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[期刊] 渔业科学进展
[作者]
赵玉然 尹伟力 谭乐义 李诺 岳志芹 房保海 王宫璞
依据对虾黄头病毒（Ｙｅｌｌｏｗ ｈｅａｄ ｖｉｒｕｓ，Ｙｈｖ）的非结构蛋白Ｎ基因序列，设计特异的锁式探针（Ｐａｄｌｏｃｋ Ｐｒｏｂｅ，ＰｌＰ）、检测探针及引物，建立Ｙｈｖ超分支滚环扩增（ｈＹＰｅｒ－ｂｒａＮｃｈｅｄ ｒｏｌｌｉＮｇ ｃｉｒｃｌｅ ａｍＰｌｉｆｉｃａｔｉｏＮ，ｈｒｃａ）检测试纸。灵敏度实验显示，Ｙｈｖ ｈｒｃａ检测试纸能检测出的最低模板量为１０～１拷贝，是ｒｔ－Ｐｃｒ灵敏度的１００倍。特异性实验结果表明，该试纸能够特异性地对Ｙｈｖ进行检测。利用该检测试纸对进出口８０批次虾样本进行检测，并将检测结果与常规ｒｔ－Ｐｃｒ相比较，结果显示，Ｙｈｖ ｈｒｃａ检测试纸灵敏度方面优于常规ｒｔ－．．．
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王勤涛 张庆利 杨昊霖 刘天齐 刘笋 杨冰 黄倢
根据对虾肝胰腺细小病毒(HPV)保守基因序列,设计特异性的锁式探针及其扩增引物,优化反应条件,建立了肝胰腺细小病毒超分支滚环扩增检测方法。实验中采用一步法连接,探针在Taq DNA连接酶作用下,58℃连接40 min、62℃扩增30 min便可以扩增出明显条带。反应特异性验证实验表明,该体系能够特异性地检测出HPV,而不与供试的其他对虾病原发生交叉反应;灵敏度分析结果显示该方法的检测极限为105 copies/μl,与PCR检测方法相比,一步法连接的滚环扩增的灵敏度低两个数量级。该方法反应过程中温度变化次数少,基本都在等温条件下进行,不需要PCR仪,可发展成为在简便实验条件下使用的简易检测方法...
关键词：
对虾 肝胰腺细小病毒 检测 滚环扩增
[期刊] 中国农业科学
[作者]
蔡俊 殷幼平 葛建军 陈洪俊 黄冠军 张雯迪 王中康
【目的】建立小麦矮腥黑穗病菌(Tilletia controversa Kühn,TCK)的超分支滚环扩增(hyper-branched rolling cycle amplification,HRCA)检测体系,为小麦矮腥黑穗病的鉴定以及早期诊断提供了一种新的稳定、可靠的检测技术。【方法】锁式探针包含一个公共连接序列和在探针两端与靶DNA序列互补的2个序列。根据TCK的差异序列设计锁式探针两端序列,以此为基础建立了TCK超分支滚环扩增反应体系。以优化的HRCA反应条件为基础,确定检测体系的特异性和灵敏度。比较HRCA体系和常规PCR体系的性能,并利用这2种体系对来自中国出入检验检疫局截获的5...
[期刊] 水产学报
[作者]
潘莹 杨家辉 彭发永 黄友华 秦启伟 黄晓红
为建立一种快速灵敏、可视化的适用于临床样品检测新加坡石斑鱼虹彩病毒(Singapore grouper iridovirus,SGIV)的方法，本研究针对SGIV特异基因ORF014L序列设计特异性引物及探针，建立重组酶聚合酶扩增(recombinase polymerase amplification,RPA)技术及结合侧流层析试纸条(lateral flow dipstick,LFD)(RPA-LFD)的SGIV检测技术。RPA反应使用10μmol/L的引物浓度，在40.1°C恒温反应20 min即可完成特异性病毒的检测，最低检测限为10~2个/μL标准质粒。RPA-LFD反应在42°C恒温反应8 min可将检测结果通过试纸条可视化呈现，最低检测限为10~1个/μL标准质粒，且不与其他常见水生动物病原发生交叉反应，临床样品检测结果也与PCR检测结果一致。RPA、RPA-LFD均能特异性检测SGIV，两者的检测限均比常规PCR灵敏。RPA-LFD法具有快捷简单、结果可视化的特点，在临床应用具有较好的应用前景。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
翟立文 刘文枝 许晨 范玉顶 江南 周勇 曾令兵
本研究针对鲤浮肿病病毒(carp edema virus, CEV)基因组核蛋白编码基因P4a的序列,设计2对特异性引物,以克隆构建的重组质粒为标准模板,通过优化反应体系中引物浓度组合、Mg~(2+)浓度、dNTPs浓度、反应温度和扩增时间等参数,建立了CEV环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)检测方法。结果表明,CEV-LAMP方法的最佳反应温度为62℃,引物浓度组合为引物F3/B3 0.2μmol/L,引物FIP/BIP 1.2μmol/L, Betaine0.7 mol/L, Mg~(2+) 8.0 mmol/L, dNTPs 1.2 mmol/L,反应时间60 min。反应产物经凝胶电泳呈现梯型条带,添加SYBR Green I荧光染料后,呈现明显的绿色阳性反应。CEV-LAMP法灵敏度高,最低检测限为10 copies/μL,较常规PCR法灵敏度高100倍; CEV-LAMP法特异性强,与锦鲤疱疹病毒(KHV)、鲤疱疹病毒Ⅱ型(CyHV-2)、鳜传染性脾肾坏死病毒(ISKNV)及鲤春病毒血症病毒(SVCV)无交叉反应。CEV-LAMP应用于患病鲤样本检测结果准确,简便快速,可为鲤浮肿病的现场诊断与防控提供技术支撑。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘佳 黄丛林 吴忠义 张秀海 王永勤
【目的】环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)是一种特异、灵敏、快速的新型基因检测技术。本研究拟用该技术建立菊花中番茄不孕病毒(TAV)的检测方法。【方法】设计能识别TAV CP序列6个特定区域的4种LAMP特异引物,对MgCl2、dNTPs、甜菜碱等LAMP反应条件进行优化,利用新建的LAMP法检测TAV,比较LAMP和RT-PCR2种不同方法的检测灵敏度。【结果】建立了检测番茄不孕病毒的LAMP技术;LAMP比RT-PCR具有灵敏度更高、快速、简便等优点。【结论】建立的LAMP技术能快速、准确、简便地检测出菊花中的番茄不孕病...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李琼 岳志芹 凌宗帅 刘荭 梁成珠 陈晓 陈昌福
根据淋巴囊肿病毒的主要衣壳蛋白(major capsid protein,MCP)基因保守序列,利用PrimerExplorer 3软件设计了5条引物,对LAMP反应温度和反应时间等参数进行了优化。与流行性造血器官坏死病毒、虎纹蛙病毒、蛙虹彩病毒、新加坡石斑虹彩病毒、鳜传染性脾肾坏死病毒、真鲷虹彩病毒等其它虹彩病毒及对虾白斑综合症病毒都没有交叉反应。将LAMP检测方法与常规PCR进行灵敏度的比较分析,结果显示LAMP的检测灵敏度约为15 fg,比常规PCR灵敏度高一个数量级。该方法检测时间短,在1 h内即可完成检测。用建立的LAMP方法对临床鱼样进行了检测,结果表明12尾外观有淋巴囊肿病症状的...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
孙颖杰 岳志芹 刘荭 赵玉然 史秀杰 梁成珠 吴斌 李叶 王哲
建立了牙鲆弹状病毒的环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)检测方法,首先根据牙鲆弹状病毒的糖蛋白的基因保守序列,利用Primer Explorer V3软件设计了6条引物,并对LAMP反应温度和反应时间等条件进行了优化。该方法的检测限为30fgRNA,比常规RT-PCR灵敏度高100倍,与鲤春血症病毒、传染性胰脏坏死病毒、传染性造血器官坏死病毒、海洋双RNA病毒、病毒性出血败血症病毒以及病毒性神经坏死病毒等没有交叉反应。该方法检测时间短,在1h内即可完成检测。用建立的LAMP方法对临床鱼样进行了检测,结果表明40尾石鲽鱼样品中有...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
何亚鹏 陈怡静 时晓 张宝莉 温战华 陈春山 李博 杜迎春
实验建立了一套反转录环介导等温扩增方法(reverse transcription loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP),用于实验室及现场检测鲑鳟鱼传染性造血器官坏死病毒(infectious haematopoietic necrosis virus,IHNV)。针对IHNV的核蛋白基因设计特异性引物,以IHNV基因组RNA为模板,在反转录酶及Bst DNA聚合酶的作用下进行反转录LAMP,结果阳性样本表现为荧光绿色,阴性样本仍为红棕色。反应条件优化结果表明最适反应温度为64℃;特异性试验表明仅IHNV发生特异性扩增,而SVCV、HRV、VHSV和H_2O均不发生反应;敏感性试验表明该LAMP方法可检出浓度为1.0×10~(-4)μg/μL的IHNV核酸。本研究所建立的IHNV反转录LAMP检测法成本低、操作简单、反应迅速、不依赖专门的仪器,同时具有较高的灵敏度和特异性,适合IHNV的现场检测和大批量样品的检疫。
[期刊] 水产学报
[作者]
何琳 徐海圣 王美珍 戎华南
根据对虾白斑综合征病毒(WSSV)囊膜蛋白VP28基因保守序列,利用Primer Explorerv 4.0软件设计了4条引物,建立了白斑综合征病毒环介导等温扩增快速检测方法,对反应温度和反应时间等参数进行了优化,同时将建立的LAMP检测方法与巢式PCR进行了比较分析。结果表明,LAMP最适反应在64℃恒温条件60min内完成,凝胶电泳呈现梯型条带;反应体系中添加SYBR Green I荧光染料后,绿色的阳性结果明显区别于橙色阴性结果。LAMP方法的最低检出限为100拷贝/μL,灵敏度较巢式PCR高100倍,而且LAMP方法在1h内即可完成检测,操作简单,无需复杂仪器,肉眼可直接观察检测结果。...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张金凤 曾令兵 张辉 周勇 肖艺 苏岚 高正勇
根据草鱼呼肠孤病毒(grass carp reovirus,GCRV)衣壳蛋白VP6编码基因的序列设计特异性引物,以病毒全基因组RNA为模板,通过对反应条件进行优化,建立了GCRV的逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)检测方法。检测结果表明,本方法可在63℃下1 h内实现靶片段的大量扩增,扩增产物经凝胶电泳呈现梯型条带,反应体系中添加SYBR Green I荧光染料后,绿色阳性结果明显区别于橙色阴性结果。该检测体系针对草鱼呼肠孤病毒的检测灵敏度高,其最低检测限为33 pg,与常规RT-PCR方法相比较,灵敏度高10倍,且与斑点叉尾鮰呼肠孤病毒(CCRV)、鲤春病毒血症病毒(SVCV)、锦鲤疱...
[期刊] 水产学报
[作者]
李聪慧 徐进 刘文枝 周勇 曾令兵
为建立一种操作简单、结果准确可靠、结果判定直观、成本低廉的现场快速检测方法,为锦鲤疱疹病毒(Koi herpes virus,KHV)疾病的防控提供技术支撑,根据KHV保守的DNA聚合酶(DNA polymerase,Sph)基因,设计一组单交叉扩增引物,以构建的Sph基因重组质粒作为标准DNA模板,采用单交叉引物等温扩增技术(single cross priming amplification,SCPA)进行扩增,优化反应体系的引物浓度组合、Mg2+浓度、d NTPs浓度、反应温度和时间,并结合核酸试纸条技术(nucleic acid test strip detection method)...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
张旻 王娜 景宏丽 吴绍强
为提高草鱼呼肠孤病毒(grass carp reovirus,GCRV)的检测效率,根据GCRV-873株VP5基因片段,设计了2对特异性引物,建立了检测GCRV-873株的逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)检测方法。结果显示:该方法使用25μL反应体系,经优化后的反应温度为65℃,反应时间1 h,检测限可达10个拷贝数的病毒核酸,比传统的RT-PCR方法要高10倍。且不与鲤春病毒、传染性造血器官坏死病病毒、传染性胰脏坏死病毒和病毒性出血性败血症病毒RNA产生交叉反应。在反应体系中加入染料后,反应结果肉眼直接可见,是一种特异性强、方便快捷的检测方法,适合GCRV-873株的现场初筛和核酸检测工作。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘飞 张宝存 张晓华 黄倢
本研究针对养殖对虾6种病毒,包括白斑综合征病毒(WSSV)、传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)、肝胰腺细小病毒(HPV)、桃拉综合征病毒(TSV)、对虾杆状病毒(BP)和传染性肌肉坏死病毒(IMNV),选择各自的基因分别设计特异性引物和探针,首先进行了单一病毒的PCR验证,在此基础上建立了同时特异性检测6种对虾病毒的多重PCR检测体系。对反应条件进行优化并进行特异性和灵敏度的验证。50μl反应体系,Mg2+的最佳浓度为5mmol/L,ExTaq酶最佳用量为3.75U,反应程序中最佳退火温度为55.5℃。6种病毒之间以及与对虾基因组都存在很好的特异性。最终经试验验证,该系统的检测灵敏度对...
[期刊] 水产学报
[作者]
常青山 包振民 潘洁 王伟继 郭福生 龚振华
:以海捕中国对虾为材料 ,利用多聚酶链反应 (PCR)技术和核酸探针技术 ,对从中国对虾杆状病毒核酸随机文库中筛选的 4个片段 (大小分别为 80 0 ,1 1 0 0 ,1 5 0 0 ,2 5 0 0bp)用地高辛标记作为探针 ,进行斑点杂交 ,检测对虾杆状病毒。结果表明海捕中国对虾的鳃、中肠、肝胰腺、卵巢等组织检测为阳性 ,肌肉组织为阴性。实验表明中国对虾杆状病毒存在垂直传播的可能性
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