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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
关舒元 朱超 王保莉 曲东 王伟民 孙丽蓉
【目的】从水稻土中分离铁还原微生物,研究不同碳源对其铁还原特征的影响,对分离的铁还原微生物进行系统发育学分析。【方法】对采自四川的水稻土进行厌氧恢复培养,通过PTYG选择性夹层培养基分离纯化及LB液体培养基扩繁后,接种到Fe(OH)3培养基中进行铁还原能力鉴定,筛选出具有铁还原功能的铁还原菌株。通过对6种碳源利用的纯培养比较,确定分离菌株利用不同碳源时的铁还原特征。采用通用引物进行PCR扩增,对PCR产物进行16S rDNA序列分析,建立系统发育进化树。【结果】分离得到1株具有铁还原功能的革兰氏阳性杆状厌氧菌株P4,其在培养的10~30 h达到对数生长期。菌株P4利用不同碳源时,铁还原的最大反...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
易维洁 曲东 朱超 王静
【目的】在纯培养方式下,研究水稻土中铁还原菌利用葡萄糖、果糖、心肌糖、淀粉和纤维素作为惟一碳源时对异化Fe(Ⅲ)还原的影响。【方法】以Fe(OH)3为惟一电子受体,不同单糖及多糖为惟一碳源,在30℃厌氧培养过程中,测定了3株铁还原细菌的Fe(Ⅲ)还原能力,及体系中剩余还原糖含量。【结果】铁还原菌株SC-a13、SC-a18和SC-a19在LB培养基中厌氧扩繁24 h,均可达到最大生长量。3株铁还原细菌总体上利用葡萄糖、果糖和淀粉的铁还原率分别为71.03%~82.86%,80.31%~85.77%和50.81%~73.21%,而心肌糖和纤维素难以被利用。在利用葡萄糖、果糖和淀粉时,体系pH在培...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李霞 于汉寿 回丽静 刘淑园 阮康勤 陈永萱
利用系统发育分析和RAPD技术对我国南京及周边地区的20株昆虫和植物花螺原体的分类地位和遗传多样性进行分析。结果表明:大多数菌株与Spiroplasma melliferum聚类,位于以16S rDNA序列构建的螺原体系统发育树的Citri-Chry-sopicola-Mirum类群;菌株ZHUF0901和MF0905位于Apis群内,但二者又分为2个不同的分支。利用筛选的34条RAPD引物共检测出664个位点,其中多态性位点数644个,多态性比率为96.99%。UPGMA聚类分析表明,在相似性系数达到0.6时,与Spiroplasma melliferum聚类的18株菌可根据螺原体宿主的不同...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
郭明元 刘广锋 冯娟
从养殖的患病军曹鱼身上分离出1株病原菌JT2,革兰氏阴性,短杆状,有极生鞭毛,能运动,菌落半透明。经回归感染实验,证明该菌为军曹鱼病原菌。进行了常规生理生化实验,并用API-ID32E系统鉴定该菌。再经Biolog-GN细菌鉴定系统鉴定,结果JT2与鲨鱼弧菌(Vibrio carchariae)相似度最高。为了进一步确定该菌的分类学地位,测定了其16SrDNA序列,分析了相关细菌的同源性,构建其系统发育树。结果表明,该菌株与V.carchariae的亲缘关系最近。综合上述几种方法的鉴定结果,最后鉴定该株菌为鲨鱼弧菌V.carchariae。
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
孙军德 房琳琳 王颖 宋思丹 白立红
收集不同的虫草菌株,对5个虫草菌株进行了分离纯化、形态学观察、人工栽培和分子鉴定等试验,研究了正常菌株和退化变异菌株间的差异,并从中筛选出最适合开发利用的优良菌种。结果表明:蛹虫草不同菌株间生物学特性的差别属于种类差异。在人工栽培试验中,K17菌株的子实体长,颜色橘黄,出草整齐,子囊壳丰富,产量高,每瓶干重达4.67g。K17菌株是5个供试菌株中最适宜人工栽培和开发利用的菌种。5个虫草菌株的ITS序列长度为545~566bp,GC含量为56.11%~57.06%。经核酸序列数据库GenBank同源性检索比对,均与蛹虫草有高度同源性,且5个菌株亲缘关系很近。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
田思璐 袁羽 徐乐 欧阳萍 陈德芳 黄小丽 耿毅
为探究四川某养殖场沼泽绿蛙（Rana grylio）暴发性高死亡率疾病的病因，对病蛙进行病理学检查和病原分离，并结合电镜观察、PCR检测和系统发育分析对分离病原进行鉴定。患病蛙主要病症为皮肤溃疡与四肢肿胀；剖检见肝、脾与肾肿大。组织病理学观察见肝、脾、肾与肠道等组织器官发生变性、坏死与炎症反应。接种病料的鲤鱼上皮瘤（eithelioma papulosum cyprini, EPC）细胞25℃培养4 d呈典型细胞病变效应（cytopathic effect, CPE）, TCID_(50)为10~(4.12)/0.1 mL。电镜观察到大量正六边形、对角线直径约165 nm的病毒粒子呈晶格状排列。对内脏组织及接种细胞进行蛙病毒主要衣壳蛋白（major capsid protein, MCP）基因的特异性PCR检测，结果均为阳性。基于MCP基因全序列的同源性和遗传进化分析显示，分离病毒与蛙病毒属病毒同源性在99%以上，且属于FV3类群。以上结果表明分离病毒（TSL210813）为蛙病毒，是本次沼泽绿蛙疫病的病因。
[期刊] 林业科学
[作者]
尹立伟 池玉杰
首先对猴头菌菌株CB1进行培养特性观察,表明菌株能产生较多的厚垣孢子;对其ITS序列进行扩增(GenBank登录号为GU584100),并与猴头菌属5个种的17个不同地域菌株进行基于ITS序列的系统发育分析,结果表明菌株CB1与猴头菌同种其他菌株遗传距离较近并聚类在一起。明确该菌株的分类地位后,对其进行木质素降解酶系统的检测,结果表明猴头菌可产生锰过氧化物酶(MnP)和漆酶(laccase),但不产生木质素过氧化物酶(LiP)。MnP和漆酶的酶活性变化是有规律的,Mn2+是猴头菌产生MnP的必要因子,而漆酶的产生则不受该条件的制约。在含Mn2+的LNAS培养基中加入木屑为底物的条件下,猴头菌M...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王政 毛胜勇 朱伟云
利用含L-色氨酸的基础培养基从仔猪新鲜粪样中分离产吲哚的菌株,根据菌落形态、生理生化特征分析,鉴定该菌株为Escherichia属,命名为wz_1977。通过批次培养的方法,研究了wz_1977以不同碳源为底物时的生长和吲哚生成情况。结果表明:以葡萄糖为底物时,wz_1977的菌落数目显著高于其他各组(P0.05),而吲哚生成水平稍低于对照组(P<0.05)。结论:分离出1株产吲哚菌wz_19...
关键词：
分离 产吲哚菌 碳源利用
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张晓君 秦国民 陈翠珍 房海 阎斌伦
对从1尾病死的观赏用龙胆石斑鱼Epinephelus lanceolatus L.中分离到的细菌,进行了形态特征、理化特性和对抗菌类药物的敏感性等较系统的表观生物学性状鉴定。同时,测定了16S rRNA基因序列、分析了相关细菌相应序列的同源性、构建了系统发生树。结果表明,供试两株纯培养菌(编号:HQ061227-1、HQ061227-2)为发光杆菌属Photobacterium(Beijerinck 1889)的美人鱼发光杆菌美人鱼亚种P.damselae subsp.damselae(Love et al.1982;Smith et al.1991),用HQ061227-1株作为代表菌株的1...
[期刊] 自然资源学报
[作者]
蒋金亮 徐建刚 吴文佳 周亮 孙东琪
论文从人-地结合视角看待碳移动问题,根据2001—2009年遥感数据和能源数据,分别计算各省碳排放和碳吸收量,引入流动比率,从而划分出高碳源地、低碳源地和碳汇地,结合标准差椭圆进一步分析人-地碳源汇系统离散和聚集趋势,进而得出人-地碳源汇系统空间格局演变及其特征。研究表明:①高碳源地主要集中在华北地区和上海地区,作为高碳源地的华北地区呈逐步向外扩张趋势,低碳源地主要在华东地区、华中地区和广东地区,呈现不断向西、南方向扩散趋势,碳汇地主要在西北、东北和西南地区;②高碳源地从点状式分布逐步向外扩散,到2009年呈现华北两端聚集,上海突出的类三角形结构,低碳源地呈现华中和华东两端聚集,广东、吉林突出...
关键词：
碳源汇 流动比率 人-地 标准差椭圆
[期刊] 西南农业学报
[作者]
成永丽 陈健 杨琳 杨凡 雷梦成 傅琴 周毅峰 唐巧玉
【目的】研究不同硒含量土壤中生长的紫云英和大豆共生根瘤菌种类和硒耐受能力。【方法】采用涂布平板法从植物根瘤中分离根瘤菌,提取根瘤菌总DNA,进行16S r DNA扩增、克隆与测序,并建立系统发育树进行分子系统发育分析。再将各菌株在不同浓度含硒平板上进行培养,以菌落变红为临界条件,筛选各菌株的硒耐受能力。【结果】(1)从高硒土壤上生长的紫云英和大豆根瘤中分离纯化得到5个根瘤菌菌株,从低硒土壤上生长的大豆根瘤中分离纯化出1个根瘤菌菌株。(2)6个菌株分属4个不同的属别,竹山、炼铁湾、渔塘坝紫云英根瘤菌供试菌株归属土壤杆菌属(Agrobacterium)、低硒大豆根瘤菌供试菌株归属慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)、高硒大豆根瘤菌供试菌株归属中华根瘤菌属(Sinorhizobium)、曾家紫云英根瘤菌供试菌株归属根瘤菌属(Rhizobium)。(3)竹山、炼铁湾、渔塘坝紫云英根瘤菌耐硒能力均为6μg/m L,曾家紫云英根瘤菌耐硒能力为5μg/m L,低硒、高硒大豆根瘤菌耐硒能力均为3μg/m L。【结论】在高硒自然环境(竹山、炼铁湾、渔塘坝、曾家)下生长的根瘤菌有较强耐硒能力,紫云英根瘤菌的耐硒能力高于大豆根瘤菌。
关键词：
根瘤菌 16S rDNA 系统发育 硒
[期刊] 草业科学
[作者]
尹明华 李文婷 欧阳茜 王美暄 徐子林 张钦荣 张牧彤 黄添慧 何凡凡 乐芸 张嘉欣 柴桑雪
通过DNBSEQ-T7测序平台对苏丹草叶绿体基因组进行了测序，并对其结构特征、系统进化关系以及密码子偏好性进行了分析。结果表明，苏丹草叶绿体基因组为典型的四分体结构，长度为140754 bp，共注释了86个CDS（蛋白编码）基因、38个tRNA（转运RNA）基因和8个rRNA（核糖体RNA）基因，缺失ccD和ycf1基因；苏丹草叶绿体基因组共检测到27个简单序列重复（simple sequence repeat，SSR）和47个长重复序列（long repeat sequence，Longrepeat）；LSC（大单拷贝）区和SSC（小单拷贝）区的核苷酸多态性显著高于IR（反向重复）区，LSC区的变异性大于SSC区和IR区，Pi（核苷酸多样性）变化范围为0-0.01852，通过Pi（≥0.01215）筛选出10个高变异区域，均位于LSC区；苏丹草及其11个近缘种叶绿体基因组密码子各位置GC含量不同，偏好以A/U结尾，平均ENC值为47.50，密码子偏性较弱；影响苏丹草及其11个近缘种密码子使用偏性的主要因素为自然选择，内部突变压力的影响较小；苏丹草叶绿体基因的最优密码子共15个（CAA、AAA、UUU、UAU、AUU、UAA、GCA、CCA、ACU、GUA、AGA、CGA、CUU、UCC、UCU），均以A、U结尾；苏丹草与高粱双色亚种Sorghum bicolor subsp. drummondii （MW999225）亲缘关系较近。本试验结果能为苏丹草分子标记的开发、遗传多样性以及进一步研究高粱属植物的保护生物学和种群遗传学提供参考。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
朱雷宇 朱志煌 方民杰 朱陇强 林琪
综合分析对虾科(Penaeidae)21个物种线粒体基因组的全序列，发现其线粒体基因组的长度为15 893～16 071 bp, A+T含量为64.59%～70.61%。K_a/K_s分析表明，对虾科物种线粒体13个蛋白质编码基因(protein-coding genes, PCGs)中，atp8基因的K_a/K_s最高，表明在对虾科中atp8基因受到了较弱的选择压力；在差异位点的分析中，发现nd5和rrnL基因的差异位点比例较高，是理想的分子标记，可用于分析对虾不同群体之间的遗传多样性；在密码子的使用中，被编码的氨基酸均体现相似的偏好性。同时，采用ML(Maximum likelihood)和BI(Bayesian inference)方法构建系统发育树，结果显示，这两种方法构建的系统发育树拓扑结构完全一致，且同属物种也都归为一类或者单独归为一支。本研究为快速鉴定对虾科生物提供了可靠的分子标记，为分析对虾科物种遗传多样性提供理论依据。
关键词：
对虾科 线粒体基因组 结构特征 系统发育
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
陈欣雨 朱守玟 江转转
【目的】李属植物种类庞杂，其线粒体基因组相关研究较少。利用比较基因组学对李属植物线粒体基因组进行分析，旨在为李属植物系统发育、种群鉴定等研究提供参考。【方法】基于NCBI数据库已发布的7种李属植物线粒体基因组序列，利用生物信息学的方法，对其基因组的特征、组成，基因转移，遗传变异，系统发育等方面进行分析。【结果】7种李属植物的线粒体基因组序列长度为422 215(寒樱)～535 727 bp(梅),GC含量均约为45%,编码序列数量相近。跨膜结构域分析显示，线粒体基因组部分开放阅读框可能包含信号肽。DNA从叶绿体迁移至线粒体分析显示，tRNA基因比rRNA基因更为保守。7种李属植物线粒体基因组密码子偏好性不强，但共线性较高，大多数蛋白质编码基因在进化过程中受纯化选择。线粒体全基因组和单基因系统发育分析显示，寒樱与浙闽樱桃、梅与山杏的亲缘关系更近，李与光核桃的亲缘关系也较为接近，此结果与植物学分类标准存在一致性。【结论】李属线粒体基因组是其全基因组的重要组成部分，其序列较为保守，可用于物种鉴定、系统发育等方面的研究。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
李雪 任玉玲 赵艳 李幸儿 孙胜男 赵成周 李萍
以直穗小檗为材料进行叶绿体基因组测序和组装,分析其叶绿体基因组结构特征,并讨论系统进化关系。结果表明:直穗小檗叶绿体基因组全长167 036 b,GC含量占总碱基数量的38.16%,共编码144个功能基因;直穗小檗叶绿体基因组序列中共发现109个微卫星位点,A/T碱基组成的单核苷酸重复序列占比最高(73.4%);系统发育分析表明,直穗小檗与朝鲜小檗、黄芦木以及威宁小檗的亲缘关系更近,同时与十大功劳属的阿里山十大功劳和阔叶十大功劳聚为一支。该结果为进一步研究直穗小檗的遗传资源、物种资源鉴定和系统发育分析提供了依据。
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