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[期刊] 中国农业科学
[作者]
蔺宇 徐静静 王晓鸣 武小菲 李彦舫 朱振东
【目的】开发大豆疫霉菌SSR标记,为深入了解大豆疫霉菌遗传变异提供理想分析工具。【方法】用SSRIT软件对28197条大豆疫霉菌EST进行SSR搜索,选择含有SSR的合适EST设计、合成引物和PCR扩增。【结果】发现1454条EST含有SSR,其中3个碱基重复基元类型最多,有855个,占鉴定总数的54.3%。设计合成140对引物,用10个大豆疫霉菌菌株基因组DNA进行PCR检测,有111对引物(79.3%)扩增出SSR特征条带。通用性检测表明有33对引物在检测的1个或多个其它疫霉菌或腐霉菌中产生扩增产物。【结论】大豆疫霉菌EST含有丰富的SSR位点,本研究从EST中开发了111个新大豆疫霉菌S...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
肖江涛 苗苗 高坤 向桂林 杨帅 董莎萌 王源超 王克荣
【目的】分析中国大豆疫霉菌的群体遗传结构,探索不同地区大豆疫霉菌群体间的亲缘关系。【方法】采用RFLP(restriction fragment length polymorphism)技术,对大豆疫霉菌进行群体遗传结构的分析;利用Popgene V1.32软件计算大豆疫霉菌群体间的遗传相似度;利用NTSYSpc V2.10软件估算菌株间的遗传距离,并依据遗传距离构建UPGMA(unweighted pair-group method with arithmetic averages)系统树状图谱。【结果】采用探针PS127558对来自黑龙江、新疆和内蒙古等5个大豆疫霉菌地理群体的133个菌株...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
宋跃朋 江锡兵 张曼 王泽亮 薄文浩 安新民 张志毅
利用16个杨树无性系对Genomic-SSR和EST-SSR两种SSR标记的遗传差异性进行分析。统计分析结果表明,Genomic-SSR平均检测到的等位基因数为4.1、Shannon指数为1.0646、观测杂合度为0.4427、期望杂合度为0.5523;EST-SSR平均检测到的等位基因数为2.8、Shannon指数为0.6985、观测杂合度为0.2330、期望杂合度为0.4684。聚类分析结果显示,EST-SSR相对Genomic-SSR能更精准地鉴别基因型。研究结果表明,在标记多态性及基因型鉴别等方面EST-SSR与Genomic-SSR均具有显著的遗传差异性。通过对两种分子标记遗传差异的...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨维泽 左应梅 张金渝 杨天梅 杨绍兵 杨美权 邓先能 许宗亮 陈秀花 李新华
【目的】利用EST-SSR标记分析云南省珠子参野生资源的遗传多样性。【方法】利用17对人参属EST-SSR引物对云南省珠子参主要分布区的19个珠子参野生居群进行遗传多样性分析。【结果】在物种水平,17对人参属EST-SSR引物在19个珠子参居群中共检测到346个位点,其中多态位点296个,平均为17. 4个,珠子参的等位基因数(A)为1. 8555,Nei’s基因多样性(H)为0. 2023、Shannon指数(I)为0. 3230;在居群水平,19个居群的等位基因数(A)为1. 0954～1. 2977,Nei’s基因多样性(H)为0. 1043～0. 1387,Shannon指数(I)为0. 0309～0. 1077,多态位点数(PPB)为8. 67%～29. 77%。居群间的遗传分化系数(Gst)为0. 6357,居群每代迁移数(Nm)为0. 2866。遗传相似度和聚类分析的结果表明,19份珠子参居群被划分为2个大类群,其中第二类群16个居群被分为4个小类群。【结论】珠子参总体上具有丰富的遗传多样性,但各个居群的遗传多样性不高,居群间缺乏基因交流;居群间遗传分化水平高,遗传差异主要存在于居群间;聚类分析显示,不同表型的珠子参虽然形态差异较大,但遗传差异不大。
关键词：
珠子参 EST-SSR标记 遗传多样性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张怀山 鄢秀芹 鲁敏 王道平 安华明
【目的】通过分析评价贵州野生刺梨(Rosa roxburghii Tratt)资源居群遗传多样性和遗传结构,为刺梨资源的保护和发掘利用提供科学依据。【方法】从刺梨EST-SSR引物中筛选扩增效果好、多态性较高的10对引物,对收集的12个野生刺梨自然居群(共255份资源)的遗传多样性及遗传结构应用POPGENE 1.31软件进行分析,并根据Nei’s标准遗传距离,利用NTSYS-pc2.10e软件对各居群进行聚类分析,同时进行Nei’s遗传距离与地理距离的Mantel相关性检验。【结果】居群内Shannon
关键词：
刺梨 SSR 遗传多样性 居群遗传结构
[期刊] 中国农业科学
[作者]
董清华 王西成 赵密珍 宋长年 葛安静 王静
【目的】探讨草莓EST序列中SSR位点的分布规律,开发草莓EST-SSR引物,并分析其在草莓品种遗传多样性研究中的应用。【方法】从NCBI公共数据库下载草莓表达序列标签(expressed sequence tag,EST)55 750条,利用MISA软件查找SSR位点,并利用Primer3.0 Plus软件设计60对引物,通过非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)研究这些SSR引物的PCR扩增特点,并对部分扩增产物进行克隆和测序,以验证其真实性。【结果】55 750条草莓EST序列含有SSR位点的序列1 334条,SSR位点1 490个。其中,二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型,...
关键词：
草莓 EST SSR 遗传多样性
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
孙海悦 郭瑞雪 王佳卉 盖钰卓 刘禹姗 董梅 李亚东
【目的】探讨越橘ＥＳＴ序列中ＳＳＲ位点的分布规律，开发越橘ＥＳＴ－ＳＳＲ引物，并分析其在越橘品种遗传多样性研究中的作用。【方法】以９１份越橘种质为材料，利用越橘果实转录组（ＲＮＡ－ＳＥｑ）的测序结果，通过ＳＳＲＩＴ在线搜索，利用ＰＲＩｍＥＲ ＰＲＥｍＩＥＲ ５．０软件设计３０对引物，并筛选扩增效果理想的引物，用筛选出的引物分析９１份种质的多态性，构建９１份种质的系统发育树。【结果】３４ ４６４条越橘ｕＮＩｇＥＮＥ序列中含有ＳＳＲ位点的序列有８２９条，ＳＳＲ位点有９１３个，其中二核苷酸、三核苷酸重复是主要的ＳＳＲ类型，分别占全部ＳＳＲ位点的１３．６９％和８１．２７％。不同核苷酸数目重复基元的重复．．．
关键词：
越橘 EST SSR 遗传多样性
[期刊] 华北农学报
[作者]
周萌 李友勇 孙雪梅 王家金 谢瑾 成浩 汪云刚 刘本英
应用EST-SSR标记技术对云南省不同区域采集的39份古茶树资源进行了遗传多样性和亲缘关系研究。结果表明:43对EST-SSR引物共扩增出121条多态性谱带,有效等位基因变异占比重的73.88%。多态性信息量PIC值为0.05~0.74,平均为0.469。基因多样性指数平均值为0.53,Shannon指数平均值为0.81,均高于0.5。遗传相似系数0.41~0.91,平均值为0.65,显示云南大茶树的遗传基础相对比较宽,具有较高的遗传多样性水平。SSR聚类分析表明,大茶树的遗传距离和亲缘关系与地理分布有一定的关系,在分子水平上显示了部分云南大茶树的亲缘关系,有助于今后野生大茶树的保护及利用研究...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
武晓玲 周斌 孙石 赵晋铭 陈受宜 盖钧镒 邢邯
【目的】研究大豆对大豆疫霉菌株Pm14的遗传模式,并对其抗性基因进行定位。【方法】采用下胚轴创伤接种方法进行抗性鉴定,利用苏88-M21与新沂小黑豆构建的重组自交系群体进行遗传分析,并通过SSR技术结合BSA方法对苏88-M21的抗性基因进行定位。【结果】苏88-M21对大豆疫霉菌株Pm14的抗性由1对主效基因控制,抗病对感病表现为显性。通过分子作图,将抗性基因RpsSu定位于大豆分子遗传图谱O连锁群微卫星标记Satt358和Sat_242之间,与这2个标记的遗传距离分别为3.5 cM和7.4 cM。【结论】苏88-M21对大豆疫霉菌株Pm14的抗性是由1对单显性基因控制的,并将在苏88-M2...
[期刊] 华北农学报
[作者]
赵胜杰 刘文革 阎志红 何楠 包文风
利用30对SRAP(Sequence related amplified polymorphism)引物和11对EST-SSR引物对西瓜9份栽培自交系、3份美国材料和6份非洲野生种进行了遗传多样性分析。结果表明,栽培种与野生种间多态性比率高达92.11%,野生种间多态性比率为34.11%,栽培种间多态性比率仅为21.05%。3份美国材料的扩增带多数与栽培种相似,但也扩增出了一些特异条带。试验表明SRAP和EST-SSR用于西瓜作物的遗传分析是高效可行的。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
潘海涛 汪俊君 王盈盈 齐照良 李斯深
【目的】利用小麦EST序列数据库开发EST-SSR标记。【方法】对GenBank/dbEST注册的普通小麦EST序列(2006.4.18—2007.2.4)进行SSR查找,采用Primer5.0软件设计EST-SSR引物,选用3个小麦品种进行有效性检测,利用RIL群体和Mapmaker/Exp3.0软件进行遗传作图。【结果】在265362条普通小麦EST序列中,共发现6314个SSR,占整个EST数据库的2.38%。其中二核苷酸、三核苷酸重复序列最多,分别为2237(35.43%)和2084(33.01%)个。二核苷酸重复中,以GA/CT和AG/TC出现频率最高、分别占SSR总数的17.85%...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王西成 姜淑苓 上官凌飞 曹玉芬 乔玉山 章镇 房经贵
【目的】分析梨EST中SSR位点分布规律,开发梨EST-SSR引物,探讨EST-SSR用于梨品种遗传差异研究的可行性。【方法】从NCBI公共数据库中下载梨表达序列标签(expressed sequence tag,EST)1293条,利用MISA软件对其进行SSR位点查找,将符合条件的序列选出,利用Primer3.0Plus软件设计48对引物,通过非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)研究这些SSR引物的PCR扩增特点,并对部分扩增产物克隆与测序,以验证其真实性。【结果】1293条梨的EST序列中含有SSR位点的序列为82条,SSR位点92个。二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型,分...
关键词：
梨 EST SSR 遗传多样性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
周萌 李友勇 孙雪梅 马玲 宋维希 段志芬 杨毅坚 蒋会兵 矣兵 尚卫琼 成浩 刘本英
研究以树龄３２００年的香竹箐茶树王为基础，应用２７对引物对包括香竹箐茶树王在内的２２份古茶树资源、４４份野生茶树资源和１８份栽培品种茶树资源进行了遗传多样性和亲缘关系的分析。结果表明，２７对引物共扩增出１９０个基因型，９１个等位基因，Ｓｈａｎｎｏｎ平均值为０．９２。观测杂合度平均值０．５２，期望杂合度平均值０．５４，均大于０．５０。ＰＩＣ值在０．１０～０．７３，平均０．５４，大于０．５０。说明供试材料遗传差异大。香竹箐茶树王与古茶树、野生茶树和栽培型茶树中遗传相似性系数低于０．５０的资源在每个群体分别占９．１％、２９．６％和４４．４％，说明香竹箐茶树王与野生茶树和栽培型茶树品种之间的遗传关系较．．．
关键词：
香竹箐茶树王 EST-SSE 遗传多样性
[期刊] 林业科学
[作者]
杨秀艳 孙晓梅 张守攻 谢允慧 韩华
利用SSR标记研究选自第1代育种试验林、拟纳入二代育种群体的264株日本落叶松二代优树的遗传变异情况。利用1620条落叶松EST序列进行EST-SSR标记的开发,共发现58条序列中含有67个SSR位点,占全部EST序列的3.58%。获得7个多态性EST-SSR标记,其中5个在朝鲜落叶松、长白落叶松、兴安落叶松和华北落叶松中均可扩增出预期目标片段,且具有多态性,表明这些标记在落叶松属内的通用性良好。利用6个EST-SSR标记和4个gSSR标记对日本落叶松二代优树群体开展遗传多样性分析,每个位点的平均等位基因数为4.6个,有效等位基因平均数为3.1个。群体观察和期望杂合度均值分别为0.5902和0...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
王月 刘晓庆 李昊 董学会
为研究麦冬类植物材料的遗传多样性,利用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,用8对EST-SSR引物在32份麦冬类植物材料进行扩增检测,并对样本进行聚类分析。结果表明:8对引物的PIC(Polymorphic information content)位于00.869,平均值0.567,引物1扩增出最多的等位基因数,占总值的20.41%;遗传距离矩阵研究发现,个体1和个体23间的遗传距离最大为2.48,说明二者遗传分化程度最大,个体18和个体23地理来源虽然不同,但二者间遗传距离最小,表明二者间有一定程度的基因交流
关键词：
麦冬 EST-SSR标记 遗传多样性
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