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[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
胡双发 彭彦 赵燕 刘峰 张学文
对辣椒细胞质雄性不育系‘9704A’和其同核保持系‘9704B’早期花蕾转录组的Solexa测序结果进行分析,发现1个差异性表达基因,其在不育系中的表达比在保持系中的表达高10倍,该基因与番茄、葡萄、拟南芥中的hsf基因同源性分别为87%、73%和70%,推测该基因为辣椒的hsf基因。根据该基因序列设计引物,从辣椒‘9704A’中克隆该基因的全长及核心cDNA序列,克隆到的hsf全长与核心序列与转录组测序获得的序列一致,进一步分析表明,该基因属于hsf基因家族成员。用定量PCR分析hsf基因在‘9704A’和‘9704B’2种辣椒的根、茎、叶和晚期花蕾中的表达情况,结果表明,该基因在不育系叶组...
关键词：
辣椒 雄性不育 热激转录因子 定量分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
廖铭宇 肖佳林 李丽缘 宋钰 黄湖荣 杨博智
为探究CaMADS6表达量与辣椒花器官发育之间的关系，以辣椒不育系9704A和保持系9704B为试验材料，克隆CaMADS6进行生物信息学预测，并分析该基因在两系中的时空表达特性。结果表明，从9704A和9704B中克隆得到的CaMADS6编码区序列一致，序列长744 bp,编码247个氨基酸残基。CaMADS6蛋白相对分子量为28.67 ku,理论等电点为8.98,为亲水性蛋白，无跨膜结构，二级结构中α螺旋占57.49%、延伸链占8.91%、无规则卷曲占28.74%。CaMADS6与辣椒CaFUL2同源性100%,蛋白结构域具有典型的MADS-box特征；CaMADS6在两系各发育时期不同器官中均有表达，表达量大小均为花蕾中最高、其次为叶和茎，根中几乎不表达。9704A茎中CaMADS6表达量在苗期、花蕾期和成株期3个发育时期中均显著低于9704B茎中的表达量，叶中CaMADS6表达量在成株期极显著低于9704B叶中表达量。花蕾中CaMADS6表达量在花蕾期和成株期均极显著高于9704B花蕾中表达量，分别为9704B的2.2,3.5倍；CaMADS6在两系植株花器官不同部位均能表达，表达量由大到小依次为花萼、花冠、子房、花药，其中9704A花萼和花冠中CaMADS6表达量极显著或显著低于9704B,分别为9704B花萼、花冠中CaMADS6表达量的66%,83%,花药中CaMADS6表达量为9704B表达量的34倍，两者差异极显著，推测CaMADS6基因在花药中的异常表达与辣椒雄性不育密切相关。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
陈遥 彭彦 刘峰 张学文
为了揭示辣椒胞质雄性不育(CMS)机制,以辣椒胞质雄性不育系9704A和其相应保持系9704B为材料,对其花蕾转录组进行了Solexa测序,经过生物信息学分析鉴别出1个花药特异性表达的查尔酮合酶基因(CHS),该基因在保持系9704B中的表达水平为其对应不育系9704A的16倍;克隆后的序列比对分析表明,该基因属于CHS基因家族,与菸草花药特异表达的同源基因CHSLK的同源性达90%;用实时荧光定量RT-PCR对9704A和9704B的根、茎、叶中CHS基因的表达进行了定量分析,结果表明该基因在2种材料的茎中几乎不表达,在9704B的根和叶中表达量也极低,证实了在正常情况下该基因只在辣椒花药中...
[期刊] 华北农学报
[作者]
黄渺 罗悠悠 倪芮 肇瑾
为研究ARP在观赏辣椒低温胁迫下的响应情况，旨在为后续观赏辣椒低温下基因功能研究提供理论基础。通过RT-PCR技术从观赏辣椒中克隆得到与辣椒、番茄、马铃薯的同源ARP基因，命名为CfARP,分析其在观赏辣椒不同组织以及低温处理下的表达情况；通过利用生物信息学分析进行基因蛋白编码情况、理化性质、基因亲缘关系研究，并利用qRT-PCR技术检测CfARP在观赏辣椒不同组织以及低温处理下的表达量。结果表明，CfARP基因CDS序列为342 bp,与辣椒(遵辣1号)同源性为100%,可编码113个氨基酸，含有一个保守的Auxin-repressed结构域；蛋白理化分析发现，CfARP蛋白分子量为12.156 ku,等电点为10.22,亲水性平均系数为-0.913,初步预测CfARP为亲水性蛋白；与其他物种ARP氨基酸序列对比发现，CfARP在茄科植物中高度保守。实时荧光定量PCR结果显示，CfARP基因在观赏辣椒茎中表达量最高，根中次之，叶和花中相对较少；CfARP基因的表达量随着低温处理时长的增加而不断升高。初步推测CfARP在观赏辣椒响应低温胁迫过程中具有一定作用。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王莹 林多 杨延杰 王莉月 马静
【目的】为研究辣椒耐盐品种,提高耐盐性和抗旱性,对干制辣椒(Capsicum annuum L.)CaNAC61基因进行克隆、生物信息学和表达水平分析。【方法】采用RT-PCR的方法,从辣椒中克隆得到CaNAC61基因,并分析该基因编码蛋白的理化性质、蛋白质二级和三级结构、系统进化树。采用qRT-PCR分析CaNAC61基因在胁迫处理下的表达情况。【结果】获得干制辣椒NAC转录因子CaNAC61(Genebank登录号:XM_016719693.1)基因,该基因的开放阅读框长度为885 bp,编码294个氨基酸,蛋白质相对分子质量为33.67 kD,理论等电点为6.26。CaNAC61与不同植物中NAC家族成员同源性比对和进化树分析表明,CaNAC61属于NAC转录因子家族ATAF亚家族成员。荧光定量分析表明,CaNAC61在6种非生物胁迫处理下均有响应。其中,NaCl处理下表达上调较为显著,其次是干旱处理。【结论】本文成功克隆出CaNAC61基因,为研究辣椒NAC转录因子的功能提供参考依据。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
马继鹏 巩振辉 黄炜
【目的】探究3种不同类型辣椒细胞质雄性不育材料的不育分子机理,寻找与雄性不育相关的基因。【方法】采用高盐-蛋白酶K法提取辣椒细胞质雄性不育系及其保持系的绿色叶片线粒体DNA(mtDNA),根据已报道的辣椒细胞质雄性不育相关基因orf456序列设计特异引物,利用PCR反应,从3种不同类型辣椒细胞质雄性不育材料线粒体基因组中均扩增出330 bp左右大小的条带。【结果】经克隆测序及序列分析表明,3种不同类型辣椒细胞质雄性不育材料所获片段序列完全一致,大小为330 bp,命名为CMS330,与orf456核酸序列同源性达99%。【结论】3种不同类型辣椒细胞质雄性不育材料具有相似的不育分子机理。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘辰 马宁 付楠 李欣 郭爽 沈火林
【目的】对辣椒差减文库中挑选出的4个育性相关候选基因进行克隆与表达分析,探讨其与辣椒细胞核雄性不育的关系。【方法】通过半定量RT-PCR技术分析候选EST在辣椒可育株和不育株中的表达情况。利用RACE技术获得4个育性相关基因的cDNA全长,结合生物信息学方法进行序列比对和蛋白理化性质分析。采用半定量RT-PCR检测基因在不同器官(花药、子房、花瓣、萼片和叶片)和花药小孢子不同发育时期(四分体时期、单核早中期、单核靠边期和双核期)的表达量。【结果】根据比对注释结果,将4个基因分别命名为CaSEP1、CaPROF、CaOle e 6和CaPCP。CaSEP1全长1 108 bp,编码221个氨基酸...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
邹金城 邢玉平 孙华伟 李强楷 吴琦 贾祖群 张孝然 徐敬友 童蕴慧 陈孝仁
通过挖掘辣椒疫霉中的外泌蛋白激发子elicitins的基因序列,分析其转录特征,克隆基因序列并进行瞬时表达,以阐明其在辣椒疫霉生长发育和侵染过程中的作用。本研究利用转录组测序结果和致病疫霉INF1序列作为比对序列,对辣椒疫霉基因组数据库进行elicitins序列挖掘。采用RT-PCR方法分析elicitins基因在辣椒疫霉生长发育(菌丝、游动孢子囊、游动孢子、萌发的休止孢)和侵染寄主阶段(本氏烟灌根1.5、3、6、12、24、36和72 h后)的转录水平。克隆elicitins基因序列,并与其他卵菌的elicitins进行序列比对,分析进化关系。在本氏烟上进行elicitins的瞬时表达分析。...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
黄小云 陈再刚 杨俊年 胡廷章
利用RT-PCR技术,通过同源克隆从辣椒中分离到CaCOI1.2基因,采用生物学软件对序列进行生物信息学分析,采用实时定量RT-PCR技术分析基因的表达模式。结果表明:克隆到的CaCOI1.2基因长度为2041 bp,推测其读码框大小为1812 bp,编码603个氨基酸。在CaCOI1.2蛋白质N-端有一个F-box结构域,C-端有6个富含亮氨酸结构域。CaCOI1.2蛋白的氨基酸与已知其他植物COI1蛋白序列有53.03%~93.37%的一致性。聚类分析结果显示:CaCOI1.2与番茄、烟草和葡萄等双子叶植物的亲缘关系较近,而和水稻、玉米、高粱等单子叶植物的亲缘关系较远。CaCOI1.2在辣...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
蒋大华 张茹佳 张昌伟 侯喜林
[目的]本文旨在克隆不结球白菜BcATPA(ATPase alpha subunit)基因并研究其功能及其在不育系和可育系中的表达差异。[方法]构建BcATPA重组质粒,在NCBI数据库进行核苷酸序列分析,得到不结球白菜ATPA基因全长序列。利用实时定量PCR技术检测BcATPA基因在不结球白菜保持系和不育系的不同组织和器官及不同小孢子发育时期的时空表达情况。[结果]获得了不结球白菜ATPA基因全长序列,命名为BcATPA。该基因的核苷酸序列全长为1 806 bp,其最大开放阅读框长度为1 527 bp,编码508个包含F1-ATP酶α亚基保守区域的氨基酸,并且含有ATP结合、walker A motif和walker B motif等位点,而且在287～315的位置含有29个氨基酸的跨膜区域。BcATPA与芸薹属中的芥菜、甘蓝型油菜和拟南芥亲缘关系特别近,二级结构和三级结构预测表明,该基因与ATP结合有关。实时荧光定量PCR结果表明,BcATPA在不育系中的表达水平高于保持系,在花瓣、萼片中表达水平较高。在整个小孢子发育时期,不育系中BcATPA基因表达量逐渐降低;而在保持系中,从四分体时期开始显著下降,因此不育系与保持系表达量差异逐渐加大。[结论]BcATPA基因在不结球白菜不育系和保持系的各个器官和整个小孢子发育时期的表达水平存在差异,研究结果为进一步研究BcATPA基因与细胞质雄性不育之间的关系提供了理论依据。
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
周晓娟 赵瑞 王永勤
以异源胞质洋葱不育系及其保持系为材料,克隆洋葱atp6基因,并对其在DNA、蛋白质二级结构和花发育各时期表达量等方面进行分析比较。结果表明:获得的atp6基因全长均为1414bp,与保持系进行序列比对发现,不育系开放阅读框第92碱基处由C突变为A,该突变导致编码氨基酸由酪氨酸突变为丝氨酸;二者编码的氨基酸在二级结构组成及蛋白质残基溶剂可接触性上也存在不同程度的差异;其表达量在小花蕾和大花蕾时差异不大,中花蕾时不育系却明显高于保持系,表达上调。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李俊 王开峰 张正光 王源超 郑小波
【目的】克隆Phytophthora capsici的elicitin基因并对其原核表达产物的生物活性进行研究。【方法】根据疫霉菌elicitin基因序列的保守性设计了2条引物,采用RT-PCR从P.capsici中克隆到长度为357bp的cDNA片段。【结果】将该cDNA在网上进行分析表明该基因的编码产物为P.capsici的elicitin,即capsicin;该蛋白质N端前20个氨基酸为信号肽,等电点为4.2。同时将该蛋白质的氨基酸序列与Genbank中登录的14个elicitin进行聚类分析,发现所克隆的elicitin与Phytophthora drechsleri的α-elicit...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
廖小芳 刁勇 邱爱华 赵艳红 周步进 陈鹏 周瑞阳
利用ｈｉＴＡｉＬ－ＰＣＲ技术扩增红麻Ｃｏｘ１全长及侧翼序列，结果表明，在红麻不育系ＵＧ９３Ａ和保持系ＵＧ９３Ｂ中分别获得长度为２ １４９和３ ２４４ＢＰ的序列，包含Ｃｏｘ１基因ＣＤＳ全长及其５′和３′部分侧翼序列，通过分析得出不育系和保持系中Ｃｏｘ１的ＣＤＳ序列长度为１ ６０２ＢＰ，编码５３３个氨基酸残基，分子量为５８．３１ｋＵ。ＢＬＡＳＴ序列比对发现，ＵＧ９３Ａ和ＵＧ９３ＢＣｏｘ１的ＣＤＳ序列虽然存在４个碱基差异，但推导的氨基酸序列一样，并且ＵＧ９３Ａ和ＵＧ９３ＢＣｏｘ１两端侧翼序列结果一致。ＲＮＡ ＢＬｏＴ分析显示Ｃｏｘ１基因在红麻ＵＧ９３Ａ、ＵＧ９３Ｂ和Ｆ１（ＵＧ９３Ａ／９９２）的转录本．．．
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王永飞 马三梅 张鲁刚 王鸣 郑学勤
利用 PCR技术从油菜 Polim a不育系中扩增出细胞质雄性不育相关基因 orf 2 2 4 ,并将其克隆到p GEM- T Easy载体上得到重组质粒 p GEMORF。在此基础上 ,用限制性内切酶将 orf 2 2 4基因从质粒 p GEMORF上切下 ,连接在 p BI12 1质粒的 Ca MV 35 S启动子和 NOS终止子之间。经 PCR和酶切鉴定 ,得到了 orf 2 2 4基因的植物表达载体 p BIORF
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张丽英 陈儒钢 张俊红 欧阳波 肖景华 李汉霞 叶志彪
【目的】利用同源序列法分离辣椒抗病基因同源序列。【方法】根据已知植物抗病基因的NBS-LRR保守结构域设计简并引物,以辣椒品系PR205基因组DNA为模板对抗病基因同源序列进行扩增。【结果】获得了25个抗病基因同源序列(resistance gene analogs,RGAs),聚类分析将其分为7个不同的类别。由其核酸序列推导的氨基酸序列与Mi-1.2、prf、Hero、I2C-1、RPM1基因相应区域的同源性为27.4%～98.2%。其中RGA-p20与Mi-1.2基因的核苷酸和氨基酸序列相似性均达到99%,确认RGA-p20为抗根结线虫基因的一部分,即辣椒中也含有与Mi基因同源的根结线虫抗...
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