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[期刊] 水产学报
[作者]
周井祥 李新伟 王好 吕文亮 朱霞
为了解锦鲤疱疹病毒中国吉林株(KHV-CJ)ORF81蛋白的结构特征和进化关系,用框镜鲤尾鳍原代细胞增殖KHV-CJ,提取其DNA,经PCR扩增,获得ORF81基因,将其克隆到pMD18-T载体中,构建重组质粒。应用生物信息学方法初步分析KHV-CJ ORF81基因的结构和功能,并与GenBank上已公布的3株KHV构建系统进化树。结果显示,获得了长771 bp的ORF81基因,编码256个氨基酸;预测ORF81基因的理论分子量为28 246.50 u,等电点为8.404;疏水性大于亲水性;信号肽切割部位最可能位于29位的S(丝氨酸);有4个跨膜区;抗原表位预测显示抗原性良好;结构预测显示,不...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
杨毅 李莉娟 陈孝煊 袁军法
以感染锦鲤疱疹病毒的患病鱼为材料,通过RT-PCR克隆ORF134的编码序列,在细胞水平分析其表达模式,并在原核表达系统中表达,获得可溶性的ORF134重组蛋白。结果表明ORF134在锦鲤疱疹病毒裂解感染中转录,证实ORF134为非结构功能基因。ORF134全长为624 bp,含有1个内含子,编码179个氨基酸,序列分析显示ORF134同已报道的高等脊椎动物病毒编码的vIL-10具有较低的序列同源性,但具有较高的结构相似性。体外表达分析显示ORF134呈分泌性表达,但不能形成寡聚体,与其他病毒编码的vIL-10具有差异。进一步通过原核表达获得可溶性的ORF134重组蛋白。
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘伟 王恩丽 柳纪省 杨彬 兰喜
利用RT-PCR方法从猪沙波病毒CH430株中克隆出非结构蛋白p70基因并测序,结果显示,p70基因全长1 995 nt,编码665个氨基酸,经同源性比对及遗传进化树分析表明,CH430株为基因Ⅲ型沙波病毒毒株。生物信息学分析显示该蛋白理论等电点(pI)为5.96,理论分子质量为72 876.6 u;其序列上共发现25个磷酸化位点,分别为Ser(6)、Thr(13)、Tyr(6),而蛋白的磷酸化与信号传导有关,预测该蛋白为一重要的信号传导分子;无信号肽和跨膜区;该蛋白含有胰蛋白酶样丝氨酸蛋白酶和RdRp功能域;胰蛋白酶样丝氨酸蛋白酶功能域核心结构为1个由7个β折叠形成柱状结构和1个由1个α螺旋...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张帅 王崇明 岳志芹 宋晓玲 白昌明 尹伟力 黄倢
为深入探讨急性病毒性坏死病毒(Acute Viral Necrosis Virus,AVNV)魁蚶株的致病机理以及IAP-86蛋白的功能,从感染AVNV的濒死魁蚶外套膜中提取总RNA,反转录获得c DNA。根据NCBI公布的AVNV全基因组序列中ORF86序列设计两对反向套式引物,通过c DNA末端快速扩增(RACE)技术获得ORF86 5?端和3?端的非编码区,拼接获得全长c DNA序列。Blast序列比对显示,该基因与牡蛎疱疹病毒的同源性为100%,与栉孔扇贝AVNV的同源性为99%,并存在重叠基因。生物信息学分析预测,该蛋白不含信号肽,不存在跨膜区,最大疏水指数为1.800,最小疏水指数...
[期刊] 水产学报
[作者]
陈文波 李卫国 赵亚军
为深入研究胰蛋白酶在鱼类中的生理功能和作用机制,利用生物信息学的方法,成功获得了鲤3种胰凝乳蛋白酶原cDNA序列(ccTRP1、ccTRP2和ccTRP3)并对其进行了序列分析。结果表明,三者均含有一个长度为729bp的开放阅读框(open reading frame,ORF),编码由242个氨基酸组成的胰蛋白酶原,其中包括15个氨基酸组成的信号肽和5个氨基酸(LDDDK)组成的激活肽。总平均亲水性GRAVY(grand average of hydropathicity)分析表明,三者均是亲水性蛋白。氨基酸比对结果显示,三者具备胰蛋白酶原的保守结构特征,如含有催化三联体氨基酸(His-57、...
关键词:
鲤 胰蛋白酶原 表达序列标签 生物信息学
[期刊] 水产学报
[作者]
罗璋 郝爽 张振国 孟一耕 史谢尧 冯守明
为分析近年来天津地区养殖鲤(包括锦鲤)暴发性死亡的病因,利用病原菌分离、细胞培养、电镜观察、组织病理切片、人工感染实验、PCR和荧光定量PCR检测、基因分型等方法对患病鱼及病原进行了研究。结果显示,在患病鱼体表未发现大量寄生虫;在肝、脾、肾等内脏组织中未能分离到细菌;在鳃组织中发现大量的圆形病毒颗粒;使用患病鱼组织滤液感染锦鲤鳍条原代细胞,可观察到典型的细胞病变效应(CPE),注射患病鱼组织滤液和产生病变的细胞上清液可分别导致健康锦鲤93.3%和86.7%的死亡率;通过病理组织切片观察,主要病变组织为鳃、
关键词:
鲤 锦鲤疱疹病毒 分离鉴定 基因型 天津
[期刊] 水产学报
[作者]
李莹莹 王庆 曾伟伟 潘厚军 王英英 刘春 梁红茹 石存斌 吴淑勤
2013年4月,广东省一锦鲤养殖场暴发不明病因疾病,濒死锦鲤在塘边游动缓慢直至死亡,死亡率高达100%。现场采样发现,发病锦鲤体长25 cm,眼球凹陷,胸鳍及腹鳍出现出血斑点,解剖发现内脏器官包括肝、脾、肾肿大。细菌分离结果显示,内脏器官肝脏和肾脏中未分离到细菌。提取自然发病鱼的肝、脾、肾、鳃组织DNA作为模板,采用世界动物卫生组织(OIE)推荐的锦鲤疱疹病毒(KHV)检测引物进行PCR扩增,均能扩增出预期大小的特异性产物。NCBI的Blast搜索结果显示,扩增序列与KHV胸苷激酶(thymidine kinase,TK)基因核苷酸序列同源性为99%。病鱼内脏组织研磨过滤除菌后,腹腔注射20尾...
关键词:
锦鲤 锦鲤疱疹病毒 TK基因 病毒鉴定
[期刊] 水产学报
[作者]
徐黎明 刘洪柏 卢彤岩
基质蛋白(matrix protein,M)是传染性造血器官坏死病毒(infectious haematopoieticnecrosis virus,IHNV)主要结构蛋白之一,是病毒感染后造成细胞凋亡的主要作用蛋白。为分析IHNV M蛋白的序列及结构特征,研究利用敏感细胞(EPC)培养传染性造血器官坏死病毒-Sn分离株(IHNV-Sn),根据M蛋白基因开放阅读框(open reading frame,ORF)的序列设计引物,利用RT-PCR的方法克隆得到M蛋白全长ORF,并且构建至表达载体pET27b(+)中,构建出pET27-M重组质粒。生物信息学分析结果显示,M蛋白基因的序列长度为588...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
程毅 周静煌 严准 高春生 李智敏 余永廷
为克隆和研究软腐病菌Dickeya dadantii的信号分子合成酶基因expI,从Dickeya属模式菌DSM–18020的基因组中扩增获得了基因expI。生物信息学分析显示,该基因全长639 bp,与Dickeya dadantii 3937的N–酰基高丝氨酸内酯(N–acyl–homoserine lactone,AHLs)合成酶基因同源性达99%;DSM–18020 expI编码的蛋白质相对分子质量为24 704,理论等电点为5.85,整个肽链中均匀分布疏水氨基酸,且比亲水性氨基酸多,没有信号肽存
[期刊] 中国水产科学
[作者]
郑树城 李莹莹 王庆 曾伟伟 王英英 任燕 石存斌
为了对鲤疱疹病毒3型(Cyprinid herpesvirus 3,CyHV-3)ORF136基因编码蛋白进行功能研究和血清学诊断,本实验通过对ORF136基因推导的第31157位氨基酸序列进行PCR扩增,并与原核载体pET-32a(+)连接,转化至大肠杆菌Rosetta(DE3)感受态后进行IPTG诱导表达,将纯化后的重组蛋白免疫新西兰白兔(Oryctolagus cuniculus)以制备ORF136多克隆抗体,运用Western blot和间接免疫荧光技术对抗体进行鉴定。结果表明,重组融合表达蛋白大
[期刊] 淡水渔业
[作者]
周勇 范玉顶 徐进 马杰 江南 刘文枝 曾令兵
根据鲤疱疹病毒II型(Cyprinid herpesvirus Ⅱ,Cy HV-2)ORF 4基因序列(Gen Bank:JQ815364.1)设计特异性引物,PCR扩增得到ORF 4基因编码框全长序列1 041 bp,将其克隆至原核表达载体p ET-32a(+)中,构建了重组原核表达载体p ET-32a-ORF 4。将p ET-32a-ORF 4重组载体转化大肠杆菌BL21(DE3),经IPTG诱导得到融合表达的重组蛋白,融合表达的重组蛋白主要以包涵体的形式存在,其分子质量约为57 ku,与预期大小一致
[期刊] 水产学报
[作者]
陈俊杰 李媛瑗 阳瑞雪 汪开毓 耿毅 黄小丽 陈德芳 欧阳萍
2015年5月,四川某鲤养殖场暴发一种传染性疾病,导致鲤大面积死亡,死亡率高达80%。为研究此次疾病病因和流行规律,将病料进行解剖、细菌学检查、病理组织观察、PCR鉴定、病毒分离和系统进化分析。结果显示,发病鱼眼球凹陷,胸鳍及腹鳍出现出血斑,病鱼鳃严重坏死,肾脏肿大。细菌检查为阴性。组织病理学观察,病变最明显的是鳃和肾脏。病鱼鳃丝血管扩张充血,鳃小片呼吸上皮细胞肿胀、脱落。鳃丝基部的上皮细胞大量增生,层次增多。肾小管上皮细胞组织结构紊乱,细胞肿胀,管腔变狭小,有崩裂和坏死现象。提取病鱼的肾脏和鳃组织DNA
[期刊] 水产学报
[作者]
陈俊杰 李媛瑗 阳瑞雪 汪开毓 耿毅 黄小丽 陈德芳 欧阳萍
2015年5月,四川某鲤养殖场暴发一种传染性疾病,导致鲤大面积死亡,死亡率高达80%。为研究此次疾病病因和流行规律,将病料进行解剖、细菌学检查、病理组织观察、PCR鉴定、病毒分离和系统进化分析。结果显示,发病鱼眼球凹陷,胸鳍及腹鳍出现出血斑,病鱼鳃严重坏死,肾脏肿大。细菌检查为阴性。组织病理学观察,病变最明显的是鳃和肾脏。病鱼鳃丝血管扩张充血,鳃小片呼吸上皮细胞肿胀、脱落。鳃丝基部的上皮细胞大量增生,层次增多。肾小管上皮细胞组织结构紊乱,细胞肿胀,管腔变狭小,有崩裂和坏死现象。提取病鱼的肾脏和鳃组织DNA
[期刊] 中国水产科学
[作者]
谭爱萍 邹为民 赵飞 姜兰 陈信廉 劳海华 简清 陆小萏 罗理
为了进一步研究锦鲤疱疹病毒主要囊膜蛋白(KHV-MEP)的功能及锦鲤疱疹病毒(KHV)的感染机制,根据KHV-MEP基因序列设计并合成1对引物,从自然感染KHV发病的锦鲤(Cyprinus carpio Koi)肝组织总DNA中扩增获得特异性基因片段。将所得基因片段克隆到pMD18-T Simple Vector载体中,获得重组质粒T-KMEP;酶切鉴定后进行序列测定,并采用氨基酸亲水性分析软件TMpred对其编码氨基酸序列进行分析;在对该片段所编码氨基酸可能抗原位点分析的基础上,进行PCR改造构建原核表达载体,获得重组表达载体pBV-KMEP1和pBV-KMEP2。所获得的基因片段大小为77...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
俞兆曦 连总强 吴旭东 杨忠礼 李力 张锋 肖伟 赛清云
为研究兰州鲇(SiluruS lanzhouenSiS)生长性状相关基因,运用rT-PCr、Ta克隆和核酸测序等技术对兰州鲇MyoD基因的CDS区及全基因进行克隆和生物信息学分析。获得兰州鲇MyoD基因的完整CDS区序列810 bP(Gen bank登录号:kT277551)及MyoD基因全序列1 210 bP(Gen bank登录号:kT339175),包括部分5'端63 bP和3'端58 bP;orF区含有3个外显子和2个内含子,外显子长度分别为510 bP、80 bP和220 bP,内含子长度分别为156 bP和123 bP,编码269个氨基酸残基组成的可溶酸性蛋白质;预测亚细胞定位My...
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