为研究赤点石斑鱼Toll样受体(TLRs)的进化、分布及表达模式，本实验基于已公开的赤点石斑鱼基因组和转录组数据，利用Blast、系统进化与共线性等生物信息学方法，分析赤点石斑鱼TLRs基因家族的系统进化、染色体分布及在各组织中的表达模式。结果显示，在赤点石斑鱼中共鉴定出17个TLR基因，这些基因分属于5个亚家族(TLR1、TLR3、TLR5、TLR7和TLR11)，分别分布在24条染色体中的11条染色体上；17个TLR基因在赤点石斑鱼不同组织中具有不同的表达模式，然而，位于相同染色体上的TLR基因的不同拷贝则存在相似的表达模式。其中EaTLR18-1与EaTLR18-2均位于9号染色体上，二者的表达模式高度相似，均在心脏中高表达；同位于20号染色体上的EaTLR2-1a与EaTLR2-1b的表达模式也高度相似，均在脑中高表达；EaTLR5M与EaTLR5S同位于14号染色体上，二者不仅具有高度相似的LRR结构域，且在不同组织中的表达水平也高度相似；而位于18号染色体的EaTLR7与EaTLR8和位于4号染色体的EaTLR2-2与EaTLR3，其表达模式却存在明显差异。研究结果可为鱼类Toll样受体系统进化分析提供参考数据，也为进一步研究赤点石斑鱼Toll样受体基因的功能奠定基础。

以简并引物通过RT-PCR从重要经济海水鱼类棕点石斑鱼Epinephelus fuscoguttatus白细胞中扩增出一条388bp具有完整编码框的cDNA序列。Blast分析初步显示,该序列属于鱼类抗菌肽Piscidin家族的一员,将其命名为棕点石斑鱼Piscidin样肽(GU592793),推导氨基酸序列具有界定鱼类Piscidin的以下共同特征:(1)预测的信号肽序列与其他Piscidin的同源性较高,在60%~95%之间;(2)推测的成熟肽N端6个氨基酸残基富含Phe、Ile及His;(3)成熟肽第8个和第13个氨基酸位点均为Gly。NJ进化树分析表明,该cDNA推导的氨基酸序列与赤点...

缢蛏(Sinonovacula constricta)是我国传统的四大海水养殖贝类之一，养殖过程中易受病原菌感染而造成大量死亡和经济损失。Toll样受体(Toll-like receptor， TLR)是目前研究最多的模式识别受体，在无脊椎动物的先天性免疫中发挥着重要作用。研究缢蛏TLR分子特征及其免疫功能对于预防和控制病原菌感染至关重要。本研究从缢蛏基因组序列中鉴定出42个TLR (ScTLR)基因，其中，33个编码典型的TLR蛋白，其余9个为TLR样蛋白。根据蛋白结构域特点，将典型的TLR蛋白分为2大类4个亚类，一类为多半胱氨酸簇TLR (mccTLR)，包括P型TLR (1个)和sPP型TLR (7个)；另一类为单半胱氨酸簇TLR (sccTLR)，包括sP型TLR (16个)和Ls型TLR (9个)。与其他9种软体动物TLR基因的类型和数目比较结果显示，缢蛏基因组中未发现其他软体动物中存在的V型和Twin-TIR型TLR，起源古老的mccTLR类群在软体动物中没有大规模的扩张，而起源较近的sccTLR类群却发生了大规模的扩张。荧光定量PCR分析显示，6种ScTLR在检测的7种组织中普遍表达，且在血细胞、鳃和肝胰腺组织中高表达。最后，副溶血弧菌(Vibrio parahemolyticus)胁迫12 h和48 h的缢蛏鳃和肝胰腺转录组数据分析显示，副溶血弧菌感染前后9个TLR基因在鳃或肝胰腺中的表达量发生显著变化，6个基因(ctg118.25、ctg118.26、ctg356.25、ctg774.6、ctg681.6和ctg1513.5)在感染12 h或48 h后的鳃组织中显著差异表达，前5个基因表达量上调，仅ctg1513.5表达量下调；3个基因(ctg467.9、ctg2496.3和ctg903.17)在感染12 h或48 h后的肝胰腺中显著差异表达，其中，ctg467.9和ctg2496.3表达量下调，ctg903.17表达量上调。综上所述，本研究结果将为深入探讨不同TLR基因在缢蛏天然免疫中发挥的作用提供研究基础。

对云纹石斑鱼和赤点石斑鱼及其正反杂交子代的3种线粒体基因(COⅠ、16S rDNA、Cyt b)和核基因Tmo-4c4进行序列分析,其中16S rDNA序列中有明显的插入缺失位点,而其他3个基因序列无插入缺失变异。在12个分析样本中,COⅠ同源序列(387 bp)中共检测到41个核苷酸多态性位点,16S rDNA(529 bp)中有21个核苷酸多态位点,Cyt b(383bp)中有49个核苷酸多态位点。Tmo-4c4(467 bp)有8个核苷酸多态位点。序列差异分析和遗传距离比较结果显示,正反杂交子一代的3个线粒体基因序列与母本基因序列的同源性都为100%,与父本的基因序列同源性分别为COⅠ:...

IFN-γ在天然免疫和适应性免疫应答中均发挥着重要的作用。由于低等脊椎动物IFN-γ与哺乳动物IFN-γ相似性非常低,硬骨鱼类的IFN-γ近年来才得到鉴定。本研究报道了斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)的IFN-γ基因,并对其表达进行了分析。斜带石斑鱼IFN-γcDNA全长为867 bp,编码200个氨基酸。其基因组全长为5 104 bp,由4个外显子、3个内含子组成。氨基酸序列比对显示斜带石斑鱼IFN-γ与高等脊椎动物IFN-γ的序列相似性较低,仅为32.5%～39%,与其他硬骨鱼类的IFN-γ相似性为38.0%～68.5%。序列分析结果显示,斜带石斑鱼IFN-γ分子C末...

赤点石斑鱼Epinephelus akaara(Temminck et Schlegel)是我国名贵海产经济鱼类。近几年来,因盲目钩捕,在东南沿海资源日益减少。因此,国内外一些学者对赤点石斑鱼性腺发育进行周年研究,并开展了人工繁殖和育苗试验。然而,由于此鱼雌雄同体,雌性先熟,在六龄鱼才转变为雄鱼。由此常见因缺少雄鱼无法开展人工繁殖。所以,作者在非繁殖季节,试图用外源性雄激素拌入饵料中,喂低龄和高龄赤点石斑鱼,目的在于诱发其性逆转,现已取得显著的效果,这对于解决雄鱼困难,提供科学依据。

采用腹部埋植方式,用17α-甲基睾酮(17-αMT)以10mg.kg-1剂量处理2龄雌性赤点石斑鱼(每4周埋植1次,共埋植2次),检查埋植前后性腺结构、血清中性类固醇激素水平以及脑和性腺芳香化酶活性的变化。结果显示:一次埋植17-αMT即可诱导赤点石斑鱼发生不同程度的性逆转,性腺成熟系数(GSI)明显下降,性腺中卵细胞退化,精原细胞增殖,出现大量精母细胞和精子细胞,性逆转雄鱼精巢的组织结构与正常雄鱼精巢相似,部分鱼转变为功能性雄鱼,经轻微的腹部挤压可排精,精子活力与正常雄鱼相似。赤点石斑鱼埋植17-αMT后前脑、中脑的芳香化酶活性明显提高而后脑的芳香化酶活性降低,但性腺芳香化酶活性无显著变化。...

为了研究鲤科鱼类最具代表性的二个物种—鲤和草鱼IL17受体基因家族的起源进化,实验采用比较基因组学和生物信息学的方法,分别在鲤和草鱼基因组数据库进行序列比对和注释,然后对得到的基因进行结构域和系统发育学分析,最后在12个不同组织中进行基因表达分析研究。结果显示,在鲤和草鱼中分别注释得到9个和5个IL17受体基因家族成员。系统发育分析显示,该基因家族不存在鱼类特有的基因,在硬骨鱼类中具有一定的保守性。比较基因组学结果显示,与四足动物相比,大多数硬骨鱼类中IL17受体基因没有明显增多。鲤与草鱼等其他硬骨鱼类相比,除IL17RB以外,其余IL17受体基因家族成员均加倍。不同组织的表达分析结果显示全基因组复制后不同基因拷贝的功能发生了分化。研究表明,虽然硬骨鱼经历第三轮全基因组复制,但是由于复制发生时间久远,大多数基因已经发生改变或退化,进而在基因组中丢失。而鲤第四轮基因组复制时间发生在820万年前,复制发生时间较近,故复制后的基因基本得以保留。但是对于一些具有特殊功能的高度保守基因(例如IL17RB),也会发生在极短时间内出现丢失现象。鲤和草鱼健康组织的表达谱分析结果同样表明,鲤IL17受体基因的不同拷贝之间已经发生了快速进化及亚功能化,并且这种现象在鲤四倍体基因组中普遍存在。

为探究赤眼鳟(Squaliobarbus curriculus)Toll样受体9基因(toll–like receptor 9,ScTLR9)的结构特性及其参与免疫应答草鱼呼肠弧病毒(grass carp reovirus,GCRV)感染时的表达特性,采用RACE技术克隆Sc TLR9基因c DNA全长序列,采用实时荧光定量PCR技术比较分析ScTLR9免疫应答GCRV的表达特性。结果显示:ScTLR9的cDNA全长为3 687 bp,编码1 059个氨基酸,有17个富含亮氨酸重复序列(leucine r

通过人工授精技术对云纹石斑鱼(Epinephelus moara,♀)和赤点石斑鱼(E.akaara,♂)进行了杂交实验,并对杂交子代的胚胎发育和生长状况进行了观察。观察结果显示,杂交子代受精卵为圆形、透明、浮性卵,卵径0.858±0.022 mm,有油球一个,居卵中央;在水温26±0.5℃、盐度32、pH 8.2、静水微充气的孵化条件下,胚胎可以正常发育,共经历了受精卵、卵裂、原肠胚、神经胚、器官形成和出膜6个阶段28个时期,历时25h 15 min完成胚胎发育。统计结果显示,杂交石斑鱼的受精率、孵化率和畸形率分别为87.3%、91.6%和9.5%。在仔稚幼鱼生长方面,杂交石斑鱼的生长速度介...

从小鼠巨噬细胞中提取细胞总RNA,采用RT-PCR技术扩增小鼠Toll样受体9(mTLR9)cDNA,构建真核表达质粒p3XFLAG-CMV-7.1-mTLR9,转染293T细胞,利用Western Blotting检测蛋白表达,并用双荧光素酶报告基因系统检测mTLR9对其介导的信号通路下游转录因子NF-κB转录活性影响.结果表明,本试验成功克隆到小鼠TLR9cDNA,构建的重组体转染细胞后表达的蛋白分子质量与预计相符,并能激活下游转录因子NF-κB的转录活性.

细胞色素氧化酶(Cytochrome oxidase,COX)是线粒体内呼吸链电子传递的终末复合物,是线粒体氧化能力的关键调节物质。细胞色素C氧化酶亚基I(COXⅠ)是细胞色素C氧化酶具有酶催化活性的3个亚基之一。本研究以本实验室构建的青石斑鱼消减杂交cDNA文库中长587bp的EST序列为基础,采用RACE-PCR方法克隆鉴定出青石斑鱼(Epinephelus awoara)细胞色素C氧化酶亚基I基因。研究结果表明:青石斑鱼COXⅠ全长1659bp,5'端非编码区3bp,3'端非编码区105bp,开放阅读框1551bp,编码516个氨基酸。序列分析表明,青石斑鱼COXⅠ与线纹刺尾鲷COXⅠ同...

为了研究团头鲂(Megalobrama amblycephala)TLR2(ma TLR2)在抗嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)感染中的作用,本实验克隆了ma TLR2基因的c DNA全长。结果显示:ma TLR2基因c DNA的全长包括2923 bp,编码792个氨基酸。预测得到的ma TLR2的结构域包括一个信号肽、氨基端的亮氨酸重复基序(LRRs)、跨膜结构域(TM)和一个胞内的Toll/白介素(IL)-1受体区(TIR)。在嗜水气单胞菌感染后,团头鲂头肾中,TLR2的表达量

[目的]本研究旨在鉴定辣椒硝酸盐转运蛋白（NRT）基因家族成员，分析其基本性质、染色体定位、进化关系、在不同组织和果实不同发育阶段中及不同非生物胁迫下的表达特征，以期为辣椒NRT基因功能和抗逆性研究奠定基础。[方法]利用生物信息学方法在辣椒‘遵辣1号’基因组中鉴定NRT基因家族并分析其理化性质、基因结构、染色体定位、共线性、顺式作用元件分布和进化关系等，利用转录组数据分析辣椒NRT基因在不同组织和果实不同发育阶段的表达特征，利用RT-qPCR技术分析在不同非生物胁迫下的表达模式。[结果]辣椒中共包含73个CaNRT基因，不均匀的分布在10条染色体上。系统进化表明，CaNRT基因可分为3个亚家族，同一亚家族具有相似基因结构和保守基序。顺式作用元件分析结果表明CaNRT可能受光、激素、逆境胁迫等多种因素调控。CaNRT1亚家族成员主要在根、茎、叶中表达量较高，CaNRT2亚家族在任何时期表达量都较低，CaNRT3亚家族存在组织表达差异性，主要在根中高表达。逆境胁迫数据表明，CaNRT1.18、CaNRT3.3、CaNRT3.1、CaNRT2.1、CaNRT1.23在低温、高温、干旱、盐和氧化处理下明显响应，所有CaNRT基因在低温处理时均有不同程度的正向响应。[结论]本研究在辣椒基因组中共鉴定获得73个CaNRT基因，筛选出多个在辣椒生长发育和逆境胁迫中具有重要作用的关键基因。

低氧是水产养殖过程中常见的胁迫现象， 而鱼类的低氧耐受能力是鱼类抗逆性的重要指标。为了研究棕点石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus，♀)与蓝身大斑石斑鱼(E. tukula，♂)杂交后代(简称金虎石斑鱼)和棕点石斑鱼的低氧耐受能力， 采用封闭式呼吸室测定棕点石斑鱼和金虎石斑鱼幼鱼的耗氧率与窒息点， 并采用渐变式低氧的方式在正常溶氧[(5.71±0.31) mg/L]和下降到4 mg/L、3 mg/L、2 mg/L、1 mg/L、0.4 mg/L处1 h后以及恢复常氧水平3 h后采取棕点石斑鱼和金虎石斑鱼幼鱼的肝脏组织， 测定其部分抗氧化酶活性与能量利用相关的指标。实验结果显示， 在水温(31.18±0.38) ℃时金虎石斑鱼幼鱼的耗氧率为0.16 mg/(g·h)， 显著高于其母本棕点石斑鱼幼鱼(P