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[期刊] 浙江林学院学报
[作者]
何沙娥 张智俊
为了获得完整、高纯度的竹林土壤微生物总DNA,采用改良的十二烷基硫酸钠-高盐抽提法对5种竹林土壤进行DNA提取,通过DNA凝胶回收试剂盒纯化粗提的DNA,利用细菌16 S rDNA基因的V3区引物对纯化的DNA进行了聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)验证。结果表明,该方法所需土壤样品少,抽提的DNA片段均在23kb以上,完整性好;采用DNA凝胶回收试剂盒纯化能够有效去除粗提DNA中大部分杂质,获得高质量的DNA;以此DNA为模板进行DGGE检测所反映的微生物信息量丰富。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
胡元森 吴坤 李翠香 贾新成
【目的】研究黄瓜连作土壤微生物群落演替规律。【方法】采用PCR-DGGE技术分析不同种植茬次黄瓜根区土壤微生物群落的动态变化。【结果】黄瓜连作引起土壤中细菌种群发生较大变化,其中Bacteriovorax sp.(序列同源性为93%)、Pseudomonas sp.(序列同源性达97%)和另两种未培养(Uncultured)细菌种群数量减少,而Sphingomonas sp.(序列同源性达100%)和另一未培养细菌种群数量增加。连作对土壤真核微生物影响较小,但其在根际的数量变化幅度较非根际明显。【结论】黄瓜根际细菌数量与其生长发育关系密切,而非根际细菌数量随黄瓜生长发育变化不大。黄瓜连作导致根...
关键词：
黄瓜 连作 根际微生物 PCR-DGGE
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
于洁 冯炘 解玉红 刘淑琮
变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术目前已被广泛应用于环境微生物领域。介绍了DGGE的基本原理和技术步骤,分析了该方法的主要影响因素及其优点和存在的问题;概述了PCR-DGGE技术在环境微生物领域,包括在微生物处理技术、微生物生态多样性研究和功能菌种优化筛选中的应用现状,并展望了其应用前景。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李永洙
研究依莎褐蛋鸡和艾维茵肉鸡发育正常及迟缓鸡群的盲肠细菌种群结构和多样性变化。使用基于16S rDNA的PCR-DGGE技术,结合割胶回收DNA进行克隆和测序,分别对4、6、10、16、20和40周龄蛋鸡及1、2、4、6、7和8周龄肉鸡发育正常、迟缓鸡群盲肠内容物的细菌群落进行特异性引物图谱指纹和聚类分析,鉴定特异性和共性群落。结果表明,Lactobacillus属在两品种发育正常鸡群盲肠内容物细菌的相似性均高于迟缓鸡群,两品种各周龄和发育正常、迟缓鸡群间指纹图谱平均条带数差异显著(P<0.05)。而Bacteroides属在发育正常鸡群盲肠内容物细菌的相似性与迟缓鸡群较为相近;发育正常、迟缓鸡...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
周倩 李兰芝 朱宏建 高必达
改进DNA提取方法,利用含2%CTAB、1%SDS、2%PVP、100mmol/LTris-Cl(pH8.0)、20mmol/LEDTA(pH8.0)和1.4mol/LNaCl的DNA提取缓冲液,提取了不同种属12种植物的DNA,并对其进行了PCR检测.结果显示,所提取的DNA符合PCR试验要求,用真核生物ITS4/ITS5通用引物均能扩增出清晰的条带.该方法无需酚仿抽提,简单、高效、环保,特别适合大规模植物DNA的提取.
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
胡萍 周光宏 徐幸莲 韩衍青 徐宝财 刘军昌
应用16S rDNA变性梯度凝胶电泳(DGGE)指纹图谱和系统发育分析方法,揭示了火腿切片在真空包装、4℃贮藏条件下主要微生物的动态变化。直接从火腿中提取总的细菌DNA,用巢式PCR和降落PCR扩增16S rDNA V3可变区序列,再通过DGGE得到动态变化指纹图谱。DGGE图谱表明,产品在贮藏初期具有丰富的微生物群落,说明污染微生物的多样性,但经过一段时间后,只有少数种类细菌存活并最终成为主导菌群。DGGE优势条带经DNA序列分析表明,代表最相似菌为清酒乳杆菌(Lactobacillus sakei)和弯曲乳杆菌(Lactobacillus curvatus),其次是长膜明串珠菌(Leuco...
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
郭帅 徐秋芳 沈振明 李松昊 秦华 李永春
雷竹Phyllostachys violascens林冬季地表覆盖施肥为核心的集约经营技术被广泛推广应用,冬季覆盖以及施肥处理必将对土壤氨氧化微生物群落结构产生影响。为揭示雷竹林覆盖和施肥等集约经营措施对土壤氨氧化微生物的影响,进行了田间试验。设计如下2个试验:试验1为施用等量硝态氮复合肥:m(氮)∶m(五氧化二磷)∶m(氧化钾)=16∶16∶16的对照1(不覆盖)和处理1(覆盖);试验2为覆盖的4个不同肥料处理,分别为对照2(不施肥),处理1,处理2(尿素),处理3(尿素+氯化钾),各处理以含氮量360 kg·hm-2为标准折算成相应的肥料用量,氯化钾与复合肥等钾量折算。应用聚合酶链式反应-...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
叶开玉 卢美英 于萍 陈殿余
针对龙眼组织富含多糖、单宁、色素及酚类物质的特点,采用改良的SDS法和CTAB法进行龙眼顶芽、叶片和茎皮3种组织总RNA的提取与纯化研究。结果表明,两种方法提取的总RNA均具有28、18、5S 3条清晰、完整的条带,且无降解现象;A260/A280均介于1.8~2.0之间,A260/A230均大于2.0。说明改良的SDS法和CTAB法提取的总RNA具有很高的纯度,可以满足后续分子生物学研究的要求。
[期刊] 水产学报
[作者]
夏耘 郁二蒙 谢骏 余德光 王广军 李志斐 王海英 龚望宝
在草鱼养殖过程中添加碳源(葡萄糖)维持水体C∶N为20∶1以培养生物絮团,通过对生物絮团细菌群落构成进行种类鉴定来评价生物絮团中功能微生物的组成。采用PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)技术分析生物絮团形成第5、10和15天的细菌群落结构。DGGE指纹图谱结果分析表明:第5天和第10天的相似性最高,达67.4%;第5天和第15天相似性系数最低仅为40.5%。第10天时微生物多样性最高,第15天时多样性最低。对DGGE指纹图谱特征条带进行回收、克隆测序,结果表明,生物絮团培养过程主要微生物类群隶属于以下6个纲:α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、γ-变形菌纲(Gammapro...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
孟庆阳 唐文竹
获得高纯度的总DNA是进行土壤微生物宏基因组学研究的基础,也是分析生物炭作为土壤改良剂对土壤菌群结构影响的关键。由于生物炭对DNA中磷酸骨架的吸附作用,从添加生物炭的土壤中提取总DNA较为困难。为了寻找合适的提取混有生物炭的土壤总DNA的方法,本研究分别采用E.Z.N.A.Soil DNA Kit法(方法 1)、改良的E.Z.N.A.Soil DNA Kit法(方法 2)、SDS-玻璃珠法(方法 3)、Mo-Bio Power Soil DNA Isolation Kit法(方法 4)和改良的Mo-Bio
关键词：
生物炭 土壤微生物 DNA提取 宏基因组
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
潘丽霞 姜振辉 张雯怡 周家树 刘娟 蔡延江 李永夫
【目的】探讨不同外源碳(玉米Zea mays秸秆及其生物质炭)输入对亚热带毛竹Phyllostachys edulis林土壤氨氧化微生物和氮循环相关酶活性的影响，以揭示其对土壤硝化作用的生物学机制。【方法】以亚热带毛竹林为研究对象，设置3个处理：对照(不施用)、施用玉米秸秆(5 t·hm~(-2))和施用玉米秸秆生物质炭(5 t·hm~(-2))，进行为期1 a的野外试验。于试验的第3个月和12个月采集土壤样品，利用荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)及高通量测序技术分析不同处理下毛竹林土壤氨氧化微生物群落结构特征、酶活性与总硝化速率的变化规律。【结果】与对照相比，秸秆及其生物质炭处理显著改变了土壤氨氧化细菌(AOB)丰度和群落结构(P<0.05)，而对氨氧化古菌(AOA)丰度和群落结构无显著影响；秸秆处理显著提高土壤氨氧化细菌丰度及其优势菌属亚硝化螺菌属Nitrosospira的相对丰度、蛋白酶活性和脲酶活性以及总硝化速率，而生物质炭处理则使其显著降低(P<0.05)。相关性分析表明：氨氧化细菌丰度及其优势菌属亚硝化螺菌属的相对丰度、蛋白酶活性和脲酶活性与铵态氮(NH_4~+-N)、硝态氮(NO_3~--N)、水溶性有机氮(WSON)和土壤总硝化速率呈正相关(P<0.05)。冗余分析表明：土壤NH_4~+-N、NO_3~--N、微生物生物量氮(MBN)和水溶性有机氮质量分数对氨氧化细菌群落结构存在显著影响(P<0.05)。【结论】秸秆生物质炭输入通过降低土壤NH_4~+-N、NO_3~--N和水溶性有机氮质量分数，从而降低土壤氨氧化细菌丰度及其优势菌相对丰度，削弱氮循环相关酶活性，进而抑制土壤硝化作用。与秸秆直接输入相比，秸秆生物质炭有利于减少毛竹林土壤氧化亚氮气体排放以及土壤氮素损失。图6表1参57
[期刊] 中国农业科学
[作者]
任凤玲 张旭博 孙楠 徐明岗 柳开楼
【目的】施用有机肥能促进农田土壤微生物的生长和繁殖,进而提高土壤肥力。然而,在全国尺度上量化施用有机肥对农田土壤微生物生物量碳(SMBC)和氮(SMBN)含量的影响研究极其缺乏。因此,探明不同气候和土壤条件下有机肥施用后农田SMBC和SMBN的变化规律,可为不同地区合理施用有机肥、提高土壤肥力和微生物活性提供理论依据。【方法】本研究搜集1990年至2017年已发表的文献共70篇(336和222个相对独立的数据分别涉及SMBC和SMBN),结合整合分析(Meta分析)从不同气候类型、土地利用类型和土壤p H
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
徐秋芳 姜培坤 王奇赞 陆贻通
毛竹集约经营是目前普遍采用的获得高经济效益的经营措施,然而长期集约经营导致土壤质量特别是生物学性质下降。为了探索改善集约经营毛竹林土壤生物学性质的途径和措施,2007年开展了不同绿肥对毛竹林土壤微生物特性的影响试验。布置了对照、白三叶、大绿豆、黑麦草及大绿豆黑麦草混播、龙爪稷等6个处理的为期7周的盆栽试验。结果表明:绿肥处理均能改善土壤微生物特性,大绿豆处理的土壤微生物量碳最高而对照最低,二者分别明显高于或低于其他绿肥处理,其余几个处理之间无明显差异。绿肥处理提高土壤微生物利用碳源能力(AWCD),其中最好的是豆、麦混播和白三叶2个处理;大绿豆处理最差;豆、麦混播及白三叶与大绿豆及对照之间差异...
[期刊] 浙江林学院学报
[作者]
杨芳 吴家森 钱新标 吴丽君
雷竹Phyllostachys praecox是笋用竹种。近十几年来,雷竹的早产高效栽培技术在生产上实施后,使竹笋产量大幅度上升,从而产生了可观的经济效益,但早产高效栽培技术的连年实施,暴露出了竹林退化、土壤质量下降的现象。为研究不同施肥对雷竹土壤微生物量碳的影响,在雷竹主产区布置了肥料试验,设了6个处理,即猪栏肥+化肥(处理1),菜籽饼+化肥(处理2),1/2猪栏肥+1/2化肥(处理3),纯化肥(处理4),2/3纯化肥(处理5),1/2化肥(处理6)。各处理肥料用量按氮素总投入量设定,6个处理氮素总投入量比例为2.0∶2.0∶1.0∶2.0∶1.5∶1.0。试验从2002年5月开始至2003...
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