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[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
楼梦雨 张思欢 郑琪 朱翠云 凌英会
为解析萨湖杂交羊较湖羊肌肉和生长性能提升的关键基因和调控通路，本研究对出生2日龄和8月龄的萨福克和湖羊的杂种F_1代（SH）和纯繁湖羊（H）的体重、体高、体长、胸围和管围等生长数据进行比较分析。选取2日龄和8月龄绵羊每组各3只（共12只），利用RNA-seq对背最长肌进行转录组测序，并对测序数据进行生物信息学分析。随机选取10个差异表达基因，通过qRT-PCR对其表达量进行验证。结果表明：1）出生2日龄和8个月的SH的体重、胸围、管围均极显著高于H(P<0.001）。2）在2日龄和8月龄SH与H中分别筛选得到684和248个基因显著差异表达，包括与骨骼肌生长发育相关的CDH1、GSTA1-1、GPX2、CDH17和MX2等基因。3)GO和KEGG分析结果显示2日龄SH和H差异表达基因主要富集在控制肌肉生长发育的细胞分化、核小体组织、肌动蛋白丝调控等类别中，8月龄SH和H差异表达基因主要富集在细胞-细胞粘附、谷胱甘肽代谢和PPAR信号通路等类别中。4)qRT-PCR试验结果与转录组测序相一致。综上，萨湖杂交羊在生长性能方面优于湖羊，CDH1、GSTA1-1和GPX2等基因通过G蛋白偶联受体、细胞-细胞粘附、谷胱甘肽代谢通路在萨湖杂交羊肌肉发育过程中发挥重要作用，本研究为探究调控杂交绵羊生长性能的关键基因和功能通路提供参考。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李文文 徐革锋 黄天晴 谷伟 刘恩慧 王高超 潘玉财 周金鑫 姜再胜 王炳谦
为了挖掘调控乌苏里白鲑(Coregonus ussurinsis Berg)肌肉生长的关键候选基因，本研究对不同生长速度乌苏里白鲑的肌肉组织进行转录组测序，以期为乌苏里白鲑群体选育提供基础数据。首先，在同等条件下(从混合池中)随机选择乌苏里白鲑F_(2)个体进行实验分组(快长组和慢长组)。接着分别从快长组(219.20±38.66) g和慢长组(74.30±17.86) g中随机选取10尾样本，取其背部肌肉进行转录组测序。以FDR1为条件筛选差异表达基因并对其进行GO (gene ontology)和KEGG (Kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析，并通过qPCR验证转录组数据的准确性。转录组测序结果显示，共筛选出2 211个差异表达基因，与慢长组相比，快长组中583个差异基因表达上调及1 628个基因表达下调。GO功能注释结果显示，差异基因主要参与细胞过程和结合过程，差异基因显著富集到251条KEGG通路(P
[期刊] 中国水产科学
[作者]
吴金平 杜浩 陈细华 褚志鹏 阮瑞 金佳利 乔新美 刘伟
为评价饲料中添加不同水平的烟酸对杂交鲟(Acipenser schrenckii♂×A. baeri♀)幼鱼生长性能、肌肉成分、肌肉质构和抗氧化性能的影响,在基础饲料中分别添加0 mg/kg、30 mg/kg、120 mg/kg、1200 mg/kg的烟酸配制成4种实验饲料,投喂初始体重(54.41±0.79)g的杂交鲟幼鱼84d,实验分为4组,每组3个重复,每个重复15尾鱼。结果表明:饲料添加不同水平的烟酸对杂鲟幼鱼增重率有显著影响(P0.05)。各组成活率、饲料系数和肝体比不受饲料烟酸的影响(P>0.05)。120 mg/kg烟酸组的肥满度显著低于0 mg/kg、30 mg/kg、1200 mg/kg烟酸组, 0 mg/kg、30mg/kg、1200mg/kg烟酸组之间肥满度无显著差异(P>0.05)。120mg/kg烟酸组的脏体比显著低于0mg/kg和1200 mg/kg烟酸组(P0.05)。肌肉硬度和弹性随烟酸添加水平呈现先增加后降低的趋势, 1200 mg/kg烟酸组的肌肉硬度和弹性显著低于其余各烟酸添加组(P0.05)。肌肉水分、粗蛋白、粗脂肪和灰分含量不受饲料烟酸影响(P>0.05)。30 mg/kg烟酸组肌肉T-SOD活力显著高于0 mg/kg和120 mg/kg烟酸组(P0.05)。30 mg/kg烟酸组肌肉T-AOC活力显著高于0 mg/kg、120 mg/kg、1200 mg/kg烟酸组(P0.05)。综上所述,饲料中添加烟酸对杂交鲟幼鱼的生长、肉质和抗氧化性能均有一定的改善作用,鲟鱼饲料中烟酸的建议添加量为30 mg/kg。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
印双红 罗雪莲 马兴右 刘阳 张孟琴 易彩霞 毛宏 李寅翠 张俊波
将180尾、体质量为(32.81±1.28) g的杂交鲟幼鱼随机均分为4组，分别投喂藤茶粉添加水平为0.00%(A0),0.50%(A1)、1.00%(A2)、2.00%(A3)的试验饲料，试验共进行60 d，每组3个重复，每个重复15尾鱼，试验结束后，检测杂交鲟的生长性能、血清生化指标和免疫指标、肠道形态指标、消化酶活性和微生物多样性、肌肉组分含量和氨基酸组成。结果表明：与A0相比，A1和A2杂交鲟的终质量、增重率、特定生长率和成活率均无显著变化，A3的终质量、增重率和特定生长率均显著降低；A1的总胆固醇、甘油三酯、白蛋白含量及谷草转氨酶活性均显著升高，A2和A3的谷草转氨酶活性均显著降低；各试验组的血清碱性磷酸酶、过氧化氢酶、谷胱甘肽过氧化物酶、超氧化物歧化酶活性和总抗氧化能力及肠道蛋白酶、淀粉酶活性均显著升高，A2的脂肪酶活性显著升高，A1的脂肪酶活性显著降低；A1和A2的肠道皱襞高度显著升高；A2的肠道菌群的物种多样性增加；各试验组的肌肉常规成分均无显著变化；A2和A3肌肉的必需氨基酸占总氨基酸的比值显著升高。可见，本研究条件下，适量添加藤茶粉可提高杂交鲟的免疫水平而不影响其生长，添加量以1.00%为宜。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
印双红 罗雪莲 马兴右 刘阳 张孟琴 易彩霞 毛宏 李寅翠 张俊波
将180尾、体质量为(32.81±1.28) g的杂交鲟幼鱼随机均分为4组，分别投喂藤茶粉添加水平为0.00%(A0),0.50%(A1)、1.00%(A2)、2.00%(A3)的试验饲料，试验共进行60 d，每组3个重复，每个重复15尾鱼，试验结束后，检测杂交鲟的生长性能、血清生化指标和免疫指标、肠道形态指标、消化酶活性和微生物多样性、肌肉组分含量和氨基酸组成。结果表明：与A0相比，A1和A2杂交鲟的终质量、增重率、特定生长率和成活率均无显著变化，A3的终质量、增重率和特定生长率均显著降低；A1的总胆固醇、甘油三酯、白蛋白含量及谷草转氨酶活性均显著升高，A2和A3的谷草转氨酶活性均显著降低；各试验组的血清碱性磷酸酶、过氧化氢酶、谷胱甘肽过氧化物酶、超氧化物歧化酶活性和总抗氧化能力及肠道蛋白酶、淀粉酶活性均显著升高，A2的脂肪酶活性显著升高，A1的脂肪酶活性显著降低；A1和A2的肠道皱襞高度显著升高；A2的肠道菌群的物种多样性增加；各试验组的肌肉常规成分均无显著变化；A2和A3肌肉的必需氨基酸占总氨基酸的比值显著升高。可见，本研究条件下，适量添加藤茶粉可提高杂交鲟的免疫水平而不影响其生长，添加量以1.00%为宜。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
强俊 杨弘 徐跑 何杰 马昕羽 朱志祥 李瑞伟
以吉富罗非鱼(Oreochromis niloticus)与奥利亚罗非鱼(O.aureus)为繁育亲本,采用完全杂交进行配组,分别对吉富罗非鱼奥利亚罗非鱼纯繁与正反交后代生长性能和肌肉营养成分进行了比较,并且研究了脂代谢相关基因mRNA水平与肌肉脂肪含量的相关性。将初始规格基本一致的4组F1罗非鱼饲养100 d后,吉富罗非鱼纯繁组F1特定生长率最高(P0.05),奥利亚纯繁组F1特定生长率最低(P<0.05)。同时,奥利亚纯繁组F1的饲料转化率、肝体比与内脏比指数显著高于其他实验组(P<0.05)。各实验组水分、灰分与粗蛋白含量间无显著差...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
印双红 张先姝 朱志 张孟琴 张俊波 毛宏 易萌 易彩霞 蔡春连
本实验旨在研究饲料中不同水平的二氢杨梅素对杂交鲟(Acipenser schrenckii♀×Acipenser baerii♂)幼鱼生长性能、血清生化及免疫指标、肌肉常规及氨基酸组成、肠道形态、消化酶活性及微生物多样性的影响。实验将平均体重为(33.02±1.39)g/尾的180尾杂交鲟，随机分为4组，每组3个重复，每个重复15尾鱼，分别投喂二氢杨梅素添加水平分别为0(对照组),0.15%、0.3%、0.6%的实验饲料60 d。结果显示：0.6%组杂交鲟的增重率和特定生长率显著低于对照组；0.15%组血清中总胆固醇、白蛋白和葡萄糖水平均显著高于对照组，0.3%组血清中谷草转氨酶水平显著低于对照组，0.3%组血清中白蛋白和葡萄糖水平显著高于对照组，0.6%组血清中谷草转氨酶、白蛋白和甘油三酯水平显著高于对照组；各实验组血清中碱性磷酸酶、过氧化氢酶、谷胱甘肽过氧化物酶、超氧化物歧化酶和总抗氧化能力均显著高于对照组。0.15%和0.3%组肠道中蛋白酶、淀粉酶和脂肪酶活性均显著高于对照组。各实验组肌肉中常规组分、总氨基酸含量、必需氨基酸含量和鲜味氨基酸含量与对照组无显著性差异。综上所述，饲料中添加二氢杨梅素可提高杂交鲟幼鱼的免疫力，建议添加量为0.3%。
[期刊] 水产学报
[作者]
赵文 高峰英 石振广
为发掘达氏鳇的功能基因,采用新一代高通量测序技术对达氏鳇肌肉组织转录组进行测序。结果获得原始数据14 447 211 200 bp,拼接获得了55 531条单基因序列(unigene),长度范围300~32 613 bp,平均长度941 bp。利用生物信息学方法对unigene进行了非冗余蛋白质数据库(Nr)相似搜索,此外还进行了GO的功能注释和KEGG代谢通路分析。结果一共有20 735条unigene(37.34%)与Nr数据库中的己知基因同源;根据GO功能可分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类56分支;依据KEGG代谢通路分析可以分成290类。
关键词：
达氏鳇 肌肉组织 基因 转录组
[期刊] 草业科学
[作者]
徐嘉宾 年芳 王维民 唐德富 柳银强
以育肥期湖羊公羔为研究对象,采用单栏饲养的方式,以20 d为一个测定周期,测定80～180 d湖羊公羔的采食量、体尺和体重等生长性能指标,旨在研究平均日增重(average daily gain,ADG)对湖羊生长性能、屠宰性能和肌肉品质的影响。生长性能指标测定结束后立即屠宰,测定屠宰性能和肌肉品质指标。按照80～180 d期间ADG将试验群体分为高(H)、中(M)和低(L) 3组,分别为76、110和66只湖羊。结果表明:1) H组湖羊的体高、体长和胸围增加幅度显著高于L组(P 0.05)。2) H组的湖羊宰前活重、胴体重、胴体长显著高于L组(P 0.05),L组45 min a~*(红度)和45 min b~*(黄度)显著高于其他两组(P <0.05)。由此可见,H组湖羊的生产性能最优,有较高的机体质量和产肉绝对值,3组肌肉品质无较大差异;肝脏相对重对湖羊生长速度有显著影响,可能与肝脏代谢能力有关,但具体机制有待进一步研究证实。
[期刊] 华北农学报
[作者]
陈春 魏岳 黄聪 黎观红 谢金防 武艳平
旨在通过对崇仁麻鸡背部皮肤毛囊组织的转录组学分析，筛选关键的差异表达基因和信号通路，探讨鸡皮肤毛囊性状的分子调控机制。采用TRIzol法提取皮肤毛囊组织总RNA,通过Illumina平台进行转录组高通量测序(RNA-Seq)。最后采用实时荧光定量的方法对转录组测序进行验证。研究结果如下：共筛选出了3 856个差异表达基因，在公鸡(BGB vs YGB)比较组合中筛选出了971个差异表达基因，其中274个表达上调，697个表达下调。在母鸡(BMB vs YMB)比较组合中筛选出了3 529个差异表达基因，其中1 477个上调，2 052个下调。在公鸡、母鸡共同的差异表达基因中筛选出了3个与皮肤毛囊性状有关的高表达基因KRT75、KRT6A和KRT14。在GO功能显著富集中，BGB vs YGB比较组合富集到了516个GO term, BMB vs YMB比较组合富集到了1 020个GO term,基因主要集中参与细胞黏附等活动。显著富集了多条KEGG通路，在BGB vs YGB比较组合中富集了8条显著的KEGG通路，在BMB vs YMB比较组合中富集了20条显著的KEGG通路，筛选出了3条关键通路Wnt信号传导途径、神经活性配体-受体调控通路和TGF-β调控通路。荧光定量结果显示，随机选取的5个差异基因在皮肤毛囊中的表达与RNA-Seq走向趋势一致。综上所述，筛选的KRT75、KRT6A、KRT14基因可能影响鸡皮肤毛囊性状；神经活性配体-受体调控通路、Wnt信号通路和TGF-β信号通路均是调控鸡皮肤毛囊性状的重要通路。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
姬改革 陈智武 单艳菊 刘一帆 屠云洁 邹剑敏 章明 巨晓军 束婧婷 张海涛 唐燕飞 蒋华莲
【目的】通过比较干毛和未干毛羽毛毛囊的形态学和基因表达差异，挖掘调控黄羽肉鸡羽毛干毛性状的重要候选基因和信号通路。【方法】分别采集背部未干毛和干毛羽毛皮肤组织样本各3个，运用组织切片技术，比较干毛和未干毛羽毛毛囊形态学差异；运用RNA-seq技术，比较两组样本之间的差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs），并对其进行功能富集分析和蛋白互作网络构建；采用荧光定量PCR技术（RT-qPCR）对测序结果准确性进行验证。【结果】证实未干毛羽毛的毛囊处于生长期，已干毛的羽毛毛囊处于静止期。以未干毛毛囊（生长期）皮肤样本为对照，在干毛毛囊（静止期）皮肤样本中发现了942个DEGs(|fold-change|>2和P<0.05)，其中384个基因表达下调，558个基因表达上调。Go功能分析显示细胞分裂、周期调控等相关生物过程被显著富集(P<0.05)。KEGG分析发现，MAPK、TGF-β、p53及DNA复制等相关信号通路被显著富集(P<0.05)。构建差异蛋白相互作用（PPI）网络，通过CytoHubba分析获得6个hub基因，分别为CDK1、MAD2L1、BUB1、CCNB2、PLK1和BUB1B。GSEA富集分析筛选到紧密连接、胰岛素、MAPK、TGF-β和细胞周期等信号通路与鸡羽毛毛囊生长周期显著关联（|NES|>1, FDR<0.25）。RT-qPCR结果显示8个DEGs表达趋势与RNA-seq结果基本一致。【结论】鸡羽毛的干毛性状与毛囊周期发育相关，MAPK和TGF-β等信号通路可能通过调控细胞周期相关基因的表达在羽毛生长发育中发挥重要作用；结果为进一步深入了解黄羽肉鸡羽毛干毛性状分子调控机制提供了基础资料。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
刘国庆 孙业良 杨利国 谢庄 代蓉 任航行
利用10个微卫星基因座对陶赛特绵羊及其与新疆细毛羊级进杂交一代、二代和三代4个绵羊群体进行了遗传学检测,计算出各个群体的平均杂合度和平均生产性能的数值,分析群体杂合度与生产性能间的相关系数和变化趋势。结果表明:随级进杂交程度的增加,群体的杂合度逐渐降低,趋向于陶赛特群体的杂合度;微卫星标记杂合度与各个时期的体重、体高、体长和管围间呈正相关,其中杂合度与各个时期的体长呈显著正相关,而与各个时期的胸围呈负相关。微卫星基因杂合度对各个时期生长性能的相关效应在不同级进杂交群体间存在一定的差异。由此得到3点启示:(1)基因杂合度与生长性能间不是简单的相关关系;(2)级进杂交可使有害基因与中性标记连锁遗传...
关键词：
绵羊 级进杂交 微卫星 杂合度
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李雨 凌乐妍 金鸿浩 李哲 高源 刘蕃 罗辉 叶华
为挖掘我国名优鱼类长吻（鱼危）(Leiocassis longirostris)生长相关基因，本研究运用Illumina高通量测序技术比较分析了快速生长组[平均体质量为(534.02±53.68)g]和缓慢生长组[平均体质量为(108.41±4.96) g]各9尾长吻（鱼危）的脑组织基因表达谱。测序共获得267 404 674个高质量测序片段(clean reads)，通过2种不同生长速率长吻（鱼危）脑组织转录组比较筛选出518个差异表达基因，其中，412个基因表达量上调，106个基因表达量下调。对12个差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证的结果与转录组测序结果一致。GO功能分类显示，大量差异表达基因富集到生长(growth)、生长因子活性(growth factor activity)和激素介导的信号通路(hormone-mediated signaling pathway) GO条目中。KEGG富集分析显示，一些差异表达基因在MAPK信号通路(MAPK signaling pathway)、转化生长因子β信号通路(TGF-beta signaling pathway)、钙离子信号通路(calcium signaling pathway)和神经活性配体–受体相互作用(neuroactiveligand-receptorinteraction)等途径中富集。根据GO功能注释和KEGG富集分析，筛选出gnrh、thr、egr1、fgf18、sst、gipr、cart和crf等基因是调控长吻（鱼危）生长发育的关键候选基因。本研究结果为后续深入研究长吻（鱼危）生长调控机制提供了重要的参考资料。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
黄勇 龚望宝 陈海刚 孙西红
运用高通量技术对杂交鳢进行转录本测序和数据分析,经拼接与组装,最终获得52 065条unigenes,长度范围201～12 407 bp,序列平均长度为710 bp。从长度分布、GC含量和基因表达量等方面对unigenes进行评估,数据显示测序质量较好。进一步的数据分析,共鉴定出20 535个CDS,37 324个SNP位点和7 830个微卫星。用6大数据库Swiss–Prot、Nr、Pfam、KEGG、KOG和GO注释杂交鳢转录组unigenes,分别对应有20 955、28 938、19 339、14 052、19 358和18 635条unigenes获得注释。根据GO数据库的注释,可将这些unigenes分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类共50亚类。KEGG代谢通路分析表明,这些unigenes参与了5大类30亚类共268个代谢通路,其中,参与信号转导通路的unigenes数量最多,有1 716条。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
尤科梅 孟科 田彦梅 宋昀静 冯登侦
【目的】通过RNA-Seq技术筛选不同性别滩羊肌肉生长发育相关的候选基因，初步揭示滩羊背最长肌差异形成的分子机理，为其肌肉生长发育研究提供理论依据。【方法】以相同饲养条件下的8月龄滩羊为研究对象，通过转录组测序对滩羊背最长肌肉品质进行分析比较，采用Illumina HiSeqTM4000平台进行mRNA转录组测序和分析，发掘对肌肉生长发育有差异影响的相关调控基因，并对筛选的差异基因进行RT-qPCR验证。【结果】利用RNA-Seq技术测序共筛选出37个差异表达基因，其中上调基因10个，下调基因27个。对差异基因进行GO功能注释分析结果显示，其显著富集在41个GO条目中（P <0.05）；同时KEGG富集分析表明DEGs富集在28条通路中，包括FoxO、PI3K-Akt、调控干细胞多能性、嘌呤代谢、肌动蛋白细胞骨架的调节、Notch信号、蛋白质消化吸收和钙信号等通路，进一步筛选出6个基因(KSR2、ENAH、COL9A1、IFIT1、B3GAT2和TACR1)。取6个差异基因进行实时荧光定量PCR验证，结果与转录组测序表达趋势一致，说明测序结果可靠。【结论】研究获得的KSR2、ENAH、COL9A1、IFIT1、B3GAT2和TACR1候选基因为肌肉生长发育提供更多参考资料，从而为后续宁夏优质肉羊肌肉生长发育的研究奠定理论基础。
关键词：
滩羊 候选基因 转录组 qRT-PCR
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