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[期刊] 华北农学报
[作者]
李志勇 谢夏青 李兴红 董志平
2009年河北保定和邯郸地区番茄受到一种毁灭性的新病毒危害,对两地5个病样检测,结果均为番茄黄化曲叶病毒,但未检测到卫星DNAβ分子。对保定和邯郸分离物DNA-A全长进行克隆测序,两分离物DNA-A全长均为2 781 bp,这两个分离物DNA-A全长与其他地区番茄黄化曲叶病毒分离物同源性为98.6%～99.8%,发现其基因间隔区变异稍大,与其他地区番茄黄化曲叶病毒分离物同源性为96.2%～99.7%。邯郸分离物与山东分离物(SD-2)亲缘关系最近,保定分离物与南京分离物(JSNJ1)亲缘关系最近。聚类分析表明,中国几个省市分离物有很高的同源性,但可以分为两个分支,邯郸和保定的分离物分别在两个分...
[期刊] 华北农学报
[作者]
金凤媚 薛俊 郏艳红 周祥明 王建江 刘仲齐
对天津发生的番茄黄化曲叶病毒进行了分子鉴定,并对DNA-A的全基因组进行了序列分析。结果表明,天津分离物与国内山东、安徽、上海和浙江等地的分离物及亚洲(韩国、日本、约旦、以色列)和北美洲(美国、墨西哥)分离物的同源性为93%以上;与科摩洛、马达加斯加等非洲国家的同源性为80%。天津地区的分离物与广东G3分离物和广西的分离物不是同一病毒。编码AC2蛋白的开放阅读框有2处碱基发生突变,导致氨基酸90位E→G和104位H→Y。
关键词：
番茄黄化曲叶病毒 克隆 序列分析
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
杨彩霞 张帅宗 孙蓬蓬 高雅 汪绪花 王喆
采用已报道的菜豆金色花叶病毒属的通用引物ＰＡ／ＰＢ，从辽宁葫芦岛地区的３份番茄样品中扩增到Ｂｅｇｏｍｏｖｉｒｕｓｅｓ的保守区域，获得３个长度约５００ ＢＰ的克隆序列，同源性为９９．５８％．ＤＮＡ－Ａ全基因组序列分析结果显示，３份样品ＤＮＡ－Ａ全长均为２ ７８１ ＢＰ（分别命名为ＬＮｈｕＤ１、ＬＮｈｕＤ２和ＬＮｈｕＤ３分离物），具有典型双生病毒结构，与番茄黄化曲叶病毒（ＴＹＬＣｖ）山东分离物（ＴＹＬＣｖ－［ＣＮ：ｓＤ：ｓＤＷＦ－Ｌ７：１２］，ＫＣ９９９８５０）的核苷酸同源性最高（９９．６％）．根据双生病毒分类标准，认为ＬＮｈｕＤ１、ＬＮｈｕＤ２和ＬＮｈｕＤ３是ＴＹＬＣｖ的辽宁分离物．系统关系树表．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
金凤媚 薛俊 宋建 于海涛 段红英
为了确定天津番茄产区是否发生了番茄褪绿病毒病，了解该病毒天津分离物的主要基因是否发生变异，对该地区发生的Ｔｏ ＣＶ进行了分子检测，并对该病毒的外壳蛋白（ＣＰ）和热激蛋白７０类似物（ＨｓＰ７０Ｈ）的核苷酸和氨基酸进行了序列分析。结果表明，天津分离物ＣＰ蛋白的核苷酸和氨基酸序列与已报道的具有代表性的不同国家的分离物相似性均在９７．３％以上。ＨｓＰ７０Ｈ蛋白的核酸和氨基酸序列与已报道的具有代表性的不同国家的分离物相似性均在９７．２％以上。表明ＣＰ和ＨｓＰ７０Ｈ蛋白是２个最保守的蛋白。这是首次在分子水平上证明番茄褪绿病毒在天津地区为害。
[期刊] 华北农学报
[作者]
金凤媚 薛俊 孙海波 郝志愚
为了明确引起天津地区番茄果实褐化的病因,采用小RNA深度测序技术和RT-PCR技术对采自天津的番茄病样进行鉴定分析。结果表明,引起天津地区番茄果实变褐的病原为番茄花叶病毒。进一步对该病毒进行了全基因组测序,并对该病毒的外壳蛋白(CP)、运动蛋白(MP)和126蛋白进行了序列分析。进化树分析结果表明,天津分离物的3个蛋白基因均与美国分离物USA_99-1)的进化关系最近。相似性分析结果表明,CP基因与其他分离物的平均相似性为95.53%。MP基因与其他基因分离物的平均相似性为95.21%。126蛋白基因与其他分离物的平均相似性为92.72%。对这3个基因编码的蛋白进行分析,结果表明,不同分离物之间的平均相似性均在99.0%及以上。初步表明,在天津发生的番茄花叶病毒可能是由于贸易活动由国外传入天津市。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
田兆丰 刘伟成 厚凌宇 谢华 罗晨 柴敏
【目的】番茄黄化曲叶病毒病（ＴｏｍａＴｏ ｙｅｌｌｏｗ ｌｅａｆ ｃｕｒｌ ｖｉｒｕｓ，Ｔｙｌｃｖ）是一种影响全世界番茄生产的病害，培育抗病品种是最有效、经济和持久的防控手段。目前生产上应用的抗病品种繁多，但存在对Ｔｙｌｖｃ不同抗性基因的抗性水平研究甚少、了解不够全面的问题。为了解带有不同抗性基因的番茄品种对番茄黄化曲叶病毒病的抗性，对北京市农林科学院蔬菜中心培育的番茄品种抗病性进行检测，并利用半定量ｒＴ－Ｐｃｒ方法分析抗病基因和抗病蛋白的表达水平。【方法】选取携带有Ｔｙ３ａ／Ｔｙ３ａ的番茄材料秋光２８５（Ｔｙ３ａ纯合）、棚１３７×２４６（Ｔｙ３ａ杂合），携带Ｔｙ１＋Ｔｙ３ａ纯合的秋光１２０、．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
刘榛 张延安 化娟莉
本研究对来自10个国家,国内27家单位抗黄化曲叶病毒病的239个番茄品种进行抗病基因的分子鉴定并分析,结果表明:Ty-1和Ty-3a是当前番茄抗黄化曲叶病毒病育种中利用的主要基因,携带复合基因的杂种也主要是这两对基因的利用。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
余明芬 曾洪梅 钟润涛 赵小明 邱德文
【目的】探索微流控芯片电泳方法在PCR产物检测方面的效果,并建立针对番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)的微流控芯片电泳检测方法,弥补琼脂糖凝胶电泳方法在试剂消耗、所用时间、安全性方面的缺陷。【方法】通过对TYLCV的基因组进行分析后,在该基因组中相对稳定的位置设计引物,同时兼顾引用已被研究者研究过的引物,对这些选择的引物进行特异性、稳定性、灵敏度等方面的验证,筛选出用于后续试验的引物。选择DNA标准物φX174/BsuR I(HaeⅢ)marker,分别进行琼脂糖凝胶电泳和微流控芯片电泳,对二者在耗材、耗时和灵敏度方面进行比较,确定微流控...
[期刊] 华北农学报
[作者]
金凤媚 宋建 薛俊 陈东亮 王姝 张越 孙海波
为了确定北京菊花产区是否发生了番茄斑萎病毒病,了解该病毒北京分离物的序列变异情况,对该地区发生的TSWV进行了分子检测,并对该病毒编码的依赖RNA的RNA聚合酶(RDRP)、多糖蛋白(Gn-Gc)、运动蛋白(NSm)、外壳蛋白(N)、非结构蛋白(NSs)等5个基因进行了序列分析。结果表明,TSWV北京地区菊花分离物(Beijing-jh)的5个编码基因与国内各分离物的进化关系较远,与来自韩国和西班牙的分离物亲缘关系较近。相似性分析表明,N基因是最为保守的基因,核酸平均相似性为97.2%,蛋白为98.6%,RDRP的变异性最大,核酸平均相似性为95.4%,蛋白为96.8%,且Beijing-jh分离物的5个基因编码的氨基酸与来自西班牙分离物的相似性最大,初步表明,该分离物可能是由于贸易活动由国外传入我国。
关键词：
菊花 番茄斑萎病毒 分子检测 序列分析
[期刊] 西南农业学报
[作者]
梁学超 向本春 程朝玲 苏海娣 郑银英
本文通过一步法RT-PCR技术,检测新疆加工番茄马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)感染率。结果表明,新疆加工番茄马铃薯Y病毒感染率为25%。选取10个样品利用RT-PCR技术,克隆CP基因,获得807 bp全长CP基因,编码268个氨基酸。CP基因序列比对分析与系统进化树分析表明,侵染新疆加工番茄的马铃薯Y病毒属于PVYN:O株系。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
张洁 林文武 宛柏杰 余小芳 吴祖建
为明确引起福建省福州市长乐地区番茄上曲叶症状的病原，提取样品总ＤＮＡ，利用简并引物ＰＡ／ＰＢ进行ＰＣＲ扩增，从１０个样品中均可扩增到５００ ＢＰ左右的特异条带．ＮＣＢＩ ＢＬＡＳＴ序列比对表明，该序列与番茄黄化曲叶病毒（ＴＹＬＣＶ）核苷酸序列相似性最高，达９９．０％．再根据已知５００ ＢＰ序列设计１对反向引物，扩增ＴＹＬＣＶ分离物Ｆｚ０１全基因组近全长，克隆并测序．经序列拼接发现，ＴＹＬＣＶ分离物Ｆｚ０１基因组全长２７８１ ＮＴＳ（ＫＰ６８５５９８），与已报道的ＴＹＬＣＶ其他各分离物相似性均在８９．３％以上，而与来自中国不同地区的ＴＹＬＣＶ分离物的相似性均在９８．７％以上．因此，Ｆｚ０１属于Ｔ．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘春香 刘彩云 李会平 曹京
由于TYLCV的宿主广泛,本试验对山东寿光地区的感病毒病辣椒进行了TYLCV感染的分子鉴定,发现寿光地区的辣椒感染了TYLCV病毒,且感染率较高。通过对病毒基因组DNA-A序列的克隆和序列分析发现,寿光感病辣椒的TYLCV序列与临沂和德州的TYLCV亲缘关系最近,并对具体突变点进行了分析。进化树分析显示,克隆得到的辣椒病毒与墨西哥的TYLCV病毒同源性较高,而与危害辣椒较严重的TYLCSV的遗传距离较远。
关键词：
辣椒:TYLCV 分子鉴定,DNA-A
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
植爱萍 柳勤海 赵紫馨 肖轩仪 张洋 陈莉 冯明峰 朱敏 陶小荣
[目的]新德里番茄曲叶病毒（tomatoleafcurlNewDelhivirus，ToLCNDV）严重威胁我国茄科和葫芦科作物的生产，本研究旨在建立针对该病毒的快速检测方法，为病害的监测和防控奠定基础。[方法]针对ToLCNDV基因组A的保守区域设计了两对特异性引物，经过筛选后选用其中一对引物建立了针对ToLCNDV的重组聚合酶扩增（recombinase polymerase amplification， RPA）检测方法。[结果]该方法可在42℃恒温条件下，仅用30 min完成对ToLCNDV的指数级扩增，扩增产物既可通过琼脂糖凝胶电泳进行观察，又能通过测流层析试纸条实现检测结果的快速可视化。经特异性检测发现，本研究所建立的RPA技术可特异性地检出ToLCNDV，而检测不到番茄黄化曲叶病毒（tomato yellow leaf curl virus， TYLCV）、番茄金色花叶病毒（tomato golden mosaic virus， TGMV）、云南番茄曲叶病毒（tomato leaf curl Yunnan virus， TLCYnV）和中国南瓜曲叶病毒（squash leaf curl China virus， SLCCNV）等侵染茄科和葫芦科作物的其它DNA病毒。另外，在测试灵敏度时发现，当模板DNA浓度稀释到5×10-7 ng时RPA仍能检测为阳性结果，而常规聚合酶链式反应（polymerase chain reaction， PCR）检测的最低模板含量仅为0.05 ng，说明RPA检测ToLCNDV的灵敏度显著高于常规PCR。[结论]本研究所研发的ToLCNDV快速检测方法为建立该病毒的早期监测预警和综合防控技术体系奠定了基础。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
徐小刚 刘雅婷 李永忠 何婷婷 韩毅 孙文涛
从生物信息数据库NCBI中搜索并下载最新有关番茄萎斑病毒属Tospovirus各种间SRNA片段全长序列以及该片段上NSs、N的核酸和蛋白质序列着手,运用DNAstar和DNAMAN以及NPSA等生物信息软件对其进行比对分析,结果发现,以NSs蛋白序列建立的系统进化树显示CCSV和TZSV之间的同源性为85.8%,IYSV和TYRV之间的同源性达90%,MYSV和PSMV间的同源性为97.5%;通过N蛋白序列分析显示,Tospovirus属中有7组同源性较高的种;在Tospovirus属病毒中非极性氨基酸含量最高,极性酸性氨基酸最少,比较TSWV中抗性破坏RB株系与普通株系在NSs、N核酸、蛋...
[期刊] 华北农学报
[作者]
陈利达 石延霞 谢学文 曹金强 柴阿丽 李宝聚
为了检测和鉴定我国不同地区番茄上的病毒种类,2015-2018年,在不同蔬菜种植区采集431份番茄疑似感病样品。利用已报道侵染番茄的12种主要病毒的特异性引物对样品进行RT-PCR分子检测与鉴定,结果表明:TYLCV在番茄上普遍存在,检出率为65.20%;而ToCV、TMV、CMV、ToMV、TSWV和PVY侵染番茄相对较少,检出率分别为21.11%,20.19%,17.63%,15.31%,14.15%,11.37%;未检测到TICV、PVX、TYLCVNB和BBWV等病毒。通过对番茄病毒复合侵染现象进行分析发现,病毒复合侵染率达35.73%,其中2种病毒复合侵染现象最多,占复合侵染总比的52.60%;3种病毒复合侵染率占复合侵染总比27.92%;4种及5种病毒复合侵染率略低,分别占复合侵染总比0.65%和18.83%。通过对我国20个地区的番茄病毒进行检测,结果表明,在番茄上检出病毒种类最多的为北京地区,检测到7种病毒,其次是山东地区,检测到5种病毒;河南、甘肃及宁夏地区检测到4种病毒;西藏、河北、浙江、陕西、海南地区检测到3种病毒;四川、天津、黑龙江、山西、内蒙古等检测到2种病毒;其他地区只检测到单一番茄病毒种类。同时根据TYLCV和TSWV部分基因序列构建系统发育树,结果表明,TYLCV北京分离物(MK336782)与中国湖南分离物的亲缘关系最近,TSWV河南分离物(MK318839)与山东分离物的亲缘关系最近。
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