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[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
王波 唐冬生 蒋泓 洪亚辉 萧浪涛 周天鸿
为了探索利用PCR简单扩增高GC含量的长重复序列的方法,经反复摸索后选用LAPCR法即LAPCRTaq酶结合GC缓冲液Ⅱ来扩增奶牛高GC含量的长片段重复序列,成功获得了全长2538bp,GC含量为65.7%的DNA序列,其中ITS1的GC含量高达80%.探索了克隆复杂DNA序列时引物设计的特别规则、反应体系的改进、DNA聚合酶的选用等措施.
[期刊] 中国农业科学
[作者]
宋慧群 张德林 廖申权 翁亚彪 林瑞庆 朱兴全
【目的】首次对中国来源于不同宿主、不同地域的9个弓形虫虫株(ZS1人株、PY猪株、GY猪株、ZC猪株、NT猪株、ZS人株、SH人株、CN猪株、QHO绵羊株)以及国际标准强毒RH株之间在529bp重复序列的变异进行研究,从而为进一步的分子诊断和分子遗传学研究以及弓形虫病的防制奠定基础。【方法】抽提基因组DNA后,用PCR方法对10个虫株的529bp重复序列进行扩增;扩增产物经纯化后克隆于pGEM-TEasy质粒载体,再经菌落PCR及酶切鉴定阳性克隆,然后对阳性克隆进行测序及序列分析。【结果】10个弓形虫虫株的529bp重复序列都不完全相同,它们之间的核苷酸序列变异范围为0.8%～2.9%。变异主...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
谢南南 乔勇 赵锦 刘孟军
【目的】建立一种适合枣相关基因侧翼序列延伸的SON-PCR技术。【方法】在原有SON-PCR基础上进行改进,将原有SON-PCR第2轮两段式反应改进为两步式,即第2轮首先加入单引物进行单侧嵌套引物引发5′端进行选择扩增,然后以第1步产物为模板,以少量的第1轮引物和第2轮引物进行特异性扩增,使特异性和效率进一步加强;将原来第2轮扩增模板浓度调整至10 ng·μL-1左右,以适合枣相关基因侧翼序列扩增。【结果】利用该体系对‘骏枣’1条626 bp的片段进行了侧翼序列扩增,获得了1条934 bp的编码富含亮氨酸重复序列的相关片段;同时以其它2条枣基因片段为起始序列进行了侧翼序列扩增,进一步验证了此技...
关键词：
枣 相关基因 SON-PCR 侧翼序列
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
孔会利 王超 肖亮 李文成
高G+C含量模板进行PCR扩增时,往往通过添加增强剂如甘油、DMSO、甲酰胺等来提高扩增效率,但是目前研究单个增强剂对PCR影响的较多,而研究增强剂组合的不多,而且关于增强剂对聚合酶保真度的影响的研究也不够充分。本研究通过正交试验对不同增强剂组合的效应进行了探讨,建立了3个对高G+C含量模板进行PCR扩增的高效缓冲液体系,并且对其中2个进行研究发现它们可以提高Taq聚合酶扩增的保真度,因而具有较广的应用前景。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
邢小黑 姜卫红
[期刊] 中国水产科学
[作者]
史成银 王印庚 黄倢 王清印
应用同源PCR技术,从被一种球状病毒感染的患病大菱鲆(Scophthalmus maximus)脾脏和肾脏组织中扩增出了一段长度为620 bp的DNA片断。序列测定和Blast分析表明,该DNA片断与鱼类虹彩病毒主要衣壳蛋白(MCP)C末端编码区的DNA序列高度相似,由此证实感染养殖大菱鲆的这种球状病毒为一种鱼类虹彩病毒,暂命名为大菱鲆红体病虹彩病毒(TRBIV)。多序列比对和分析发现,TRBIV MCP C末端的205个氨基酸序列与GenBank中20种虹彩病毒相应序列的相似性分别为99.47%(韩国大菱鲆虹彩病毒)、97%~98%(待指定病毒属的7种病毒),以及50%以下(蛙病毒属、淋巴囊...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
谭爱萍 邹为民 赵飞 姜兰 陈信廉 劳海华 简清 陆小萏 罗理
为了进一步研究锦鲤疱疹病毒主要囊膜蛋白(KHV-MEP)的功能及锦鲤疱疹病毒(KHV)的感染机制,根据KHV-MEP基因序列设计并合成1对引物,从自然感染KHV发病的锦鲤(Cyprinus carpio Koi)肝组织总DNA中扩增获得特异性基因片段。将所得基因片段克隆到pMD18-T Simple Vector载体中,获得重组质粒T-KMEP;酶切鉴定后进行序列测定,并采用氨基酸亲水性分析软件TMpred对其编码氨基酸序列进行分析;在对该片段所编码氨基酸可能抗原位点分析的基础上,进行PCR改造构建原核表达载体,获得重组表达载体pBV-KMEP1和pBV-KMEP2。所获得的基因片段大小为77...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
高建峰 宋冬林
根据对卷枝毛霉Mucor circinelloides、布氏须霉PPhycomyces blakesleeanu、雪白根霉Rhizopus niveu、少根根霉Rhizo pus arrhizus和微小根毛霉Rhizomucor pusillus的乳清酸核苷-5'-单磷酸脱羧酶基因核酸序列的同源性分析,在第3个外显子内根据卷枝毛霉基因序列设计1对引物,以三孢布拉氏霉Blakeslea trispora基因组DNA为模板进行PCR扩增,得到1个长度约为500 bp的产物。经过同源性分析证明该产物为三孢布拉氏霉乳清酸核苷-5'-单磷酸脱羧酶基因片段。在此基础上,采用抑制性PCR扩增技术,进行染色体...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
巫伟峰 陈孝丑 陈发兴 黄晓慧 陈春 张毅智 汪长水
[目的]DNA条形码技术是分子鉴定的最新进展之一,为了研究中国兰的DNA条形码技术,实现中国兰的快速鉴定。[方法]该文通过电泳成像技术、BLASTN核苷酸相似序列检验等分析方法,对一种中国兰ITS、ITS2、psbA-trnH、rbcL、matK等常用DNA条形码标准序列PCR扩增的方法进行了可行性检验。[结果]该方法可以在中国兰中有效扩增ITS2、psbA-trnH、rbcL、matK等条形码序列,并通过双向测序获得序列信息,ITS标准序列由于引物存在非特异性扩增,需要重新设计合适的引物。[结论]利用该方法,可以有效获得中国兰中ITS2、psbA-trnH、rbcL、matK等几种常见DNA条形标准序列,并大大简化了PCR反应操作步骤,为进一步研究中国兰的DNA条形码技术提供了参考和借鉴。
关键词：
DNA条形码 国兰 PCR扩增 分子诊断
[期刊] 中国水产科学
[作者]
贾智英 梁利群 孙效文
采用小片段克隆法构建了方正银鲫[(Carassius auratus gibelio(Block)]部分基因组文库,并采用非影印的方法将转化子转移到硝酸纤维素滤膜上。用人工合成、并经放射性同位素[γ-32P]ATP标记的(CA)15探针对构建的基因组文库进行筛选,获得137个阳性克隆,经测序得到微卫星序列130个,其中完美型、非完美型、混合型分别占64.3%、16.9%和18.8%。应用引物设计软件Primer Primer5.0进行引物设计,得到引物103对。合成30对引物,随机选取其中5对进行PCR扩增。结果表明,这5对引物均可以稳定扩增,并且观测杂合度均较高
关键词：
雌核发育 银鲫 微卫星DNA
[期刊] 淡水渔业
[作者]
付元帅 龙华 陈建武 张燕 汪登强
选用根据人类SRY基因HMG保守区序列、HMG-box序列以及HOX基因保守序列设计的3对引物,分别对白缘(Liobagrus marginatus)、大拟缘(Liobagrus marginatoidesW u(b ig))、小拟缘(Liobagrus margina-toidesW u(sm all))、黑尾(Liobagrus nigricauda)4种鱼的雌雄基因组进行了PCR扩增。结果在4种鱼的雌雄基因组中发现1个1 200 bp左右的SRY基因同源序列片段,3个分别为200 bp、500 bp和1 200 bp左右的SOX基因同源序列片段,2个分别为150 bp和200 bp左右的...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
耿雪侠 张立 徐敏 邓道贵 张海军
采用PCR产物直接测序法测定了3种中国常见溞属(Daphnia)动物的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基基因(COⅠ)及其侧翼序列。结果表明扩增出的线粒体DNA片段在碱基使用上存在明显偏倚,A+T含量均超过60%,且在重链上多使用T。推测3种中国溞属动物COⅠ基因的终止密码子均为不完整的终止密码子(T__),而隆线溞(D.carinata)及大型溞(D.magna)COⅠ基因的起始密码子可能是(A)CTA,较为少见。基于COⅠ基因DNA或氨基酸序列进行了同源性、进化分歧及密码子使用偏向性等方面的比较,分析结果和采用不同方法构建的分子系统进化树均显示:中国来源的两种溞属动物隆线溞与大型溞亲缘关系较近,显...
关键词：
溞属 线粒体DNA COⅠ基因 系统进化
[期刊] 中国农业科学
[作者]
卢泳全 汪旭升 黄伟素 肖天霞 郑燕 吴为人
通过在多态位点两侧的保守编码序列上设计引物,可以开发出在不同物种间通用的基于PCR的分子标记,称为扩增共有序列遗传标记(ACGM)。【目的】探讨利用已公布的水稻籼、粳两亚种的基因组序列开发禾本科ACGM的可行性。【方法】根据水稻两亚种间的内含子长度多态性,开发了38对ACGM引物。用这些引物对玉米、粟、大麦、小麦、竹子、旱稗草和大米草6个属共12个不同材料进行PCR实验。【结果】几乎所有引物都可在至少1种材料中扩增出特异条带,而1/3以上的引物可以在全部供试材料中获得特异扩增产物。在每一种供试材料中,平均大约有2/3的引物可以成功扩增出目的条带。这些引物在各属内不同种、亚种或品种(系)之间的多...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李晶 林雄杰 童金华 刘朋虎 林占熺
为筛选富萜牛樟芝（ＡｎｔｒｏｄｉＡ ｃｉｎｎＡｍｏｍｅＡ）菌株，对收集的３株牛樟芝菌株（Ａｃ６２０，Ａｃ１４０４，Ａｃ００１）进行ｉｔＳ序列分析，通过香草醛－冰醋酸法对牛樟芝液体发酵菌丝体总三萜含量进行分析。ｉｔＳ序列分析结果表明菌株Ａｃ１４０４和Ａｃ００１的ｉｔＳ序列完全相同，长度均为５９３ ｂｐ，Ａｃ ６２０菌株的长度为５８１ ｂｐ。供试菌株Ａｃ００１、Ａｃ１４０４和Ａｃ６２０菌丝体中的三萜含量分别为３４．３０、１８．４７和１６．６８ ｍｇ·ｇ－１（ｄＷ），菌株Ａｃ００１与Ａｃ１４０４和Ａｃ６２０间菌丝三萜含量差异极显著（ｐ＜０．０１）。
关键词：
牛樟芝 ITS序列 菌丝体 三萜含量
[期刊] 中国农业科学
[作者]
高亚梅 韩毅强 汤辉 孙东梅 王彦杰 王伟东
【目的】分析根瘤菌基因组中的简单重复序列(simple sequence repeats,SSRs),为其在根瘤菌遗传多样性研究中的应用提供有益的信息。【方法】利用公共的微生物串联重复序列数据库资源,对已测序的3种根瘤菌基因组中SSRs的结构类型、分布、丰度等进行系统的比较分析。【结果】大豆慢生根瘤菌(Bradyrhizobium japonicum)、百脉根根瘤菌(Mesorhizobium loti)和苜蓿中华根瘤菌(Sinorhizobium meliloti)基因组中的SSRs分别为1410个、859个和638个,3种根瘤菌基因组中长重复的四、五、六核苷酸基序更为丰富,变异性更高。数目...
关键词：
根瘤菌 基因组 微卫星序列
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