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[期刊] 水产学报
[作者]
郑先虎 匡友谊 吕伟华 曹顶臣 冬方 孙效文
为了克服单个家系数量性状位点(QTL)检测效率低、假阳性高等缺点,实验利用250对微卫星(SSR)标记对镜鲤8个全同胞家系的522尾子代进行基因组扫描,采用半同胞家系的分析策略对镜鲤体长(SL)和体质量(BW)性状进行QTL分析。结果显示,基于父系的QTL分析,共检测到4个QTL区间,其中,3个体长的QTL中,1个为95%基因组水平(genome-wide)显著性,位于LG24,可解释表型变异率为20.3%;其余2个均为95%染色体水平(chromosome-wide)显著性,分别位于LG6和LG30,可解释表型变异率分别为11.9%和11.6%。1个体质量的QTL达到99%基因组水平,位于L...
关键词：
镜鲤 多家系 体长 体质量 QTL
[期刊] 中国水产科学
[作者]
郑先虎 曹顶臣 匡友谊 张晓峰 鲁翠云 李超 孙效文
以镜鲤(Cyprinus carpio L.)全同胞家系为材料,用940对微卫星(SSR)标记进行基因组扫描,采用半同胞家系的分析策略对体质量(BW)和体长(SL)进行QTL定位分析。QTL检测显示:基于父系的QTL分析,共检测到8个QTL区间。5个与体质量相关的QTL区间中,1个QTL为95%基因组水平(genome-wide)显著性,位于LG26连锁群,其他4个QTL均为95%染色体水平(chromosome-wide)显著性;3个与体长相关的QTL区间与体质量的QTL区间重叠,其中,1个QTL为99%基因组水平显著性,其余2个QTL均为95%染色体水平显著性。基于母系的QTL分析,共检测...
关键词：
镜鲤 连锁图谱 QTL 体质量 体长
[期刊] 中国水产科学
[作者]
杨晶 张晓峰 储志远 孙效文
利用24个鲤(Cyprinus carpio L.)EST-SSRs标记和41个SSRs标记对柏氏鲤和荷包红鲤抗寒品系回交子代的84个个体基因组DNA进行检测,共得到182个等位基因,各座位等位基因数2～4个,片段长度142～329bp,有效等位基因数1.3913～3.9353,观察杂合度0.3214～1.0000,期望杂合度0.2829～0.7535,平均位点多态信息含量0.5120。利用统计软件SPSS的GLM程序对65个微卫星标记与鲤鱼体质量、体长、体高和吻长的相关性进行了分析,其中与体质量、体长显著相关的标记是HLJE365;与体质量、体高显著相关的标记是HLJ816;与体质量显著相关...
[期刊] 水产学报
[作者]
单云晶 鲁翠云 张晓峰 李超 程磊 孙效文
为挖掘镜鲤头长及头长体长比性状的主效QTL区间,实验利用368个SSR、336个SNP标记对镜鲤良种后代杂交F1群体的68个个体进行基因型检测,运用JoinMap 4.0软件包构建遗传连锁图谱。该图谱包含535个分子标记并被分配到50个连锁群上,覆盖基因组总长度为2 244.66 cM,标记间平均距离为4.63 cM。利用MapQTL 5.0(interval mapping,IM)区间作图法进行QTL检测。结果显示,共得到2个与头长相关的QTL区间,分别分布在LG21和LG42,可解释型变异分别为28.2%、32.6%;6个与头长体长比性状相关的QTL位于LG8、LG15、LG18、LG21...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
董在杰 曲疆奇 袁新华 苏胜彦 谢庄
应用TRAP标记对一个鲤(Cyprinus carpio)改良品系72个个体进行扩增,采用其中25个多态性较好引物组合用于该群体遗传多样性分析。运用卡方检验分析25对引物在体质量差异显著的2组鱼中频率差异显著的位点,初步筛选出与体质量和体长性状相关的TRAP标记。将初步筛选的TRAP标记用于随机群体132个个体进行位点性状间的关联分析。结果表明,25个TRAP分子标记共扩增出353个位点,其中多态性位点230个,平均多态性比率65%,平均多态性信息含量为0.28,Nei’s遗传多样性指数平均值为0.219,Shannon信息指数平均值为0.329,表明该群体遗传多样性较为丰富。在初步筛选出的3...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李忠炉 金显仕 单秀娟 戴芳群
根据1960-2010年渤海和黄海南部春季(4-5月)14个航次底拖网调查资料,采用体长对应平均体质量的方法和相对体质量法,按性别逐年拟合小黄鱼黄海北部-渤海群系和黄海南部群系雌雄群体的体长-体质量关系,计算肥满度,并分析其影响因子。结果显示,在多数年份内,小黄鱼雌雄个体间体长-体质量关系参数b无显著性差异(P>0.05);参数a和b呈极显著负相关关系(P<0.01),lga与b的比值受环境影响较小,可能与鱼体密度有关。小黄鱼黄海北部-渤海群系雌雄群体从1960年到2004年以等速生长为主,与1960年相比,参数b在资源严重衰退期和资源恢复初期(1982-1993年)有所增大;黄海南部群系雌雄...
[期刊] 水产学报
[作者]
王宣朋 张晓峰 李文升 张天奇 孙效文
用174个SSR、41个EST、345个SNP标记对以镜鲤良种后代为祖父母本所培育的杂交F2群体的68个个体进行基因型检测,运用JoinMap4.0软件包构建遗传连锁图。利用MapQTL5.0区间作图法(interval mapping,IM)和多QTL区间定位法(MQM mapping,MQM)进行QTL检测,通过置换实验(1000次重复)确定连锁群显著性水平阈值。在对体高、头长、体厚的区间定位中,共检测到6个与体高性状相关的QTLs区间,分布在LG1(SNP1339-SNP1490)、LG10(HLJE469-SNP1491)、LG12(SNP0922-HLJ1316)、LG13(SNP0...
关键词：
鲤 头长 体高 体厚 数量性状定位
[期刊] 水产学报
[作者]
栾生 仲伟鹏 谭建 罗坤 陈宝龙 孔杰
为进一步补充凡纳滨对虾核心育种群收获体质量的遗传进展工作,设计了包括10个家系数量梯度(100~1 000)和11个家系内测试个体数梯度(100~5 000)的育种方案,利用计算机模拟技术,执行家系间(留种50%家系)和家系内选择(留种1雄、2雌),连续选择19次,比较核心育种群与扩繁群收获体质量育种值和群体近交系数的变化,为进一步优化大规模家系选育提供基础参数。结果显示,与对照方案(家系数量100个、家系内测试个体数100个、体质量遗传力0.35)相比,增加参与测试的家系内个体数,选择强度不断提高,核心育种群收获体质量育种值均值增加了48%(62.75~92.87 g),但增加幅度在不断降低(100~2 500:40.60%;2 500~5 000:7.40%);核心育种群收获体质量育种值标准差降低了2.90%(1.38~1.34 g)。受限于选择强度,随着家系数量的扩大,核心育种群收获体质量育种值仅增加了1.88%(62.75~63.93 g),育种值标准差增加了4.35%。扩繁群收获体质量育种值随家系规模变化的趋势同核心育种群,但在家系水平上的提高幅度更大(63.63~65.48 g,2.91%)。随着家系数量的增加,核心育种群的近交系数降低了90.32%(0.093~0.009),下降幅度不断减少(100~500:79.57%;500~1 000:10.75%);家系数量为200个的育种群体,连续选择19次后,每代平均近交率为0.25%。增加参与测试的家系内个体数,不影响核心育种群的近交水平。研究表明,扩大家系内测试个体数,可以进一步提高核心育种群与扩繁群收获体质量的遗传进展。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
郭源梅 张勤 任军 周利华
【目的】研究猪F2代资源家系的群体结构对数量性状座位(quantitative trait loci,QTL)定位的影响,为QTL定位群体的构建提供参考。【方法】通过模拟的方法,模拟了18种不同的群体结构,研究F0代(亲本)、F1代和F2代群体大小、F0代和F1代公母比例以及祖代QTL基因频率等6种因素对QTL定位的影响。【结果】随着F2代群体的增大,QTL检测的效率明显提高,加性效应的估计值逐渐偏低,95%置信区间显著减小。造成加性效应降低的主要原因是QTL在两亲本群体中没有纯合。随着F0代母畜比例的增加,QTL 95%置信区间也明显降低;随着祖代QTL基因频率差异的增加,QTL检测的效率和...
关键词：
猪 资源家系 群体结构 QTL定位 模拟
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
尹森 于倩 郑先虎 于彬彬 张晓峰 曹顶臣 匡友谊 鲁翠云 李超 孙效文
磷酸酶普遍存在于动物的各组织中,对磷酸单酯键具有水解活性,是机体生长代谢、保持内环境稳定和维持机体健康所必需的酶。以镜鲤(Cyprinus carpio L.)全同胞家系190个个体为材料,用992对微卫星(SSR)标记进行基因组扫描,采用区间作图法,对肠组织的碱性磷酸酶和酸性磷酸酶进行了QTL定位分析。QTL检测显示:5个QTL区间与酸性磷酸酶活性相关,其中3个QTL为99%染色体水平显著性,分别位于LG2(CA2049-CA2371)、LG25(HLJ2941-HLJ3946)和LG28(CA2263-HLJ2873),另外两个QTL区间为95%染色体水平显著性,位于LG14(HLJ327...
关键词：
酸性磷酸酶 碱性磷酸酶 QTL 镜鲤
[期刊] 水产学报
[作者]
李灵玲 董在杰 苏胜彦 徐跑 梁政远 马良骁 刘伟 张建桥
以吉富罗非鱼引进群体(P)及其家系选育第三代(F3)为实验对象,测定了群体的体质量(Y)、体长(X1)、体宽(X2)、体高(X3)4个性状,通过相关分析、通径分析和回归分析,计算相关系数、通径系数和决定系数,建立多元回归方程,对P和F3间形态性状及其对体质量的影响程度进行对比分析。结果显示:1)与亲本相比,F3体质量、体长、体宽和体高4项指标都有显著提高,同时变异系数有一定下降,体型趋于一致,其中雌性变化较大。2)F3较P 3项形态性状指标对体质量影响最大者均由体高×体长变为体长。3)与P相比,F3体长、体宽和体高3项形态性状对体质量的影响力有所下降。
关键词：
吉富罗非鱼 相关分析 通径分析 多元回归
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
李雅敏 牟秀霞 张崇良 丁兆成 纪毓鹏 任一平
为了解山东近海星康吉鳗（Conger myriaster）体长和体质量等生物学特征，本文基于2016年10月和2017年1月、5月、8月山东近海4个航次底拖网调查采集的星康吉鳗样本，研究了星康吉鳗体长、体质量组成以及肥满度的时空差异，并利用线性混合效应模型分析了其体长-体质量关系的时空异质性。结果表明，山东近海星康吉鳗的体长、体质量、体长-体质量关系参数以及肥满度在时空上均有较大波动。冬季航次星康吉鳗的平均体长、体质量显著小于其他三个航次（P＜0.05）。肥满度季节间差异显著，夏季肥满度显著大于其他季节。线性混合效应模型表明，季节和水域对星康吉鳗的体长-体质量关系参数a具有显著的影响。最优模型中，参数b的估计值为3.27，参数a在不同季节和海区的变动范围在4.78×10~(-4)～5.68×10~(-4)，其中夏季的a值最大，秋季和冬季次之，在春季最小；III区（水深＞50m）最大，I区（水深＜30m）次之，II区（30m＜水深＜50m）最小。星康吉鳗体长-体质量分布特征及其相关关系的季节和水域变化可能与其洄游习性、摄食强度以及饵料丰度等有关。未来研究应充分考虑体长、体质量关系参数的季节和区域差异，为种群评估模型提供精确参数。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
何余湧 李完波 张志燕 杨明 欧阳婧 杨杰 任军 肖石军
【目的】利用二花脸×沙子岭家系定位影响仔猪45日龄断奶体重的数量性状位点(quantitative trait loci,QTL)并搜寻QTL区间内与表型相关的位置候选基因,为最终鉴别因果基因奠定前期工作基础。【方法】构建二花脸×沙子岭猪F2资源家系,利用Illumina porcine 60k DNA芯片判定F2个体的基因型,对45日龄断奶体重表型进行全基因组连锁分析,定位影响二花脸×沙子岭家系F2家系仔猪45日龄断奶体重的QTL。在Ensemble(EMBL-EBI)和NCBI(National Center for Biotechnology Information)网站基因组数据库中搜...
[期刊] 水产学报
[作者]
徐海龙 薛薇 谷德贤 杨蕊 于小涵
为获取口虾蛄初次性成熟体长信息，本研究以2018年4—8月渤海湾逐月拖网资源科学调查捕获的口虾蛄为对象，分别建立口虾蛄体长体质量的幂函数关系式和两段式关系式，并基于两段式关系模型进行初次性成熟体长估算。结果显示，两段式关系模型较幂函数关系模型更适于表达口虾蛄的体长体质量关系，基于Huxley’s传统的幂函数关系模型，口虾蛄存在明显的两个体长体质量关系组，基于两段式体长体质量关系模型估算，得到口虾蛄总体、雌性和雄性的初次性成熟体长分别为10.99 cm、11.01 cm和10.85 cm。研究表明，口虾蛄性成熟阶段，更多的能量被分配用于性成熟过程，更少的能量用于身体的生长，该现象在雌性口虾蛄群体更为明显。
[期刊] 水产学报
[作者]
程文 纪毓鹏 薛莹 张崇良 徐浩 任一平 徐宾铎
鱼类体长-体质量关系参数估计的准确与否会影响进一步的渔业资源评估和管理。不同采样设计获得的生物学数据，对鱼类体长-体质量关系参数b估计可能会有一定的影响。基于2013—2014年在黄河口水域调查获得的矛尾虾虎鱼体长、体质量数据，采用计算机模拟重抽样方法，结合常在不同季节开展渔业资源调查的实际情况，模拟设置了15种采样设计方案，选取相对估计误差和相对偏差两个指标，比较了不同采样设计对估计矛尾虾虎鱼体长-体质量关系参数b的影响。结果显示，增加样本量可有效提高其体长-体质量关系参数b的估计精度。不同季节数据对参数估计精度具有不同影响，应用多季节调查采样数据估计参数精度往往优于单季节采样。夏季数据对矛尾虾虎鱼体长-体质量关系参数估计尤为重要。方案9（夏-冬季方案）在样本量达到540尾时，相对估计误差REE为2.08%，相对偏差RB的绝对值为0.71%，在相同样本量下该设计方案表现最好。研究表明，在估计黄河口矛尾虾虎鱼等鱼类体长-体质量关系参数时，应保证获得一定样本量的对参数估计具有较大影响的季节的生物学数据。
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