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[期刊] 中国水产科学
[作者]
杜盈 何玉英 李健 刘磊 孙铭 王清印
为了从表观遗传学角度讨论中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)野生群体和人工选育新品种"黄海1号"不同组织间甲基化水平和多态性差异,应用甲基化敏感扩增多态性(mehylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)分别对野生群体组中国明对虾和"黄海1号"肌肉、鳃、血液3种组织样品基因组DNA的CCGG甲基化水平进行对比分析,试图从表观遗传学角度探讨影响中国明对虾生长性状的分子机制。采用30对引物进行选择性扩增,经聚丙烯酰胺凝胶电泳(Polyacrylamide Gel Electrophoresis,PAGE)带型结果显示,野生...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
左之良 谭杰 吴彪 陈四清 高菲 燕敬平 王爽 孙慧玲
本研究分别以普通刺参（Ａｐｏｓｔｉｃｈｏｐｕｓ ｊＡｐｏｎｉｃｕｓ）和白刺参基因组ＤｎＡ为实验材料，应用甲基化敏感扩增多态性（ＭｅｔｈｙｌＡｔｉｏｎ－ｓｅｎｓｉｔｉｖｅ ＡＭｐｌｉｆｉｅＤ ｐｏｌｙＭｏｒｐｈｉｓＭ，ＭｓＡｐ）技术对刺参体壁、呼吸树和消化道３个组织的ＤｎＡ甲基化水平和甲基化模式进行了研究，初步探讨了ＤｎＡ甲基化对刺参组织间基因特异性表达的影响。结果显示，筛选得到的９对引物组合能够在普通刺参和白刺参两个群体中得到稳定扩增，在两群体刺参中分别检测到５９３２和５２０８个位点，均以未甲基化位点为主，普通刺参和白刺参未甲基化位点数分别为４３１７和３９４４，分别占总扩增条带数的７２．７８％．．．
关键词：
刺参 MSAP CCGG位点 甲基化水平
[期刊] 水产学报
[作者]
隗健凯 柳承璋 张晓军 王兵 董波 李富花 相建海
对前期获得的中国明对虾头胸部、血液、眼柄、卵巢4种组织的EST测序数据进行了生物信息学挖掘和分析。4种组织的原始EST序列分别为10 446条、2 690条、1 067条和1 282条,通过聚类拼接得到unigene 3 454条、1 053条、406条和544条,对其进行了NR、GO、KEGG等数据库的功能注释,并在此基础上进行了组织差异分析。通过同源比对的方法找出了各组织特异的转录本,并根据注释信息将其进行了GO功能分类。结果显示,血液组在细胞杀伤、迁移和节律等功能分类上特异性富集;眼柄组在色素生成、信号传递和生物学调控等功能分类上特异性富集;卵巢组在营养贮存运输、繁殖和定位等功能分类上特...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
安丽 刘萍 李健 何玉英
随机选取第11代"黄海1号"5月龄中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)100尾和6月龄中国明对虾50尾,分别测量全长(X1)、头胸甲长(X2)、第1~6腹节长(X3~X8)、尾节长(X9)、头胸甲宽(X10)、第1腹节宽(X11)、头胸甲高(X12)、第1腹节高(X13)、体长(X14)共14个形态学指标。采用相关分析和通径分析的方法,分别计算了这2种月龄对虾以形态性状为自变量对体质量(Y)的相关系数、通径系数和决定系数,进而对各性状的影响大小进行剖分。结果表明,5月龄和6月龄对虾的各形态性状与体质量的相关性均达到极显著(P<0.01)或显著水平(P<0.05)。5月...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
蓝伟侦 何光存 吴士筠 覃瑞
目的研究中高度重复序列在稻属不同物种基因组进化中的作用。方法用栽培稻C0t-1DNA和基因组DNA(gDNA)作为探针,分别对栽培稻、药用野生稻和疣粒野生稻进行荧光原位杂交(FISH)和比较基因组杂交(CGH)。结果C0t-1DNA覆盖栽培稻、药用野生稻和疣粒野生稻基因组比例(%)和大小(Mb)分别为47.10±0.16,38.61±0.13,44.38±0.13和212.33±1.21,269.42±0.89以及532.56±1.68。栽培稻gDNA在药用野生稻和疣粒野生稻基因组中的覆盖率约为91.0%和93.6%,含量分别约为634Mb和1123Mb,各有365Mb和591Mb不属于源自栽...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李吉涛 李健 陈萍 刘萍 何玉英 王清印
采用SMART(Switching mechanism at5′end of RNA transcript)技术构建了中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)血细胞和肌肉组织全长cDNA文库。以中国明对虾"黄海1号"血细胞和肌肉组织为材料,Trizol法提取总RNA,磁珠法纯化mRNA后,用SMART cDNA合成试剂盒合成双链cDNA。双链cDNA经SfiⅠ酶切和CHROMA SPINTM-400过柱分级分离后,与λTriplEx2载体两臂进行连接,随后进行λ噬菌体体外包装反应,构建血细胞和肌肉全长cDNA文库。肌肉组织原始文库滴度为0.77×106pfu/mL,血细胞...
关键词：
中国明对虾 血细胞 肌肉 cDNA文库
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李朝霞 李健 王清印 何玉英 刘萍
对中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)“黄海1号”人工选育群体和野生群体进行11项形态性状的测定,采用方差分析和2种多元统计分析方法,比较2个群体的外部形态特征。方差分析和t检验结果表明,2个群体在部分形态特征上表现出明显差异,主要反映在选育对虾的腹节1及腹节总长度增加,但头胸甲及腹节1的宽度降低。主成分分析构建了4个主成分,其累积贡献率分别为:主成分1为18.14%,主成分2为15.09%,主成分3为11.09%,主成分4为9.53%,累积贡献率为53.85%。分析结果显示,2个群体在横向体型因子方面差异最明显,结果与显著性检验的结论基本一致。判别分析显示,2个对虾群...
关键词：
中国对虾 形态特征 多元分析
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
胡宇平 张金耀 林瑞意 林威敏 陈静 汪稳 肖天放
为研究莆田黑猪不同组织间基因组DNA甲基化水平差异及各组织甲基化水平在不同生长发育阶段之间的变化规律,采用甲基化敏感扩增片段多态性(MSAP)方法检测了1、25和210日龄莆田黑猪的心脏、肝脏、肌肉、脂肪、耳和尾6个组织基因组DNA的甲基化水平.结果表明:心脏和肝脏组织的甲基化水平随日龄增长呈下降趋势,且日龄间的甲基化水平差异显著(P0.05),但显著高于210日龄(P<0.05);25日龄脂肪和耳组织的甲基化水平显著高于1和210日龄(P0.05);3个日龄的肝脏与脂肪组织之间、肝脏与耳组织之间的甲基化
[期刊] 林业科学研究
[作者]
周贝贝 文明 马庆国 裴东
以‘中宁强’核桃品种成熟叶片为材料,采用优化的MSAP反应体系,在全基因组水平对核DNA进行甲基化修饰位点分析,结果表明:选用20对引物组合,共扩增出1 060条清晰、重复性好的谱带,平均每对引物扩增出53条谱带,其中,甲基化位点241个,甲基化修饰比例为22.73%。对部分核桃DNA甲基化修饰位点进行回收测序,得到10条存在DNA甲基化修饰的DNA序列,BLASTn分析表明,核桃基因组中多种类型的DNA序列存在甲基化修饰现象。
关键词：
核桃 MSAP DNA甲基化 表观遗传学
[期刊] 中国水产科学
[作者]
陈华增 李健 王清印 何玉英 李吉涛 戴芳钰 王学忠
采用序列相关扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)分子标记技术,结合分群分析法(bulk segregate analysis,BSA)对中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)高氨氮和高pH胁迫敏感组和耐受组进行分析研究,筛选出与高氨氮或高pH耐受性相关的遗传标记。应用110对SRAP引物进行筛选研究,根据在BSA基因池产生的差异,筛选出与高氨氮耐受相关引物77对,与高pH耐受相关引物102对,以用于验证分析。根据片段在群体中出现频率和变化规律,筛选出6个可能与高氨氮耐受性相关的分子遗传标记,其中耐受高氨氮...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
罗少杰 邓岳文 郑哲 焦钰 王庆恒
通过甲基化敏感多态性扩增（ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ－ｓｅｎｓｉｔｉｖｅ ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ，ｍｓａｐ）技术，检测马氏珠母贝（ｐｉｎｃｔａｄａ ｍａｒｔｅｎｓｉｉ）外套膜的边缘膜区（ｍａｎｔｌｅ ｅｄｇｅ，ｍｅ）、套膜区（ｍａｎｔｌｅ ｐａｌｌｉａｌ，ｍｐ）和中央膜区（ｍａｎｔｌｅ ｃｅｎｔｒａｌ，ｍｃ）的基因组ｄｎａ甲基化修饰水平；回收具特异性的清晰甲基化修饰片段进行测序、比对分析并筛选基因；利用荧光定量ｐｃｒ对筛选基因进行定量分析。结果显示：（１）利用１５对引物进行扩增实验，平均每个个体外套膜３个区域能够产生（１１６３．２５±１２４．３４）条清晰可辨的条带，其．．．
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
魏国华 曹哲明 丁炜东 邴旭文
为研究光照周期对黄鳝不同组织的基因组DNA甲基化的影响,设置3个不同的光照时间(8、10和12h)处理,对黄鳝心、肝、脾、肾、肠、肌肉和脑等组织基因组DNA甲基化用甲基化敏感扩增多态性(methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术进行分析。结果显示,不同组织基因组DNA对光照时间有不同的反应。其中,肌肉基因组DNA甲基化对光照周期的变化较为敏感,不同光照周期下肌肉基因组DNA总甲基化差异显著,光照周期为12h半甲基化和其他处理相比差异也很显著;肾脏和脑的基因组DNA甲基化对光照周期变化最不敏感,各处理组之间全甲基化、半甲基化和总甲基化...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王凤娇 孟宪红 傅强 栾生 隋娟
本研究基于简化基因组测序(2b-RAD)技术,对中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)"黄海2号" 2015～2017年3个连续选育世代(G9～G11)的亲本群体、共649个个体进行了简化基因组测序,并对这3个亲本群体进行了遗传结构和遗传多样性分析。实验在3个选育世代中共获得66985个SNP位点。遗传分析的结果显示,G9～G11平均核苷酸多样性(Pi)分别为0.1439、0.1587和0.1674,平均观测杂合度(Ho)分别为0.1388、0.1515和0.1609,多态信息含量(PIC)分别为0.1241、0.1360和0.1430。G9～G11亲本群体的遗传多样性整体呈现一定的上升趋势,但差异不显著。F检验显示,3个世代总的Fst值为0.0061,G9～G11相邻世代群体间遗传分化程度较弱(G9～G10为0.0029, G10～G11为0.0026),表明相邻世代的遗传距离逐渐减小。3个世代间基因交流充分,基因流为62.91～94.63。本研究表明,人工定向选育工作的推进对中国明对虾选育群体遗传多样性和遗传结构产生了一定的影响:在固定的选择压力下(4%～5%),亲本群体的遗传多样性并无降低的趋势,中国明对虾选育群体遗传分化小,遗传结构趋向稳定。研究结果为进一步制定中国明对虾选育计划提供基础遗传数据和科学的理论指导。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张峥 黄倢 高强 成君军 王明森
中国明对虾肝胰腺细小病毒是一种单链、线性DNA病毒。本研究利用DNA末端加尾和嵌套PCR首次完成了对虾肝胰腺细小病毒(hepatopancreatic parvovirus,HPV)中国分离株(HPV-Pc)全基因组序列的测定,研究结果表明,HPV-Pc株(GenBank登录号GU371276)的全基因组由6 085个核苷酸组成,包含3个开放阅读框(ORF)(分别代表ns1、ns2和cp基因)和2个非编码区。ORF1、ORF2和ORF3分别编码由427、578和821个氨基酸组成的蛋白,分子量分别为50.4 kD、68.2 kD和92 kD。分析HPV-Pc基因组结构,发现该基因组没有末端反向...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
姜群 于红 孔令锋 李琪
采用荧光标记的甲基化敏感性扩增多态性(F-MSAP)技术对太平洋牡蛎(Crassostrea gigas)的6个组织进行全基因组CCGG位点甲基化水平的检测。结果表明:鳃、闭壳肌、外套膜、唇瓣、性腺、消化盲囊6个组织的甲基化水平分别为:31.77%、36.41%、32.00%、36.47%、32.77%和37.92%。甲基化模式分为全甲基化和半甲基化,在太平洋牡蛎中,全甲基化模式与总体甲基化水平一致,消化盲囊、唇瓣、闭壳肌组织的甲基化水平较高,而鳃、外套膜、性腺组织的甲基化程度较低;半甲基化位点显著少于全甲基化位点,并且不同组织间的半甲基化位点不存在显著性差异,而从全甲基化位点及总甲基化水平分...
关键词：
太平洋牡蛎 基因组 甲基化 F-MSAP
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