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[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈叶雨 刘亚 杜军 宋明江 赖见生 林珏 龚全
【目的】由于达氏鲟缺乏第2性征,外部特征不足以判定其性别,所以通过筛选性别特异性的分子标记来进行性别鉴定将对达氏鲟养殖有着重要的意义。【方法】本研究从达氏鲟高通量测序获得的转录组数据库中,开发多态性的微卫星位点,并结合已报道的达氏鲟微卫星来进行性别相关位点的分析。【结果】根据转录组数据开发了15个具有多态性的微卫星位点,期望杂合度和Shannon-Wiener多样性指数分别在0.3831～0.8607和0.6541～1.9663。利用该15个微卫星位点和已报道的91个达氏鲟或鲟鱼通用的微卫星标记,在96尾(48♀,48♂)性成熟的达氏鲟个体中进行扩增并测序分型,结果显示1个位点ADX21的2个等位基因ADX21-144bp和ADX21-151 bp在雌雄个体间出现的频率差异达到了60%,分别为雄性优势条带和雌性优势条带,推测该位点可能与性别存在一定关联。【结论】本研究使用目前为止鲟鱼中使用数量最多的微卫星标记来进行大样本量的雌雄差异分析,为今后鲟鱼性别连锁标记的开发奠定了基础。
关键词：
达氏鲟 微卫星 多态性位点 性别相关标记
[期刊] 淡水渔业
[作者]
陈文伟 曹建萌 刘志刚 杨娜 卢迈新
为分析罗非鱼群体的遗传多样性以及筛选与罗非鱼性别相关的微卫星标记。应用24对微卫星引物,使用常规PCR及聚丙烯酰胺凝胶电泳的方法在两个尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)群体和两个奥利亚罗非鱼(O.aureus)群体中初步筛选到UNH931、GM128、GM201、GM258、GM597以及UNH898共6个与性别相关的微卫星标记。然后使用降落PCR以及毛细管电泳的方法在两个尼罗罗非鱼群体、两个奥利亚罗非鱼群体以及ZY_1、WY_1、YY_1和YY_2型罗非鱼群体中进一步扩增这6个微卫星标记,统计各群体的遗传多样性参数:6个微卫星标记在上述群体共297个样本中检测到95个等位基因,其大小在97～302 bp之间,各位点在各群体等位基因数在1～13个之间,各群体平均观测等位基因数为2.167～9.333,平均有效等位基因数为1.624～4.966,平均观测杂合度为0.324～0.983,平均期望杂合度为0.329～0.782,平均多态信息含量为0.275～0.753;两个尼罗罗非鱼群体、WY_1和YY_2群体达到高度多态(PIC>0.5),两个奥利亚罗非鱼群体、ZY_1和YY_1群体为中度多态(0.25
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
贾超峰 马海涛 姜海滨 刘相全 薛蕊
采用磁珠富集法筛选具多态性的许氏平鲉微卫星标记,并用一个野生群体对其多态性进行了评价。三引物PCR法筛选出58个阳性克隆进行了测序,共得到47个含微卫星核心的DNA序列,筛选出15对具有多态性的微卫星引物。所有位点上共得到66个等位基因片段,每个位点的观测等位基因数(A)为2~14个,平均等位基因数为4.4,观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)范围分别为0.062 5~0.968 8、0.061 5~0.929 1。每个位点的多态信息含量(PIC)显示,有6个位点表现出高度或中度多态。经Bonferroni校正后,HJ2-32、HJ4-27、HJ4-45和HJ4-47四个位点的等位基因频率显...
关键词：
许氏平鲉 微卫星 磁珠富集
[期刊] 海洋渔业
[作者]
杨旭 毕燕会 周志刚
采用锚定PCR技术,构建了瓦氏马尾藻(Sargassum vachellianum)微卫星富集文库。阳性克隆筛选、测序和序列分析结果表明,在筛选的523个白色菌落中,214个克隆(占筛选白色菌落数的41%)含有重复的微卫星序列,其中105个(20.1%)有随机侧翼区,可以进行引物设计,109个缺乏足够的侧翼序列。在获得的微卫星序列中,完全的占50%;不完全的占2.3%;复合的占47.7%。重复次数5以上的微卫星序列主要以二碱基重复为主,除引物中使用的CT、GT和CAC重复单元外,还观察到AC、GA、CG、AT、CTA、TAG和AGT的重复序列。微卫星重复次数主要集中在6~10次之间,占92%,...
关键词：
瓦氏马尾藻 锚定PCR 微卫星 多态性
[期刊] 中国水产科学
[作者]
鲁翠云 孙效文 梁利群
采用常规方法从鳙鱼(Aristichthysnobilis)血液中提取基因组DNA,经限制性内切酶Sau3AI酶切后,选取250～750bp大小的片段构建鳙鱼基因组文库。采用人工合成的重复序列(CA)15、(AG)12、(AAG)8用同位素标记作为探针,通过原位杂交筛选基因组文库,获得鳙鱼的微卫星序列。进一步用引物设计软件PrimerPremier5 0设计引物。通过杂交获得99个阳性克隆,经测序筛选出82个微卫星序列,设计引物65对。
关键词：
鳙鱼 微卫星 分子标记
[期刊] 中国水产科学
[作者]
匡刚桥 刘臻 鲁双庆 刘红玉 张建社 唐建洲
通过FIASCO(Fast Isolation by AFLP Sequences Containing repeats)法构建鳜鱼(Siniperca chuatsi)基因组微卫星富集文库,分离微卫星DNA序列并对其特征进行分析。鳜鱼基因组DNA经MseⅠ限制性内切酶消化后,选取200~800 bp的片段与MseⅠ接头连接,用生物素标记的寡核苷酸探针(AC)8、(CT)8、(AT)7、(GATA)8、(GATT)7与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,变性洗脱获得单链目的片段,经PCR扩增形成双链,然后克隆到pGEM-T载体上,转化至DH5α中,首次成功构建鳜鱼基因组微卫星富集...
关键词：
鳜鱼 微卫星标记 富集文库
[期刊] 华北农学报
[作者]
佟广香 匡友谊 张超 尹家胜
利用22个微卫星标记对随机交配的野生哲罗鱼F1176个个体的生长速度相关性状(体质量、全长、体高、体宽、头长、头宽和眼间距)进行分析,22个微卫星标记共检测到67个等位基因,各座位的等位基因2～6个,片段大小为109～452 bp,平均观测杂合度和期望杂合度分别为0.583 5和0.564 0,22个位点均有不同程度的偏离Hardy-Weiberg平衡。利用SPSS软件对7个性状正态分布检测发现,7个性状都显示出连续变异的特点,属典型的数量性状或者多基因遗传,符合正态分布;同时用GLM程序对22个微卫星标记与生长速度相关性状进行相关性分析,并将与性状显著相关的标记进行基因型之间的多重比较,结果...
关键词：
哲罗鱼 微卫星标记 性状 标记辅助育种
[期刊] 水产学报
[作者]
常浩文 刘志峰 孙志宾 马爱军 王新安 徐荣静
饲料转化率(FCR)是大菱鲆重要的经济性状，通过选择育种提高饲料转化率，能够有效地降低大菱鲆的养殖成本，提高养殖利润，进而推动产业的发展。微卫星标记被是鱼类分子标记辅助选育中常用的分子标记，为了筛选出与大菱鲆饲料转化率相关的微卫星标记，提高育种效率，研究以300尾大菱鲆幼鱼为实验材料，通过特制的网箱养殖系统，测定个体饲料转化率，分别选取饲料转化率最高和最低的30个样本作为高饲料转化率组(H组)和低饲料转化率组(L组)。利用40对大菱鲆微卫星引物，对H组和L组的DNA混池进行PCR扩增，统计两组个体PCR产物的基因型，筛选两池之间出现差异等位基因片段的位点，通过进一步的群体验证和家系验证，分析微卫星位点与大菱鲆饲料转化率的相关性。结果显示，微卫星位点YSKr148在238 bp的等位基因片段与大菱鲆饲料转化率存在极显著正相关性，相关系数达到0.359，家系验证中该位点的阳性组的饲料转化率显著高于阴性组。本研究首次获得了与大菱鲆饲料转化率性状显著相关的分子标记，为研究该性状的遗传基础以及相关分子机制提供了依据，为该性状的分子标记辅助选育奠定基础。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
戴欢 刘洋 王文文 位战飞 高进 高峰涛 李祥孔 刘洋 陈松林
为了筛选出与抗哈维氏弧菌病相关的微卫星标记并进行QTL定位,以2014年感染实验中存活率为52.22%的半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)家系F1412(Family+年份+家系号)为材料,采用混合分离子分析法(bulked segregant analysis,BSA)对169个微卫星标记(SSR)进行筛选,得到1个可能与哈维氏弧菌病相关的微卫星标记scaffold479_23523。用scaffold479_23523所在的连锁群LG18上的37个SSR对94尾抗病、感病个体进行
[期刊] 林业科学
[作者]
张新叶 张亚东 彭婵 宋丛文 杨彦伶
微卫星(microsatellite)又称简单重复序列(simple sequence repeat,SSR),是指以少数几个核苷酸为单位,多次串联重复的DNA序列,其普遍存在于真核生物及一些原核生物基因组中。基因组序列中微卫星重复序列变异最快,在群体间和不同个体间通常表现出很高的序列多态性,且呈共显性遗
关键词：
水杉 基因组 微卫星 标记开发
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
刘颖 张鹏 王铁杆 张敏 任鹏 钟晨辉 胡程睿
根据铜藻转录组测序数据来进行微卫星标记的发掘,共获得2 800个微卫星位点。二碱基重复出现的次数最多,占32.82%,其次是三碱基重复,占25.21%;在所有重复单元类型中,AC/GT出现频率最高,占9.18%;重复序列的长度则主要集中在12～20 bp,占72.79%;重复次数主要集中在5～10次,占74.14%。随机选取74对引物进行验证,最终获得18个具有多态性的微卫星标记。对31株铜藻个体进行检测和评价,共扩增得到43个等位基因,每个位点平均等位基因数为2.39,平均有效等位基因数为1.91,平均观测杂合度(H_o)为0.318,平均期望杂合度(H_e)为0.449,平均多态信息含量(PIC)为0.365,在18个位点中有11个显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)。开发的微卫星标记为后续铜藻多样性、起源和迁移等遗传学问题研究提供了有力支撑。
关键词：
铜藻 转录组 微卫星标记
[期刊] 水产学报
[作者]
张潇峮 徐亘博 廖小林 张家波 陈松林
将牙鲆基因组DNA经限制性内切酶RsaⅠ和Bst UI双酶切后采用FIASCO法构建酶切片段基因组文库。共挑取269个克隆,177个为阳性克隆,阳性克隆率为65.79%。经测序后获得191条微卫星序列,其中完美型占74.35%;非完美型占14.66%;混合型占10.99%。用引物设计软件Primer Premier 5.0设计引物153对,挑选其中的50对合成并在32个野生牙鲆个体中进行扩增,共31个位点具有多态性,统计结果后使用POPGENE软件进行分析,平均等位基因个数为3.939 4,平均有效等位基因数为3.052 2,平均观测杂合度为0.650 1,平均期望杂合度为0.586 6,各引...
关键词：
牙鲆 微卫星 FIASCO 多态性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李治华 曾礼华 高方远 陆贤军 刘光春 任光俊
稻米的直链淀粉含量主要受Wx位点控制。该基因座位的多样性及与直链淀粉含量的显著相关性已被众多研究者证实。本文报道Wx基因内的一个新微卫星标记RA19。分析表明,利用该引物进行PCR扩增的产率和效率都明显高于微卫星标记"484/485"。进一步以本课题组育成的具有中等直链淀粉含量、抗穗发芽特性的保持系K81为优质基因供体,以籼型保持系川香29B、IR58025B、博ⅢB等为受体品种杂交、回交并自交,借助微卫星标记RA19辅助选择Wx基因型,改良了受体保持系的直链淀粉含量。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
鲁翠云 徐浩 张明昭 顾颖 李超 程磊 邱高峰 孙效文
利用镜鲤(Cyprinus carpio L.)全同胞家系68个个体,分析其眼径(ED)和眼间距(EC)与164个细菌人工染色体文库(bacterial artificial chromosome,BAC)末端序列来源的微卫星标记的相关性。结果164个微卫星标记共检测到401个等位基因,463种基因型,利用GLM模型对每个标记与对应的性状做回归分析,Permutation 10 000次检验结果显示,共22个微卫星标记分别与眼径和眼间距具有显著相关性(P<0.05),其中CAFS1526等6个标记仅与眼径具有显著相关性(P<0.05),CAFS0882等11个标记仅与眼间距显著相关(P<0.0...
关键词：
镜鲤 眼径 眼间距 微卫星标记
[期刊] 中国水产科学
[作者]
郝君 孙效文 梁利群 鲁翠云
根据生物素与链霉亲和素的亲和原理,采用生物素-磁珠富集微卫星,与传统放射性同位素杂交法相结合,构建筛选大黄鱼的微卫星文库。用生物素-微卫星捕捉单链限制性酶切片段(含有接头和大黄鱼微卫星序列),经PCR扩增单链目的片段形成双链,然后连接至T载体上,转化感受态细胞。将移至硝酸纤维素膜的重组菌用32P标记的放射性同位素探针5′-[γ-32PATP(CA)15筛选出阳性克隆菌。测序结果发现,阳性克隆率为71.9%,105个微卫星位点。其中选取设计合成30对并筛选出22对可用引物。说明所建大黄鱼微卫星文库是一个高质量的文库,可为大黄鱼基因组结构分析、大黄鱼精密微卫星连锁图谱构建、分子进化和系统发育研究、...
关键词：
大黄鱼 微卫星 磁珠 生物素
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