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[期刊] 中国农业科学
[作者]
任旭 朱振东 李洪杰 段灿星 王晓鸣
【目的】开发轮枝镰孢(Fusarium verticillioides)的SSR标记,为轮枝镰孢遗传多样性研究提供技术支持。【方法】利用Fastpcr在轮枝镰孢基因组中查找符合条件的SSR位点,采用Primer5.0软件设计引物,利用NTSYS及Popgene分析来自玉米的轮枝镰孢单孢分离物群体的PCR扩增结果。【结果】共设计有效扩增SSR引物158对,经筛选,109对(69.0%)可扩增出2条及以上的条带,其中55对引物(34.8%)多态性较好,可扩增出3条及以上的条带。从11条已组装的轮枝镰孢染色体上各选出2对多态性引物,计22对引物,对66株轮枝镰孢玉米分离物进行扩增,共获得125个等位...
[期刊] 华北农学报
[作者]
孙峰成 冯勇 赵瑞霞 苏二虎 张来厚 刘志雄 石海波
为明确玉米群体的遗传变异性,利用SSR分子标记技术,采用12株叶片混合、每个群体5个混合样本提取DNA的最优取样方法,对12个玉米群体及6个对照自交系进行遗传多样性分析,试验筛选出86对SSR适宜引物,共扩增出391条多态性带,每个位点上的等位基因数为2～11条,平均5.67条,以GD值0.67为基准,划分为6个类群。蒙A群、蒙B群、中综5号、黄早4为第一类,蒙C群、蒙群1、掖478为第二类,蒙群2、蒙群4、C群1、C群2、Mo17为第三类,蒙群3、C群3、中综7号、B73为第四类,丹340和齐319各单独为一类,该结果与产量SCA效应分析划分结果基本一致。
关键词：
玉米群体 SSR标记 遗传多样性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
周汝平 李淑君 杨华 祁志云 董昕 付忠军
以热带玉米自交系B31-3与温带自交系黄早四杂交得到的F8代重组自交系群体为材料,筛选出153个多态性SSR标记,以此为基础构建遗传连锁图谱。对这些多态性标记进行偏分离分析,发现48个表现为偏分离(P<0.05),这些偏分离标记中有30个标记位点偏向母本B31-3,占62.50%,18个标记位点偏向父本黄早四,占37.50%。这些偏分离标记在图谱上的分布有2种:成簇分布和孤立位点的偏分离。在10条不同染色体上共发现9个偏分离热点区域。这些偏分离热点区域的形成可能与配子体选择有关。
关键词：
玉米 偏分离 分子标记 重组自交系
[期刊] 西南农业学报
[作者]
母贵琴 潘旭浩 杨克诚
利用SSR标记对人工合成群体、地方种质群体和热带、亚热带群体等3种不同类型群体进行遗传多样性分析,26对SSR引物在供试群体内共扩增出184个等位位点。多态性位点数、多态位点比例、基因型数以及遗传距离等分析表明,三类群体均具有较丰富的遗传变异,且热带、亚热带群体内个体间的遗传距离大于地方种质群体和人工合成群体。这一结果说明热带、亚热带群体内的遗传变异较大,而人工合成群体与地方种质群体内的遗传变异则相对较小且基本相当。
关键词：
玉米 群体 SSR标记 遗传多样性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王兵伟 覃嘉明 黄安霞 覃永嫒 郑加兴 秦洪波 时成俏
利用SSR分子标记技术对60个玉米自交系进行遗传多样性研究及杂种优势群划分。结果表明:42对引物标记60个玉米自交系共扩增出144个清晰的多态性条带,每对引物可产生2~7个清晰可辨的条带,平均为3.43个,遗传相似系数变幅为0.518~0.978。60个自交系可分为9个类群,分析结果与这些自交系综合性状的差异性表现基本一致。"温带种质×热带种质"是研究中杂种优势利用的主要模式。
关键词：
SSR 玉米自交系 遗传多样性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王凤格 田红丽 赵久然 王璐 易红梅 宋伟 高玉倩 杨国航
【目的】从育成年份、种植区域角度分析中国328个玉米品种的遗传多样性,在分子水平上分析各适宜种植区域品种的遗传分化特点,为玉米品种区域试验、审定管理以及育种策略提供一定的理论依据。【方法】利用均匀分布于玉米基因组的40对核心SSR引物,采用10重荧光毛细管电泳检测技术对328个代表性育成品种进行基因分型;通过Power-Marker ver.3.25软件评估40对SSR引物多态性,对参试品种按年份、区试组分析遗传多样性情况;利用多变量统计分析软件MVSP ver.3.13对328个品种按区试组进行主坐标分析。【结果】基于328个玉米品种数据,检测到40对SSR引物等位基因变异范围为3—16个,...
关键词：
玉米 SSR标记 区域试验 遗传多样性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
董清华 王西成 赵密珍 宋长年 葛安静 王静
【目的】探讨草莓EST序列中SSR位点的分布规律,开发草莓EST-SSR引物,并分析其在草莓品种遗传多样性研究中的应用。【方法】从NCBI公共数据库下载草莓表达序列标签(expressed sequence tag,EST)55 750条,利用MISA软件查找SSR位点,并利用Primer3.0 Plus软件设计60对引物,通过非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)研究这些SSR引物的PCR扩增特点,并对部分扩增产物进行克隆和测序,以验证其真实性。【结果】55 750条草莓EST序列含有SSR位点的序列1 334条,SSR位点1 490个。其中,二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型,...
关键词：
草莓 EST SSR 遗传多样性
[期刊] 华北农学报
[作者]
杜金友 黎裕 王天宇 石云素 宋燕春 王海波
利用SSR,AFLP两种分子标记方法研究了23个玉米种质材料的遗传多样性,并对这两种分子标记系统进行了比较。利用筛选出的40对SSR引物,检测到了202个等位基因。用12对AFLP引物组,检测到了444条有多态性的带。SSR和AFLP分子标记均有很高的多态性,SSR位点的平均多态性信息量(PIC)值达0 60,而AFLP多态性带比例是72%。两种分子标记结果将玉米种质划分为5组,与系谱分析基本一致,两种分子标记划分的结果也相近。研究认为SSR,AFLP两种分子标记系统均适合于玉米种质的遗传多样性研究。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈俊意 徐莉
对33个不同来源的玉米自交系的遗传多样性进行SSR分析,其结果为,自交系间遗传距离在0.1763~0.9490,平均为0.3228。除贞367遗传距离为大于0.90外,其他32个的遗传距离均小于0.51,表明玉米自交系间遗传基础狭窄。33个自交系的遗传距离按类平均法可聚为6类,其中Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ类又分为两个亚类。提高玉米的杂种优势利用水平,必须丰富亲本的遗传基础,扩大其遗传差异。
关键词：
玉米自交系 遗传多样性 SSR
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘志斋 吴迅 刘海利 李永祥 李清超 王凤格 石云素 宋燕春 宋伟彬 赵久然 赖锦盛 黎裕 王天宇
【目的】选择有代表性的材料进行遗传多样性与群体结构的解析是进行等位基因发掘、复杂性状关联分析、研究,及作物育种实践的重要基础。【方法】利用覆盖玉米全基因组的40个核心SSR标记,采用基于测序的基因型鉴定技术对820份代表中国玉米育种资源种质基础的自交系进行全基因组扫描,通过PowerMarker V3.25与Structure V2.3.3等软件揭示其基因多样性与群体结构。【结果】在820份自交系中,40个SSR标记所检测到的等位变异为10—72个,平均36.87个/位点;基因多样性为0.46—0.9458,平均0.8430;PIC为0.43—0.94,平均0.83。聚类分析表明,K=5时,△...
关键词：
玉米 自交系 遗传多样性 群体结构
[期刊] 华北农学报
[作者]
李芦江 陈文生 兰海 潘光堂 杨克诚
以玉米群体P4C0及其经过5轮控制双亲混合选择的改良群体为材料,利用SSR分子标记分析其遗传多样性变化。结果表明,经2~3轮选择后,从总体上看,群体多态位点数、多态位点比例、群体内单株间遗传距离、基因杂合度和遗传多样性指数等遗传多样性参数并未发生明显的变化,而进行5轮改良后,虽然每轮减小幅度较小,但累计减少较多。群体基因型数总体上是减小的趋势,但不同地点改良群体基因型数表现减少与增加交替出现的现象。以上结果表明,在改良低代,群体遗传多样性得到了较好的保持,而多代改良则可能会导致群体遗传多样性的下降;在不同生态条件下进行穿梭式群体改良,对加快改良进程,保持群体遗传多样性和提高选择效率都有一定的作...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘福利 刘坤 王飞久 孙修涛 汪文俊 梁洲瑞 马兴宇
本研究从NCBI的EST数据库中下载大叶藻EST序列共计10 659条,从中得到SSR位点共65个,SSR发生频率为1.7%,平均分布距离为21.7kb。其中三核苷酸为优势重复类型,占49.2%,二核苷酸数量仅次于三核苷酸,占33.8%。基于65条含有SSR的EST序列,设计并合成了30对引物,其中26对引物的扩增产物单一,片段大小与预测的相近或较大。在由16个大叶藻个体组成的群体中,其中8对引物的扩增条带具有多态性。利用这8对引物对青岛汇泉湾大叶藻自然群体进行了遗传多样性分析,结果表明,8个SSR共检测出33个等位基因,平均每个SSR能检测出4.1个等位基因,多个遗传多样性参数表明,青岛汇泉...
关键词：
大叶藻 EST SSR 遗传多样性
[期刊] 水产学报
[作者]
王佳佳 王琼 秦桢 陈耀辉 李健 李吉涛
基于SSR标记研究凡纳滨对虾养殖群体的遗传多样性和群体遗传结构，为凡纳滨对虾种质资源的遗传改良提供基础信息。本研究利用MISA软件对凡纳滨对虾全基因组SSR位点进行搜索，通过聚丙烯酰胺凝胶电泳获得多态性高的SSR标记，基于POPGENE 1.32、PIC-CALC和Mega 6.0软件分析6个不同来源的凡纳滨对虾养殖群体的遗传多样性和群体结构特征。在凡纳滨对虾全基因组数据中共鉴定出10 453 975个微卫星，约占基因组序列总长度的18.56%，其中，二碱基微卫星最丰富，占总数的82.15%。利用具有多态性的14个SSR标记分析3个国内群体桂海1号（CG）、海兴农2号（CH）和山东养殖群体（CT），及3个国外群体厄瓜多尔1号（FO）、厄瓜多尔2号（FT）和墨西哥群体（FM）的遗传特征，结果表明，14个SSR标记在6个群体中共检测到208个等位基因变异，等位基因数、观测杂合度、期望杂合度和多态信息含量的范围分别为6～25、0.112～0.994、0.234～0.925和0.226～0.918；遗传多样性丰富程度从高到低分别为CH > FO > FM > CT > FT > CG。桂海1号与山东养殖群体、3个国外群体间属于中等程度的遗传分化；聚类分析显示，国内群体桂海1号和海兴农2号聚为一大类，山东养殖群体与国外群体厄瓜多尔1号、厄瓜多尔2号和墨西哥群体聚为一大类。本研究结果表明，筛选的14个SSR标记可用于凡纳滨对虾群体遗传多样性的评估；3个国外群体的遗传多样性相对较高，且与国内群体桂海1号和海兴农2号的亲缘关系较远。本研究对凡纳滨对虾种质资源的开发利用与新品种选育具有十分重要的意义。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
赵盼 栗丹阳 马锦林 梁文汇 庞晓明 龙萃 马婧怡 郭惠红
【目的】千年桐是大戟科油桐属的一种重要的工业油料树种,较同属的油桐具有更强的抗枯萎病能力,近年来受到了广泛关注。然而,因千年桐栽培历史短及种质管理的不足,目前对其分子遗传方面的研究还非常有限。本研究旨在开发千年桐的基因组SSR标记,进而开展其种质的鉴定、遗传多样性与群体结构分析。【方法】采用RAD测序技术获得千年桐简化基因组以开发SSR标记,基于SSR标记利用分子变异分析(AMOVA)、非加权组平均法(UPGMA)聚类、主坐标(PCoA)与群体结构分析等方法对来自3个不同地理分布的共105份千年桐种质资源进行研究。【结果】17个多态性的三核苷酸基因组SSR标记被开发,并能够很好地鉴别所有收集的105份千年桐种质。在其中62份种质中检测到85个私有等位基因,涉及15个SSR位点。AMOVA分析发现,千年桐群体间呈现出中等程度的遗传分化,但群体内的遗传变异远高于群体间的遗传变异。群体结构分析显示,3个来自不同地理分布的千年桐群体中存在4个不同的基因库,群体间既有进化独立性,又有较高程度的遗传混合,这一结果与UPGMA和PCoA分析的结果基本一致。【结论】新开发的17个SSR标记有效鉴定了105份千年桐种质,揭示了其遗传多样性和群体遗传结构,对千年桐种质保存和育种计划具有非常重要的参考价值。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王利锋 李会勇 唐保军 程泽强 王振华 铁双贵
【目的】分析河南省玉米地方品种的遗传多样性,为进一步改良利用提供合理方案。【方法】利用表型和SSR标记基因型,对88份有代表性的地方品种进行遗传多样性分析。【结果】这些地方品种农艺性状表现出较大差异,表型聚类将其划分为7个类群,大部分品种聚在一个类群内,但仍有部分品种独立成群。SSR分析表明,每对引物可以稳定检测到2～10个等位基因,40对SSR引物共检测到198个等位基因,平均每个位点4.95个等位基因,遗传相似系数为0.63～0.89。SSR标记聚类分析同样将此材料划分为7个类群,大部分品种仍主要集中在一个主群内。Mental测验结果表明,表型同基因型距离矩阵间存在极显著正相关(r=0.7...
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