【目的】探明转地放蜂过程中常见蜜蜂病毒和寄生虫的流行规律,及不同地区工蜂肠道中两种主要共生菌Gilliamella apicola和Snodgrassella alvi的变化情况。【方法】在转地放蜂过程中,对同一意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica)蜂场的固定蜂群连续取样,采用RT-PCR方法检测蜂群中病毒和寄生虫的感染情况,使用SPSS 17.0软件对不同地区、不同季节样本的病毒和寄生虫感染率进行卡方检验。以蜜蜂β-actin为内参基因,对不同地区样本中的共生菌G.apicola

为探讨不同代次雄性ICR小鼠生长发育与其肠道微生物的关系，本研究通过对16SrRNA基因V3～V4区测序，分析F0到F3代雄性ICR小鼠肠道菌群多样性和菌种组成。结果显示：1）从F0到F3代，组间微生物的Alpha多样性中的Chao1指数，Observed-species指数和香侬指数（Shannon）指数随代次积累显著降低（P0.05）。2）从F0到F3代的优势菌门均为厚壁菌门（Firmicutes）(F0、F1、F2和F3丰度分别为83.3%、79.0%、81.8%和90.3%)和拟杆菌门（Bacteroides）(F0、F1、F2和F3丰度分别为6.0%、5.1%、4.0%和3.2%)。3)F0,F1和F2代三组的优势菌属均为乳酸菌属（Lactobacillus）(F0、F1和F2丰度分别为83.1%、62.8%和38.2%)，但F3代的一些未确认分类的菌属占比较高，丰度约为45.3%；从F0到F3代在属水平上微生物组成上存在显著差异（P<0.05），各组的乳酸菌属丰度随代次的积累显著降低（P<0.05）。4）对差异菌属进行了KEGG差异代谢通路预测，发现乙醛酸盐代谢、胰岛素信号通路、苯丙氨酸，色氨酸和酪氨酸生物合成途径，萜类化合物生物合成途径，肽聚糖生物合成和糖酵解糖异生作用在F3代中显著降低，表明F3代氨基酸合成、糖类代谢等多条基础代谢通路受损。综上，本研究基于微生物16SrRNA测序技术对ICR小鼠传代后肠道菌群变化进行了一系列分析和功能预测，发现微生物多样性发生改变，F0至F2代优势菌门未发生明显变化，但在F3代出现了较多的为确认分类菌属，并且在属水平上各组的乳酸菌属丰度随代次的积累显著降低，F3代氨基酸合成、糖类代谢等多条基础代谢通路受到影响。本研究有助于从肠道微生物与宿主间的相互作用角度解释ICR雄性小鼠传代后出现的体重偏低等现象产生的原因。

为探究不同温度下中华绒螯蟹(Eriocheirsinensis)肠道微生物与生长间的关系，通过16S rRNA高通量测序研究四个温度下（26 ℃、29 ℃、32 ℃、35 ℃）中华绒螯蟹的生长及肠道菌群的组成差异。结果表明：四个水温组的中华绒螯蟹蜕壳次数分别为2、2、2、1；成活率分别为82.81%、84.38%、87.50%、25.00%；平均蜕壳间隔随水温升高而逐渐缩短；蜕壳增重率随水温升高先升后降；四个水温组的肥满度不存在显著性差异（P > 0.05）。肠道菌群的测序结果表明：四个水温组分别获得了929、744、680、518个代表性的菌群运算分类单元（OTU）；α多样性结果显示肠道微生物丰度及多样性随水温升高而降低；β多样性结果显示四个水温组的肠道微生物菌群组成差异显著（P< 0.05）。在门水平，四个水温组的肠道优势菌群均为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidota）和变形菌门（Proteobacteria），三者占整个中华绒螯蟹肠道菌群的96.26%；26 ℃水温组的髌骨菌门（Patescibacteria）（0.92%）和疣微菌门（Verrucomicrobia）（0.35%）、29 ℃水温组的厚壁菌门（58.04%）和放线菌门（Actinobacteriota）（3.44%）、32 ℃水温组的拟杆菌门（41.84%）在各自肠道微生物中丰度显著高于其他水温组（P< 0.05）；在属水平，26℃水温组的芽孢杆菌属（Gemmobacter）（3.55%）、29 ℃水温组的柠檬酸杆菌属（Citrobacter）（3.56%）、32 ℃水温组的布拉格菌属（Pragia）（8.47%）、35 ℃水温组的假单胞菌属（Psuedomonas）（8.77%）在各自肠道微生物中丰度显著高于其他水温组（P< 0.05）。本研究结果综合表明：中华绒螯蟹在30 ℃左右时生长最好，肠道微生物多样性和丰度均随着水温的升高而下降，高温会导致弯曲杆菌（Campilobacterota）和疟疾杆菌属（Malaciobacter）等有害菌群增加，影响中华绒螯蟹的蜕壳和生长。

在不用药物、不接种疫苗的条件下,于饮水中添加0(CK),0.5%,1.0%和1.5%的以壳聚糖为培养底物研制的壳聚糖饲用微生物制剂饲喂湘黄鸡,探讨其对湘黄鸡免疫指标和肠道菌群的影响效果.结果表明,试验组脾脏指数有上升趋势(P<0.25),法氏囊指数和胸腺指数显著提高(P<0.05);试验组血液中IgG含量呈上升趋势(P<0.25),T3,T4和IgA含量也显著提高(P<0.05或P<0.01);试验组盲肠中大肠杆菌显著减少,而乳酸杆菌显著增加(P<0.01).同时在日增重和育成率上,试验组提高率达9.31%(P<0.01)和7.01%(P<0.05),表明该制剂通过促进免疫器官发育,增强T3,...

中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)繁育亲蟹规格及其子代的生产性能是其产业上的热点问题。本研究应用个体生长测定法和代谢组学技术，研究了当前生产上3种主要育苗亲蟹规格（母本200～250g，父本300～350g；母本250～300g，父本350～400g；母本300g以上，父本400g以上）繁殖子代（规格A、规格B和规格C）的蜕壳与生长特性、肠道微生物菌群和肝胰腺代谢物的组成差异。结果发现：在2次个体蜕壳与生长测定中，规格C的生长性能优于其他两种规格，但3种规格子代相互间的蜕壳增重率、蜕壳间隔、肥满度、肝胰腺指数和肌肉指数均不存在显著差异。肠道菌群结果表明：α多样性指数均显示规格A低于其他两种规格，但3规格相互间无显著差异，而主坐标分析（PCoA）显示3种规格肠道菌群在属水平上存在显著差异。肝胰腺的代谢组学分析显示，规格A与B间共有100种差异代谢物，规格B与C间共有77种差异代谢物，规格A与C间共有79种差异代谢物。对差异肠道菌群和差异代谢物进行Pearson相关性分析发现：规格A的代谢物生物喋呤与副梭菌属呈显著正相关；规格B的代谢物N-乙酰-D-甘露糖胺分别与硝基螺菌门、硝化螺菌属呈显著负相关；规格C的代谢物四氢二吡啶甲酸盐与乳酸菌属呈显著负相关。本研究结果初步表明：不同亲蟹规格子代在生长性能、肠道微生物菌群和肝胰腺代谢物组成方面表现出一定差异。

【目的】研究黄羽肉鸡种蛋孵化过程中卵黄微生物区系的动态变化和功能，及卵黄微生物对肉鸡胚胎肠道早期微生物定殖的影响。【方法】选取35周龄黄羽肉鸡种蛋100枚，放置在全自动孵化箱中孵化。种蛋入孵前对孵化箱进行清洁消毒，检查内部通风系统和湿度控制系统是否正常工作。孵化温度控制在（37.5±1）℃，湿度控制在（60±10）%。在种蛋孵化的第7、11、15和19天随机选取6枚种蛋在无菌操作台中剥去蛋壳及尿囊膜，使胚胎露出卵黄囊后通过无菌注射器刺入，收集卵黄样品。在孵化的第19和21天在超净工作台中使用经灭菌的手术刀和镊子解剖鸡胚，切开鸡胚腹部后收集胚胎中全肠道样品。样品采集后迅速放入液氮中速冻，随后转入-80℃冰箱中保存待测。对卵黄微生物进行DNA提取，并进行16s rDNA测序和序列分析。【结果】1）黄羽肉鸡种蛋卵黄中存在丰富的微生物区系，共注释到4 305个OTU(operational taxonomical unit)，在不同孵化时间点卵黄和胚胎肠道中微生物共具有18个门（Phylum）,34个纲（Class）,53个目（Order）,89个科（Family）,126个属（Genus）。门水平上主要包括变形菌门（Proteobactreia）、厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、疣微菌门（Verrucomicrobia）等，属水平上以嗜糖假单胞菌属（Pelomonas）、罗尔斯通菌属（Ralstonia）、水杆菌属（Aquabacterium）、粪杆菌属（Faecalibacterium）等为主；2）黄羽肉鸡种蛋卵黄微生物区系在不同孵化阶段的Alpha多样性中Chao1指数（P=0.027）和Shannan指数（P=0.043）出现显著差异。随着孵化时间的推移，卵黄微生物区系趋于稳定，同时卵黄中阿克曼氏菌属（Akkermansia）相对丰度不断提高，在E07、E11、E15和E19分别为0.53%、0.84%、1.43%和3.10%。卵黄微生物区系在属水平上主要包括嗜糖假单胞菌属（Pelomonas），罗尔斯通菌属（Ralstonia）、水杆菌属（Aquabacterium）等；3）黄羽肉鸡种蛋卵黄微生物功能主要包括碳水化合物代谢、氨基酸代谢、脂类代谢、辅助因子和维生素代谢等；4）黄羽肉鸡种蛋卵黄微生物区系和胚胎肠道微生物区系在门水平上均以变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、疣微菌门（Verrucomicrobia）为主，在属水平上均以嗜糖假单胞菌属（Pelomonas）、罗尔斯通菌属（Ralstonia）、水杆菌属（Aquabacterium）、阿克曼氏菌属（Akkermansia）为主。【结论】黄羽肉鸡种蛋卵黄中含有丰富的微生物种群，其对卵黄营养物质吸收代谢及胚胎肠道早期微生物区系的建立有重要作用。

对草鱼(Ctenopharyngodon idellus)先饲喂人工饲料再饲喂苏丹草,运用PCR-DGGE的方法,比较了食物改变引起的草鱼肠道微生物菌群结构的变化过程。结果显示,饲喂同种饲料的草鱼后肠与前、中肠样品间菌群结构存在显著差异(TH0-F0=-2.268,P<0.05),饲喂不同种食物的相同肠段样品间菌群结构也存在着显著差异(P

针对马里亚纳海沟、玛索海沟、新不列颠海沟东部、新不列颠海沟中部等4个采样点的3种钩虾共120个样品,利用16S rRNA-RFLP分析方法对不同样品间的微生物组成进行研究,并比较了4个采样点的细菌群落结构多样性。结果表明:4个采样点钩虾肠道的微生物多样性有着显著差别。马里亚纳海沟Hirondellea gigas钩虾肠道细菌的优势菌群为嗜冷单胞菌属(Psychromonas sp.)和Uncultured bacterium,分别占37.05%和18.52%。玛索海沟Bathycallisoma(syn.Scopelocheirus)schellenbergi钩虾肠道细菌的优势菌群为Uncultured Mollicutes bacterium和Uncultured deep-sea bacterium,分别占62.5%和25%。新不列颠海沟东部Alicella gigantean钩虾肠道细菌的优势菌群为Uncultured Mollicutes bacterium和Uncultured Mycoplasmataceae bacterium,含量分别占到50%和44.44%。新不列颠中部的A.gigantean钩虾肠道细菌的优势菌群为Psychromonas sp.、Uncultured Mollicutes bacterium、Uncultured Mycoplasmataceae bacterium和Uncultured bacterium,含量分别为39.29%、32.14%、14.29%和10.71%。Uncultured Mollicutes bacterium在玛索海沟S.schellenbergi肠道内占了62.5%,在新不列颠海沟东部A.gigantean肠道内的含量为50%,在新不列颠海沟中部A.gigantean肠道内含量为32.14%,而在马里亚纳海沟H.gigas肠道中仅占3.7%。由此可见,4个采样点3种钩虾肠道内微生物多样性丰富、且存在较大的差异,马里亚纳海沟H.gigas肠道内微生物物种最丰富、且种群结构最复杂,玛索海沟S.schellenbergi钩虾和新不列颠海沟A.gigantean钩虾次之。

用致泻剂番泻叶建立小鼠腹泻模型,研究茯砖茶水提物高、中、低剂量(分别为210、105、52.5 mg/mL对肠道大肠杆菌、肠球菌、双歧杆菌、乳杆菌数量及肠道状况的影响。结果显示:高、中剂量茯砖茶能促进肠道有益微生物的生长,抑制有害微生物增殖,对抗番泻叶所致的肠道微生物紊乱,其中对乳杆菌增殖的影响最为显著,预防组高、中、低剂量可促进乳杆菌繁殖,试验第7天比试验开始前的数量对数值分别增加3.309 0、3.237 3、2.690 5,且呈剂量依懒关系;治疗组高剂量可促进乳杆菌的增殖,试验第11天的数量对数值比试验第7天的增加3.541 9,比阳性药小檗碱促进乳杆菌增殖的效果(对数值增加1.466 ...

为了解硝化型和光合自养型生物絮团对于泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)的养殖效果,设置清水组(CW组)、硝化组(BFT组)和光合自养组(ABFT组)生物絮团养殖泥鳅45 d,比较泥鳅的生长和消化酶活性、两类絮团的营养组成情况,以及养殖水体和泥鳅肠道微生物的群落结构。结果显示,BFT组和ABFT组的饲料转化率、特定生长率和末均重没有显著性差异(P>0.05)。与CW组相比,两实验组的饲料转化率显著降低;BFT组的终末密度与CW组相比没有显著性差异(P>0.05)。与CW组相比,BFT组和ABFT组生物絮团可以提供(36.69±1.17)%和(40.20±1.05)%的粗蛋白;与BFT组相比,ABFT组的生物絮团粗脂肪含量显著提高(P<0.05),并且促进脂肪酸由饱和向不饱和转化。ABFT的泥鳅胰蛋白酶和脂肪酶的活性显著高于另外两组(P<0.05)。微生物群落分析表明,添加藻类对成熟生物絮团Alpha多样性指数、群落门水平和属水平没有显著影响。泥鳅摄食生物絮团会导致肠道菌群sobs指数显著降低。BFT组肠道的优势菌群为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteriota)和绿弯菌门(Chloroflexi);ABFT组为变形菌门和蓝藻门(Cyanobacteria)。属水平上,ABFT组检测到高水平的气单胞菌属(Aeromonas)。本研究表明,硝化型和光合自养型生物絮团养殖均适合作为泥鳅绿色健康养殖的新模式。

[目的]本试验旨在研究植物乳杆菌制剂对苏淮断奶仔猪肠道黏膜营养素转运体、紧密连接蛋白相关基因表达量、微生物菌群数量、短链脂肪酸及乳酸含量的影响。[方法]选取胎次和体质量(9.34 kg)相近的28日龄健康苏淮断奶仔猪144头,按饲喂日粮随机分为对照组(基础日粮)、抗生素组(基础日粮+抗生素)、植物乳杆菌制剂组(基础日粮+植物乳杆菌制剂),每组6个重复,每个重复8头仔猪。预饲期3 d,仔猪32日龄开始试验,59日龄试验结束时屠宰采样。采集十二指肠、空肠、回肠组织及黏膜样品分别用于黏膜营养素转运体和紧密连接蛋白相关基因表达量分析;分别收集盲肠和结肠食糜,测定短链脂肪酸和乳酸含量,RT-qPCR分析微生物菌群数量。[结果]与对照组相比,植物乳杆菌制剂组可显著上调十二指肠PepT1、空肠SGLT-1和PepT1以及回肠SGLT-1基因的相对表达量(P0.05);与对照组和抗生素组相比,植物乳杆菌制剂组可显著上调十二指肠Occludin、空肠和回肠Occludin和ZO-1基因的相对表达量(P0.05);与对照组相比,植物乳杆菌制剂组可显著增加盲肠丁酸、结肠丁酸和乳酸的含量(P0.05);显著减少大肠杆菌数量(P<0.05),显著增加结肠乳酸杆菌和梭菌ⅩⅣa群的数量(P<0.05);相较于抗生素组,植物乳杆菌制剂可显著提高盲肠乳酸、结肠乳酸和丁酸含量以及盲肠和结肠中乳酸杆菌的数量(P<0.05)。[结论]仔猪断奶时饲喂植物乳杆菌制剂可调节肠道黏膜营养素转运体及紧密连接蛋白相关基因表达量,提高短链脂肪酸和乳酸含量,促进肠道有益菌如乳酸杆菌、梭菌ⅩⅣa群的增殖,减少病原菌如大肠杆菌数量,从而促进肠道健康,缓解断奶应激。

[目的]研究流感感染小鼠使用抗生素后肠道微生物、代谢物及肠道紧密连接蛋白的变化。[方法]30只雄性BALB/c小鼠随机分为3组：对照组、感染组和抗生素组。感染组和抗生素组同时感染流感病毒，抗生素组感染1 d后饮水中添加组合抗生素，3组小鼠感染9 d后取样。16S rRNA基因测序进行微生物组学分析；气相色谱-飞行时间质谱(GC-TOF/MS)进行代谢组学分析；免疫组化法和免疫印迹法进行结肠紧密连接蛋白的分析。[结果]感染组微生物多样性指数、细菌丰度和代谢物主成分分析(PCA)与对照组无显著差异。与感染组相比，抗生素组微生物多样性指数(Chao1，Shannon，Simpson)均显著下降(P<0.01)。拟杆菌门和变形菌门显著增加(P<0.01)，厚壁菌门显著减少(P<0.001)。抗生素组与对照组在PCA中完全分离，有机酸代谢与筛选差异出的微生物具有较强相关性。感染组和抗生素组紧密连接蛋白(Claudin-1，Occludin)的表达均显著减少(P<0.01)，抗生素组Claudin-1的表达与感染组相比显著减少(P<0.001)。[结论]抗生素降低肠道微生物的多样性，增加致病菌的侵入，减少有益菌的繁殖，加剧流感诱导的肠道菌群失调，减少有机酸的产生，导致更严重的肠道屏障功能损伤。

为构建稻螺生态综合种养模式，本研究分析同一生境下不同发育阶段中国圆田螺（Cipangopaludina chinensis）肠道微生物差异，并将其与底泥微生物进行比较研究。实验利用Ion S5^TMXL平台对16S rRNA扩增子进行测序，比较研究成年和幼年螺肠道菌群及其功能。结果显示：底泥中微生物多样性显著高于螺肠道菌群，同时幼螺肠道菌群多样性也显著高于成螺。在所有样品中共鉴定出51门243属，其中拟杆菌门（Bacteroidetes, 48.95%）、变形杆菌门（Proteobacteria, 20.37%）和厚壁菌门（Firmicutes, 7.94%）占据主导地位。指示物种分析发现幼螺肠道中苔藓杆菌属（Bryobacter）、互养菌属（Syntrophus）、酸杆菌属（Acidibacter）、硝化螺旋菌属（Nitrospira）、玫瑰单胞菌属（Roseomonas） 5种菌群丰度显著高于成螺，而这些菌群均与蛋白质、氨基酸等能源物质代谢相关，暗示着幼螺时期所需的能源物质更多，消化代谢能力更强。功能预测结果显示螺肠道中的糖代谢、氨基酸代谢、能量代谢、辅助因子和维生素代谢等功能菌群丰度极显著高于底泥，但是成年和幼年中国圆田螺肠道菌群功能未出现差异，表明在肠道与底泥不同生境下菌群所发挥功能具有一定的偏好性，而同一环境中田螺肠道菌群功能较为一致。综上，螺肠道和底泥的微生物丰度不同，但二者微生物群落组成相似，说明田螺肠道微生物组成的变化与同一生态系统中的底泥密切相关；同时田螺在生长发育过程中肠道菌群组成及其功能较为一致，但处于生长快速阶段的幼螺对能源物质的代谢能力强，为此在养殖过程中应给予幼螺充足营养，适当提高饲料中脂肪、蛋白等能源物质的比例，满足田螺快速生长的能量需求。

为探讨日粮中高糖高脂对团头鲂肝脏及肠道微生物菌群组成的影响,分别采用组织学方法和16S rRNA宏基因组测序的方法对其进行研究。结果显示,高糖高脂连续饲喂8周后,团头鲂肝细胞呈不规则排列,肝细胞空泡化及细胞核偏移。试验构建了6个测序文库,获得了175 820条高质量序列和588个OTUs。在门水平上,试验组(高糖高脂)和对照组鱼肠道微生物菌群中,相对丰度最高的前4种分别为梭杆菌门(Fusobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和变形菌门(Proteobacteria),其中试验组的梭杆菌门和变形菌门的相对丰度高于对照组,而厚壁菌门和拟杆菌门低于对照组。在属水平上,各组主要菌群相对丰度也有所不同,其中试验组Clostridium、Romboutsia和Macellibacteroides的相对丰度高于对照组,分别是对照组的2、6和2倍,而Porphyromonadaceae和Aeromonas相对丰度低于试验组。核心菌群和特有菌群分析发现,对照组和试验组共有OTUs为82个,试验组特有OTUs为26个,主要菌门为变形菌门(57.69%)、酸杆菌门(Acidobacteria)(11.54%)和厚壁菌门(11.54%)。这些研究结果表明,高糖高脂饲料投喂团头鲂8周后,对团头鲂肝脏组织产生明显损伤,并对其肠道内容物微生物的菌群组成与结构产生影响,引起肠道菌群失调,进而可能对宿主的健康产生影响。

从鳜（Ｓｉｎｉｐｅｒｃａ ｃｈｕａｔＳｉ）出膜仔鱼阶段开始向养殖水体添加５×１０～７ｃＦｕ／Ｌ的嗜酸小球菌（ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕＳ ａｃｉｄｉＬａｃｔｉｃｉ），利用ｐｃｒ－ｄＧＧｅ技术对鳜受精卵、出膜仔鱼、仔稚鱼和其开口饵料白鲢仔稚鱼的肠道微生物群落结构组成和多样性进行了分析。ｄＧＧｅ图谱的条带克隆测序结果显示，组成鳜鱼苗各阶段的细菌主要隶属于α－变形菌纲（ａＬｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、β－变形菌纲（ｂｅｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、γ－变形菌纲（Ｇａｍｍａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、异常球菌纲（ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ）、黄杆菌纲（ＦＬａｖｏｂａｃｔｅｒｉａ）。其中黄杆菌属．．．