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[期刊] 中国农业大学学报  [作者] 曾燕  倪学勤  曾东  简平  王剑  唐雨蕊  
为探讨蒙古羊瘤胃液相和固相细菌的多样性,采用变性梯度凝胶电泳技术结合聚合酶链式反应(PCRDGGE)及条带的克隆测序,比较瘤胃液相和固相细菌的差异,同时采用聚类分析和主成分分析(PCA)方法分析瘤胃液相和固相细菌的多样性。结果表明:1)瘤胃液相和固相样品均含有物种丰富的细菌菌群,但液相比固相具有更高的平均条带数,分别为30条和24条;2)瘤胃液相样品比固相样品具有更高的多样性指数、均匀度和丰富度,其数值分别为3.45、0.90和30.20及3.23、0.84和24.62;3)同一动物个体瘤胃液相样品和固相样品聚类在一起,相似性系数均高达0.81;4)共性条带测序结果表明瘤胃的优势细菌主要是Un...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 杨金丽  侯先志  高爱武  
【目的】应用Real-time PCR(RT-PCR)对蒙古绵羊瘤胃内容物固、液相附着微生物的生态分布进行定量研究。【方法】采集3只蒙古绵羊瘤胃内容物,固液分离后对各相中所附着的微生物进行定量检测,包括总细菌、总厌氧真菌和3种主要纤维降解菌-白色瘤胃球菌Ruminococcus albus、黄色瘤胃球菌Ruminococcus flavefaciens、产琥珀酸拟杆菌Fibrobacter succinogenes。【结果】固相中总细菌、总厌氧真菌和3种纤维降解菌的16S或18S rRNA基因考贝数显著高于液相,分别是液相附着微生物的7.22倍(P<0.05)、56.85倍(P<0.01)、2...
[期刊] 华北农学报  [作者] 张永生  赖欣  张静妮  李刚  赵帅  杨殿林  
用Bourrain法、LaMontagne法、Zhou法、BBI.公司的试剂盒4种方法,比较研究了不同方法对内蒙古贝加尔针茅草原土壤基因组DNA的提取效果以及对后续分析的影响。用PCR-DGGE技术对贝加尔针茅草原土壤细菌群落结构进行分析,并对主要条带进行测序。结果表明:试剂盒法提取的DNA效果最好;贝加尔针茅草原土壤细菌主要由6个分支组成:变形菌门(Proteobacteria)中的α、δ、γ三个类群,放线菌门(Actinobacteria),拟杆菌门(Bacteroidetes),芽单胞菌门(Gemmatimonadetes),酸杆菌门(Acidobacteria)和疣微菌门(Verruc...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)  [作者] 陈芸  刘旗  邓俊良  任志华  杨颜铱  高爽  
采用MiSeq高通量测序技术分析川中黑山羊瘤胃细菌的多样性及菌群结构。选用3只140日龄健康公羊,其平均体质量为(15.53±0.21)kg,饲喂10 d后,于150日龄时采集瘤胃液(样品A),40 d后再次采集瘤胃液(样品F),提取瘤胃液细菌基因组DNA,对细菌16S rDNA序列V4区进行MiSeq测序。结果显示:1)从样品A与样品F中共获得高质量序列338 830条,聚类后得3 400个运算分类单位(OTU);2)样品A的α多样性指数高于样品F的,但其差异无统计学意义;3)门水平上,样品A最高相对丰
[期刊] 中国农业大学学报  [作者] 韦玥瑞  李科南  张晓东  娜梅拉  娜仁花  
研究不同饲粮类型对内蒙古绒山羊瘤胃液细菌多样性及群落结构的影响。选择24只健康的8月龄、体重约25kg的内蒙古绒山羊母羊,随机分为4组,每组6只,分别为苜蓿组(G1)、苜蓿补饲精料组(G2)、玉米秸秆组(G3)和玉米秸秆补饲精料组(G4),试验期共25d,其中预饲期20d。在正式试验期第5天,经口腔采集瘤胃液,利用高通量测序技术进行瘤胃细菌多样性分析。结果表明:基于相似性>97%的原则,4组样品共产生1 399个操作分类单元(OTU),共享OTU 1 040个,约占总数的74.34%;各组α多样性指数指标无显著性差异(P>0.05)。各组门水平最优势菌为拟杆菌门,科水平最优势菌为普雷沃氏菌科,属水平最优势菌为普雷沃氏菌属,在所有占总细菌比例大于1%的瘤胃细菌中,G2组软壁菌门比例显著高于G3和G4组(P<0.05),G1组毛螺旋菌科比例显著(P0.05)。综合得出,不同饲粮类型条件下,内蒙古绒山羊最优势菌门为拟杆菌门,最优势菌科是普雷沃氏菌科,最优势菌属是普雷沃氏菌属;不同饲粮类型对内蒙古绒山羊瘤胃菌群结构影响不明显。
[期刊] 南京农业大学学报  [作者] 刘芳  王道营  徐为民  诸永志  曹建民  
利用传统平板培养和变性梯度凝胶电泳(DGGE)指纹图谱相结合的方法,对盐水鸭在4℃贮藏期间的细菌多样性进行了分析。传统培养方法结果显示:盐水鸭在贮藏期间细菌数量增加迅速。PCR-DGGE对盐水鸭及平板培养物中的细菌组成分析结果显示:腐生葡萄球菌(Staphylococci saprophyticus)、溶酪大球菌(Macrococcus caseolyticus)、魏斯氏菌(Weissellasp.)、中度嗜盐菌(Halomonas sp.)和盐单胞菌(Cobetia sp.)是盐水鸭的主要细菌,而腐生葡萄球菌、溶酪大球菌和魏斯氏菌是平板培养物中的主要细菌。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 姚文  朱伟云  韩正康  Antoon D L Akkermans  Barbara Williams  Seerp Tamminga  
以取自3头安装有永久性瘤胃瘘管的土种山羊的瘤胃内容物为材料,经过DNA抽提和PCR扩增,扩增产物利用变性梯度凝胶电泳技术(DGGE,一种DNA指纹技术)分析瘤胃细菌在两种日粮条件下的多样性.同时利用基因序列分析技术,分析了16个在DGGE胶上有匹配带的克隆的16S rDNA序列,并与现有的数据库进行了比较.结果表明,饲喂基础日粮时3头山羊瘤胃内容物的DGGE图谱有一定的相似性(43%~55%);饲料中添加大豆黄酮一定程度上影响了瘤胃细菌的组成,DGGE 谱带变化程度分别为 1 号 36% 、2 号 46% 、3 号 30%。基因序列分析表明,DGGE图谱中优势条带的16S rDNA基因序列中有...
[期刊] 林业科学  [作者] 王娇莉  南小宁  任争争  明洁  唐光辉  
【目的】了解危害核桃果实青皮的核桃举肢蛾和桃蛀螟幼虫肠道细菌群落结构与多样性。【方法】采用基于16SrrNA基因的变性梯度凝胶电泳(PCr-DGGE)和末端限制性片段长度多样性(T-rFLP)技术分析2种害虫幼虫肠道细菌群落特征。【结果】1)PCr-DGGE分析显示核桃举肢蛾幼虫肠道细菌主要有沃尔巴克氏体属、肠球菌属、肠杆菌属、根瘤菌属和假单胞菌属,其中沃尔巴克氏体属是优势菌群,占测得序列的40.0%;桃蛀螟幼虫肠道细菌主要有沃尔巴克氏体属、肠球菌属、根瘤菌属和假单胞菌属,其中肠球菌属是优势菌群,占测得序列的62.9%。2)DGGE条带的系统发育分析显示,核桃举肢蛾幼虫肠道中,72.5%的菌株...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 金迪  王加启  卜登攀  赵圣国  胡小丽  赵静雯  卢玉飞  王丹丹  孙鹏  
【目的】通过与苜蓿日粮比较,揭示秸秆日粮模式下瘤胃固液相细菌群落的独特结构。【方法】选择12头健康且体重相似的装有永久瘤胃瘘管的中国荷斯坦奶牛,分别饲喂以玉米秸秆(CS)和苜蓿、羊草、青贮玉米三者混合物(MF)为粗饲料组成的日粮,正饲期第13周连续3 d分12个时间点采集瘤胃固、液相内容物样品。提取微生物DNA后,利用PCR结合变性梯度凝胶电泳技术(DGGE)分析细菌群落结构,并进行聚类分析及差异条带的测序分析。【结果】与MF组相比,CS组奶牛瘤胃固、液相细菌DGGE图谱条带的数目和光密度均有一定差异,两处理组都各有一些稍显优势的条带,CS组优势条带要少于MF组。与MF组相比,CS组液相细菌的...
[期刊] 水产学报  [作者] 聂志娟  徐钢春  程起群  张勇  杜富宽  顾若波  
为了分析养殖刀鲚体内与生长环境菌群结构,利用PCR-DGGE技术,对养殖刀鲚鳃、胃、肠壁及肠内容物和养殖水体菌群结构进行了初步分析。PCR-DGGE指纹图谱分离显示,42条清晰条带,其中养殖水体(27)、鳃(9)、胃(13)、肠道壁(19)、肠道内容物(18)的香农指数分别为3.037、1.883、2.193、2.825、2.683;养殖水体与刀鲚鳃、胃、肠道壁及肠道内容物分别具有6、9、11、8共有带。UPGMA聚类分析显示,样品3个重复相似度都在95%以上,差异不明显;不同样品之间,养殖刀鲚鳃和胃聚为一支,具有较高的相似度(76%),同时与养殖水体相似度达29%;养殖刀鲚肠道壁和肠道内容物...
[期刊] 西南农业学报  [作者] 陈章  王强锋  杨红  郎伯涛  杨季声  李洁  刘燕  张俊  陈翠平  陈强  
关键词:
[期刊] 水产学报  [作者] 夏耘  郁二蒙  谢骏  余德光  王广军  李志斐  王海英  龚望宝  
在草鱼养殖过程中添加碳源(葡萄糖)维持水体C∶N为20∶1以培养生物絮团,通过对生物絮团细菌群落构成进行种类鉴定来评价生物絮团中功能微生物的组成。采用PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)技术分析生物絮团形成第5、10和15天的细菌群落结构。DGGE指纹图谱结果分析表明:第5天和第10天的相似性最高,达67.4%;第5天和第15天相似性系数最低仅为40.5%。第10天时微生物多样性最高,第15天时多样性最低。对DGGE指纹图谱特征条带进行回收、克隆测序,结果表明,生物絮团培养过程主要微生物类群隶属于以下6个纲:α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、γ-变形菌纲(Gammapro...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 李志鹏  姜娜  刘晗璐  崔学哲  荆祎  杨福合  李光玉  
【目的】细菌区系在梅花鹿(Cervus nippon)瘤胃发酵中发挥着重要作用,然而有关梅花鹿瘤胃细菌区系的研究鲜有报道。研究梅花鹿瘤胃细菌区系,为梅花鹿瘤胃发酵调控提供分子生物学依据。【方法】选取4头2岁龄的装有永久性瘤胃瘘管的成年雄性梅花鹿为研究对象,分别饲喂以柞树叶(OL组,梅花鹿A和B)和玉米秸秆(CS组,梅花鹿C和D)为主要粗饲料的日粮,持续饲喂30 d。通过瘤胃瘘管取瘤胃内固液混合物,提取瘤胃微生物基因组DNA。扩增瘤胃细菌16S rRNA基因V3区以及16S rRNA基因,分别用于DGGE和T-RFLP分析。DGGE图谱进行聚类分析,并切取优势条带进行克隆测序,鉴定瘤胃内细菌组成...
[期刊] 淡水渔业  [作者] 聂志娟  徐钢春  程起群  杜富宽  张勇  顾若波  朱文龙  
利用PCR-DGGE技术,选择细菌原核通用引物F357-GC和R518对太湖湖鲚(Coilia ectenes taihuensis)鳃、肠壁及肠内容物及其生长环境菌群结构进行了初步分析。结果显示:PCR-DGGE指纹图谱分离显示49条清晰条带,样品菌群丰富度(DGGE条带数):湖水(33)>肠道壁(23)>湖泥(18)>肠道内容物(16)=鳃(16);相应的香农多样性指数分别为:3.11、2.76、2.21、2.37、2.30。湖鲚肠道壁、肠道内容物和鳃与湖水分别具有14、14、10条共有带,切胶回收测定其中21条优势条带,主要包含:变形菌(Proteobacteria)、放线菌(Actin...
[期刊] 南京农业大学学报  [作者] 冉林武  黄克和  李灵恩  陈兴祥  任志华  
为研究日粮中添加富硒益生菌(SP)对山羊瘤胃发酵和瘤胃液脂肪酸含量变化的影响,以8头装有永久性瘘管的山羊为对象,采用4×4拉丁方设计,进行4期试验,每期15 d。日粮中分别添加0(对照)、8(LSP)、16(MSP)和32(HSP)mL.d-1的SP。结果表明:日粮添加SP能显著影响山羊瘤胃pH值(P<0.01)、总挥发性脂肪酸(P<0.05)、微生物蛋白(P<0.05)和trans11-C18∶1浓度(P
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