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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
吕成龙 田雨 陈芳慧 刘小军 李丽丽 吕林雪 葛继文 顾晨浩 邹彦 王根林 蔡亚非
[目的]本研究以16S rRNA为分子标记,采用高通量测序技术分析探讨3种水平体细胞鲜奶样品中细菌种类、菌群多样性和菌群结构。[方法]选取江苏某牧场45头奶牛鲜奶样品,分为健康、亚临床乳腺炎型和临床乳腺炎型3组,并对临床型奶样进行细菌培养鉴定,同时分别提取各组鲜奶样品中细菌总DNA,根据16S rRNA V4—V5区设计引物进行扩增测序,利用生物信息学软件对测序结果进行分析。[结果]对体细胞数>1×10~6 mL~(-1)的奶样进行细菌培养,鉴定出奶牛乳腺炎致病菌为无乳链球菌。对序列进行相似性聚类分析,得到394个可操作分类单位(OTU)。通过对OTU的聚类分析发现3组样品之间部分OUT水平存在明显差异。物种及丰度分析显示,门水平上的优势门为厚壁菌门(Firmicutes)、蓝藻门(Cyanobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobactice);属分类水平上的优势属为芽胞杆菌属(Bacillus)、乳球菌属(Lactococcus)、海洋杆菌属(Oceanobacillus)、沙雷菌属(Serratia)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)和vadinBC27 wastewater-sludge group。其中临床组沙雷菌属和鞘氨醇单胞菌属显著高于其他2组,而海洋杆菌属的相对丰度降低。[结论]该牧场奶牛乳腺炎致病菌为无乳链球菌,为乳腺炎临床的抗生素选择和治疗提供了依据和借鉴。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
曹波 杨红 许强华 刘榕磊
基于2007年12月与2008年6月长江口上海附近海域采集的海水样品,使用27F和1492R两种通用引物对海洋微生物16S rRNA基因片段进行直接扩增,克隆并测序,构建细菌16S rRNA文库,通过NCBI数据库的基因比对,区分微生物种群,并使用Mega 4.0软件利用16S rRNA序列建立微生物的分子发育树。通过直接提取DNA进行扩增的方法,共检测出17个属的53种不同微生物,微生物种群结构随温度变化明显,优势种随温度变化有所不同,在不同季节水温下,微生物优势种优势明显;冬季以不动杆菌属为优势种群,分子发育树体现的遗传差异性较小;夏季微生物种群结构较复杂,其中以希瓦氏菌属及假单胞菌属为优...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
兰欣 李杰 李贵阳 肖鹏 莫照兰
细菌性疾病是中国海水养殖鲆鲽类的主要病害,为全面了解病原菌种类,本研究对1999～2012年从山东、江苏、河北、天津等沿海地区养殖场发病鲆鲽鱼类中分离得到的124株优势菌株进行了16S rRNA基因测序和系统发育学分析。将基因序列与GenBank核酸序列数据库进行相似度比对分析,结果显示,有83株与弧菌属(Vibriosp.)细菌相似度最高,11株与气单胞菌属(Aeromonas sp.)细菌相似度最高,4株与爱德华氏菌属(Edwardsiella sp.)细菌相似度最高,26株为其他15种属的细菌。根据系统发育学分析结果,进一步将66株菌鉴定为16个种,优势种为溶藻弧菌(V. alginolyticus)、哈氏弧菌(V. harveyi)、鳗弧菌(V. anguillarum)、杀鲑气单胞菌(A. salmonicida)和迟缓爱德华氏菌(E. tarda)。选择其中的9株鳗弧菌和4株迟缓爱德华氏菌进行人工感染实验,结果显示,其中7株鳗弧菌和3株迟缓爱德华氏菌对大菱鲆(Scophthalmus maximus)有较强的致病性。研究结果可为阐明中国海水养殖鲆鲽类的流行病发生历史、病原种类、病原监测及疾病控制提供重要参考。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杨霞 陈陆 王川庆
由于16S rRNA基因序列的保守性和存在的普遍性,应用16S rRNA作为分子指标已逐渐成为微生物检测和分类鉴定的一种强有力工具。文章就该基因的特征、研究方法、检测方法及临床应用与研究的新进展等作以简要综述,同时对存在的问题进行了探讨。
关键词：
16S rRNA 分子指标 细菌分类鉴定
[期刊] 中国水产科学
[作者]
文菁 胡超群 张吕平 范嗣刚
基于570bp左右的线粒体16SrRNA基因片段,利用3种核酸内切酶(DdeI,Hae Ⅲ和Sty Ⅰ)对16种海参PCR产物进行酶切,分别产生10种、5种和5种单倍型,通过单倍型的组合,即能有效区分16种海参的种类。运用此方法对19种商品海参(包括冻品和干品)进行鉴定,结果表明,9种产品属于错误贴标。本研究建立的PCR-RFLP方法方便、有效,可靠,可为海参产品评估、进出口种类鉴定提供实用高效的方法。本研究旨在为市场海参产品贴标情况的评估提供技术支撑。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
杨承剑 韦升菊 梁辛 梁贤威 邹彩霞
选取3头5岁左右的健康雌性德昌水牛作为试验动物,采用机械破壁法提取瘤胃内容物总DNA,用产甲烷菌特异性引物Met86F/Met1340R扩增16S rRNA基因,构建16S rRNA基因克隆文库,分析德昌水牛瘤胃产甲烷菌区系组成。结果表明:试验共获得99个16S rRNA基因序列,RDP分析表明94.2%的序列为甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)16S rRNA序列,按照97%的相似性划分为19个分类操作单元,其中96个序列(17个OTUs)占总序列的97.0%,与已知细菌的16S rRNA序列的相似性≥97%;3个序列(2个OTUs)占总序列的3.0%,与已知细菌16S r...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
吕品 亓倩 杨璞 陈航 陈晓鸣
[目的]探明白蜡虫二龄雌雄若虫共生菌的种类和结构。[方法]利用高通量测序技术,对白蜡虫二龄雌雄虫16S rRNA的V3-V4区进行高通量测序,使用Uparse软件对有效标签进行聚类,使用Mothur方法与SILVA的SSUrRNA数据库进行物种注释,分析雌雄间共生菌物种丰度及多样性的差异。[结果]共得到了1 798 646条有效标签,以97%相似度为标准进行聚类分析,得到1 334个OTUs,其中,有14个门,29个纲,60个目,109个科,165个属,55个种得到注释。与其他昆虫明显不同,白蜡虫二龄若虫中立克次氏体属为优势菌(雌85.740%,雄95.462%),缺乏布赫纳氏菌和沃尔巴克氏体。[结论]白蜡虫与其它昆虫的共生菌有很大差异,立克次氏体在白蜡虫二龄若虫中占绝对优势,具有固氮作用的根瘤菌目和芽孢杆菌目、能合成类胡萝卜素的鞘脂单胞菌目为次优势菌,在共生菌中占有一定比例。白蜡虫若虫共生菌独特的现象可能与白蜡虫独特的生物习性、生态学特征和营养相关。
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
郭奕惠 黄桂菊 喻达辉 李莉好 符云 叶卫
对我国主要养殖的尼罗、奥利亚、莫桑比克、杂交种尼奥(尼罗♀×奥利亚♂)和红罗非鱼(莫桑比克×尼罗)的线粒体16S rRNA部分序列进行了PCR扩增和测序分析,探讨罗非鱼种间亲缘关系和种类鉴别标记。PCR产物经直接测序,5种罗非鱼中大部分个体均获得长546 bp的基因序列。其碱基组成GC含量为47.4%。序列比对分析显示变异位点18个,没有插入/缺失位点,转换/颠换比率为2.7。序列分析表明,红和奥利亚各有2个单倍型,尼奥、莫桑比克与尼罗各有1个单倍型。其中,尼奥与尼罗的单倍型序列相同,莫桑比克与红罗非鱼的1个单倍型序列相同。表明部分红罗非鱼的母本为莫桑比克。UPGMA聚类分析表明,尼奥与尼罗聚...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
马英 关瑞章 郭松林 邓德波 张俊荣
对从福建省不同鳗鲡养殖场发病鳗鲡肝脏中分离并经感染证实的35株致病菌的16S rRNA基因进行序列测定和系统进化分析。用CTAB法提取各菌株DNA,以细菌16S rDNA通用引物进行PCR扩增,用限制性片段长度多态性分析1、6S rDNA序列分析和系统进化分析对其进行分子鉴定,构建系统进化树。结果表明:35株致病菌分别属于γ-变形菌纲和厚壁菌门2大类群的6个属和1个科,主要种类是气单胞菌属的嗜水气单胞菌、维氏气单胞菌、简氏气单胞菌和豚鼠气单胞菌等,占63%;其次是芽孢杆菌属细菌;少量为鲁氏耶尔森菌、弗氏柠檬酸杆菌、克雷伯氏菌属、假交替单胞菌属细菌和肠杆菌科细菌。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
毛华明 马松成 陈静 邓卫东 和天宝
【目的】研究大额牛(Bos frontalis)瘤胃细菌16S rRNA基因序列,为揭示大额牛瘤胃细菌组成的多样性以及开发这一珍稀生物资源提供分子生物学依据。【方法】采用细菌通用引物F27和R1492对目标基因进行PCR扩增,克隆、测序后利用Neighbor-joining方法构建系统进化树。【结果】共获得147个16S rRNA基因序列,在GenBank登录号为DQ673466～DQ673612。按照97%的相似性标准,这些序列被分为86个操作分类单元。有16个序列与已培养菌的序列相似性≥97%,占总序列的10.9%;另有22个序列与已培养菌的序列相似性为90%～97%,占总序列的15%;剩...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
牛东红 李家乐 汪桂玲 姜志勇 张文博 沈玉帮 冯冰冰
采用PCR技术扩增了缢蛏线粒体DNA的16SrRNA基因片段,PCR产物经纯化、测序、同源序列比对获得长度为440bp的核苷酸序列。利用16SrRNA基因片段分析了江浙沪地区三个野生群体(江苏射阳、上海崇明、浙江象山)和三个养殖群体(江苏射阳、上海奉贤、浙江象山)的遗传多样性,共检测到了19个单倍型和41个核苷酸多态位点。序列分析结果显示,三个野生群体之间出现了明显的遗传分化,其中崇明群体遗传多样性最高,其次为射阳群体,象山群体遗传多样性最低,表明崇明群体未受到养殖群体基因的污染。在养殖群体之间则没有达到遗传分化,且单倍型混杂,聚类结果显示与象山野生群体亲缘关系最近,这表明长期的养殖过程在一定...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张超 张海琪 许晓军 何中央 王春琳
以中华鳖(Pelodiscus sinensis)日本品系、清溪乌鳖两个国家水产新品种为研究对象,并以中华鳖黄河群体和台湾群体为对照,克隆测序获得了其16S rRNA基因全长序列1 606 bp,并对群体遗传多样性进行比较分析。结果表明,在4群体共80个个体中,共检测到53个变异位点,包括9个群体特异性位点,其中清溪乌鳖3个,中华鳖日本品系和黄河种群各1个,台湾群体4个;共发现16种单倍型,其中清溪乌鳖8个、中华鳖日本品系2个、中华鳖黄河群体和台湾群体各3个,群体间无共享单倍型。中华鳖不同群体的16S rRNA基因多样性从高到低依次为清溪乌鳖(0.821)、中华鳖台湾群体(0.484)、中华鳖...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
邹寰 喻子牛 孙明
蜡状芽胞杆菌群主要包括炭疽芽胞杆菌(Bacillus anthracis)、蜡状芽胞杆菌(Bacillus cereus)、苏云金芽胞杆菌(Bacillus thuringiensis)。GenBank已有这个群的8个菌株完成了全基因组序列测定。对这8株蜡状芽胞杆菌群菌株中98条16S rDNA的序列进行相互BLAST比较,发现在同一基因组内各个16S rDNA拷贝全局相似度最低为96.47%,在不同基因组间16S rDNA局部片段比对最小相似度达到99.72%,对应片段长度也有1 417 bp。这点充分说明,该群的细菌完全共用同一种16S rDNA,根据16S rDNA给细菌分类的特点,它们...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
陈丽梅 李琪 李赟
采用PCR技术对来自山东荣成、长岛、俄罗斯和日本的刺参(Apostichopus japonicus),来自澳大利亚的黄乳海参(Holothuria fuscogilva),来自冰岛的北大西洋瓜参(Cucumaria frondosa)和来自福建的二色桌片参(Mensamaria interce-dens)的16SrRNA和COI基因片段进行了扩增和测序,分别得到了长度约为500bp和540bp的片段。通过统计变异位点、平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数进行基因序列变异分析。结果表明,根据16SrRNA、COI基因片段进行刺参种内差异比较时,长岛和荣成刺参序列差异最小,和日本刺参序列差异最大;...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
孙明媛 朱锐 孙晓晴 张研 李尚琪 王红伟 李炯棠
本研究以库页岛马珂蛤(Pseudocardium sachalinense)为研究对象,讨论COI和16S rRNA两种DNA条形码在贝类的遗传多样性、分子进化和种类鉴定的适用性,并利用两种条形码评估库页岛马珂蛤的遗传多样性。本文在获得库页岛马珂蛤线粒体全基因组的基础上,测序获得库页岛马珂蛤群体的COI和16S rRNA序列,发现COI基因核苷酸多样性为0.00195,高于16S rRNA核苷酸多样性(0.00073)。基于COI基因的单倍型多样性为0.76,大于16S rRNA的单倍型多样性(0.318)。其次,用全线粒体基因组构建8种贝类的系统进化树为参考,发现基于COI和16S rRNA的系统进化树与参考一致,提示这两种条形码片段可用于推断贝类的分子进化关系。最后,分别对马珂蛤科和帘蛤科15属17种贝类的COI基因和16Sr DNA进行序列比较,发现COI基因和16S rRNA的种间遗传距离均是种内距离的62倍。以上结果说明,16S rRNA与COI基因一样,能有效地构建马珂蛤科和帘蛤科的系统发育关系和物种鉴定,但在分析库页岛马珂蛤的遗传多样性时利用COI基因比16S rRNA能发现更多的遗传变异。
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