺发育中期的长臀(Cranoglanisbouderius)进行研究,将实验用鱼分成4组(实验重复3次,每组共用6尾鱼,):①持续性17β-雌二醇(17β Estradiol,E2)处理;②E2在注入促性腺激素释放激素类似物(Analogueofgonadotropin releasinghormone,GnRH-A)脉冲刺激的处理;③持续性甲基睾酮(17α methyltestosterone,MT)处理;④MT在注入GnRH-A脉冲刺激的处理;采用离体灌流孵育和GT...
[期刊] 水产学报
[作者]
曹曦 王兰梅 高建操 杜金梁 曹丽萍 聂志娟 徐钢春
早熟中华绒螯蟹是指相对于2龄正常性成熟的个体，其在第1年就达到了性成熟，造成的危害阻碍着其产业的发展。为分析雌雄中华绒螯蟹的早熟差异调控机制。本研究通过早熟中华绒螯蟹雌雄眼柄、肝胰腺和性腺组织的转录组比较筛选，获得差异基因，进一步与正常成熟雌雄差异基因进行分析，最终获得和早熟有关的性别差异基因。结果显示，组装共获得337 221个转录本和135 007个基因。分别在眼柄、肝胰腺和性腺组织中获得和早熟有关的性别差异基因1505、756和11223个。其中3个组织共同的与早熟有关的性别差异基因7个，包括 wash复合亚基1（washc1）和β-淀粉状蛋白a4（βa4）基因等。KEGG通路分析发现，中华绒螯蟹和早熟有关的雌雄差异基因富集的通路主要为亚油酸代谢、a-亚麻酸代谢、乙醚脂代谢和花生四烯酸代谢通路，其中磷脂酶A2（pla2）基因在其中发挥重要作用。研究表明，这些与脂类代谢有关的通路与基因在雌雄中华绒螯蟹早熟过程中，发挥着不同的作用。研究结果为雌雄中华绒螯蟹早熟机制的差异调控提供了基础，从而对其产业发展具有重要意义。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
周璇 周乃富 杨莹 熊欢 袁德义 邹锋
【目的】板栗Castanea mollisima为我国重要的木本粮食树种，其果实营养价值极高。花发育是板栗产量形成的重要基础。因此，研究板栗雌雄花不同发育时期的基因表达变化，挖掘板栗花发育关键基因，对进一步完善成花机理具有重要的意义。【方法】以不同时期‘檀桥’板栗雌雄花为材料，采用石蜡切片技术观察雌雄花发育进程，利用转录组测序、生物信息学分析以及荧光定量PCR等方法，筛选‘檀桥’板栗雌雄花发育的相关差异基因。【结果】细胞学观察雌花为雌蕊原基分化期和开放期，雄花为花药发育期和开放期。转录组测序共得到90.16 Gb Clean Data，雌花不同发育时期共获得1 094个DEGs，其中600个上调，494个下调；雄花不同发育时期共获得3 407个DEGs，其中1 847个上调，1 560个下调；韦恩图显示两组间共有663个DEGs。雌花有3 260条DEGs注释到GO数据库中，分为细胞组分、分子功能及生物学过程3大类42条通路；雄花注释到10 196条DEGs分为3大类47条通路。KEGG富集分析显示雌雄花两组共有的差异基因显著富集在植物昼夜节律计划、淀粉和蔗糖代谢、类胡萝卜素生物合成代谢通路上；共筛选出69个植物昼夜节律计划、淀粉和蔗糖代谢以及激素信号转导相关差异表达基因。此外，WGCNA分析得到了2个hub基因BAM1、SAMT。【结论】光周期以及糖类化合物、激素信号转导相关基因PIF3、BAM1、SAUR等可能是‘檀桥’板栗成花关键基因。这些结果为深入研究‘檀桥’板栗花发育的分子机理奠定了理论基础。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
姚建伟 杨德国 刘阳 吴兴兵 高宇鹏
采用常规石蜡切片技术对野生长鳍吻鮈（Ｒｈｉｎｏｇｏｂｉｏ ｖｅｎｔＲａｌｉｓ（ｓａｕｖａｇｅ ｅｔ ＤａｂＲｙ））性腺进行了组织学观察，描述了其各类型生殖细胞形态及卵巢、精巢的分期特征。结果显示：长鳍吻鮈卵巢为细线状或扁条状，精巢为细线状或直棍状；卵细胞发生经历了卵原细胞、初级卵母细胞和次级卵母细胞３个阶段，精细胞发生经历了精原细胞、初级精母细胞、次级精母细胞、精子细胞及精子５个阶段；性腺发育分为６个时期，卵巢中第Ⅱ时相晚期至Ⅲ时相早期的初级卵母细胞中出现核仁外排现象；同一时期卵巢中存在多种时相的卵母细胞，故推测其卵巢发育类型为部分同步型，精巢为小叶型结构。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
杨严鸥 姚峰 何文平
在水温(26±2)℃、自然光照条件下,以长吻(Leiocassis longirostris)、异育银鲫(Carassius auratus gibelio)和草鱼(Ctenopharyngodon idellus)为研究对象,设定3种投喂方式。实验饵料为水蚯蚓(Limnodrilus hoffmeisteri)。第1种方式为连续投喂,整个实验期间不间断;第2种连续投喂4 d后饥饿1 d;第3种连续投喂2 d后饥饿1 d。3种方式分别以S0(对照组)、S1/4和S1/2表示。实验周期均为30 d。结果显示,长吻和异育银鲫在3种处理条件下的终体重无显著差异,草鱼在S0组(对照组)和S1/4组的终...
关键词：
长吻鮠 异育银鲫 草鱼 补偿生长
[期刊] 林业科学
[作者]
毛伟兵 陈发菊 王长兰 梁宏伟
【目的】以自然突变的楸树雄性不育花芽为研究材料,分析与楸树雄性不育相关基因的表达模式,从基因的表达水平上揭示楸树雄性不育的分子机制,为楸树及木本植物的雄性不育研究提供有价值的参考。【方法】采用高通量测序技术对自然状态下楸树的雄性不育的花芽以及可育的花芽进行转录组测序,通过生物信息学对可育花芽与不育花芽的转录本进行比较分析,预测和筛选出与楸树雄性不育有关的基因。【结果】转录组测序共产生27.18 Gb数据,组装并去冗余后得到86 076个Unigene,然后将Unigene比对到7大功能数据库(NR,NT,
关键词：
楸树 雄性不育 转录组测序 差异表达基因
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
胡玉龙 王伟继 孔杰 官健涛 徐利永 马雨 王清印
利用解剖观察和石蜡组织切片法,对37个家系共计4022尾4月龄的大菱鲆幼鱼群体进行雌雄性别的鉴别和统计分析。发现其中雌性1596尾、雄性2426尾,雌雄性比为1:1.52,极显著偏离1:1的理论值(P<0.01)。在家系水平上,37个家系中有19个家系的雌雄性别比例显著偏离1:1(P0.05),但其中13个家系中雄性个体比例偏高。研究显示,在群体水平上,人工养殖条件下的4月龄大菱鲆已经出现雌雄性比偏离现象。从37个家系中随机选取20个家系(2254尾幼鱼)测量个体体重,利用SPSS 17.0软件进行数据分析。结果显示,4月龄大菱...
关键词：
大菱鲆 性别比例 体重差异
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
胡玉龙 王伟继 孔杰 官健涛 徐利永 马雨 王清印
利用解剖观察和石蜡组织切片法，对３７个家系共计４０２２尾４月龄的大菱鲆幼鱼群体进行雌雄性别的鉴别和统计分析。发现其中雌性１５９６尾、雄性２４２６尾，雌雄性比为１：１．５２，极显著偏离１：１的理论值（Ｐ＜０．０１）。在家系水平上，３７个家系中有１９个家系的雌雄性别比例显著偏离１：１（Ｐ０．０５），但其中１３个家系中雄性个体比例偏高。研究显示，在群体水平上，人工养殖条件下的４月龄大菱鲆已经出现雌雄性比偏离现象。从３７个家系中随机选取２０个家系（２２５４尾幼鱼）测量个体体重，利用ＳＰＳＳ １７．０软件进行数据分析。结果显示，４月龄大菱．．．
关键词：
大菱鲆 性别比例 体重差异
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
葛永春 吴旭干 姜晓东 马天力 成永旭
河蟹雌雄单性化养殖是一种新型的养殖方式,尚不清楚雌雄分养对成蟹养殖性能和性腺发育的影响。本研究初步比较了群体养殖条件下雌雄分养和雌雄混养对河蟹亚成体生殖蜕壳率、成活率、增重率、性腺指数和肝胰腺指数的影响,结果表明:(1)无论雌体还是雄体,雌雄分养组的生殖蜕壳速度均快于雌雄混养组,其中单性雌体第15天和20天的生殖蜕壳率显著高于混养雌体组(P0.05),而单性雄体成活率显著高于混养雄体组(P
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