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[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
张运超 何川 顾泽茂
采用差减抑制杂交技术(SSH)以1龄红狮头金鱼(Carassius auratus)的头瘤组织为检测子(Tester),40日龄红狮头金鱼幼鱼的头顶上皮组织为驱动子(Driver),构建金鱼头瘤相关基因的差减cDNA文库。以鲫管家基因α-tubilin为参照检测差减效率,结果表明该文库差减效率达210倍,效率较高。随机挑选阳性克隆进行接头特异引物的PCR检测,结果表明插入片段均在0.1~2.0kb之间。利用斑点杂交对PCR检测结果为单一条带的阳性克隆进行筛选并测序,获得高差异性的有效序列93条。通过生物信息学方法对文库序列进行比对、分类和注释,发现若干结缔形成基因和原癌/抑癌基因等与金鱼头瘤形...
关键词：
金鱼 头瘤 差减抑制杂交 cDNA文库
[期刊] 中国农业科学
[作者]
郑嫩珠 陈晓燕 卢立志 朱志明 缪中纬 辛清武 陈晖 肖天放
【目的】分离半番鸭羽色相关基因,探索半番鸭羽色基因表达调控的分子机制。【方法】以半番鸭白羽皮肤和黑羽皮肤分别作为试验组(tester)和驱动组(driver),利用双链特异性核酸酶(duplexspecificnuclease,DSN)介导的均一化消减杂交方法,构建半番鸭羽色相关基因消减cDNA文库,同时采用实时荧光定量PCR方法对文库质量进行验证。【结果】①从文库中随机选取144个阳性克隆进行测序分析,最终共获得64条有效序列,平均长度为1 031 bp;经BLAST比对发现,21条具有同源序列,且同源性平均为92.8%;43条未找到匹配序列,推测可能为羽色相关新基因;②Geneontolo...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
曲宪成 尚晓莉 程翠 曲学伟 张勇 张开岳 蒋骄云
应用抑制性差减杂交技术构建了黄鳝(Monopterus albus)IV期卵巢和间期性腺的差减cDNA文库。正向差减杂交以间期性腺为试验方,IV期卵巢为驱动方;反向差减杂交以IV期卵巢为试验方,间期性腺为驱动方。将获得的差减cDNA片段连接质粒载体,然后转化大肠杆菌DH5α,最后获得的正、反向差减文库分别含461、678个重组子。经PCR扩增鉴定插入片段范围为200~2 000 bp。随机选取正、反文库共100个阳性克隆测序分析,得到90个有效基因片段,与GenBank进行BLASTx和BLASTn同源比对。进一步从文库中选取2个基因用于半定量RT-PCR,对文库质量进行验证。结果表明,所建文...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
喻修道 屈志鹏 郭军 于秀梅 黄雪玲 韩青梅 黄丽丽 康振生
【目的】构建小麦与条锈菌亲和互作的差减文库,分离条锈菌侵染小麦过程中的差异表达基因。【方法】以小麦品种水源11和条锈菌相应毒性小种CY31号为材料,构建条锈菌侵染阶段的SSH-cDNA文库,挑选250个阳性克隆测序并进行生物信息学分析。【结果】聚类后得到149条非冗余EST(unigene)。经BlastX比对和功能分类分析,其中50条unigene(33.6%)未找到同源性匹配,25条(16.8%)与未知功能蛋白同源性较高;其余74条功能已知的unigene中,与初级代谢、能量相关的基因分别有13条和10个,占8.7%和6.7%,感病及防御相关的基因有6个约占4.0%;此外,获得两个与病原菌...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张映 陈钰辉 张振贤 方智远 连勇 刘富中
【目的】构建茄子单性结实差减文库,分离获得茄子单性结实相关基因,研究茄子单性结实形成的分子机制。【方法】以茄子单性结实品系D-10低温条件下无籽的子房和果实,以及适温条件下有籽的子房和果实为材料,采用抑制差减杂交(SSH)技术构建正向和反向差减文库。对阳性克隆测序、BLAST比对分析、GO(gene ontology)功能注释及分类和荧光定量PCR分析。【结果】正反向文库共获得了2 347个阳性克隆;测序、序列拼接后,共获得1 248个高质量的unigenes;将其与非冗余数据库BLAST比对后,有1 109个unigenes找到同源序列,139个unigenes无同源序列为新基因。1 248...
关键词：
茄子 温敏单性结实 抑制差减杂交 EST
[期刊] 华北农学报
[作者]
郭爽 王雯 杨文才 沈火林
本试验对构建的辣椒育性恢复相关基因的消减cDNA文库进行质量分析。通过对文库构建过程中的各个环节,包括总RNA的提取,mRNA的分离纯化,RasⅠ酶切,接头连接,消减效率检测以及菌落PCR等,进行分析和评估,证明利用抑制消减杂交技术(SSH)所构建的消减文库是准确可靠的,富集了大量与辣椒育性恢复相关的基因,为进一步精确筛选、克隆、分析辣椒育性恢复相关基因奠定了基础。
关键词：
辣椒 恢复基因 抑制消减杂交 消减文库
[期刊] 中国农业科学
[作者]
宋杨 吴树敬 张艳敏 陈学森
【目的】寻找苹果短枝型枝条形成相关基因,为进一步探索苹果短枝型芽变形成机理及选育新的短枝型苹果品种奠定基础。【方法】利用抑制性差减杂交技术构建正反向苹果短枝型芽变枝条和正常型枝条差异表达cDNA文库,利用荧光定量RT-PCR验证文库中克隆的插入片段。【结果】从两个文库中共获得291个有效阳性克隆,插入片段大小主要分布在300—600 bp之间。利用GenBank的BLAST比对分析,其中126个表达序列标签(EST)找到了与之匹配的同源序列。获得的cDNA片段功能涉及代谢、转录、胁迫响应、转运、光合和信号转导;有165个EST片段未找到同源序列。对文库中EST序列进行实时荧光定量RT-PCR验...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
王磊 陈再忠
采用氯仿-甲醇提取法、苯酚-硫酸法、凯氏定氮法测定了红高头金鱼头瘤的粗蛋白、脂肪和碳水化合物含量,用光谱及色谱对红高头和黑高头金鱼头瘤的总类胡萝卜素含量及其组份进行了测定。结果表明:(1)红高头金鱼头瘤水分含量为92.19%,干物质中粗蛋白含量60.99%、脂肪含量为30.24%、碳水化合物含量为4.50%;(2)头瘤中的类胡萝卜素为虾青素、虾青素酯、角黄素、β-胡萝卜素和α-胡萝卜素5种,红高头金鱼头瘤中虾青素、虾青素酯、角黄素和β-胡萝卜素含量均显著高于黑高头金鱼;红高头金鱼头瘤中角黄素含量最多,为9.91%,而黑高头金鱼头瘤中含量最多的是β-胡萝卜素,为5.18%。
关键词：
金鱼头瘤 常规物质 类胡萝卜素
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈明 罗洪林 朱佳杰 王瑞 甘西 罗永巨 李莉萍
以吉富罗非鱼YY超雄鱼和XY雄鱼的血液为试验材料,采用抑制性消减杂交技术(SSH)构建YY超雄罗非鱼和XY雄鱼的消减文库。采用PCR方法评价文库的质量后,通过DNA测序技术对204个克隆进行测序,经手动去除载体和引物序列后获得86条Contig,应用BLASTX和BioGPS程序对所获Contigs进行生物信息学分析。成功构建了吉富罗非鱼YY超雄鱼和XY雄鱼消减文库,文库库容量(CFU)为3860,库重组率为95%,所获得的DNA片段集中分布在400~650 bp之间。获得31条罗非鱼序列,19条非罗非鱼序列,36条序列未发现同源蛋白,可能为YY罗非鱼的新基因。对罗非鱼种属的25条差异序列进行...
关键词：
吉富罗非鱼 超雄鱼 消减文库 差异基因
[期刊] 西南农业学报
[作者]
梅红 赖建华 何婕 木德伟 施晓群
本研究应用抑制差减杂交方法构建了感染黄矮病毒早期,高抗病和高感病青稞种质的差减cDNA文库,共获得了143个带有插入片断的克隆。以构建的抗黄矮病抑制差减文库的62个片段为基础,对抗病青稞品种52号和感病青稞品种品引5号在感染黄矮病后24 h的差异表达基因进行了杂交筛选,获得了9个差异表达的基因片段。对这些片段进行序列分析和同源对比,获得了5个抗性相关基因片段。片段U3,U24在感染后24 h的抗性品系中表达增强,同时在EST序列比对中没有发现同源序列,可能为新的抗性相关基因。片段U58,U62为分别在抗性和感性品种中高表达的叶绿体相关基因。片段U23为多胺代谢通路相关基因。通过对这些基因片段的...
关键词：
青稞 黄矮病 差减杂交文库
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李星 于秀梅 李亚宁 张立荣 刘大群 杨文香 张汀
【目的】研究叶锈菌诱导小麦叶片的基因表达情况,从分子水平阐明小麦的抗病机制。【方法】以小麦抗叶锈病近等基因系TcLr41为材料,利用抑制差减杂交技术,构建叶锈菌诱导的小麦叶片cDNA文库,随机挑取文库中的阳性克隆测序,并对测序结果进行功能注释和分类。【结果】成功构建了叶锈菌诱导的小麦叶片抑制差减杂交文库,共获得3 456个阳性克隆。挑取165个阳性克隆进行测序,获得160条高质量EST。对EST序列进行聚类后,共获得107条非重复序列(Unigene),与GenBank进行BLASTx和BLASTn同源比对,其中70条非重复序列与已知基因同源性很高,占全部非重复序列的65.4%。已知功能的ES...
关键词：
小麦 叶锈菌 抑制差减杂交 表达序列标签
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
王勇 谭丽丽 燕正民 徐亚英 陈典
本研究以番茄长花柱品系T431为材料利用抑制性消减杂交技术(Suppression Subtractive Hybridization,SSH)构建了低温胁迫下的番茄长花柱突变体SSH cDNA正向差减文库,获得398个阳性克隆。经菌液PCR和Reverse Northern Blot杂交方法结合剔除假阳性,利用BLAST在GenBank数据库进行序列相似性比对,获得有功能的ESTs173个。通过对所获得的ESTs序列进行功能分类发现,其中参与初级代谢、能量代谢、抗病/防御反应和信号传导等过程的基因相对较多。此外,还有一些基因参与植物体内蛋白质合成与加工、物质运输、转运调控与生殖发育等过程。
[期刊] 水产学报
[作者]
王忠良 简纪常 鲁义善 王蓓 陈刚 吴灶和
为了探讨马氏珠母贝免疫防御机制,筛选免疫防御相关功能基因,以致病性溶藻弧菌人工感染的马氏珠母贝血淋巴为材料,采用抑制性差减杂交(SSH)技术,构建了溶藻弧菌诱导的马氏珠母贝血淋巴cDNA差减文库;以马氏珠母贝管家基因β-actin作为差减指标检测该文库的差减效率;对选取的600个阳性克隆进行测序及生物信息学分析。结果显示,该文库的差减效率可达210倍;PCR阳性检测显示差减片段为100~750 bp,对随机挑取600个克隆的测序结果显示,共获得414个有效EST序列;通过BLAST同源性比对,有167个EST序列(占40.34%)与NCBI数据库中已知功能蛋白质具较高同源性,其中7个EST序列...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
曾绍华 张聪 李明 屈会娟 张敏 阎文昭 蒲志刚
本研究以紫薯1号为材料,运用抑制性差减杂交(SSH)技术,构建了经黑斑病菌诱导12、24、36、48、60 h后的甘薯块根混合SSH cDNA文库。随机挑取103个cDNA克隆进行5'端测序,共获得87个非重复序列,其中包括29个重叠群,58个独立的ESTs,利用tblastx对87个序列在NCBI数据库中进行同源性比对。结果表明,在编号为14的EST中找到了"蔷薇"黑斑抗性muRdr1基因位点,基因全序列包括muRdr1A、muRdr1B、muRdr1C、muRdr1D、muRdr1E、muRdr1F、muRdr1G、muRdr1H、muRdr1I共9个基因。另外有2类基因的含量较高,一类是...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
谢正露 沈学怀 殷复建 刘琳 马海田 范红结
为了分离与猪链球菌2型感染密切相关的基因,利用抑制性消减杂交(SSH)技术构建了8周龄A/J小鼠感染猪链球菌2型后的脾脏消减cDNA文库,并对其中169个阳性克隆进行测序,去除冗余的cDNA序列载体并聚类拼接后共获得110条差异表达序列标签(EST)。利用GenBank的BLAST软件分析比较核酸和蛋白质同源性,发现共有36个基因与这些EST具有高度的同源性,它们分别参与细胞成分、免疫、信号转导、凋亡、转录等重要功能。这些差异表达基因主要有ATP/GTP结合蛋白1(Agtpbp1)、天冬氨酸-谷氨酸-丙氨酸-天冬氨酸盒多肽5、核蛋白p68、ATP-依赖RNA解旋酶、真核生物转录因子2亚基(Ei...
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