选择120只1日龄健康AA肉仔鸡,随机分为2组,每组60只,试验组饲喂含转基因双抗杂交稻的日粮,对照组饲喂含非转基因水稻的日粮,研究转基因双抗水稻(含有Bar基因和Bt-Cry1Ac基因)对肉仔鸡生产性能及肠道微生物群落的影响。屠宰试验表明:2组肉仔鸡增加的体质量、耗料量和料重比等生产指标,以及全净膛率、胸肌率、腿肌率和腹脂率等屠宰指标差异均不显著(P>0.05)。微生物培养试验表明:2组肉仔鸡回肠和盲肠中的需氧菌、大肠杆菌和乳酸杆菌数量均未达到显著性差异(P>0.05)。PCR-DGGE及聚类分析结果表明:饲喂转基因水稻对肉仔鸡回肠和盲肠微生物种群数量未产生明显影响,不同肉仔鸡个体差异较大,...

选取1日龄AA肉仔鸡母雏360只,随机分为3个处理组,分别饲喂以玉米、小麦、大米为单一淀粉源配制等能等氮饲粮,饲养28 d,利用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)技术测定不同饲粮类型对肉仔鸡肠道微生物群落多样性的影响。结果显示,限制性片段T-RF 160、T-RF 253和T-RF 292所代表的菌群是十二指肠、空肠和回肠中的优势菌群,大米饲粮组T-RF 253和T-RF 292片段所代表菌群优势度较玉米饲粮组和小麦饲粮组稍低,盲肠中优势菌群结构和含量与小肠存在较大差异。不同饲粮组间肉仔鸡肠道微生物群落的香侬-威纳指数、辛普森指数和均匀度指数均无显著差异(P>0.05),但大米饲粮组较玉...

【目的】研究合生素对肉仔鸡盲肠微生物区系的影响。【方法】选择1日龄肉仔鸡450只,随机分成5个日粮处理,分别为基础日粮、基础日粮+抗生素、基础日粮+益生素、基础日粮+益生元、基础日粮+合生素。每个处理3个重复,每个重复30只。在21和42日龄,每个重复选择4只屠宰,无菌采集盲肠内容物,提取细菌基因组总DNA,PCR扩增16s rDNA,用DGGE方法分析盲肠细菌群落结构的变化,用实时荧光定量PCR检测肠道中总菌、乳酸杆菌、双歧杆菌和大肠杆菌数量。【结果】在21和42日龄,日粮添加合生素比单独应用益生素、益生元或抗生素提高了肉仔鸡的平均日增重和饲料转化率(P<0.05),肉仔鸡盲肠DGGE条带数...

为探明甘露寡糖在肉鸡生产上的最佳使用剂量,选用11日龄广东岭南黄肉鸡1200只,随机分为6组,每组4个重复,每重复50只鸡,分别饲喂6种不同日粮,自由采食和饮水.第1组为空白对照组,第2,3,4,5,6组为试验组,在基础日粮的基础上分别添加1g/kgBio-MOS(甘露寡糖),4mg/kg黄霉素,1g/kgBio-MOS+4mg/kg黄霉素,0.5g/kgBio-MOS和1.5g/kgBio-MOS.结果表明:(1)添加Bio-MOS,提高了肉鸡的日增重和采食量,但与对照组之间差异不显著(p>0.05).(2)添加Bio-MOS1g/kg,盲肠中双歧杆菌显著高于对照组(p<0.05),但对回肠...

【目的】研究日粮中添加铜和维生素A及互作效应对肉仔鸡小肠各段肠壁厚度和绒毛高度、盲肠主要微生物、血清生长激素(GH)的影响。【方法】采用4×2(Cu×VA)完全随机试验设计,日粮Cu水平为0、8、150、225mg·kg-1,VA水平为1500、5000IU·kg-1,生长阶段分为前期(0～4w)和后期(4～7w)。选用1d艾维茵肉仔鸡448只,随机分为8组,每组4个重复,每重复14只鸡,公母比为1﹕1。【结果】①前期添加Cu(8mg·kg-1)生产性能较好,后期不添加Cu生产性能较好。②添加Cu225mg·kg-1明显降低生长前期肉仔鸡回肠肠壁厚度,添加Cu150mg·kg-1使生长后期肉仔...

为研究重金属污染土壤经不同生态类型蚯蚓消化后蚓粪和消化前土壤的微生物群落结构差异,选取2种不同污染特征的重金属污染水稻土,分别接种表栖型赤子爱胜蚓Eisenia fetida和内栖型壮伟环毛蚓Amynthas robustus进行10d室内盆钵培养后采集新鲜蚓粪,通过变性梯度凝胶电泳技术和序列分析研究蚓粪和对照土壤的微生物种群特征。蚓粪微生物丰富度和Shannon指数均明显高于对照土壤(P

于2017年洄游汛期内采集刀鲚(Coilianasus)样本,解剖后选取6尾感染陈氏刺棘虫(Acanthosentischeni)的刀鲚样本作为感染组,同时选取6尾未感染刀鲚作为对照组,采用16S rDNA高通量测序技术研究陈氏刺棘虫感染对刀鲚肠道微生物群落结构的影响。结果共鉴定出23个细菌门,其中对照组包含22个门,感染组鉴定出18个门,其中疣微菌门(Verrucomicrobia)只在感染组刀鲚中检测到;两组刀鲚肠道中主要的微生物类群均为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和软壁菌门(Tenericutes),且相对丰度总量均高于85%;感染组中厚壁菌门、梭杆菌门(Fusobacteria)和纤维杆菌门(Fibrobacteres)平均含量高于对照组,其余菌门相对丰度含量与对照组相比均呈下降趋势,但两组间微生物组成比例没有显著差异(P>0.05)。此外,在已明确的130个科中,厚壁菌门中的梭菌科(Clostridiaceae)、消化链球菌科(Peptostreptococcaceae)、乳杆菌科(Lactobacillaceae)和变形菌门中的肠杆菌科(Enterobacteriaceae)含量高于对照组(P<0.05),紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)和毛螺菌科(Lachnospiraceae)中的Eisenbergiella丰富度在感染组刀鲚肠道中显著更高(P0.05)。虽然陈氏刺棘虫感染对肠道微生物的群落结构和物种多样性影响不显著,但是在特定微生物物种的组成上存在显著差异。

为探究不同养殖模式下黄鳝(Monopterus albus)胃肠道微生物的群落结构，本实验采用16S rRNA高通量测序技术研究虾塘散养、蟹塘散养、网箱投喂鱼浆和网箱投喂水蚯蚓4种养殖模式下黄鳝胃肠道微生物的组成和群落结构。Alpha多样性分析和Venn图结果显示，网箱投喂水蚯蚓组黄鳝胃肠道微生物多样性和丰度均较高，而蟹塘散养组最低。除蟹塘散养组黄鳝肠道的优势菌为变形菌门，其余3种养殖模式黄鳝胃肠道优势菌群均为厚壁菌门，推测黄鳝胃肠道微生物的核心菌群为厚壁菌门。在属水平上，网箱投喂水蚯蚓养殖模式中黄鳝胃的优势菌群为粪杆菌属(Faecalibacterium)与嗜黏蛋白阿克曼菌属(Akkermansia),其余3种养殖模式中黄鳝胃的优势菌群都为韦荣球菌属(Veillonella);而虾塘散养组黄鳝肠道的优势菌群为瘤胃球菌属(Ruminococcus),其余3种养殖模式的优势菌群中都有双歧杆菌属(Bifidobacterium)。结果表明：网箱投喂水蚯蚓组黄鳝胃肠道微生物多样性和丰度均较高，且益生菌群占比高，潜在致病菌较少，是比较健康的养殖模式。

采用基于Illumina测序平台的高通量测序技术,对大菱鲆(Scophthalmus maximus)幼鱼肠道及其养殖水体、生物饵料中细菌种类及丰度进行研究。测序结果显示,养殖水体、生物饵料和大菱鲆幼鱼肠道等19个样品共获得有效序列547621条,可聚类于3771个可分类操作单元(OTUs),归属于养殖水体、生物饵料、健康幼鱼和发病幼鱼的操作分类单元(OTU)个数分别为3038、1090、87和777,其中,健康幼鱼与生物饵料、健康幼鱼与养殖水体特有的OTU个数分别为57和0,发病幼鱼与生物饵料、发病幼鱼与养殖水体特有的OTU个数分别为481和31。表明幼鱼肠道微生物多样性与生物饵料密切相关。根据细菌注释结果,拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)在大菱鲆幼鱼肠道中占优势地位,其中,健康幼鱼肠道微生物共聚类为8个门,发病幼鱼的肠道微生物可聚类为19个门。与健康幼鱼相比,发病幼鱼肠道门水平上的3种主要优势菌群落结构出现失衡。此外,对各样品中丰度最高的100位OTU分析显示,幼鱼肠道优势菌种类与生物饵料中的优势菌种类密切相关,而每个发病幼鱼肠道优势菌种类具有一定的独立性。本研究旨在为大菱鲆健康养殖和微生态调控提供实验依据。

为了研究长毛对虾养殖环境以及对虾肠道微生物种群结构的特征,实验分别采集养殖区进水口水体、养殖池底泥、养殖池水体以及长毛对虾肠道样品,采用构建16S rRNA基因克隆文库的方法对不同样品间的微生物群落组成进行了研究。结果表明,4组样品中共获得621条序列,操作分类单元(OTU)总数达212个,表明养殖环境微生物群落结构具有高度的多样性。从遗传进化树分析发现,进水口水体中细菌优势种群为蓝细菌(53.97%)、α-变形杆菌(13.76%)和γ-变形杆菌(10.58%);养殖池水体细菌优势种群为蓝细菌(33.55%)、γ-变形杆菌(14.84%)、厚壁菌(14.19%)、拟杆菌(12.26%)和α-变...

本研究旨在探讨食性对鱼类肠道菌群组成和多样性的影响，并预测特定菌群对不同营养素的潜在功能。实验采用高通量16S rRNA基因测序技术，提取获得滇池高背鲫(Carassius auratus)、草鱼(Ctenopharyngodon idellus)、鳜鱼(Siniperca chuatsi)、昆明裂腹鱼(Shizothorax grahami) 4种不同食性鱼类的肠道内容物，12个样品的16S rRNA，构建文库并测序，分析这4种鱼类肠道微生物的菌落组成和多样性。结果显示，鱼类肠道菌群多样性受到食性的显著影响(P<0.05)，综合表现为杂食性(滇池高倍鲫) > 草食性(草鱼) > 滤食性(昆明裂腹鱼) > 肉食性(鳜鱼)。4种鱼类具有一些相同的优势菌群：变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)。然而，优势菌群在属水平上存在一定差异，如不动杆菌属(Acinetobacter)为鳜鱼的优势菌群，拟杆菌属(Bacteroides)为草鱼的优势菌群等。功能预测发现，鳜鱼肠道中以革兰氏阴性菌为主；草鱼抗病潜力略高于其他3种鱼类；约氏不动杆菌(A.＿ johnsonii)、鲁氏不动杆菌(A. lwoffii)和施氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)可能有助于宿主对蛋白质的消化，而拟杆菌属中的某些菌群可能有助于宿主消化纤维素。综上所述，食性是影响鱼类肠道菌群组成和多样性差异化的主要因素之一，分析食性与肠道优势菌群之间的关联，探讨特异菌群的功能，可为研究鱼类营养代谢的微生物效应奠定理论基础。

为探究凡纳滨对虾养殖过程中其肠道和养殖环境微生物群落的结构及变化，本实验采用Illumina测序平台，基于16S rRNA基因的测序结果，对46 d和86 d虾龄的凡纳滨对虾肠道以及养殖水体、底泥中的微生物群落进行分析。结果显示，86 d时微生物Shannon-Wiener多样性指数显著高于46 d，水样中的Shannon-Wiener指数显著低于底泥和凡纳滨对虾肠道；有35个门、71个纲、155个目、274个科以及277个属在水样、底泥和虾肠道中均能检测到，其中虾肠道和底泥间共有菌类较水样中更多。微生物群落随养殖时间发生变化，46 d与86 d的差异性门类为放线菌门、绿菌门、丝状杆菌门、浮霉状菌门和TM6，相对丰度随时间增高。水样、底泥和虾肠道中有相对固定的优势菌群，在水样、底泥和虾肠道中主要的门类均为变形菌门、拟杆菌门和放线菌门，优势纲类为α变形菌纲、β变形菌纲以及放线菌纲，除此以外，虾肠道与底泥共有的优势纲为δ变形菌纲、γ变形菌纲以及芽单胞菌纲，从目、科、属的分类水平上看，水样、底泥和虾肠道中菌类相对丰度各异，鲜有明显重叠的优势菌类，在水样、底泥和虾肠道中均为一种未分类的属占优势地位，水样中优势属为hgcI＿clade，底泥和虾肠道中优势属为ambiguous＿taxa。研究结果进一步解释了虾肠道和环境微生物群落结构之间的相关性以及随虾龄增长呈现的差异性。

为考察综合肥料管理（integrated fertilization management,IFM）策略和农民常规处理（farmer’s practice,FP）对微生物群落和土壤功能的影响差异，本研究利用2013-2014年设立的双季稻田间试验包括综合肥料管理（IFM）和农民实践（FP）2种处理，通过在晚稻生长季节的3个时间点采集根际和非根际土壤，调查土壤化学性质和酶活性，使用磷脂脂肪酸（phospholipid fatty acids,PLFA）鉴定微生物生物量和群落组成。结果显示：与FP处理相比，IFM处理降低了根际土壤的革兰氏阳性（Gram-positive bacteria,GP）和阴性细菌（Gram-negative bacteria,GN）的比值（GP/GN）和微生物胁迫指数。IFM处理促进了幼穗分化期和齐穗期根际土壤中蔗糖酶、酸性磷酸酶、芳基硫酸酯酶活性，抑制了成熟期脲酶活性。冗余分析表明，有效氮和总氮可分别解释微生物群落和酶活性变异的15.9%和12.5%，这表明氮的有效性和氮水平分别是影响稻田环境微生物群落和酶功能的关键因素。此外，革兰氏阴性细菌、真菌和丛枝菌根真菌对土壤酶活性改变的解释率分别达到5.39%、3.88%和3.09%。微生物胁迫指数与磷酸酶和蔗糖酶活性呈负相关，这表明细菌和真菌都参与土壤酶功能调节。研究表明，IFM主要通过调控稻田氮投入节奏改变微生物群落组成从而提升成熟期前的土壤酶活性，促进水稻生长过程中的养分循环。

为了解硝化型和光合自养型生物絮团对于泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)的养殖效果,设置清水组(CW组)、硝化组(BFT组)和光合自养组(ABFT组)生物絮团养殖泥鳅45 d,比较泥鳅的生长和消化酶活性、两类絮团的营养组成情况,以及养殖水体和泥鳅肠道微生物的群落结构。结果显示,BFT组和ABFT组的饲料转化率、特定生长率和末均重没有显著性差异(P>0.05)。与CW组相比,两实验组的饲料转化率显著降低;BFT组的终末密度与CW组相比没有显著性差异(P>0.05)。与CW组相比,BFT组和ABFT组生物絮团可以提供(36.69±1.17)%和(40.20±1.05)%的粗蛋白;与BFT组相比,ABFT组的生物絮团粗脂肪含量显著提高(P<0.05),并且促进脂肪酸由饱和向不饱和转化。ABFT的泥鳅胰蛋白酶和脂肪酶的活性显著高于另外两组(P<0.05)。微生物群落分析表明,添加藻类对成熟生物絮团Alpha多样性指数、群落门水平和属水平没有显著影响。泥鳅摄食生物絮团会导致肠道菌群sobs指数显著降低。BFT组肠道的优势菌群为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteriota)和绿弯菌门(Chloroflexi);ABFT组为变形菌门和蓝藻门(Cyanobacteria)。属水平上,ABFT组检测到高水平的气单胞菌属(Aeromonas)。本研究表明,硝化型和光合自养型生物絮团养殖均适合作为泥鳅绿色健康养殖的新模式。

【目的】研究黄羽肉鸡种蛋孵化过程中卵黄微生物区系的动态变化和功能，及卵黄微生物对肉鸡胚胎肠道早期微生物定殖的影响。【方法】选取35周龄黄羽肉鸡种蛋100枚，放置在全自动孵化箱中孵化。种蛋入孵前对孵化箱进行清洁消毒，检查内部通风系统和湿度控制系统是否正常工作。孵化温度控制在（37.5±1）℃，湿度控制在（60±10）%。在种蛋孵化的第7、11、15和19天随机选取6枚种蛋在无菌操作台中剥去蛋壳及尿囊膜，使胚胎露出卵黄囊后通过无菌注射器刺入，收集卵黄样品。在孵化的第19和21天在超净工作台中使用经灭菌的手术刀和镊子解剖鸡胚，切开鸡胚腹部后收集胚胎中全肠道样品。样品采集后迅速放入液氮中速冻，随后转入-80℃冰箱中保存待测。对卵黄微生物进行DNA提取，并进行16s rDNA测序和序列分析。【结果】1）黄羽肉鸡种蛋卵黄中存在丰富的微生物区系，共注释到4 305个OTU(operational taxonomical unit)，在不同孵化时间点卵黄和胚胎肠道中微生物共具有18个门（Phylum）,34个纲（Class）,53个目（Order）,89个科（Family）,126个属（Genus）。门水平上主要包括变形菌门（Proteobactreia）、厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、疣微菌门（Verrucomicrobia）等，属水平上以嗜糖假单胞菌属（Pelomonas）、罗尔斯通菌属（Ralstonia）、水杆菌属（Aquabacterium）、粪杆菌属（Faecalibacterium）等为主；2）黄羽肉鸡种蛋卵黄微生物区系在不同孵化阶段的Alpha多样性中Chao1指数（P=0.027）和Shannan指数（P=0.043）出现显著差异。随着孵化时间的推移，卵黄微生物区系趋于稳定，同时卵黄中阿克曼氏菌属（Akkermansia）相对丰度不断提高，在E07、E11、E15和E19分别为0.53%、0.84%、1.43%和3.10%。卵黄微生物区系在属水平上主要包括嗜糖假单胞菌属（Pelomonas），罗尔斯通菌属（Ralstonia）、水杆菌属（Aquabacterium）等；3）黄羽肉鸡种蛋卵黄微生物功能主要包括碳水化合物代谢、氨基酸代谢、脂类代谢、辅助因子和维生素代谢等；4）黄羽肉鸡种蛋卵黄微生物区系和胚胎肠道微生物区系在门水平上均以变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、疣微菌门（Verrucomicrobia）为主，在属水平上均以嗜糖假单胞菌属（Pelomonas）、罗尔斯通菌属（Ralstonia）、水杆菌属（Aquabacterium）、阿克曼氏菌属（Akkermansia）为主。【结论】黄羽肉鸡种蛋卵黄中含有丰富的微生物种群，其对卵黄营养物质吸收代谢及胚胎肠道早期微生物区系的建立有重要作用。