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[期刊] 水产学报
[作者]
赵文 高峰英 石振广
为发掘达氏鳇的功能基因,采用新一代高通量测序技术对达氏鳇肌肉组织转录组进行测序。结果获得原始数据14 447 211 200 bp,拼接获得了55 531条单基因序列(unigene),长度范围300~32 613 bp,平均长度941 bp。利用生物信息学方法对unigene进行了非冗余蛋白质数据库(Nr)相似搜索,此外还进行了GO的功能注释和KEGG代谢通路分析。结果一共有20 735条unigene(37.34%)与Nr数据库中的己知基因同源;根据GO功能可分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类56分支;依据KEGG代谢通路分析可以分成290类。
关键词：
达氏鳇 肌肉组织 基因 转录组
[期刊] 水产学报
[作者]
张波 姜丹 张东玲 王志勇 方铭
为了探究大黄鱼生长性状的分子调控机制，实验从同一个网箱内养殖的大黄鱼中选取生长速度较快的体质量均值为(527.1 ± 83.6) g的个体182尾、生长速度较慢的体质量均值为(238.4 ± 52.3) g的个体230尾，共412尾进行研究。对其肌肉组织进行总RNA提取和转录组测序，并对2组进行基因差异表达分析。以Padj < 0.05、abs(log_(2)FoldChange) > 1为标准，共筛选到227个差异表达基因，包括125个上调基因、102个下调基因。差异表达基因在NCBI-nr和Uniprot（Swiss-Prot）数据库的注释率分别为99.12%、81.94%。通过差异表达基因的功能注释结果，初步筛选出了可能与肌肉生长相关的候选功能基因，如gdf9、ckm、tnni2和des等。GO和KEGG分析预测出了一些与肌肉生长相关的信息，如GO term有肌动蛋白丝组织、肌动蛋白细胞骨架组织、肌动蛋白丝基过程、微管组织中心和发育生长等，KEGG通路有细胞和生长因子、脂肪酸生物合成、转化生长因子-β信号通路（TGF-β信号通路）、胰岛素信号通路和肌动蛋白细胞骨架的调控等。WGCNA分析发现，purple模块与体质量性状相关性较强，其核心基因myoz1、tpm1和tnni2可能与肌肉生长相关。这些研究结果可以为后续相关基因功能的深度挖掘验证以及大黄鱼生长性状的分子调控机制解析提供参考。
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
杨琳琳 蒋燕 杨桂梅 许柳雄 陈新军 徐善良 鲍宝龙
采用目前国际上最为通用的cDNA文库构建方法,构建了银鲳皮肤和肌肉组织的cDNA文库,通过一定规模的序列测定,并借助生物信息学技术,分析了164个序列,得到了105个不同的基因(或表达序列标签),在105个不同的基因中,68.6%基因没有冗余,1倍、2倍、3倍和4倍冗余的分别占23.8%,3.8%,2.8%和1%。皮肤和肌肉组织表达基因的组成中,除了21个没有同源序列的未知基因外,可初步归为代谢相关的酶(38个)、DNA有关的酶(7个)、结构蛋白(4个)、膜蛋白(13个)、线粒体蛋白(1个)、转录因子(9个)、信号传导相关的蛋白(10个)和未知蛋白(2个)等8大类,其中,转录因子、膜蛋白,和D...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
单艳菊 顾华兵 宋卫涛 束婧婷 朱文奇 胡艳 李慧芳
【目的】研究不同品种鸭胚胎期和出雏早期胸肌、腿肌中IGF-Ⅰ基因mRNA表达水平的发育性变化。【方法】采用实时荧光定量PCR方法,研究生长速度不同的"高邮鸭"和"金定鸭"13,17,21,25,27胚龄和出雏后7日龄胸肌、腿肌中IGF-Ⅰ基因mRNA的表达规律。【结果】IGF-ⅠmRNA的表达规律在2个品种鸭的早期肌肉发育过程中较为一致,胸肌和腿肌IGF-ⅠmRNA表达量都是在13胚龄时最高,公鸭和母鸭同一肌肉组织IGF-ⅠmR-NA表达没有显著差异(P>0.05);不同品种间,IGF-ⅠmRNA在"高邮鸭"胸肌中的表达量除27胚龄外,其他发育时期均高于"金定鸭",且在13和21胚龄及7日龄时...
关键词：
鸭 IGF-Ⅰ基因 胚胎期 差异表达
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
楼梦雨 张思欢 郑琪 朱翠云 凌英会
为解析萨湖杂交羊较湖羊肌肉和生长性能提升的关键基因和调控通路，本研究对出生2日龄和8月龄的萨福克和湖羊的杂种F_1代（SH）和纯繁湖羊（H）的体重、体高、体长、胸围和管围等生长数据进行比较分析。选取2日龄和8月龄绵羊每组各3只（共12只），利用RNA-seq对背最长肌进行转录组测序，并对测序数据进行生物信息学分析。随机选取10个差异表达基因，通过qRT-PCR对其表达量进行验证。结果表明：1）出生2日龄和8个月的SH的体重、胸围、管围均极显著高于H(P<0.001）。2）在2日龄和8月龄SH与H中分别筛选得到684和248个基因显著差异表达，包括与骨骼肌生长发育相关的CDH1、GSTA1-1、GPX2、CDH17和MX2等基因。3)GO和KEGG分析结果显示2日龄SH和H差异表达基因主要富集在控制肌肉生长发育的细胞分化、核小体组织、肌动蛋白丝调控等类别中，8月龄SH和H差异表达基因主要富集在细胞-细胞粘附、谷胱甘肽代谢和PPAR信号通路等类别中。4)qRT-PCR试验结果与转录组测序相一致。综上，萨湖杂交羊在生长性能方面优于湖羊，CDH1、GSTA1-1和GPX2等基因通过G蛋白偶联受体、细胞-细胞粘附、谷胱甘肽代谢通路在萨湖杂交羊肌肉发育过程中发挥重要作用，本研究为探究调控杂交绵羊生长性能的关键基因和功能通路提供参考。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
蒙涛 丁峰 褚武英 周瑞雪 宾石玉 胡松年 张建社
以鳜(Siniperca chutasi)肌肉为实验材料,采用非均一化引物定向克隆技术构建了鳜肌肉组织cDNA文库,并进行大规模EST测序和序列分析。结果显示,cDNA文库的库容量为2.3×105,重组率达96.5%,平均插入片段长度为1.2 kb。随机挑选5456个克隆,成功测序5191个,其中高质量序列5063个,达97.5%。利用PHRAP程序聚类拼接后,得到1625条非冗余序列,包括443个重叠群(Contigs),1182个单拷贝(Singlets)。使用BLAST软件将这些序列同GenBank等数据库进行比对、注释,发现1625个非冗余序列与鳜肌肉结构和发生相关,而其中991条序列...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
石红 郝淑贤 李来好 戚勃 岑剑伟 杨贤庆
对珠江口外海水域2只中华白海豚肌肉组织的营养组成情况进行分析。结果表明2只海豚腹肌脂肪含量均高于其它部位,蛋白质和灰分的分布规律不明显。幼体雌性白海豚肌肉组织中的总氨基酸含量高于成年雄性海豚。氨基酸组成中含量最高的氨基酸为谷氨酸,最低的为胱氨酸。2只海豚肌肉组织均含有棕榈酸(16∶0)、棕榈油酸(16∶1)、硬脂酸(18∶0)、油酸(18∶1)、EPA(20∶5n3)及DHA(22∶6n3)等,这些脂肪酸是动物及鱼油中典型的脂肪酸。饱和脂肪酸(SFA)≈单不饱和脂肪酸(MUFA)>多不饱和脂肪酸(PUFA)。海豚肌肉组织中富含Ca、Fe、Zn、Cu、Mn、Se等金属元素,其中幼体雌性海豚的Cu...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
鲍建军 苏锐 王庆增 吕晓阳 高雯 于嘉瑞 王利宏 陈玲 吴文忠 盛水兴 周洪 孙伟 戴国俊
【目的】通过在ｍ ＲＮＡ表达水平检测ＴＧＦ－β／ｓｍＡｄ信号通路基因在湖羊肌肉组织中时空表达，来探究各基因的表达规律及内在联系。【方法】利用荧光定量ＰＣＲ技术对湖羊ｓｍＡｄｓ基因在出生后不同生长阶段（２日龄，２月龄和６月龄）不同性别的两种不同骨骼肌（腓肠肌、趾长伸肌）的相对表达进行分析，以及对湖羊ｓｍＡｄ家族（ｓｍＡｄ２、ｓｍＡｄ３、ｓｍＡｄ４、ｓｍＡｄ７）基因、ＹＡＰ１基因的表达相关性分析。【结果】湖羊肌肉ＴＧＦ－β／ｓｍＡｄ信号通路中ｓｍＡｄｓ基因时空表达规律研究发现：ｓｍＡｄｓ在不同肌肉组织的表达分析中，ｓｍＡｄｓ在腓肠肌中的表达高于趾长伸肌，可能与这两种骨骼肌分属不同部位有关；ｓｍＡｄ．．．
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李文文 徐革锋 黄天晴 谷伟 刘恩慧 王高超 潘玉财 周金鑫 姜再胜 王炳谦
为了挖掘调控乌苏里白鲑(Coregonus ussurinsis Berg)肌肉生长的关键候选基因，本研究对不同生长速度乌苏里白鲑的肌肉组织进行转录组测序，以期为乌苏里白鲑群体选育提供基础数据。首先，在同等条件下(从混合池中)随机选择乌苏里白鲑F_(2)个体进行实验分组(快长组和慢长组)。接着分别从快长组(219.20±38.66) g和慢长组(74.30±17.86) g中随机选取10尾样本，取其背部肌肉进行转录组测序。以FDR1为条件筛选差异表达基因并对其进行GO (gene ontology)和KEGG (Kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析，并通过qPCR验证转录组数据的准确性。转录组测序结果显示，共筛选出2 211个差异表达基因，与慢长组相比，快长组中583个差异基因表达上调及1 628个基因表达下调。GO功能注释结果显示，差异基因主要参与细胞过程和结合过程，差异基因显著富集到251条KEGG通路(P
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
唐波 王群 奚雨萌 林丽娟 穆甜 王建球 韩兆玉
选择平均年龄4-5岁、体重相近的徐州黄牛16头进行配对,随机分为对照组和试验组,每组8头,在相同的条件下饲养.试验组分别在每头肉牛的精料中添加8 g·d-1蛋氨酸羟基类似物异丙醇酯(HMBi),对照组的精料不添加HMBi.试验结束后统一屠宰,并测定相关指标,研究HMBi对肉牛胴体品质、血清生化指标、肌内脂肪含量以及心脏型脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因mRNA表达水平的影响.结果表明:在肉牛胴体品质方面,与对照组相比,试验组肉牛的肌肉色、脂肪色、剪切力和蒸煮损失均无显著差异(P>0.05);但大理石花纹等级高于对照组(P>0.05).在血清生化指标方面,试验组肉牛血清的甘油三酯含量在试验后极...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李丽 缪中纬 辛清武 朱志明 章琳俐 庄晓东 郑嫩珠
【目的】研究半番鸭与番鸭精巢组织转录组差异表达基因,为进一步阐明半番鸭不育的遗传机制奠定理论基础。【方法】利用转录组测序方法对半番鸭和番鸭的精巢组织进行研究,筛选其差异表达基因,并对其功能进行注释和荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,QRT-PCR)验证。【结果】测序共获得43.84Gb Clean Data,组装后共获得193 535条Unigene。DESeq分析发现3 597个基因在两个鸭品种间差异表达,其中上调基因1 194个和下调基因2 403个,包括与生殖功能
[期刊] 中国农业科学
[作者]
郝称莉 李齐发 乔永 刘振山 邵丹青 李伟华 林建良 吴福荣 沈补根 谢庄
【目的】研究湖羊不同部位肌肉H-FABP和PPARγ基因mRNA的发育变化规律,结合屠宰试验分析H-FABP和PPARγ基因mRNA表达水平对肌内脂肪沉积的影响。【方法】选取初生、1、2、3、4、5、6月龄湖羊公羔和12月龄的成年公湖羊各5只,屠宰后取背最长肌、腰大肌和股二头肌检测肌内脂肪含量,用荧光实时定量PCR法检测湖羊不同部位肌肉H-FABP和PPARγ基因mRNA表达水平,分析其在不同时期的变化及其与肌内脂肪含量的关系。【结果】(1)随着月龄的增加,肌内脂肪(intramuscular fat,IMF)含量持续上升;同月龄背最长肌和腰大肌IMF含量显著高于股二头肌(P<0.05)。(2...
[期刊] 水产学报
[作者]
吴楠 魏华 沈竑 徐克怀 陈金民
为研究溴氰菊酯对克氏原螯虾的毒性效应及致毒机制,实验将克氏原螯虾成虾暴露于农药溴氰菊酯0.5、0.1和0.005μg/L等3个浓度的药液中24 h后,采用透射电镜观察克氏原螯虾肌肉组织超微结构损伤情况,并以细胞色素氧化酶活力(CCO)、乳酸脱氢酶活力(LDH)和乳酸(LD)含量为生物标志物评价溴氰菊酯对克氏原螯虾肌细胞呼吸产能功能的影响。结果显示,3个浓度的溴氰菊酯都会造成肌细胞超微结构不同程度的损伤,且浓度越大损伤越严重,损伤主要表现为肌原纤维断裂、肌浆网溶解,线粒体溶解。此外,3个浓度的溴氰菊酯都会对CCO活力、LDH活力和LD含量产生影响。其中0.1μg/L的溴氰菊酯在6~24 h的暴露...
关键词：
克氏原螯虾 溴氰菊酯 肌肉 毒性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
龚全 赵刚 杜军 刘光迅 王婷
对人工繁殖培育的2尾达氏鲟进行了肌肉营养成分测定分析。结果表明:达氏鲟腹部、背部和全身的蛋白质含量分别为(14.21±0.35)%,(15.41±0.92)%,(14.45±1.11)%;脂肪含量分别为(12.67±1.21)%,(5.71±0.65)%,(8.59±0.63)%;灰分含量为(1.60±0.03)%,(1.53±0.06)%,(1.56±0.02)%;水分含量分别为(1.60±0.03)%,(1.53±0.06)%,(1.56±0.02)%;腹部脂肪含量均高于其它部位,各部位的蛋白质和灰分无明显差异。各部位肌肉中(干样)含有18种氨基酸,平均含量分别为47.81%,63.31%...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
吴萍 王晓宇 李青苗 郭俊霞 张松林 方清茂
【目的】为获得白芷转录组序列信息,了解不同产地间白芷的差异表达基因情况。【方法】以白芷根为研究对象,采用Illumina HiSeq X Ten平台对不同产地白芷进行高通量转录组测序,并对其差异表达基因进行筛选和分析。【结果】川白芷产地间、亳白芷产地间及川白芷与亳白芷间的差异基因总数分别为2686、1704、11 549条,分别被GO富集注释11 038、434、5604条,差异基因的主要功能与细胞组成、细胞、细胞器、结合、催化活性、细胞过程及代谢过程有关。KEGG通路分类显示,差异表达基因被分为4大类,24个小类,所在通路主要与代谢过程相关。与白芷主要化学成分香豆素和挥发油合成相关的4-香豆酸连接酶、丙氨酸氨解酶、3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶在川白芷中表达量升高,1-脱氧-D-木糖-5-磷酸合成酶、脱氢多萜醇焦磷酸合成酶在川白芷中表达量降低。【结论】通过转录组测序分析了不同产地白芷根基因差异表达状况,为白芷药材道地性品质的形成提供了理论依据。
关键词：
白芷 转录组测序 差异表达基因
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