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[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
王振毅 张俊彬
以实验室循环水养殖系统养殖金钱鱼1周和1个月后的2组养殖水体样品(分别为A、B)作为研究对象,滤膜抽滤富集水样中的细菌,提取细菌基因组DNA,采用Mi Seq高通量测序方法测序16S r DNA的PCR扩增产物,进行细菌多样性比较分析、物种组成分析及聚类分析。结果表明:从2个样品测序中获得15 259条有效序列,其中A样品为9 092条,B样品为6 167条;在97%相似度下将其聚类,共产生90个OTUs(operational taxonomic units);多样性指数分析表明,A样品细菌群落多样性明显大于B样品的;样本中的细菌种类包含8个门、16个纲、28个目、38个科、48个属,其中A样品以变形菌门(Proteobacteria)的海单胞菌属(Thalassospira)和弧菌属(Vibrio)占优势,相对丰度分别为14.51%和13.29%,B样品以拟杆菌门(Bacteroidetes)的Aureispira和Dyadobacter占优势,相对丰度分别为44.67%和17.63%。表明随着时间的推移,鱼体生长产生的可溶性代谢产物和溶解性有机物逐渐积累以及水体p H的变化,改变了细菌生长的微环境,出现了细菌种群演替和适应的现象。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
孙藤芹 汪文俊 梁洲瑞 刘福利 孙修涛 曹原 王飞久
采用基于16S rDNA的高通量测序技术对山东长岛紫菜养殖区的细菌多样性分布进行了研究,并与环境因子进行关联分析,以探究紫菜养殖对环境的影响。结果显示,长岛海区水环境细菌多样性较丰富,呈现由近岸区(CDCNS)、养殖区(CDPF)、外海区(CDCOS)递减的趋势。分别基于所有细菌组成以及相对丰度最高的前20个属/种的聚类结果均显示,CDCNS和CDCOS区聚在一起,明显区别于CDPF区。CDPF区的特异优势菌包括鼠尾菌属(Muricauda)、假单胞菌属(Pseudomonas)、盐单胞菌属(Halomonas)、赤杆菌属(Erythrobacter)、海杆菌属(Marinobacter)。3个区域均未检测到河豚毒素假交替单胞菌(Pseudoalteromonastetraodonis)、柠檬假交替单胞菌(Pseudoalteromonas citrea)等疑似紫菜致病菌。溶解氧(DO)和pH呈现由近岸向外海逐渐降低的趋势,总颗粒悬浮物(TSS)反之。CDPF区氨氮(NH_4~+-N)含量最低,盐度最高。关联分析发现,环境因子与环境微生物之间具有一定的相关性,如嗜氨菌属(Ammoniphilus)的丰度与NH_4~+-N浓度具显著正相关性,CDPF区最低,CDCOS区最高;盐单胞菌属的分布与盐度具显著正相关性,CDPF区盐单胞菌属含量显著高于其他2个海区。研究表明,紫菜养殖海区细菌群落结构特征与环境因子具有关联性,其间的互作机制尚需进一步深入研究。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李革雷 陈昌福 高宇 刘振兴 谭晶晶
采用16SrDNA克隆文库技术,对位于武汉市少潭河水库养殖基地3种养殖模式[根据放养鱼所占比例,草鱼75%、鲢15%、鳙6%、异育银鲫4%,为模式1(MSH1);草鱼75%、鲢15%、鳙3%、匙吻鲟3%、异育银鲫4%,为模式2(MSH2);草鱼75%、鲢15%、匙吻鲟6%、异育银鲫4%,为模式3(MSH3)]水体中细菌多样性进行研究。系统发育分析结果表明:3种养殖模式中细菌的16SrDNA克隆文库的序列总共分布于10个门,分别是变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、蓝藻细菌门(Cyanobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)、疣...
[期刊] 水产学报
[作者]
李秋芬 傅雪军 张艳 马绍赛
通过模拟实验对循环水养殖系统中不同初始NH4+-N浓度的生物滤池中生物膜上和水中的细菌数量及群落种类组成进行了研究。对成熟生物膜及水体样品中的异养菌、氨氧化菌、亚硝酸盐氧化菌的培养计数结果表明,随着生物滤池初始氨氮浓度增大,除异养细菌数量逐渐下降外,生物膜上的氨氧化菌和亚硝酸盐氧化菌数量呈逐渐增加趋势,且均高出水样3～4个数量级;同时对上述样品的16S rRNA基因片段的PCR扩增产物进行变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析及其序列同源性分析的结果表明,生物膜和水中都有较高的细菌多样性,同一初始氨氮浓度的滤池中生物膜上的细菌多样性高于水中的。生物滤池中的细菌主要由拟杆菌门的黄杆菌纲和变形菌门的α-...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
罗国芝 吴慧芳 谭洪新
氨氮是养殖水体主要的控制指标,自养硝化过程将水体中的氨氮经亚硝酸盐转化成硝酸盐,是水体中氨氮最常见的一种转化途径,也是循环水养殖系统中常用的氨氮控制方式。根据国内外关于循环水养殖水体中自养硝化过程的研究报道,结合养殖水体特征,分析了利用固定膜式自养硝化过程控制养殖水体氨氮的优势和劣势、水产养殖过程中影响自养硝化效率的因素以及在实际使用过程中的注意事项,对自养硝化过程的建立进行重点介绍,为实际应用提供参考。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
金风杰 蒋德明 王亭芳 孙霏 常忠义 赵云龙 高红亮
【目的】研究南美白对虾养殖池一个养殖周期的底泥细菌多样性,为指导水产养殖提供参考。【方法】于2011年7-9月,采集上海市金山区水产养殖基地南美白对虾养殖池塘的底泥,提取底泥中细菌的总DNA,扩增细菌16SrDNA的V3可变区,采用DGGE指纹图谱技术以及基因测序技术,对该养殖周期的底泥细菌多样性进行研究。【结果】不同月份虾池底泥中存在一定数量的共有优势菌群,7月和8月的共有优势菌群分别为黄杆菌属和绿弯菌门细菌,8月和9月共有优势菌群为梭菌属细菌,7月份和9月份共有优势菌群为拟杆菌门细菌和硫酸盐还原菌;同时,7-9月底泥中还各自分布有除硫单胞菌属、蛭弧菌属、δ-变形菌门、酸杆菌门、厚壁菌门、聚...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张琛 王岩 郑侠飞 李云梦 任幸
利用Illumina MiSeq高通量测序技术分析了网箱养殖花鲈(Lateolabrax japonicus)和日本黄姑鱼(Nibea japonica)肠道细菌组成，同时分析了配合饲料和网箱中海水的细菌组成以确定鱼类肠道细菌与环境之间的关系。花鲈投喂冰鲜鱼，日本黄姑鱼投喂配合饲料。从花鲈和日本黄姑鱼前肠、中肠、后肠、配合饲料和网箱内海水中共鉴定出886个细菌OTU (operational taxonomic unit)，分别隶属8个门、40个属，其中从花鲈和日本黄姑鱼肠道中鉴定出的550个细菌OTUs分别隶属5个门、15个属。在门的水平上，厚壁菌门(Firmicutes)在两种鱼类肠道中均占优势；在属的水平上，梭菌属(Clostridium＿sensu＿ stricto＿1) 在花鲈肠道中占优势，芽孢杆菌属(Bacillus)在日本黄姑鱼肠道中占优势。花鲈与日本黄姑鱼之间肠道细菌的相似性高于日本黄姑鱼肠道细菌与配合饲料中细菌的相似性，也高于花鲈或日本黄姑鱼肠道细菌与其养殖网箱内海水中细菌的相似性。日本黄姑鱼肠道与配合饲料中共有的细菌OTU数多于日本黄姑鱼肠道与网箱内海水中共有的细菌OTU数。综上所述：(1)花鲈和日本黄姑鱼肠道细菌群落分别独立于其养殖网箱内海水细菌群落，日本黄姑鱼肠道细菌群落独立于其配合饲料中的细菌群落；(2)日本黄姑鱼肠道细菌受配合饲料中细菌的影响大于受网箱内海水中细菌的影响。
[期刊] 水产学报
[作者]
吴小梅 林茂 鄢庆枇 江兴龙 张娴
为了更有针对性地防控水产动物细菌性病害的发生和流行,本实验对美洲鳗鲡及其养殖水体耐药细菌的种属特征及耐药情况开展了相关研究。首先采集美洲鳗鲡不同部位(表皮、鳃、肠道)及其养殖水体的样品,经5种抗菌药物平板筛选耐药菌株,然后采用K-B纸片扩散法检测细菌对抗菌药物的耐药性,同时测定耐药菌株的16S r DNA序列,进而分析耐药菌的种属分布和多重耐药性。结果显示,经耐药平板筛选分离纯化得到108株细菌,分别属于气单胞菌属、柠檬酸杆菌属、不动杆菌属等20个属;其中,93.5%的菌株对3种(含)以上的抗菌药物具有耐药性,86.1%的菌株对3类(含)以上的药物具有抗性。对阿莫西林的耐药率高达90.7%,对...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张健龙 江敏 王城峰 童晓岚 金婧 顾德平 胡伟国 于忠利 戴习林
为了解凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)养殖过程中挂膜式生物滤器内不同位置间微生物群落结构多样性的差异,采集已运行46 d的挂膜式生物滤器内挂膜上部外侧和内侧、下部内侧和外侧及收集盘5个不同位置的微生物,采用分子生物学手段,通过16S r RNA基因高通量测序法对生物滤器内微生物进行多样性分析,并对不同位置间功能性微生物进行对比。结果显示,在门水平上,5个不同位置共鉴定出10个主要类群,其中,变形菌门(Proteobacteria)所占丰度比例较大,为主要优势类群,硝化螺旋菌门(Nit
[期刊] 中国水产科学
[作者]
孙振丽 宣引明 张皓 蒋明 潘云生 张益明 龚叶平 陆小平 余德山 薛仁宇 胡小龙 曹广力 贡成良
为了探讨南美白对虾（Ｐｅｎａｅｕｓ ｖａｎｎａｍｅｉ Ｂｏｏｎｅ）肠道及其养殖环境中细菌种群组成和分布，采用ｉｌｌｕｍｉｎａ ｍｉｓｅｑ测序平台，基于１６ｓ ｒ ｒｎａ基因的序列测定结果，对南美白对虾肠道及其养殖池塘底泥、水体中细菌的种群结构进行分析。结果显示，在南美白对虾肠道、养殖池塘底泥、水体分别检测到２０６、２６５和２７０个细菌属，其中，有９０个属在３个样品中均可检测到，底泥和水、底泥和虾肠道、水和虾肠道中检测到的共有细菌属分别为１４６、１２８和１１９个，表明养殖池塘底泥、水和肠道中细菌存在密切的相互作用。在底泥、水和虾肠道样品中丰度大于１％的优势菌属分别有２０、１７和１０个；底泥、水体．．．
[期刊] 农业现代化研究
[作者]
圣平 于一尊 田晓娟 黄江丽 张志红 丁建南
本文对鄱阳湖７个河口（赣江、抚河、信江、乐安河、昌江、饶河和修河）水体的理化特性进行了分析，并采用细菌１６Ｓ ｒ ｒＮＡ基因Ｍｉ Ｓｅｑ测序的方法对其多样性和组成进行了研究。结果表明，乐安河水体总氮含量最高，信江水体总磷含量最高。乐安河、修河和饶河水体细菌丰度高于其它河口，而修河、昌江和饶河水体细菌多样性则相对较高。水体细菌群落组成分析结果表明，在７个河口水体中变形菌门细菌均占优势，其次为放线菌门和拟杆菌门细菌。而在纲水平，在７个河口水体中β－变形菌纲细菌占优势，其次为α－变形菌纲细菌和放线菌纲细菌。相关性分析结果表明，水体ｐ Ｈ和细菌群落多样性呈显著负相关关系，而总氮和氨态氮含量和细菌群落多．．．
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
黎谢飞 王永杰
上海市浦东新区滴水湖自建成后,围绕滴水湖水体质量的研究很多,但是滴水湖水体总体细菌多样性特点的研究尚未见报道。本研究结合16S rRNA基因变性梯度凝胶电泳、16S rRNA基因宏基因组学分析的方法来初步探究滴水湖表层水体细菌的多样性特点,以及滴水湖中粪便污染指示菌、致病菌、条件致病菌和水体富营养化典型菌等的存在性和分布情况。研究结果可以说明滴水湖表层水体在采样期内的细菌多样性:(1) 5个水体样品共获得428个OTU,属于17个细菌门,39个纲,81个目,130个科,191个属,282个种。(2)湖水中以放线菌门(Actinobacteria)、蓝藻门(Cyanobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、浮霉菌门(Planctomycetes)为优势门,占总序列数的97%。(3)在宏基因组中没有检测到水体粪便污染指示菌等相关的序列,在属的水平没有发现沙门氏菌属(Salmonella)、链球菌属(Streptococcus)等致病菌或条件致病菌,只有极少量的序列属于志贺氏菌属(Shigella,0. 1%)。滴水湖表层水体中蓝藻主要为聚球藻属(Synechococcus),没有发现富营养化水体中容易出现的水华蓝藻的序列。可知滴水湖表层水体的细菌多样性特点与淡水湖泊典型细菌多样性特点类似,湖水中没有检出水体污染菌,目前也没有证据表明有蓝藻暴发导致水华的倾向。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
李建松 王广军 龚望宝 谢骏 余德光 郁二蒙 魏南 夏耘
为了解蓝藻暴发池塘中细菌群落特征，采集３个地区（广东、云南、贵州）４个淡水养殖场的蓝藻暴发池塘和非蓝藻暴发池塘（对照池塘）水样，并检测其理化因子及生物指标，采用ＰＣＲ－ＤＧＧＥ技术分析其细菌群落结构差异。依据ＰＣＲ－ＤＧＧＥ指纹谱带的丰度对养殖水体细菌群落多样性进行了分析，并对水体细菌群落结构进行了ＵＰＧＭＡ聚类分析。结果发现：蓝藻暴发池塘水体的ＰＯ＿４－Ｐ含量均显著高于对照池塘（Ｐ＜０．０１）；而且理化因子与细菌群落的ＲＤＡ分析表明，ＰＯ＿４－Ｐ与蓝藻暴发池塘细菌群落关系密切。蓝藻暴．．．
[期刊] 淡水渔业
[作者]
张信娣 陈瑛
将红螺菌科的红假单胞菌应用于三角帆蚌(Hyriopsis cum ingii)养殖水体,测定水化学环境因子和微生态群变化情况。结果表明,光合细菌可稳定养殖水体pH,去除氨氮、亚硝基氮、总氮,降低COD,改变水体氮磷比;光合细菌能有效控制异养细菌、弧菌、气单胞菌数量,对真菌的增殖也有一定抑制作用,避免养殖水体水质恶化。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
邓霏 鄢庆枇 黄伟卿 熊何健 王程程 马英
以16S r DNA为分子标记,通过构建克隆文库、限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP)分析等技术手段,研究大黄鱼(Larimichthys crocea)网箱养殖水体中细菌的群落结构。样品采自福建省宁德市三都湾富发养殖基地。随机选取5个不同养殖网箱水样混合,取3 L混合水样过滤富集细菌后提取总DNA,用细菌通用引物27F和1 492R扩增其16S r RNA基因,构建克隆文库。从文库中随机挑选154个克隆子进行分析,得到137个阳性克隆,92种RFLP带型。对部分代表性克隆子进行测序的结果表明,大黄鱼养殖水体中细菌多...
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