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[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
赖燕 徐波 林明 王育娜 曹蕾 贺俐 刘萍 何水林
利用96孔板法从UV处理的辣椒叶片cDNA文库中分离获得了一个cDNA阳性克隆,其长度为678 bp,含有148个氨基酸的开放读码框,与马铃薯等其他植物的泛素交联酶基因有较高的同源性,命名为CaE21.荧光定量PCR分析表明CaE21基因在UV-B作用下转录表达水平降低;当UV-B照射停止后,其表达水平逐渐回升.推测该基因与辣椒适应UV-B照射胁迫有关.
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
邱爱连 蔡汉阳 刘林林 朱万里 赖燕 何水林 张健
ROP是植物特有的一类Rho相关GTPases,在植物体内通过GTP结合形式与GDP结合形式的切换而对生长发育和适应环境起调节作用.由GTP结合形式向GDP结合形式的转换主要依赖于鸟苷酸交换因子(guanine nucleotide exchangefactor,GEF).本文以锁定于GDP结合形式的辣椒DN-CaROP1突变体为诱饵,采用ProQuestTM酵母双杂交体系,从辣椒幼苗cDNA文库中分离了辣椒GEF阳性克隆,其推导的氨基酸序列与其他植物中发现的GEF具有较高的同源性,并含典型的植物ROPGEF保守域DUF315及N端与C端的高度变化域,将之命名为CaROPGEF1;RT-PCR...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李传香 薛淑霞 刘逸尘 耿绪云 孙金生
首先在凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)转录组测序的基础上,应用RT-PCR方法获得了凡纳滨对虾泛素交联酶E2(UE2)基因的开放阅读框序列。该序列长为447 bp,编码148个氨基酸,理论相对分子量为16.84 kD,等电点为4.90。同源性比对和系统进化分析显示,不同物种的UE2基因具有较高的同源性,其中凡纳滨对虾与中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)的同源性最高并聚为一支。半定量RT-PCR分析表明,UE2基因在所检测的组织中均有表达;实时定量PCR分析表明,UE2基因在肝胰腺和肠中的表达量最高,在心脏、鳃、胃和肌肉组织中的表达量略低,在血淋...
[期刊] 华北农学报
[作者]
李珍 刘金兵 刁卫平 王述彬 潘宝贵 戈伟 郭广君
为了明确辣椒花青素生物合成途径中相关基因的表达调控模式,选取3种不同果实颜色的辣椒品系(紫晶、淡紫、水晶)为试材,提取果实不同发育阶段的RNA并反转录成cDNA,利用qRT-PCR技术分析相关基因(CHS、CHI、F3H、F3'5'H、DFR、ANS、UFGT、ANP、GST)在不同辣椒材料果实不同发育阶段的表达情况。结果显示:CHS、CHI在3种材料果实发育过程中表达量都很少且无规律可循,F3H在淡紫、紫晶中表达量较高,且在果实发育的第15~20天时出现较大峰值,与之相比在水晶中的表达量可以忽略不计。F3'5'H、ANP、GST、DFR、UFGT在3种材料中相对表达量随着果实的发育分别呈现同...
关键词：
辣椒 花青素 生物合成 表达分析
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
李秀敏 董轩 汤冰倩 杨慧萍 陈莹 熊程 邹学校 刘峰
利用辣椒的全基因组数据从辣椒中鉴定出了10个WOX基因，并按照其在染色体上的分布顺序命名为CaWOX1、CaWOX2、 CaWOX3、…、CaWOX10，对它们的理化性质、染色体定位、与番茄的进化关系、蛋白保守基序、组织表达水平及在高温(42℃)、低温(10℃)胁迫下的表达水平进行分析。结果表明：辣椒WOX基因家族各成员的理化性质差异较大，10个家族成员编码的氨基酸长度为127～318 aa，蛋白相对分子质量为14 740～36 070，开放阅读框长度为384～957 bp，蛋白理论等电点(PI)为5.66～10.01；在染色体上的分布较为均匀，大部分分布在染色体的两端；系统进化树分析表明，辣椒WOX基因家族可分为现代、中间、古代3支，与番茄进化关系一致；蛋白保守基序显示，除CaWOX3外，其余蛋白都含有Motif1与Motif2，且二者总是紧密相连出现；组织表达水平分析表明，除了部分CaWOXs具有特异性表达模式外，大部分成员在组织中不表达或弱表达；高温、低温处理能够刺激或抑制WOX基因家族成员的表达。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
杨光彬 王瑾 陈恺琳 单庆云 崔苏菲 熊程 邹学校 刘峰
利用辣椒的全基因组数据鉴定到104个MADS–box基因，对它们的理化性质、染色体定位、系统进化关系、蛋白保守基序和组织表达水平进行分析。结果表明：辣椒MADS–box基因家族各成员在染色体上的分布不均，理化性质差异较大，104个家族成员编码的氨基酸长度为100～567 aa，蛋白相对分子质量为11 203.9～63 559.7，蛋白理论等电点(PI)为4.63～10.46，系统进化树分析结果表明，辣椒MADS–box基因家族可分为2大类，与拟南芥和番茄的进化关系类似；组织表达水平分析结果表明，CaMADSs主要在花、果实和种子中表达，在叶片中表达量相对较低，推测MADS–box基因可能参与调控果实的发育和成熟。
关键词：
辣椒 MADS–box基因家族 基因表达
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
张帆 马艳青 李雪峰 杨博智 郑井元 邹学校 谢玲玲 刘峰
采用生物信息学的方法,共鉴定出22个辣椒Aux/IAA基因,经聚类分析,将其分为A、B、C、D、E、F、G 7个亚族。这些基因非均匀地分布在辣椒7条染色体上,其中第3条染色体上分布最多,有8个Aux/IAA基因。这些基因在辣椒的根、茎、叶、花、花蕾以及果实各个发育时期的表达模式显示:Capana03g000310在每个组织的各个发育时期都能检测到表达,且表达量较高,呈现出明显的组成型表达模式。Capana00g002758只在根和茎中检测到表达,Capana03g000311和Capana06g001465只在花和果实中检测到有较高表达量,呈现出明显的特异型表达模式。以辣椒6421高世代自交系为试验材料,用30μmol/L脱落酸处理幼叶,采用qRT–PCR进行分析,结果表明:辣椒Capana00g002644和Capana01g001423的相对表达量高于对照,而Capana09g001096、Capana06g001308、Capana03g004455、Capana00g000845、Capana03g004568、Capana03g000244和Capana03g000310的相对表达量均低于对照,说明脱落酸胁迫可以对辣椒Aux/IAA部分基因产生明显的正向或负向诱导。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
杨光彬 王瑾 陈恺琳 单庆云 崔苏菲 熊程 邹学校 刘峰
利用辣椒的全基因组数据鉴定到104个MADS–box基因，对它们的理化性质、染色体定位、系统进化关系、蛋白保守基序和组织表达水平进行分析。结果表明：辣椒MADS–box基因家族各成员在染色体上的分布不均，理化性质差异较大，104个家族成员编码的氨基酸长度为100～567 aa，蛋白相对分子质量为11 203.9～63 559.7，蛋白理论等电点(PI)为4.63～10.46，系统进化树分析结果表明，辣椒MADS–box基因家族可分为2大类，与拟南芥和番茄的进化关系类似；组织表达水平分析结果表明，CaMADSs主要在花、果实和种子中表达，在叶片中表达量相对较低，推测MADS–box基因可能参与调控果实的发育和成熟。
关键词：
辣椒 MADS–box基因家族 基因表达
[期刊] 华北农学报
[作者]
黄渺 罗悠悠 倪芮 肇瑾
为研究ARP在观赏辣椒低温胁迫下的响应情况，旨在为后续观赏辣椒低温下基因功能研究提供理论基础。通过RT-PCR技术从观赏辣椒中克隆得到与辣椒、番茄、马铃薯的同源ARP基因，命名为CfARP,分析其在观赏辣椒不同组织以及低温处理下的表达情况；通过利用生物信息学分析进行基因蛋白编码情况、理化性质、基因亲缘关系研究，并利用qRT-PCR技术检测CfARP在观赏辣椒不同组织以及低温处理下的表达量。结果表明，CfARP基因CDS序列为342 bp,与辣椒(遵辣1号)同源性为100%,可编码113个氨基酸，含有一个保守的Auxin-repressed结构域；蛋白理化分析发现，CfARP蛋白分子量为12.156 ku,等电点为10.22,亲水性平均系数为-0.913,初步预测CfARP为亲水性蛋白；与其他物种ARP氨基酸序列对比发现，CfARP在茄科植物中高度保守。实时荧光定量PCR结果显示，CfARP基因在观赏辣椒茎中表达量最高，根中次之，叶和花中相对较少；CfARP基因的表达量随着低温处理时长的增加而不断升高。初步推测CfARP在观赏辣椒响应低温胁迫过程中具有一定作用。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
李秀敏 董轩 汤冰倩 杨慧萍 陈莹 熊程 邹学校 刘峰
利用辣椒的全基因组数据从辣椒中鉴定出了10个WOX基因，并按照其在染色体上的分布顺序命名为CaWOX1、CaWOX2、 CaWOX3、…、CaWOX10，对它们的理化性质、染色体定位、与番茄的进化关系、蛋白保守基序、组织表达水平及在高温(42℃)、低温(10℃)胁迫下的表达水平进行分析。结果表明：辣椒WOX基因家族各成员的理化性质差异较大，10个家族成员编码的氨基酸长度为127～318 aa，蛋白相对分子质量为14 740～36 070，开放阅读框长度为384～957 bp，蛋白理论等电点(PI)为5.66～10.01；在染色体上的分布较为均匀，大部分分布在染色体的两端；系统进化树分析表明，辣椒WOX基因家族可分为现代、中间、古代3支，与番茄进化关系一致；蛋白保守基序显示，除CaWOX3外，其余蛋白都含有Motif1与Motif2，且二者总是紧密相连出现；组织表达水平分析表明，除了部分CaWOXs具有特异性表达模式外，大部分成员在组织中不表达或弱表达；高温、低温处理能够刺激或抑制WOX基因家族成员的表达。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
牛佳斌 唐凯 夏迎萌 刘同坤 孙小川 段伟科 黄志楠
[目的]本研究旨在鉴定辣椒硝酸盐转运蛋白（NRT）基因家族成员，分析其基本性质、染色体定位、进化关系、在不同组织和果实不同发育阶段中及不同非生物胁迫下的表达特征，以期为辣椒NRT基因功能和抗逆性研究奠定基础。[方法]利用生物信息学方法在辣椒‘遵辣1号’基因组中鉴定NRT基因家族并分析其理化性质、基因结构、染色体定位、共线性、顺式作用元件分布和进化关系等，利用转录组数据分析辣椒NRT基因在不同组织和果实不同发育阶段的表达特征，利用RT-qPCR技术分析在不同非生物胁迫下的表达模式。[结果]辣椒中共包含73个CaNRT基因，不均匀的分布在10条染色体上。系统进化表明，CaNRT基因可分为3个亚家族，同一亚家族具有相似基因结构和保守基序。顺式作用元件分析结果表明CaNRT可能受光、激素、逆境胁迫等多种因素调控。CaNRT1亚家族成员主要在根、茎、叶中表达量较高，CaNRT2亚家族在任何时期表达量都较低，CaNRT3亚家族存在组织表达差异性，主要在根中高表达。逆境胁迫数据表明，CaNRT1.18、CaNRT3.3、CaNRT3.1、CaNRT2.1、CaNRT1.23在低温、高温、干旱、盐和氧化处理下明显响应，所有CaNRT基因在低温处理时均有不同程度的正向响应。[结论]本研究在辣椒基因组中共鉴定获得73个CaNRT基因，筛选出多个在辣椒生长发育和逆境胁迫中具有重要作用的关键基因。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王莹 林多 杨延杰 王莉月 马静
【目的】为研究辣椒耐盐品种,提高耐盐性和抗旱性,对干制辣椒(Capsicum annuum L.)CaNAC61基因进行克隆、生物信息学和表达水平分析。【方法】采用RT-PCR的方法,从辣椒中克隆得到CaNAC61基因,并分析该基因编码蛋白的理化性质、蛋白质二级和三级结构、系统进化树。采用qRT-PCR分析CaNAC61基因在胁迫处理下的表达情况。【结果】获得干制辣椒NAC转录因子CaNAC61(Genebank登录号:XM_016719693.1)基因,该基因的开放阅读框长度为885 bp,编码294个氨基酸,蛋白质相对分子质量为33.67 kD,理论等电点为6.26。CaNAC61与不同植物中NAC家族成员同源性比对和进化树分析表明,CaNAC61属于NAC转录因子家族ATAF亚家族成员。荧光定量分析表明,CaNAC61在6种非生物胁迫处理下均有响应。其中,NaCl处理下表达上调较为显著,其次是干旱处理。【结论】本文成功克隆出CaNAC61基因,为研究辣椒NAC转录因子的功能提供参考依据。
[期刊] 华北农学报
[作者]
吕艳艳 魏小春 赵艳艳 原玉香 王志勇 杨双娟 郑小兰 姜俊 李艳 张梦园 姚秋菊 张强 张晓伟
为了探索辣椒Whirly基因家族成员的功能和进化关系,通过生物信息学分析了其基因结构、保守基序、进化关系及表达模式,通过荧光定量PCR测定其在脱落酸、高温、低温、疫病等胁迫下的表达量。结果表明,从辣椒CM334中鉴定了2个Whirly基因家族成员,CaWHY1和CaWHY2。辣椒CaWHY1和CaWHY2同其他物种Whirly基因理化性质相比,差别不大,结构相似性高,CaWHY2基因和番茄的SlWHY2基因结构完全一样,在系统进化树中聚在一起。CaWHY1与SlWHY1聚在一起,但它们的基因结构不同,说明Whirly蛋白在进化过程中,结构保守。表达模式分析发现,CaWHY1和CaWHY2在辣椒CM334中均能表达,但在不同组织和果实发育时期的表达水平存在差异。CaWHY1和CaWHY2在不同胁迫处理下受到不同程度的诱导,其中CaWHY1明显受疫病的诱导,CaWHY2在低温处理和脱落酸胁迫下的表达量变化趋势相反。由此可知,Whirly基因家族在辣椒的生长发育中起调控作用,在各种逆境胁迫中也发挥一定作用。
[期刊] 华北农学报
[作者]
罗建 许春苗 张国斌 郁继华
为了解辣椒中NHX基因家族生物信息学功能,探究其在非生物胁迫下基因表达特性,进而为辣椒CaNHX基因的功能开发以及辣椒耐盐抗旱育种基因提供基础。通过生物信息学方法对辣椒NHX基因家族进行鉴定,并对基因结构、结构域、系统进化关系、基因表达模式和非生物胁迫表达情况进行分析。结果表明,在辣椒中有7个GME家族成员,可分为3个亚组,同时均包含Na~+/H~+ exchange保守结构域;主要分布在5条染色体上,其基因大小之间差异明显,氨基酸数目维持在198～952个,外显子含量在7～21个。除CaNHX5外其余蛋白均不具有信号肽,为疏水性蛋白,定位在液泡的可能性最高,都属于跨膜蛋白;Motif分析发现,N端含有CXC24XC的锌指结构,C端含有Trp(W)-24和TrKA-N,在序列中高度保守,二级结构主要以不规则卷曲和α-螺旋为主。进化树分析表明,该基因编码的氨基酸序列与番茄亲缘关系最近。qRT-PCR分析结果表明,在渗透和盐胁迫下,CaNHX6的基因表达量显著增加,分别是0 h时的13.5,13.6倍;在茉莉酸甲酯和赤霉素处理后,CaNHX5和CaNHX6在辣椒叶片中表达量均呈显著上调趋势,其余则相反。不同的表达情况表明其在非生物胁迫中发挥作用。
关键词：
辣椒 NHX基因家族 表达分析 胁迫
[期刊] 华北农学报
[作者]
陈艳 张文娟 邓昌蓉 侯全刚 刘敏 邵登魁
为了探讨辣椒果实对UV-B辐射的生理应激反应机制，进一步阐述高UV-B辐射地区蔬菜果实品质劣变的机理，以紫外敏感型品种华美105和耐紫外型品种乐都长辣椒的幼果、青果、红果的果实为试材，研究0(CK),2,4,6 h不同UV-B辐射时长(剂量)对果实生长发育、还原型保护及营养品质相关的物质含量的影响。结果表明：随着辐射时间的延长，华美105青果期和红果期的单果质量、纵横径显著降低，从而抑制其果实的生长；2个品种各个生育期的果实中保护性物质Vc、总酚含量随着处理时长的延长逐渐增加，可溶性蛋白含量逐渐下降，其中6 h大幅度提高了Vc、总酚的含量，可溶性蛋白含量下降幅度最大，且华美105各处理下Vc、总酚、可溶性蛋白含量的变化幅度较乐都长辣椒要大；2个品种果实各生育期营养风味品质物质可溶糖随着辐射时间的延长其含量表现为先升高后降低的趋势，纤维素含量表现为先降低后升高的趋势。总之，UV-B对2个品种幼果期生长发育指标的影响不大，高剂量UV-B可以显著抑制紫外敏感型品种青果期和红果期的生长，并能显著增加2个品种Vc、总酚、纤维素等物质的含量，显著减小可溶性蛋白、可溶性糖含量；而低剂量的UV-B能大幅度提升可溶性糖含量，且上升或下降幅度为紫外敏感型品种>耐紫外性品种。因此，低于1/4致死剂量的UV-B能促进果实品质，高于1/2致死剂量的UV-B使得辣椒果实品质开始劣变。
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