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[期刊] 华北农学报
[作者]
孙威 姜晶 李天来 鲁少尉
以普通栽培番茄(Lycopersicon esculentum)品种桃太郎为试材,通过半定量RT-PCR方法研究了5个转化酶基因在果实不同发育阶段不同部位的表达,并进一步研究了苗期番茄在亚高温、亚低温、NaCl盐胁迫和渗透胁迫下转化酶基因的表达变化。结果表明:果实膨大期主要受Lin5、Lin6和Lin8表达的调控;绿熟期仅有Lin8在发挥作用,而在果实完熟期Lin6、Lin8和AI2的表达明显。这说明在番茄果实发育的不同时期及果实的不同发育部位都受到酸性转化酶基因家族的不同成员的共同调控。亚适温对AI2的影响最明显,无论是亚低温还是亚高温,均能明显抑制AI2的基因表达;而对细胞壁束缚性的转化酶...
关键词：
番茄 RT-PCR 转化酶 基因表达
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
苏文娟 曹瑞兰 周增亮 赵娜红 张运煜 胡冬南 刘娟
【目的】WRKY转录因子在植物应对生物和非生物胁迫中起重要调控作用。油茶是我国南方丘陵地区重要的经济树种，常受各种逆境胁迫影响。深入挖掘油茶WRKY基因家族成员并探讨其应对逆境胁迫的表达调控模式具有重要意义。【方法】以油茶全基因组数据为参考，利用生物信息学方法，鉴定分析了CoWRKYs基因家族成员，并基于油茶逆境胁迫的相关转录组数据，明确CoWRKYs在低磷、干旱和低温等非生物胁迫下的表达模式，最后基于qRT-PCR方法解析CoWRKYs在不同逆境胁迫下的瞬时表达特征。【结果】CoWRKYs基因家族包含89个成员（CoWRKY1～CoWRKY89）。根据系统发育特征可将其分为3大类，I类、II类和III类的数量分别为20、55和14。保守基序分析表明，进化关系密切的CoWRKYs蛋白具有相同或相似的基序组成。CoWRKYs在低磷、干旱、低温等非生物胁迫下表达谱分析的结果显示，65个CoWRKYs呈现显著表达差异，其中17个CoWRKYs同时受三种非生物胁迫的调控，且大部分基因在逆境胁迫下表现为上调表达，推测这些CoWRKYs在油茶的非生物逆境胁迫中可能起正调控作用。qRT-PCR结果表明，5个基因（CoWRKY11、CoWRKY14、CoWRKY20、CoWRKY29和CoWRKY56）在低磷、干旱和高盐胁迫下均被诱导表达，但不同基因在各逆境胁迫下的表达模式存在差异。其中，CoWRKY14在低磷胁迫24 h表达量是对照组的44倍（P <0.05），呈现高表达模式，推测其在油茶干旱胁迫响应中具有重要作用。【结论】大部分CoWRKYs基因参与油茶抗逆胁迫响应，且表现为正向调控。其中CoWRKY11、CoWRKY14、CoWRKY20、CoWRKY29和CoWRKY56在低磷、干旱和盐胁迫下可以被快速诱导激活，参与油茶逆境胁迫响应。本研究为油茶WRKY转录因子的进一步功能分析奠定了理论基础，为油茶抗逆品质的遗传改良提供参考依据。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
孟焕文 程智慧 吴洋 董志刚 支玉玺
以栽培番茄中杂9号品种的幼苗为试材,在昼/夜温度分别为10/5,15/10,25/20,35/30和45/40℃条件下,研究了温度胁迫对叶片及根系转化酶种类和活性以及光合特性的影响。结果表明,在温度胁迫下,幼苗生长量下降,根系和地上部鲜重降低;在低温(10/5℃)和亚低温(15/10℃)胁迫下,光合色素(叶绿素和类胡萝卜素)含量下降;在亚高温(35/30℃)胁迫下,光合色素含量上升;与常温(25/20℃)相比,温度胁迫期间,气孔导度和光合强度先下降,再升高,然后随着胁迫时间的延长又呈现逐渐下降的趋势;在持续温度胁迫下,叶片和根系中可溶性转化酶和胞壁转化酶的活性基本都呈增强的趋势。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
程智慧 高芸 孟焕文
以栽培番茄(Ly cop ersicon escu lentum M ill.)品种中杂9号6叶期幼苗为试验材料,在水培条件下研究了50,100,200,400 m g/L N aC l胁迫处理对番茄幼苗根系和叶片转化酶活性表达,及叶片中葡萄糖、果糖、蔗糖和淀粉代谢的影响。结果表明,转化酶的表达水平与盐胁迫强度和时间有密切关系,根系中转化酶在50 m g/LN aC l胁迫后5和11 d,或100 m g/L N aC l胁迫5和13 d均有极显著高表达;200和400 m g/L N aC l胁迫后11 d有极显著表达;叶片对微盐和高盐伤害的抵御反应强烈,转化酶在50和400 m g/L N...
关键词：
番茄 盐胁迫 转化酶 糖代谢 水培
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
苗永美 宁宇 沈佳 贾利 李季 娄群峰 翁益群 陈劲枫
利用RT-PCR技术从耐冷黄瓜品种‘Chipper’中克隆鉴定了1个赖氨酸脱羧酶(LDC)基因的ORF,命名为CsLDC,在GenBank中的登录号为KC202438。该基因ORF全长为645 bp,编码215个氨基酸的肽链,相对分子质量为23 625.2,等电点为5.99。BLASTp发现该蛋白具有赖氨酸脱羧酶保守序列,与毛果杨的同源性最高,进化树分析表明CsLDC与矮牵牛LDC亲缘关系最近;该蛋白无信号肽但存在一个明显跨膜区,并存在多个蛋白质位点;SWISS-MODEL预测该蛋白的3D结构与拟南芥At2G37210基因编码赖氨酸脱羧酶蛋白2a33相似性为88.89%。荧光实时定量PCR检测...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王垒 娄丽娜 闫立英 娄群峰 陈劲枫
用生物信息学方法获得28个黄瓜Aux/IAA家族基因,选取具有Aux/IAA蛋白典型特征及与单性结实基因SIIAA9亲缘关系较近的6个基因(Csa020459、Csa006680、Csa003118、Csa016715、Csa018571和Csa012115),并以单性结实和非单性结实自交系6401和6429为试材,对这6个基因设计特异引物,在黄瓜果实的cDNA中进行测序验证,同时利用半定量RT-PCR技术在开花当天和花后第2和4天的6401、6429及授粉的6429果实中进行表达分析。结果显示:有5个基因可以检测到表达情况,其中Csa016715在未授粉的6429果实发育过程中表达丰度较低,...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
王梓然 匡柳青 陈尚武 马会勤
为探索ＳＷＥＥＴ基因家族在葡萄果实发育中的表达与功能，以本实验室完成的酿酒葡萄品种赤霞珠Ⅰ期和Ⅲ期果实的转录组数据为基础，筛选出在Ⅰ期和Ⅲ期表达量存在显著差异的９个ＳＷＥＥＴ基因家族成员，利用生物信息学工具，对这９个基因的基因结构、蛋白的基本理化性质、二级结构、亚细胞定位、保守基序和序列同源性等进行预测分析，并利用实时荧光定量ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）技术对分析结果进行验证。基因组定位结果发现这９个ＳＷＥＥＴ基因分布在７条染色体上，蛋白序列可分成４个亚族。不同成员间氨基酸数目、氨基酸序列间的疏水性存在一定的差异；二级结构预测结果显示，这９个ＳＷＥＥＴ基因的氨基酸序列以α－螺旋和无规则卷曲为主要组成部分．．．
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
杨静慧 张伟玉 刘艳军 罗云波 柳树梧
通过低温和乙烯逆境下番茄植株的生长表现和抗性生理指标的变化及乙烯受体蛋白基因NR的表达 ,研究了NR基因与低温和乙烯的关系。结果显示 :低温 ( 5℃ )抑制了NR基因的表达 ,维持了细胞膜的完整性 ,并减轻和延缓番茄实生苗因乙烯胁迫所产生的黄化、衰老等症状 ;外源乙烯增加植株细胞膜透性 ,处理的时间越长、细胞膜透性增加得越多 ,但低温可以推迟这一进程 ;低温和乙烯都可显著增加植株叶片蒸腾作用、呼吸作用和气孔导度 ;在有和无外源乙烯时 ,低温和乙烯抑制剂Ag+均抑制番茄NR基因的表达。因此认为低温抑制了NR基因的表达 ,降低了植物对乙烯的敏感性 ,减轻和延缓了因胁迫乙烯的产生而造成的伤害 ;而...
关键词：
低温 乙烯 NR基因 基因表达 生理反应
[期刊] 林业科学
[作者]
安新民 张上隆 徐昌杰 陶俊
分析植物液泡和细胞壁酸性转化酶基因的保守区序列 ,设计 2对PCR引物 ,以温州蜜柑基因组DNA为模板 ,采用PCR方法扩增出长分别为 74 1bp(A)和 5 2 4bp(B)的 2个DNA片段 ,克隆入pUCm T载体测序 ,序列已在GenBank中登记 (登记号分别为AY0 2 94 81和AF332 881)。在GenBank中进行同源性检索 ,结果表明片段A编码的氨基酸与植物液泡酸性转化酶同源性较高 ,与胡萝卜、马铃薯和番茄同源性分别为 79%、79%和 78%。片段B编码的氨基酸序列与草莓、拟南芥和豌豆细胞壁转化酶同源性分别为 78%、78%和 77%。推测A和B分别定位于液泡和细...
关键词：
柑桔 酸性转化酶 基因家族 克隆 特性
[期刊] 华北农学报
[作者]
王鹏 田哲娟 赵雪芳 康忱 吴志明 李亚栋 黄冀楠
钙调蛋白是植物体内一种重要的Ca~(2+)受体蛋白，在钙信号途径及抗逆反应中发挥着重要作用。为研究番茄CaM蛋白在低温胁迫下的作用机制，以番茄品种Heinz1706、LA3969、冀粉2号、冀粉3号和农博粉霸15为材料，克隆得到了番茄钙调蛋白基因SlCaM3、SlCaM4和SlCaM5,并进行序列分析和启动子区顺式作用元件分析；利用qRT-PCR技术分析SlCaM3、SlCaM4和SlCaM5在不同番茄品种中15,5℃低温胁迫下的表达模式，并结合RNA-seq数据分析组织特异性表达情况。结果显示，SlCaM3、SlCaM4和SlCaM5的CDS序列均为450 bp,三者相似度为93.63%;所编码的氨基酸序列完全相同，属酸性稳定亲水蛋白，具有典型的CaM蛋白保守结构域。启动子顺式作用元件分析表明，3个基因的启动子区除含有必需的核心元件外，还含有多种生物及非生物胁迫响应元件，并呈现互补模式分布。不同程度低温胁迫表达模式分析表明，15℃胁迫下，SlCaM3、SlCaM4和SlCaM5基因在5种番茄材料中的表达模式均呈现出先降低后升高的趋势，其中SlCaM5基因的表达量升高更为显著；5℃胁迫下，SlCaM3、SlCaM4基因的表达水平变化不明显，而SlCaM5基因在处理后期表达量显著升高；表明SlCaM5在低温下维持着CaM蛋白的翻译水平。SlCaM3、SlCaM4和SlCaM5基因在Heinz1706不同组织中的特异性表达情况显示，SlCaM3和SlCaM4在分生组织中具有较高的表达，而SlCaM5基因在不同组织中表达水平差异不明显。
[期刊] 华北农学报
[作者]
苏丽艳
为解析番茄乙烯受体基因SlETR6在非生物胁迫过程中的功能。以番茄为材料,克隆了番茄SlETR6基因,利用MEGA 5. 0软件对SlETR6基因编码的蛋白进行了聚类分析,并利用实时荧光定量PCR分析了SlETR6基因在番茄根、叶、花、果实不同发育时期的组织表达情况及对其在高盐、高温(40℃)、低温(4℃)、干旱胁迫条件下的表达模式。结果表明,SlETR6基因开放阅读框(Open reading frame,ORF)为2 265 bp,编码754个氨基酸,蛋白质分子质量为85. 05 ku,等电点为7. 28,与马铃薯St ETR-like蛋白的同源性最高;启动子分析显示,SlETR6基因含有热胁迫、干旱胁迫、低氧胁迫、光响应、乙烯、水杨酸及赤霉素应答等相关的顺式作用元件。实时荧光定量PCR分析表明,SlETR6在番茄不同组织中均有表达,且在花和转色期果实中有显著高表达。高盐胁迫6 h后,SlETR6基因呈现上调表达,12 h后达到峰值,而后回复正常表达水平;高温胁迫后,SlETR6基因表达量有明显的上升趋势;干旱胁迫早期SlETR6基因应答强烈,在胁迫处理1 h后表达量达到峰值。因此,推测SlETR6基因可能在番茄适应高盐、高温、干旱等逆境胁迫过程中发挥重要作用,可能参与番茄生长发育过程中的逆境调控。为番茄抗逆研究提供了新的候选基因资源。
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
刘健健 刘俊丽 季敏杰 陈家栋 杨晓峰 陈爱群
植物质膜Ｈ～＋－ＡＴＰＡｓｅ（ｅｃ３．６．１．３）是一类普遍存在于细胞质膜上通过水解三磷酸腺苷（ＡＴＰ）产生能量，将细胞质中的氢离子（Ｈ～＋）逆浓度泵出细胞的运输蛋白。植物中的质膜Ｈ～＋－ＡＴＰＡｓｅ由一个多基因家族所编码，其功能涉及到植物生长发育的多个生理过程。通过对全基因组检索在茄科ｓｏｌＡｎＡｃｅＡｅ植物番茄ｓｏｌＡｎｕｍ ｌｙｃｏＰｅｒｓｉｃｕｍ中共鉴定到８个编码质膜Ｈ～＋－ＡＴＰＡｓｅ的同源基因（ｌＨＡ１～８）。生物信息学分析显示：这８个ｌＨＡ基因具有较高的序列相似性和较为保守的外显子／内含子结构特征。实时荧光定量聚合酶链式反应（ｑ ｒＴ－Ｐｃｒ）分析显示，ｌＨＡ１～４在所有被检测的．．．
[期刊] 草业科学
[作者]
刘璇 陈虞超 郭生虎 钟楠 石磊 甘晓燕
芦竹（Arundo donax L.）生长周期短、纤维素及粗蛋白含量高，在燃烧过程中能够产生较高的热值，是一种新型的经济能源饲草，具有广阔的应用前景。TCP是一类植物特有的转录因子，在调控植物生长发育过程中具有重要作用，但目前该基因家族在芦竹中的分布以及生物学功能未见报道。本研究以芦竹为对象，利用生物信息学方法对AdTCP基因家族的基本理化性质、染色体定位、基因间的共线性关系、基因结构、蛋白的保守基序、多序列比对及与其他物种的亲缘进化关系进行了系统分析，运用实时荧光定量PCR测定了盐胁迫下7个AdTCP基因的相对表达量。结果表明，芦竹含有37个AdTCP基因，分布在不同染色体上。其蛋白理化性质各不相同，且均为亲水性、不稳定蛋白，多数定位在细胞核中。该家族基因结构中均只含有外显子，无内含子，共线性分析鉴定出22个片段复制基因对；其家族蛋白包含15个不同的保守基序，序列相似性为30.52%。通过与拟南芥、水稻TCP基因进行亲缘关系比较，结果发现82个TCPs可以分为TCP-P和TCP-C两大亚家族，其中TCP-P仅包含PCF分支，而TCP-C包含CYC与CIN两个分支。随着盐胁迫浓度的升高，7个AdTCP基因的表达量呈现先上升后下降的趋势，说明AdTCP参与盐胁迫响应过程。本研究为解析芦竹基因功能及创制芦竹新种质奠定基础。
关键词：
芦竹 TCP转录因子 基因家族鉴定
[期刊] 华北农学报
[作者]
赵爽 葛朝红 石鹤飞 闵卓 王广鹏 李伟明
WRKY转录因子在植物生长和防御反应的调控中发挥着重要作用。为了探究WRKY基因家族在板栗抗旱中的功能，对板栗WRKY基因家族成员进行了鉴定，对其编码蛋白的理化性质、系统发育、结构等进行分析，并通过转录组测序和qRT-PCR技术分析其在干旱胁迫下的表达特征。通过生物信息学技术在板栗中共鉴定到65个WRKY基因家族成员，将其分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ3组，其中Ⅱ组根据其结构和系统发育关系分为5个亚组。WRKY基因的结构和保守基序分析表明，外显子数目为1～7个，同一亚组的外显子数目和基序分布类似。WRKY基因保守结构域发生了一定的变异，包括WRKY七肽结构域的缺失，锌指结构的缺失，七肽结构域变异为WRKYGKK、WRKYGRK和WRKYGRK等。转录组测序数据表明，有4个WRKY基因家族成员在样品中没有表达，干旱胁迫诱导表达的WRKY基因家族成员表达量上调的有49个，而表达量下调的WRKY家族成员有11个。以上结果表明，板栗WRKY基因在对干旱胁迫的响应中发挥了重要作用。
关键词：
板栗 基因家族 WRKY 干旱胁迫
[期刊] 华北农学报
[作者]
李辉 康泽培 邱财生 戴志刚 邱化蛟
通过鉴定红麻全基因组中WRKY基因家族所有成员，并分析其在盐胁迫下的表达特征，从而为研究WRKY基因家族成员在红麻响应盐胁迫过程中的生物学功能奠定坚实基础。利用生物信息学的方法对红麻全基因组中的WRKY基因家族成员进行鉴定，并对WRKY基因家族各成员的理化性质、系统发育和保守功能域进行分析，同时利用实时荧光定量PCR技术分析盐胁迫下WRKY基因家族各成员的表达特征。结果表明，共鉴定出33个WRKY基因家族成员，且该基因家族成员不均匀地分布在12条染色体上，每个基因家族成员的理化性质如氨基酸数目、分子质量、理论等电点都存在一定的差异，且每个基因家族成员的氨基酸保守序列WRKYGQK没有发生变异。红麻和拟南芥的WRKY基因家族系统进化树分析表明，33个WRKY家族成员分成了3个类群，GroupⅠ、GroupⅡ、GroupⅢ,其中GroupⅢ包含了5个亚组。实时荧光定量PCR技术分析结果表明，盐胁迫诱导表达的WRKY家族成员有26个，其中23个具有正向调控作用，3个具有负向调控作用。共鉴定出红麻WRKY家族成员33个，其中26个WRKY家族成员参与了红麻盐胁迫响应过程。
关键词：
红麻 WRKY 生物信息学 盐胁迫
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