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[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
杨琳琳 蒋燕 杨桂梅 许柳雄 陈新军 徐善良 鲍宝龙
采用目前国际上最为通用的cDNA文库构建方法,构建了银鲳皮肤和肌肉组织的cDNA文库,通过一定规模的序列测定,并借助生物信息学技术,分析了164个序列,得到了105个不同的基因(或表达序列标签),在105个不同的基因中,68.6%基因没有冗余,1倍、2倍、3倍和4倍冗余的分别占23.8%,3.8%,2.8%和1%。皮肤和肌肉组织表达基因的组成中,除了21个没有同源序列的未知基因外,可初步归为代谢相关的酶(38个)、DNA有关的酶(7个)、结构蛋白(4个)、膜蛋白(13个)、线粒体蛋白(1个)、转录因子(9个)、信号传导相关的蛋白(10个)和未知蛋白(2个)等8大类,其中,转录因子、膜蛋白,和D...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
吴震洋 唐晓惠 付玉华 王昇 章程 李京津 余梅 杜小勇
【目的】藏绵羊又称藏系绵羊,是中国三大粗毛羊品种之一,主要分布在西藏及其毗邻的高寒牧区,如青海、甘肃、四川、云南等地。藏绵羊由于其被毛纤维粗长,毛质细腻且保暖性好,是制造藏式地毯的上好原料。而毛色作为一种重要的经济性状,同时制约羊毛的经济价值。然而,目前对于绵羊毛色的分子调控机制尚不明确,以藏绵羊为研究对象,对其不同颜色皮肤组织(黑色和白色)进行转录组测序,旨在探讨miRNA在藏绵羊不同毛色皮肤组织转录后水平中发挥的作用及其可能参与的调控通路。【方法】选取2只具有黑白花毛色的健康藏绵羊,减去体侧被毛使皮肤
关键词：
藏绵羊 皮肤组织 高通量测序 miRNA
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
单艳菊 顾华兵 宋卫涛 束婧婷 朱文奇 胡艳 李慧芳
【目的】研究不同品种鸭胚胎期和出雏早期胸肌、腿肌中IGF-Ⅰ基因mRNA表达水平的发育性变化。【方法】采用实时荧光定量PCR方法,研究生长速度不同的"高邮鸭"和"金定鸭"13,17,21,25,27胚龄和出雏后7日龄胸肌、腿肌中IGF-Ⅰ基因mRNA的表达规律。【结果】IGF-ⅠmRNA的表达规律在2个品种鸭的早期肌肉发育过程中较为一致,胸肌和腿肌IGF-ⅠmRNA表达量都是在13胚龄时最高,公鸭和母鸭同一肌肉组织IGF-ⅠmR-NA表达没有显著差异(P>0.05);不同品种间,IGF-ⅠmRNA在"高邮鸭"胸肌中的表达量除27胚龄外,其他发育时期均高于"金定鸭",且在13和21胚龄及7日龄时...
关键词：
鸭 IGF-Ⅰ基因 胚胎期 差异表达
[期刊] 中国农业科学
[作者]
鲍建军 苏锐 王庆增 吕晓阳 高雯 于嘉瑞 王利宏 陈玲 吴文忠 盛水兴 周洪 孙伟 戴国俊
【目的】通过在ｍ ＲＮＡ表达水平检测ＴＧＦ－β／ｓｍＡｄ信号通路基因在湖羊肌肉组织中时空表达，来探究各基因的表达规律及内在联系。【方法】利用荧光定量ＰＣＲ技术对湖羊ｓｍＡｄｓ基因在出生后不同生长阶段（２日龄，２月龄和６月龄）不同性别的两种不同骨骼肌（腓肠肌、趾长伸肌）的相对表达进行分析，以及对湖羊ｓｍＡｄ家族（ｓｍＡｄ２、ｓｍＡｄ３、ｓｍＡｄ４、ｓｍＡｄ７）基因、ＹＡＰ１基因的表达相关性分析。【结果】湖羊肌肉ＴＧＦ－β／ｓｍＡｄ信号通路中ｓｍＡｄｓ基因时空表达规律研究发现：ｓｍＡｄｓ在不同肌肉组织的表达分析中，ｓｍＡｄｓ在腓肠肌中的表达高于趾长伸肌，可能与这两种骨骼肌分属不同部位有关；ｓｍＡｄ．．．
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
唐波 王群 奚雨萌 林丽娟 穆甜 王建球 韩兆玉
选择平均年龄4-5岁、体重相近的徐州黄牛16头进行配对,随机分为对照组和试验组,每组8头,在相同的条件下饲养.试验组分别在每头肉牛的精料中添加8 g·d-1蛋氨酸羟基类似物异丙醇酯(HMBi),对照组的精料不添加HMBi.试验结束后统一屠宰,并测定相关指标,研究HMBi对肉牛胴体品质、血清生化指标、肌内脂肪含量以及心脏型脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因mRNA表达水平的影响.结果表明:在肉牛胴体品质方面,与对照组相比,试验组肉牛的肌肉色、脂肪色、剪切力和蒸煮损失均无显著差异(P>0.05);但大理石花纹等级高于对照组(P>0.05).在血清生化指标方面,试验组肉牛血清的甘油三酯含量在试验后极...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
郝称莉 李齐发 乔永 刘振山 邵丹青 李伟华 林建良 吴福荣 沈补根 谢庄
【目的】研究湖羊不同部位肌肉H-FABP和PPARγ基因mRNA的发育变化规律,结合屠宰试验分析H-FABP和PPARγ基因mRNA表达水平对肌内脂肪沉积的影响。【方法】选取初生、1、2、3、4、5、6月龄湖羊公羔和12月龄的成年公湖羊各5只,屠宰后取背最长肌、腰大肌和股二头肌检测肌内脂肪含量,用荧光实时定量PCR法检测湖羊不同部位肌肉H-FABP和PPARγ基因mRNA表达水平,分析其在不同时期的变化及其与肌内脂肪含量的关系。【结果】(1)随着月龄的增加,肌内脂肪(intramuscular fat,IMF)含量持续上升;同月龄背最长肌和腰大肌IMF含量显著高于股二头肌(P<0.05)。(2...
[期刊] 水产学报
[作者]
吴奎 梁宏伟 李忠 王丹 王春枝 邹桂伟
应用引物退火控制技术(ACP)筛选尼罗罗非鱼雌雄鱼肌肉组织差异表达基因,寻找与雌雄鱼肌肉生长发育相关的候选基因。本实验从同等条件下养殖的尼罗罗非鱼群体中随机选取雌、雄鱼各5尾组成RNA池,采用引物退火控制技术,分析了两组个体肌肉组织差异表达基因。利用20对随机引物差异显示扩增,共获得8条ESTs,其中5个已知的ESTs分别为转录变体3(LOC100691543)、60S核糖体蛋白(RL3)、小白蛋白β样蛋白、肌型肌酸激酶M2-CK和转录因子Sox4,其余3个为未知的ESTs。实时定量PCR分析各差异表达基因在尼罗罗非鱼雌雄肌肉组织中的表达发现,8个差异表达基因中转录变体3与ACP6-Y在尼罗罗...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
范瑞文 董常生 游蓉丽 朱芷葳 张伟业 曹靖 董彦君 杜红阳 刘一飞 栗艳
【目的】研究羊驼皮肤功能发生的规律和机理以及发现新的功能基因。【方法】用SMART技术构建白色青年羊驼皮肤cDNA文库,随机挑取13800个克隆进行规模测序。预处理后,获取高质量的表达序列。用CAP3对高质量序列进行拼接;BLAST对拼接序列进行同源比较,以注释功能;CLUSTER对已知序列进行聚类;根据标准基因词汇体系,并结合人组织基因表达谱分类标准,对具有注释信息的基因聚类进行分类,构建羊驼皮肤的基因表达谱。【结果】cDNA文库库容量达106PFU,从中获得高质量序列7286条(在GenBank中命名为ASCD)。拼接成5837条一致性序列,包括446条重叠群和5391条单一序列。1732...
关键词：
羊驼 cDNA文库 基因表达 皮肤
[期刊] 海洋渔业
[作者]
彭士明 孙鹏 尹飞 施兆鸿
比较分析了相同规格银鲳与翎鲳幼鱼肌肉必需氨基酸的组成模式。结果显示,银鲳与翎鲳肌肉中氨基酸均以谷氨酸含量最高,分别为2.91、2.77 g/100 g湿物质,色氨酸含量最低,分别为0.17、0.18 g/100 g湿物质;银鲳肌肉中氨基酸总量、必需氨基酸总量及呈味氨基酸总量分别为18.08、9.32与6.84 g/100 g湿物质,翎鲳肌肉中氨基酸总量、必需氨基酸总量及呈味氨基酸总量分别为17.25、8.80与6.60 g/100 g湿物质;银鲳肌肉中必需氨基酸的组成比例为缬氨酸∶蛋氨酸∶异亮氨酸∶亮氨酸∶苏氨酸∶苯丙氨酸∶组氨酸∶赖氨酸∶精氨酸∶色氨酸=6.02∶3.12∶5.66∶9.45...
关键词：
银鲳 翎鲳 肌肉 必需氨基酸 组成模式
[期刊] 中国农业科学
[作者]
孙伟 倪蓉 殷金凤 丁家桐 张有法 陈玲 吴文忠 周洪
【目的】旨在了解中国特有的白色羔皮羊品种—湖羊不同花纹及其毛囊形成的分子遗传学机理。【方法】利用安捷伦基因芯片技术筛选初生湖羊大花和小花皮肤组织差异表达基因。【结果】差异表达分析显示,3对大花和小花组分别筛选出1 069、2 071和3 879个差异表达基因,共有137个共同基因;差异基因经GO分类显示,主要参与细胞分化、增殖、凋亡、发育、免疫应答、离子转运等生物学过程;另外,所验证的4个差异表达基因的荧光定量PCR结果与芯片结果基本一致。【结论】筛选出了BMP7、MMP2、SNAI1、SFXN1、CDKNIC、MT3、POU1F1等对湖羊大花、小花性状形成可能具有重要影响的候选基因。
关键词：
湖羊 毛囊 基因芯片
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
白东义 拉希玛 图格琴 赵若阳 陶娜拉 韩海格 丁文淇 贾紫洁 刘慧莹 王文兴 黄博光 芒来
为确定相关候选基因在毛色产生过程中的差异,以及相互之间的关系,试图解析胎儿期蒙古马毛色形成的分子机制,为今后保护和开发利用蒙古马(斑点)奠定基础,本研究以蒙古马(斑点)胎儿为研究对象,首先对胎儿期蒙古马体躯白色和黑色区域皮肤组织制作石蜡切片,进行组织学观察,其次对胎儿期蒙古马白色和黑色区域皮肤进行RNA-seq,构建mRNA表达谱,筛选相关差异表达基因,进行GO和KEGG功能富集分析。结果表明:1)通过组织学观察,黑色素在胎儿黑色皮肤组织表皮里沉积很明显,毛乳头、毛母质部位均有黑色素沉积。相反,白色皮肤组织中没有黑色素沉淀;2)RNA-seq筛选毛色产生差异的相关基因,共鉴定出660个基因,其表达量在黑白2个不同颜色皮肤组织中存在显著差异(P<0.05),其中197个基因在蒙古马胎儿黑色皮肤组织表达量较高,59个基因在蒙古马胎儿白色皮肤组织表达量较高。差异表达基因TYR、TYRP1、DCT、PAX3和DAPL1等富集到了黑色素生成通路。综上,胎儿时期蒙古马的毛色形成主要由黑色素形成相关基因决定,可为后期蒙古斑点马选育环节中对毛色的筛选提供科学理论依据。
[期刊] 华北农学报
[作者]
张建一 梁春年 裴杰 郭宪 沈友明 阎萍
研究牦牛MITF-M基因编码区序列及其编码蛋白的结构,以及其在皮肤组织中mRNA的表达水平,探讨MITF-M基因与牦牛毛色形成相关性,以期为揭示牦牛毛色形成分子机理奠定基础。采用RT-PCR技术扩增,成功获得了牦牛MITF-M基因编码区序列。采用生物信息学方法,预测分析MITF-M基因及其编码蛋白的基本理化性质、二级结构等;采用半定量PCR检测技术,检测出MITF-M基因mRNA在牦牛各组织器官中表达水平;通过荧光定量PCR技术检测出在牦牛不同颜色皮肤组织中MITF-M基因mRNA表达水平。结果表明,扩增得到的MITF-M基因的编码区是一条长为1 460 bp的DNA序列。将牦牛的MITF-M...
[期刊] 水产学报
[作者]
赵文 高峰英 石振广
为发掘达氏鳇的功能基因,采用新一代高通量测序技术对达氏鳇肌肉组织转录组进行测序。结果获得原始数据14 447 211 200 bp,拼接获得了55 531条单基因序列(unigene),长度范围300~32 613 bp,平均长度941 bp。利用生物信息学方法对unigene进行了非冗余蛋白质数据库(Nr)相似搜索,此外还进行了GO的功能注释和KEGG代谢通路分析。结果一共有20 735条unigene(37.34%)与Nr数据库中的己知基因同源;根据GO功能可分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类56分支;依据KEGG代谢通路分析可以分成290类。
关键词：
达氏鳇 肌肉组织 基因 转录组
[期刊] 水产学报
[作者]
王立新 郑尧 李锋刚 李雯娟 刘小林
以本实验室构建的大鲵皮肤cDNA文库为材料,通过文库质量检测、随机测序、ESTs拼接、COG软件进行基因注释等对文库进行了分析,并从中分离获得了大鲵胞质动力蛋白轻链2(dynein light chain,LC8-type 2,Dynll 2)基因的cDNA序列,对Dynll 2基因进行了生物信息学分析及组织表达研究。结果表明,本实验室构建的大鲵cDNA文库初级库容为1.50×106 cfu,文库重组率为94.8%,插入片段平均长度约为1 kb。400个随机克隆测序共获得343个有效ESTs,其中214条ESTs序列E-值<10-6,经COG软件归为9大类,其中与分泌蛋白、细胞代谢、细胞骨架以...
[期刊] 华北农学报
[作者]
高泽成 梁春年 吴晓云 李明娜 张志飞 阎萍
旨在通过分子水平和组织学水平阐明牦牛不同被毛颜色的机理。采用实时荧光定量PCR技术检测皮肤组织中决定色素形成通路中的主效基因:鼠灰色基因(Agouti signaling protein gene(ASIP),Agouti)、小眼畸形相关转录因子(Microphthalmia-associated transcription factor,MITF)、黑色素皮质素受体1基因(Melanocortin 1 receptor,MC1R)和酪氨酸酶基因(Tyrosinasegene,TYR)表达量。结果表明:M
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