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[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
徐艳红 于晓池 易飞 王军辉 梁宏伟 麻文俊
【目的】通过对金丝楸CbuCYP71D15基因的分子特征和表达模式进行研究分析，为揭示CbuCYP71D15基因在金丝楸心材颜色形成过程中的作用提供参考依据。【方法】基于金丝楸木材样本的转录组数据，采用常规PCR扩增技术克隆获得CbuCYP71D15基因的编码区序列（CDS）全长，利用ProtParam,Protscale,PSORT Prediction等在线工具对CbuCYP71D15基因进行基础生物信息学分析。根据转录组数据，探究CbuCYP71D15基因在边材中的表达水平。同时，采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)的方法分析该基因在金丝楸不同组织部位中的表达模式。【结果】成功克隆得到长为1 497 bp的CbuCYP71D15基因序列，生物信息学分析显示该基因编码498个氨基酸，相对分子量为56.5 kD，理论等电点为9.16，是稳定的亲水蛋白，其二级结构主要由α螺旋（46.18%）和无规则卷曲（34.34%）组成，存在跨膜区段。通过序列比对及系统进化分析发现，CbuCYP71D15基因所编码的氨基酸序列与芝麻的同源序列相似度最高，同源蛋白遗传关系最近，且CYP71Ds在进化过程中是保守的，CbuCYP71D15蛋白具有细胞色素P450超家族特征的保守结构域及血红素结合位点，属于CYP71家族。转录组数据分析显示CbuCYP71D15基因在边材中的表达水平与1,4-萘醌类化合的在边材中的表达趋势一致。qRT-PCR分析表明，CbuCYP71D15基因在金丝楸各组织部位均有表达，在边材中表达水平最高，根中表达水平最低。【结论】CbuCYP71D15基因可能与金丝楸心材呈色物质的合成代谢过程中起到羟化作用，可为进一步解析CbuCYP71D15基因在金丝楸中的生物学功能提供依据。
[期刊] 华北农学报
[作者]
王力 张娜 张秀清 孙君社
自然条件下金丝桃素在植物中的含量较低且不稳定,提取工艺受其他物质的影响较大,在一定程度上限制了金丝桃素在医药、食品等领域的应用。为了研究金丝桃素合成途径并实现其体外转化,以贯叶连翘愈伤组织总RNA为模板,经RT-PCR扩增得到了编码金丝桃素合成酶的全长cDNA,即Hyp基因。将该基因克隆到原核表达载体pET30a中,成功构建金丝桃素合成酶表达载体pET30a-Hyp,并转化到大肠杆菌BL21(DE3)中。含有重组质粒的克隆在IPTG诱导下,表达出金丝桃素合成酶融合蛋白,利用Ni柱纯化菌体裂解上清中表达的融合蛋白,对纯化产物进行SDS-PAGE分析,结果Hyp基因得到了高效表达,大小约为20 k...
关键词：
金丝桃素 贯叶连翘 金丝桃素合成酶
[期刊] 华北农学报
[作者]
王俊斌 杨文丽 丁博 吴天文 王海凤 谢晓东
WRKY蛋白是主要存在于植物体内一类转录因子家族,在植物的生长发育和逆境应答中发挥重要作用。为了揭示小麦WRKY基因功能,从普通小麦中克隆出Ta WRKY71a基因后进行氨基酸序列分析,并对Ta WRKY71a基因在不同组织及不同胁迫条件下的表达模式进行分析。结果表明,Ta WRKY71a基因编码一个含有355个氨基酸的蛋白质。氨基酸序列分析显示,Ta WRKY71a蛋白含有1个WRKY结构域及1个C2H2锌指结构。预测分析表明,Ta WRKY71a蛋白定位在细胞核;其二级结构包含28.17%的α-螺旋、16.34%的延伸链、4.79%的β-转角和50.70%的无规则卷曲。不同物种间WRKY蛋白的同源性分析比较表明,Ta WRKY71a与粗山羊草WRKY71、水稻WRKY71、高粱WRKY71和拟南芥WRKY40的氨基酸序列之间具有高度的保守性。q RT-PCR分析表明,Ta WRKY71a在叶、根、茎、花和种子中均有不同程度表达,并受ABA、Na Cl和PEG诱导表达,推测该基因可能参与小麦逆境胁迫应答。研究结果为进一步研究Ta WRKY71a的生物学功能奠定了基础。
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
蔡佳友 董天一 傅靖棋 范新蕊 张丽杰
为探讨JmCO基因在胡桃楸花发育过程中的调控作用及促进提早开花的分子机理,从胡桃楸转录组数据库中筛选到JmCO基因片段,利用JmCO基因差异片段设计上下游引物,通过PCR扩增技术克隆得到该基因的CDS序列全长,将该基因命名为JmCO。利用生物信息学软件对JmCO基因所编码蛋白质的进行聚类及序列特征、蛋白结构、系统进化分析及亚细胞定位预测等。应用RT-PCR技术分析JmCO基因在胡桃楸不同器官、组织中的表达量。结果表明:克隆得到胡桃楸成花相关JmCO基因序列全长为582bp,其编码194个氨基酸。蛋白质分子量为21569.04Da;理论等电点(pI)值为8.3;NCBI数据库Blast比对表明,胡桃楸成花相关JmCO基因与其他物种的CO基因同源性均在70%以上。qRT-PCR荧光定量表达分析得出胡桃楸JmCO基因在雌雄花芽、果实、叶片、茎中均有表达,但在雌雄花芽中表达量最高。推测该基因参与了胡桃楸花芽发育的整个过程,在成花过程中发挥了重要的调控作用。该研究结果为进一步探索胡桃楸成花的分子机理奠定了研究基础。
关键词：
胡桃楸 JmCO基因克隆 表达分析
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
张丽杰 董天一 吴静雯 张萌萌 贾若雪 刘春平
SUPPRESSOR OF OVEREXPRESSION OF CONSTANS 1(SOC1)在拟南芥中被证实为调节花芽发育的关键因子。胡桃楸是一种重要的木本油料果材兼用树种，其雌雄异型异熟的开花特性未知。为探索SOC1基因在胡桃楸雌雄异型花芽发育过程的调控作用及促进早花的分子机制，利用胡桃楸花芽转录组数据获取SOC1基因CDS序列，通过PCR扩增技术克隆出SOC1基因的cDNA序列全长，并对其进行生物学信息分析；同时，利用qRT-PCR方法对SOC1基因在胡桃楸不同器官组织以及雌雄先型雌雄花芽不同发育时期的表达情况进行定量分析。结果表明：胡桃楸成花相关JmSOC1基因cDNA序列全长为705 bp，编码234个氨基酸；生物信息学分析得出JmSOC1蛋白分子量为21 569.04 Da；理论等电点（pI）值为8.3。qRT-PCR定量表达分析显示，JmSOC1基因在雌雄花蕾、果实、叶和茎中均有表达，但在雌雄花芽中表达量较高，且在雌花中表达量最高；并且在生理分化期时的雌雄花芽表达量趋于平稳，而到形态分化期时雌雄花芽表达量呈递增趋势，且表达量明显高于生理分化期。因此，推测JmSOC1基因参与了胡桃楸雌雄花芽发育的全过程，在开花过程中起着重要的调控作用。研究结果为进一步探索胡桃楸花芽发育的分子机制奠定了基础。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
马艳 朱馨蕾 杨长庚 张富春 尹伟伦
为深入研究胡杨的抗盐分子机制,并获得与之相关的抗逆基因,采用SMART技术构建了胡杨盐胁迫处理cDNA文库。经随机测序,得到一个编号为SSL061的EST序列,与欧美杨的脱水素基因有较高相似性,通过PCR快速扩增文库的方法获得了胡杨脱水素基因(Pedhn)。分析表明,该cDNA的长度为813 bp,拥有681 bp的开放读码框,共编码227个氨基酸。该序列包括两个重复的富含赖氨酸的K片段和由7个连续的丝氨酸残基组成的S片段,但是缺乏Y片段。RT-PCR结果表明,胡杨在未受胁迫的情况下脱水素基因的转录水平较低,而随着盐胁迫浓度的升高,脱水素基因的转录水平总体呈上升趋势。
关键词：
胡杨 cDNA文库 脱水素 盐胁迫
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王改玲 骆彦萍 孙宝剑 徐镇 许巧情 聂品
用RACE-PCR和RT-PCR方法获得鳜(Siniperca chuatsi)膜结合型免疫球蛋白D(Membrane-bounded IgD,mIgD)重链基因的全长cDNA序列。鳜mIgD的cDNA全长为3358bp,其5l非编码区包含30bp,3l非编码区包含337bp;开放阅读框包含2991bp,编码996个氨基酸,基因结构为VDJ-μ1-δ1-δ2-δ3-δ4-δ5-δ6-δ7-TM。鱼类IgD恒定区氨基酸序列比对结果显示,鳜mIgD存在半胱氨酸和色氨酸保守位点,与其他鱼类IgD的相似性在37%～72%之间。用邻接法(Neighbor Joining)构建的鱼类免疫球蛋白基因的系统发...
[期刊] 林业科学
[作者]
罗群凤 胥猛 冯源恒 徐嘉娟 李火根
【目的】鹅掌楸属花色种间差异较大,是研究木本植物花色形成与调控机制的较理想材料。查尔酮合成酶基因(CHS)是黄酮类化合物生物合成途径中的关键基因,与植物花色形成密切相关,同时又是研究科以下系统发育的理想基因,种间进化差异较大,因此CHS基因用于研究鹅掌楸属花色差异形成机制有较强的可行性。本研究克隆北美鹅掌楸的查尔酮合成酶基因,并对其进行生物信息学及组织表达分析,以期为鹅掌楸属树种花色的形成和调控机制研究提供参考。【方法】以北美鹅掌楸的花芽为材料,采用同源克隆和RACE技术克隆查尔酮合成酶基因(Lt CHS),并进一步扩增该基因的基因组序列。对该基因进行生物信息学分析。采用半定量RT-PCR方法...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
丛凡淏 赵金乔 刘毅 杨竞平 张林波
【目的】克隆人生长分化因子－１５（Ｈｕｍａｎ ｇｒｏｗｔＨ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ ｆａｃｔｏｒ－１５，Ｈｇｄｆ－１５）成熟肽基因，构建其原核表达载体，并进行诱导表达，为Ｈｇｄｆ－１５药理活性和生物学功能研究奠定基础。【方法】利用Ｐｃｒ技术克隆人Ｈｇｄｆ－１５成熟肽基因，将其连接到Ｐｅｔ－２８ａ载体上构建Ｐｅｔ－２８ａ－Ｈｇｄｆ－１５原核表达载体，并将此载体转入ｒｏｓｅｔｔａ（ｄｅ３）大肠杆菌感受态细胞，获得重组大肠杆菌，对目的蛋白分别采用不同温度（１６，２５，３７℃）、ｉＰｔｇ浓度（０．１０，０．２５，０．５０，０．７５，１．００ｍｍｏｌ／ｌ）和时间（１２，２４，３６，４８Ｈ）进行诱．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
梅高尚 纪德华 李兵 徐燕 陈昌生 谢潮添
坛紫菜栽培中经常遭遇高温胁迫危害而产生烂菜现象,为研究坛紫菜在高温胁迫条件下的分子应答机制,分离并克隆高温胁迫应答的相关基因,应用引物退火控制(ACP)技术对耐高温型纯系Z-61叶状体在高温胁迫条件下的差异表达基因进行筛选时,获得一条在高温胁迫条件下表达水平显著降低的基因片段,通过5′-RACE技术获得了它的全长,命名为Phrps15a(GenBank登录号:JN991055.1)。该基因序列全长676 bp,包含一个390 bp的开放阅读框编码130个氨基酸的核糖体S15a蛋白(PhRPS15a),蛋白分子式为C664H1066N188O180S7,由3条螺旋、7个片层及8个环状连接组成,与...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
王瑶 陈阿琴 杨志刚 刘志伟 郭子好 曾奇韬 沈城
根据斑马鱼GDF9、BMP15基因的保守序列设计引物,采用RT-PCR方法扩增获得日本白鲫GDF9、BMP15基因片段。日本白鲫GDF9基因片段长778 bp,编码145个氨基酸;BMP15基因片段长811 bp,编码270个氨基酸。氨基酸序列分析表明日本白鲫GDF9与斑马鱼的同源性最高,为78%,与其他物种的同源性在58%～78%之间;日本白鲫BMP15与斑马鱼同源性最高,为80%,与其他物种的同源性在30%～80%之间。系统进化树分析显示,鱼类的GDF9基因独立聚成一支,其中日本白鲫的GDF9基因与斑马鱼的GDF9基因聚成一支;鱼类的BMP15基因独立聚成一支,其中日本白鲫的BMP15基因...
[期刊] 华北农学报
[作者]
马鲜平 朱涛 龙安格 毕俊萱 何娇 王瑶 易华山
骨形态发生蛋白１５（Ｂｏｎｅ ｍｏｒｐｈｏｇｅｎｅｔｉｃ ｐｒｏｔｅｉｎ １５，Ｂｍｐ１５）由卵母细胞特异高表达，在卵母细胞发育成熟及动物繁殖性能具有重要的调控作用。通过采集荣昌猪卵泡组织，克隆Ｂｍｐ１５基因并对其ｍｒｎＡ组织表达谱进行分析。研究显示：荣昌猪Ｂｍｐ１５基因片段含有完整开放阅读框，与野猪、长白猪及梅山猪Ｂｍｐ１５基因进化关系最为密切，具有转化生长因子β（ｔｒＡｎｓｆｏｒｍｉｎｇ ｇｒｏｗｔｈ ｆＡｃｔｏｒ－ＢｅｔＡ，ｔｇｆ－β）超家族成员结构特征，具有卵巢组织特异性高表达特征。这些研究结果为进一步探究Ｂｍｐ１５基因的表达调控机制及其在猪卵泡发育中的作用奠定基础。
关键词：
荣昌猪 骨形态发生蛋白 克隆 转录谱
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李洋 刘萍 李健 李吉涛 马朋 高保全
采用RACE方法获得了脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)丝氨酸蛋白酶抑制剂serpin基因的cDNA序列。该基因全长1 516 bp,开放阅读框1 245 bp,编码414个氨基酸,其预测分子量为45.06 kD,理论等电点为5.694,并含有两个糖基结合位点。同源性分析发现其与斑节对虾(Penaeus monodon)同源性最高,达到49%。组织表达分析表明,serpin基因在脊尾白虾血细胞中表达量最高,其次是肝胰腺和鳃组织,在肌肉中表达量最低。不同盐度胁迫后脊尾白虾的血细胞serpin基因表达量在盐度胁迫8 h时显著高于对照组(P<0.05),肝胰腺组织中serpi...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
胡黎明 曾玲 申建梅 宾淑英 廖泓之 陈高峰 林进添
【目的】克隆桔小实蝇丝氨酸蛋白酶基因(Bactrocera dorsalis serine protease,BdorSer),研究BdorSer在不同组织和不同发育时期的表达情况,探索其可能参与的生理过程。【方法】采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和快速扩增cDNA末端(RACE)技术克隆BdorSer,对其编码蛋白氨基酸序列信息和进化关系进行分析;采用实时荧光定量PCR(real-time PCR)方法,研究BdorSer mRNA在桔小实蝇不同组织及不同发育时期的相对表达量。【结果】克隆获得了BdorSer,该基因ORF全长1 239bp。氨基酸序列一致性分析表明,BdorSer与...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
孙金秋 徐莞媛 马杭柯 高威 欧阳乐飞 高焕 阎斌伦
本研究根据脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)转录组序列,采用c DNA末端快速扩增技术克隆获得了脊尾白虾丝氨酸羟甲基转移酶基因(SHMT)。该基因c DNA全长为1855 bp,其中,开放阅读框为1407 bp,5?端非编码区为39 bp,3?端非编码区为409 bp,共编码468个氨基酸,预测蛋白质的分子质量为152.55 kDa,理论等电点为4.90。同源性分析显示,脊尾白虾SHMT基因与甲壳类动物真宽水蚤(Eurytemora affinis)同源性最高,为96%。荧光定量分析结果显示,SHMT基因在脊尾白虾眼柄、胃、肝胰腺、心脏、鳃、肠、肌肉、腹索神经、皮下脂肪以及卵巢中均有表达,其中,卵巢表达量最高,心脏次之。不同浓度Cd2+胁迫结果显示,其在低浓度(0.0100、0.0175和0.021 mmol/L)Cd2+胁迫中的表达模式基本一致,呈先升高后下降再升高再下降的趋势;而在高浓度(0.0278 mmol/L)Cd2+胁迫中,该基因表达量很低,甚至不表达,说明高浓度Cd2+胁迫可以抑制该基因的表达,具体机制有待进一步研究。
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