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[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李娜 黄胜 何璟
链霉菌GEMSM 4(6)的发酵产物具有抗革兰氏阳性菌和阴性菌的活性,同时还对酵母及丝状真菌尤其是植物病原菌,具有较强的抑制作用。本研究利用简并性引物对该链霉菌基因组中可能存在的聚酮合酶(PKS)和非核糖体多肽合成酶(NRPS)基因进行PCR扩增及序列分析,找到了3个NRPS及15个PKS基因的片段,其中PKS基因与Streptomyces violaceusniger Tu 4113的PKS基因序列同源性最高,达到91%~99%;而NRPS基因与数据库中已知的NRPS基因序列同源性仅为60%~62%。为克隆NRPS生物合成基因簇,构建了链霉菌GEMSM 4(6)的基因组细菌人工染色体(BAC...
[期刊] 华北农学报
[作者]
官萌娇 孙旭杰 夏卓林 任爱芝 赵培宝
Peptaibols是由真菌非核糖体肽合成酶(NRPS)合成的多肽抗菌素，能够抑制多种病原菌，促进植物生长和诱导细胞凋亡。为了深入探究木霉菌非核糖体肽类抗菌素合成的调控机制，为通过基因工程来提高Peptaibols产量提供帮助。通过设计引物，克隆长枝木霉菌非核糖体肽合成酶基因NP249的上游启动子区域，然后构建到一个具有绿色荧光蛋白基因(GFP)融合表达载体，验证基因NP249的启动子。以长枝木霉菌总DNA为模板，使用引物249-1B和249-4X,通过PCR技术扩增克隆到了NRPS的启动区域，全长1 204 bp。通过启动子NP249替代载体上GFP启动子，分别用BamHⅠ和XmaⅠ酶切pCX-62载体和启动子片段，T_4连接酶连接，构建GFP融合载体pCX-62-NP249-GFP。通过限制性内切酶介导的转化技术转化(REMI)木霉菌原生质体，得到的转化子转到含潮霉素的培养基上进行筛选，得到潮霉素抗性转化子Z249,进一步通过荧光显微镜检测转化子，转化子Z249能检测到GFP荧光。克隆到的启动子能启动GFP表达，具备启动子功能。
关键词：
长枝木霉菌 非核糖体肽合成酶 启动子
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
纪燕玲 韩魁 茅冬梅 陈永敢 王志伟
[目的]Epichlo?内生真菌能够产生抵御牲畜和害虫啃食的生物碱，其中部分生物碱由非核糖体肽合成酶（non-ribosomal peptide synthetase，NRPS）合成。本研究拟分析E. festucae基因组内的NRPS编码基因，并预测其功能。[方法]以E. festucae E2368菌株基因组数据为对象，综合运用HMMER和全局比对等分析方法以及ClustScan、NRPS/PKS analysis和NCBI等数据库进行信息比对。[结果]确认了E2368基因组中含有至少19个候选NRPS基因，其中11个未在Epichlo?内生真菌中报道。序列比对结果表明候选基因均为真菌中已报道的序列，但其中8个基因的功能未知；同时E2368基因组中存在环孢菌素合成酶基因扩增现象。构建候选NRPS基因所有A结构域氨基酸序列发育树，发现不同NRPS基因的A结构域会聚到同一分枝，而相同NRPS基因的A结构域则分散于不同分枝，说明采用简并引物扩增NRPS基因存在一定的局限性。[结论]对E2368基因组中NRPS基因的挖掘，将有助于解析NRPS基因的多样性，促进对新的天然产物的发现和生物合成途径的认识。
[期刊] 华北农学报
[作者]
何美敬 刘立峰 穆国俊 侯名语 陈焕英 崔顺立
蔗糖合成酶(Sucrose Synthase,SuSy)是蔗糖代谢途径中的关键酶,在植物生长、发育和渗透调节过程中起着重要作用。为揭示蔗糖合成酶基因在花生中的抗逆机理,以花生基因组DNA为模板,利用染色体步移技术(GenomeWalking)中的TAIL-PCR技术扩增花生SuSy基因组序列和启动子区域,得到基因组序列6 189 bp,启动子预测分析表明,该序列包含约800 bp的启动子上游调控序列,13个外显子,12个内含子。启动子元件分析显示,该片段含有典型的TATA-box、CAAT-box,并存在低温响应元件LTR、GA响应元件、干旱响应MYB结合位点、厌氧诱导必要的顺式作用元件ARE...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
周军 陶建敏 彭日荷 熊爱生 蔡斌 徐锦涛 金晓芬 张斌 高峰 高建杰 章镇 姚泉洪
克隆了葡萄查尔酮合成酶基因4(CHS4),并采用半定量RT-PCR技术,以actin为内参,分析了CHS4在巨峰葡萄果实发育阶段不同组织的表达。对CHS4的序列分析表明:CHS4含有1个内含子,2个外显子;与CHS1、CHS2、CHS3在核苷酸水平的同源性分别为99.3%、92.6%和76.0%。半定量RT-PCR分析结果表明:CHS4在果皮、果肉、种子、叶片和根系中均有表达,在花后30d的果皮中表达强烈,随后迅速降低,到花后70d表达又增强;CHS4在花后30～45d的果肉中表达强烈,随后迅速降低;在花后45d的种子中也表达强烈,随果实发育,其表达逐渐下降。高温处理抑制CHS4在巨峰葡萄幼叶...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
胡朝阳 周友凤 龚一富 金思 王何瑜 赵群芬
【目的】从紫色马铃薯中克隆CHS的cDNA全长序列,并分析其组织表达水平以及诱导剂处理后基因的表达与花青素含量积累之间的关系。【方法】采用RT-PCR和RACE方法克隆紫色马铃薯CHS的cDNA全长序列,通过在线软件进行核苷酸序列和氨基酸序列分析,半定量RT-PCR检测StCHS在紫色马铃薯组织中的表达特异性以及蔗糖和赤霉素处理后StCHS的表达。采用分光光度计法测定紫色马铃薯花青素含量。【结果】克隆获得紫色马铃薯CHS的cDNA全长1 490 bp,包含1 170 bp的ORF,该基因编码389个氨基酸。推测StCHS蛋白含有Cys164、Phe215、His303和Asn3364个活性位点...
[期刊] 水产学报
[作者]
史健志 徐燕 纪德华 陈昌生 谢潮添
6-磷酸海藻糖合成酶(TPS)是植物海藻糖合成的关键酶,在植物逆境胁迫应答中发挥着重要的作用。实验以坛紫菜转录组测序获得的unigene序列为基础,采用RACE技术克隆获得坛紫菜的3条TPS基因序列:Ph TPS1,Ph TPS2-1和Ph TPS2-2。序列分析结果表明,Ph TPS1(收录号:KM580358)序列全长3 557 bp,包含一个3 462 bp的开放阅读框,所编码的多肽包含1 153个氨基酸,分子量为124.2 ku,等电点为6.73,属于TPSⅠ亚家族;Ph TPS2-1(收录号:KM519457)序列全长4 264 bp,包含一个4 044 bp的开放阅读框,所编码的多...
[期刊] 华北农学报
[作者]
冯睿杰 侯丽霞 郭扬 马倩 刘新
为了研究葡萄肌醇半乳糖苷合成酶基因家族的特性,以抗低温品种左优红组培苗为材料,通过同源克隆技术,获得VvGolS2、VvGolS3和VvGolS4全长CDS,对其序列进行了生物信息学分析,同时利用实时定量PCR技术探究了3个基因的组织表达特性和响应逆境因子及相关信号分子的特性。结果显示:3个基因c DNA大小分别为954,978,1 011 bp,分别编码317,325,336个氨基酸序列;3个蛋白分子量分别为36.65,36.97,38.12 k Da;等电点分别为5.12,5.33和5.16,且均在C
[期刊] 西南农业学报
[作者]
孙雪梅 宗渊 杨世鹏 王丽慧 刘宝龙 张怀刚
【目的】本文分离了菊芋蔗糖:蔗糖-1-果糖基转移酶(1-SST)基因的启动子并验证其功能。【方法】通过Tail-PCR方法克隆到菊芋1-SST基因起始密码子上游约1816 bp的序列(SSTP),并通过PLANTCARE对SSTP序列进行了功能预测。【结果】SSTP序列中共检测到140个顺式作用元件,除启动子所具有的44个TATA-box和31个CAAT-box等基本元件之外,还有65个参与1-SST基因表达调控的顺式作用元件,其中23个顺式作用元件可预测其功能:参与光调控过程的调控元件有13个,参与脱落酸、厌氧过程、低温胁迫的调控元件各2个,参与水杨酸、抗逆反应、分生组织表达和胚乳表达的调控元件各1个。分别用SSTP、1/2SSTP和1/4SSTP的序列替换pCAMBIA1301载体的CaMV 35S启动子后,在烟草叶片中进行瞬时表达并进行GUS染色,结果表明不同长度的SSTP序列均具有驱动GUS基因表达的启动子活性,且与CaMV35S启动子活性相当。【结论】据此推测1-SST基因的启动子核心区域在起始密码子上游400 bp以内。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
阮小蕾 刘丽芳 陈秀 何自福 李华平
通过分析多种不同来源的植物RIPs的氨基酸序列,据其保守区域设计1对植物通用简并引物P1、P2,对基因组进行PCR扩增,分别从海芋Araceae macrorrhiza、烟草Nicotiana tobaccum、剑麻Agavaccae aga-ve、望江南Cassia occidentalis、那坡指天蕉Musaspp.(BB)、邻水野蕉Musaspp.(AA)中获得1个基因片段。BLAST分析表明:它们推导的氨基酸序列只与多种不同来源的RIPs有相似性。其中,与葫芦科2个代表RIP相应区段的相似性最高,与-βluffin基因的相似性分别为97.2%、98.5%、97.9%、89.4%、97....
关键词：
核糖体失活蛋白 基因克隆 序列分析
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张阳 李锐 杨千叶 赵琦
【目的】MEP途径是合成生物碱、萜类物质前体的重要途径之一,1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase (DXS)是MEP途径中的第1个限速酶。为了解卷叶贝母DXS的结构和功能特点,本研究利用分子生物学手段对其进行分析,以期为贝母生物碱合成途径研究打下基础。【方法】采用PCR技术克隆卷叶贝母FcDXS基因开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)序列,运用生物信息学方法对其进行序列分析,预测其潜在的功能。通过荧光定量PCR(qRT-PCR)技术检测FcDXS基因在野生状态(根、茎、叶、鳞茎)和组培诱导物(愈伤组织)中的表达情况。【结果】获得了2151 bp FcDXS基因ORF片段,编码716个氨基酸,并与NCBI公布的砂仁等植物DXS蛋白相似性达80%以上;在Fc DXS蛋白的二级、三级结构预测中,得出Fc DXS蛋白主要由α螺旋构成; qRTPCR检测结果表明FcDXS基因在野生状态下鳞茎表达量最高,激素诱导状态的愈伤组织表达量则是野生鳞茎的5倍。【结论】Fc DXS蛋白质特征区及同源性等生物信息学分析表明该蛋白的结构域较保守,结合荧光定量分析结果证明,Fc DXS是一个有生物学功能且受激素诱导表达的蛋白质。本研究为后续利用基因工程手段提高卷叶贝母生物碱含量奠定了理论基础。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王源超 丁国云 马志超 李德葆
采用真菌核糖体基因转录间隔区域 (ITS)通用引物 ,PCR扩增棉花疫病菌、辣椒疫病菌核糖体基因的ITS1和ITS2 ,并对PCR产物进行了克隆和序列比较。结果表明 :棉花疫病菌的ITS1和ITS2分别由 2 0 6和 45 3个碱基组成 ,而辣椒疫病菌则分别由 174和 432个碱基组成。棉花疫病菌两个菌株之间ITS1和ITS2的同源性均高达 10 0 % ,而棉花疫病菌和辣椒疫病菌ITS1同源性为 70 9% ,其中中间区域 5 2～ 178bp在两种间变异丰富 ,同源性只有 5 4 3% ;ITS2在两种疫霉菌间的同源性为 70 9% ,变异均匀分布于全长序列中
[期刊] 西南农业学报
[作者]
贾文杰 马璐琳 段青 杜文文 王祥宁 李想 崔光芬
【目的】为有效解决百合花粉污染问题，利用分子生物学技术培育雄性不育的无花粉百合，文章从基因克隆和生物信息学角度研究百合ATP合成酶家族基因ATPase3在导致百合雄性不育过程中的作用，为应用该基因进行百合无花粉分子育种提供一定的理论基础。【方法】研究以百合可育系与不育系花粉母细胞时期花药为试验材料，在百合可育系与不育系转录组测序结果中筛选出一个花粉母细胞时期显著上调表达的ATPase3基因，利用荧光定量qRT-PCR技术检测ATPase3基因在百合可育系与不育系花粉母细胞时期不同部位的相对表达量。结合RT-PCR与Race技术扩增得到百合花药ATPase3基因cDNA全长序列，并通过Prot Param，Prot Scale，NCBI Conserved Domain，SWISS-MODEL等各种在线生物信息学数据库对百合ATPase3同源性，蛋白结构、理化性质等进行生物信息学分析。【结果】百合ATPase3基因在花器官中表达量最高，其中在可育系花药中的表达量是不育系的7倍。通过克隆得到百合ATPase3基因，该基因全长为327 bp，编码109个氨基酸，含有1个典型的保守ATPase3结构域；编码蛋白相对分子量约为12.14 KD，理论等电点为7.71，为疏水性蛋白，存在跨膜结构，并预测蛋白二级和三级结构。生物信息学分析都说明该预测蛋白具有典型ATP合成酶特征。同源序列分析表明，该蛋白与拟南芥质膜ATPase3同源性最为接近，与拟南芥H[+]ATPase1，H[+]ATPase2，H[+]ATPase3，H[+]ATPase8同源性也较为接近。推测该蛋白属于百合中提供能量的质膜离子转运蛋白，它在百合不育系花药中表达量下调，提供能量不足，导致雄性不育。【结论】本研究验证了ATPase3基因与百合雄性不育相关，并成功克隆得到了ATPase3基因，对该基因进行了生物信息学分析和功能预测，为百合ATPase3基因编码的质膜离子转运蛋白功能缺失导致百合雄性不育现象的发生提供一定的理论基础。
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
王小霞 刘志勇 李承彧 辛喜凤 冯辉
查尔酮合成酶(chalcone synthase,CHS)是类黄酮合成途径前期的1个关键酶。本研究从大白菜花瓣中克隆到1个查尔酮合成酶家族基因,命名为BrCHS1。序列比对发现BrCHS1氨基酸序列与其他物种CHS氨基酸序列的同源性多数在80%以上,利用实时荧光定量PCR技术分析BrCHS1在大白菜黄色和白色花各种花器官中的表达水平,结果表明:BrCHS1在黄色花瓣中的表达量远高于其他花器官。以FT50×H1的F2代分离群体为试材,根据BrCHS1周围序列设计SSR1引物,寻找与大白菜白色花基因紧密连锁的分子标记,结果显示,BrCHS1基因与白花性状基因并不连锁。
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
闵芮涵 孙敏译 吴昀 李世琦 夏宜平
【目的】淀粉是百合Lilium spp.鳞茎的主要组成成分,淀粉代谢对于百合鳞茎发育至关重要,对其开展深入研究有助于解决鳞茎繁育慢等产业化难题。【方法】以主栽品种东方百合’索邦’ Lilium ’Sorbonne’离体鳞茎为材料,在观测不同发育时期形态和淀粉积累的基础上,利用c DNA末端快速扩增技术(RACE),克隆淀粉合成代谢关键酶颗粒结合型淀粉合成酶基因LohGBSSI,并对其开展不同组织及发育期基因表达谱分析。【结果】①根据形态及源-库转换,离体百合鳞茎形成和发育过程可分为小鳞茎膨大初期(0～15 d),小鳞茎快速膨大期(15～55 d)及小鳞茎膨大后期(55～75 d)。②’索邦’颗粒结合型淀粉合成酶基因LohGBSSI(GenBank登录号:MF101407.1)全长1 913 bp,开放阅读框(ORF)长为1 665 bp,编码554个氨基酸。氨基酸序列与兰州百合Lilium davidii var. unicolor GBSSI同源性较高(92%),推测该基因可能属于GBSSI基因家族。③LohGBSSI基因在鳞茎和叶中表达显著高于茎段和根,表明直链淀粉合成的最主要部位为源-库关键器官;不同发育时期鳞茎内LohGBSSI的表达在15 d时最高,暗示鳞茎形成初期需淀粉快速合成以便形态建成。【结论】为后续解析淀粉合成关键酶基因GBSS在鳞茎发育中的功能奠定了基础,也为百合进行淀粉相关基因修饰提供了依据。图9表1参17
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