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[期刊] 林业科学
[作者]
谷振军 章怀云 张党权 谢耀坚 何含杰 陈丽莉 彭宽 刘果 杨丹
通过同源克隆策略和RACE技术获得赤桉CCoAOMT亚家族2个成员的全长cDNA序列。CCoAOMT1基因的全长cDNA序列为1 020 bp,其中可读框ORF长度为738 bp,5’-UTR为106 bp,3’-UTR为176 bp;CCoAOMT2基因的全长cDNA序列为1 047 bp,其中可读框ORF长度为741 bp,5’-UTR为125 bp,3’-UTR为158bp。CCoAOMT1和CCoAOMT2基因都由5个外显子组成,主要的区别在于前者第1个内含子存在5’端可变剪接位点,形成2条不同长度的mRNA,一条的ORF长度为738 bp,而另一条比前者缺失了42 bp,但不影响其余...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
陈鸿鹏 朱凤云 吴志华 谢耀坚
甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)是高等植物糖酵解和糖异生反应中的关键酶,是维持生命活动能量形成的最基本酶之一,它氧化甘油醛-3-磷酸生成1,3-二磷酸甘油酸,由此为糖酵解过程提供产生ATP的底物[1-4]。此外,由于该酶基因为管家基因,几乎在所有组织中都高水平表达,在同种细胞或组织中的蛋白质表达量较为恒定,故被广泛用作实时荧光定量PCR的内参基因[5-9]。近年来,随着研究
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张生萍 罗玉秀 杜德志 罗春燕 马小岗 赵志刚 许唱唱 张红生 吴鹏 晁文俊
【目的】克隆特早熟春性甘蓝型油菜的ＦＣＡ同源基因（ｓＢｎＦＣＡ）及其可变剪接体，并分析该基因的表达模式。【方法】根据拟南芥和芸薹属植物ＦＣＡ基因的ＤｎＡ序列和ＣＤｎＡ序列设计引物，用ＰＣＲ和ＲＴ－ＰＣＲ技术克隆特早熟春性甘蓝型油菜＂８６号＂的ＦＣＡ同源基因（ｓＢｎＦＣＡ）及其可变剪接体，对克隆基因及编码蛋白序列进行生物信息学分析，构建系统进化树，并用ｑＲＴ－ＰＣＲ技术检测ｓＢｎＦＣＡ基因在不同发育时期根、茎、叶、茎尖中的表达量。【结果】克隆出了ｓＢｎＦＣＡ基因的全长序列（８ ８２７ＢＰ），得到了ｓＢｎＦＣＡ－γ可变剪接体及一个新的可变剪接体（ｓＢｎＦＣＡ－５），新的可变剪接体在ＧｅｎＢＡｎｋ中．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
邹志明 邹海霞 张焕 李绍波 王鑫 欧阳解秀
为了克隆水稻HD2蛋白基因OsHDT703,并分析其存在的可变剪接体。利用生物信息学分析,结合RT-PCR、TA克隆和测序等方法,鉴定1个水稻中全新的HD2蛋白成员(OsHDT703)。结构域分析发现,在其N端含有HD2家族的NPL保守结构域。选取来源于7个物种的16个HD2蛋白,构建蛋白进化树,结果发现,OsHDT703蛋白与OsHDT702蛋白处于同一分支; OsHDT701则处于另一分支,说明水稻中HD2家族蛋白可能存在功能分化。根据预测的不同剪接体设计4对特异性引物,以粳稻中花11叶片和幼穗c DNA为模板,利用RT-PCR扩增,结合TA克隆,通过测序比对,成功鉴定到4种不同可变剪接体序列。由于3号(OsHDT703. 3)和4号(OsHDT703. 4)剪接体的CDS序列完全相同,所以证明OsHDT703至少存在4种不同可变剪接体。综上所述,鉴定到水稻中1个全新的HD2蛋白,命名为OsHDT703,并且鉴定出至少4种存在可变剪接体,为后续深入研究该基因生物学功能奠定基础。
[期刊] 华北农学报
[作者]
熊翔 何勇 刘焕焕 刘之恩 田志宏
为进一步探究水稻多胚候选基因OsPE的生物学功能，以粳稻品种日本晴和籼稻品种巴斯马蒂370为研究材料，选取正常生长条件下供试材料的成熟叶片，综合运用生物信息学、RT-PCR、TA克隆、半定量及qPCR等技术鉴定并分析水稻多胚候选基因OsPE的可变剪接体。结果表明，虽然生物信息学分析显示OsPE基因在粳稻中存在3种可变剪接体，在籼稻中无可变剪接体，但通过特异引物进行RT-PCR扩增，结合TA克隆及测序验证，在粳稻品种日本晴中鉴定到了OsPE基因3种可变剪接体的真实存在；在籼稻品种巴斯马蒂370中鉴定到2种新的可变剪接体。同时，半定量及qPCR结果显示：正常生长条件下，供试材料成熟叶片中OsPE基因可变剪接体存在表达差异，依次为OsPEc>OsPEa>OsPEb,且该基因在不同水稻品种中存在相同的表达趋势。最后，水稻OsPE基因编码蛋白进化分析及功能预测分析结果显示：OsPE蛋白在禾本科，尤其是稻属中高度保守(蛋白序列一致性普遍高于99%),有待于进一步研究该基因是否参与调控水稻抗逆响应、细胞分裂及细胞凋亡等生物学功能，而不是调控水稻多胚产生。综上所述，OsPE基因在禾本科，尤其是稻属中高度保守，该基因在粳稻和籼稻中可能有着相同的剪接模式，其可变剪接体在正常生长条件下存在表达差异，但表达趋势相同，OsPEc剪接体在OsPE基因功能发挥中占主导，有待于进一步研究该基因是否参与调控水稻抗逆响应、细胞分裂及细胞凋亡等生物学功能，而不是调控水稻多胚产生。
关键词：
水稻 多胚候选基因 OsPE 可变剪接体
[期刊] 中国农业科学
[作者]
杨召恩 杨作仁 刘坤 刘传亮 张朝军 李付广
【目的】克隆亚洲棉MYB家族的一个新基因(GaMYB2),研究其表达模式,分析其预期编码蛋白。【方法】利用RT-PCR和RACE技术克隆亚洲棉MYB2的cDNA序列全长;应用生物信息学软件分析该基因及预期编码蛋白的特征;采用实时荧光定量PCR技术对该基因的组织特异性和PEG6000模拟干旱胁迫处理下的表达模式进行分析。【结果】从亚洲棉(Gossypium arboreum L.)中克隆了MYB家族的一个新基因MYB2,该基因全长1 117 bp,ORF全长840 bp,编码279个氨基酸,含有MYB保守域,氨基酸的BALSTP分析表明GaMYB2氨基酸序列与已报道的水稻(BAA23338.1)...
关键词：
亚洲棉 GaMYB2 干旱模拟 上调表达
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
璩檾昇 浦仕奇 徐梅 方昱嘉 唐旭东 钱平
【目的】家蚕微孢子虫(Nosema bombycis)感染引发的微粒子病是影响蚕业发展的重要病害。为了揭示可变剪接(AS)基因在家蚕响应微孢子虫感染中的作用，对其中肠内的AS事件进行分析。【方法】利用Illumina Hiseq TM 4000测序平台，对健康家蚕(对照组)和被微孢子虫感染的家蚕中肠组织进行转录组测序。使用rMATS软件对样品中的AS事件与差异剪接基因(DSGs)进行鉴定，并对DSGs进行GO富集和KEGG信号通路分析。【结果】在对照组和感染组中分别检测到5 346个和4 992个AS事件，两组的AS事件类型都以外显子跳跃(SE)事件为主，差异分析发现了25个显著的DSGs。GO富集分析表明，DSGs主要富集在21个条目，其中以细胞过程、物质代谢、结合、催化活性的基因数量较多；KEGG信号通路分析显示，DSGs富集数较多的是信号传导、免疫系统、多糖生物合成与降解、能量代谢等通路。【结论】家蚕中肠组织存在大量AS事件，在微孢子虫感染过程中存在25个DSGs,其功能涉及新陈代谢和细胞免疫等。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
涂佳鹏 黄春筱 黄岩 王焕岭
以团头鲂为研究对象,扩增获得Junctophilin(Jph)家族4个成员,jph1a、jph1b、jph2和jph3的cDNA编码序列,分别为2 031、2 016、2 358和2361 bp,分别编码676、671、785和786 aa。团头鲂jphs均由5个外显子和4个内含子组成,与大多数物种的JPHs基因结构相似;结构域预测显示出8个MORN和1个TM结构域,且蛋白多序列比对分析显示Jphs在进化上非常保守。基于qRT-PCR(quantitative real-time PCR)分析显示,这4个基因呈现出组织特异性表达,其中jph1a、jph1b和jph2主要在肌肉和心脏中表达,而jph3主要表达于心脏、血液和大脑。在早期发育过程中,jph1a、jph1b、jph2和jph3的mRNA表达模式类似,分别在原肠胚期、心跳期和25 dph(days post hatching)达到高峰。综上研究结果表明,鱼类jphs基因在心脏和肌肉等组织中发挥重要作用,并且其功能可能不同于哺乳动物。
[期刊] 林业科学
[作者]
安新民 张上隆 徐昌杰 陶俊
分析植物液泡和细胞壁酸性转化酶基因的保守区序列 ,设计 2对PCR引物 ,以温州蜜柑基因组DNA为模板 ,采用PCR方法扩增出长分别为 74 1bp(A)和 5 2 4bp(B)的 2个DNA片段 ,克隆入pUCm T载体测序 ,序列已在GenBank中登记 (登记号分别为AY0 2 94 81和AF332 881)。在GenBank中进行同源性检索 ,结果表明片段A编码的氨基酸与植物液泡酸性转化酶同源性较高 ,与胡萝卜、马铃薯和番茄同源性分别为 79%、79%和 78%。片段B编码的氨基酸序列与草莓、拟南芥和豌豆细胞壁转化酶同源性分别为 78%、78%和 77%。推测A和B分别定位于液泡和细...
关键词：
柑桔 酸性转化酶 基因家族 克隆 特性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
隋心意 赵小刚 陈鹏宇 李亚灵 温祥珍
【目的】光敏色素B(phytochrome,PHYB)是光和温度的受体。通过克隆光敏色素B基因（PHYB）可变剪接体并分析其在高温诱导下的表达模式，探究LsPHYB可变剪接体在生菜响应环境高温中的生物学功能，为培育耐热性生菜提供理论依据。【方法】采用生物信息学方法在生菜的基因组数据库搜索获得LsPHYB的cDNA序列的相关信息；对克隆得到的3个可变剪接体LsPHYB1、LsPHYB2和LsPHYB3进行多序列比对、可变剪接方式分析及系统进化树分析；通过在线软件预测PHYB1、PHYB2和PHYB3蛋白分子量、等电点和亲水性、疏水性等蛋白质理化性质，并通过生物信息学软件预测三者的二级结构、三级结构和保守结构域；采用荧光定量PCR(qRT-PCR)检测PHYB1、PHYB2和PHYB3在高温处理后的表达特征。【结果】克隆获得的生菜LsPHYB的3个可变剪接体LsPHYB1、LsPHYB2和LsPHYB3的CDS长度分别为3 509、3 877和2 690 bp，编码氨基酸长度分别为1 094、960和853 aa。其中LsPHYB1发生可变3′端位点和外显子跳跃类型可变剪接，LsPHYB2发生选择性保留polyA尾和内含子保留型可变剪接，LsPHYB3发生外显子跳跃类型可变剪接。保守结构域分析表明PHYB2的N端缺少PAS和PHY功能域；PHYB3的N端缺少PAS和PHY功能域，C端缺少HisKA功能域；系统进化树分析表明，3个可变剪接体聚为一支。qRT-PCR分析表明在高温处理第1天，LsPHYB3的表达量最高；在高温处理第5—9天，LsPHYB2的表达量高于LsPHYB1和LsPHYB3；在高温处理第11天，LsPHYB1的表达量高于LsPHYB2和LsPHYB3，处理11 d内三者表达量达到峰值的时间不同。【结论】高温下生菜LsPHYB的转录本存在3个可变剪接体LsPHYB1、LsPHYB2和LsPHYB3。LsPHYB3在高温处理前期高表达，LsPHYB2、LsPHYB1分别在高温处理中期、后期高表达，推测生菜3个LsPHYB可变剪接体在抗高温胁迫中发挥不同的作用。
[期刊] 华北农学报
[作者]
喻锦莉 刘长爱 符霖 王鑫 欧阳解秀
综合运用生物信息学、RT-PCR和TA克隆技术对水稻热激蛋白基因OsHSP40的可变剪接体进行鉴定,并分析剪接体的表达。首先,利用生物信息学分析发现,该基因存在4种可变剪接体。根据不同可变剪接体的序列信息设计特异性引物进行RT-PCR扩增,结合TA克隆,成功鉴定到OsHSP40的4种可变剪接体。随后,提取野生型植株的根、茎、叶、幼穗和不同发育时期的籽粒,进行不同组织部位的表达分析,RT-PCR结果显示:可变剪接体4(OsHsp40.4)与OsHsp40.1234在不同组织部位的表达模式存在差异。最后,分析在高盐和高温条件下不同剪接本的表达,结果发现,高盐条件下OsHsp40.4和OsHsp40.1234表达上升,但OsHsp40.4上升幅度较低;高温处理后,OsHsp40.1234在处理后2 h表达变化不显著,处理后4 h其表达显著上升,而OsHsp40.4则在处理后2 h表达显著上升。综上,成功鉴定到OsHSP40基因的4种可变剪接体,发现可变剪接体OsHsp40.4和OsHsp40.1234在高盐和高温胁迫过程中的表达存在差异。上述结果为进一步研究该基因的生物学功能奠定基础。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李付振 邱新棉 王美兴 刘传亮
【目的】了解棉花在盐胁迫条件下相关基因的表达,并克隆与抗(耐)盐相关的重要基因。【方法】通过筛选棉花EST数据库,并对目标EST序列进行整合,对中棉所49在非盐胁迫和盐胁迫条件下进行处理并利用RT-PCR的方法克隆了质膜Na+/H+逆向转运蛋白途径中的1个蛋白磷酸化同源基因,命名为GhSOS2,并通过实时荧光定量PCR对其表达特征进行分析。【结果】序列分析表明,该基因成熟mRNA的剪接存在2种可选择性的剪接体,分别命名为GhSOS2a(GenBank登录号:GU188960)和GhSOS2b(GenBank登录号:GU188961),分别编码445和421个氨基酸残基。由于剪接方式的差异,导致...
[期刊] 华北农学报
[作者]
洪键 郑玉才 贺庆华
采用RT-PCR方法从黄牛睾丸组织中克隆睾丸特异乳酸脱氢酶-C(LDH-C)基因的cDNA序列,结果发现2种Ldhc剪接体,根据Ldhc基因在进化上的保守性,参照普通牛Ldhc基因结构分析了黄牛Ldhc基因的选择性剪接体的结构,结果显示,剪接体存在外显子缺失:其中剪接体1缺失第7个外显子,剪接体2缺失第4和第7两个外显子。因为LDH-C4酶的NAD+结合结构域由Ldhc的外显子2-4编码,酶的活性中心由外显子4编码。所以剪接体1包含完整酶的NAD+结合结构域和酶的活性中心,剪接体2失去了大部分NAD+结合结构域和酶的活性中心。对黄牛睾丸组织和精子LDH同工酶的电泳分析未检测到潜在的Ldhc剪接...
关键词：
黄牛 乳酸脱氢酶-C 睾丸
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
俞狄虎 张迟 柯甫志 敬露阳 顾雪娇 吴宝玉 张敏
为研究查尔酮合成酶基因(CHS)家族在‘无子瓯柑’ Citrus suavissima ‘Seedless’雄性不育发生过程中的作用,以克里曼丁橘Citrus clementina基因组数据库为参照,在‘无子瓯柑’和瓯柑Citrus suavissima的转录组和蛋白质组测序结果中筛选出4个CHS同源差异表达基因,并对其克隆和表达量分析,对克里曼丁橘CHS基因家族成员进行生物信息学分析。结果表明:‘无子瓯柑’和瓯柑CHS基因编码区核苷酸序列相似度达98%以上。小孢子母细胞发育各时期CHS基因表达量在瓯柑和‘无子瓯柑’间差异显著。与瓯柑相比,‘无子瓯柑’小孢子母细胞时期Ciclev10005133m, Ciclev10030093m和Ciclev10015535m的表达量显著下调;减数分裂时期Ciclev10005133m,Ciclev10001405m和Ciclev10015535m的表达量显著下调;四分体时期Ciclev10001405m和Ciclev10030093m的表达量显著减少。在花粉粒成熟时期的花蕾中,Ciclev10001405m与Ciclev10005133m在花药中特异性表达。CHS同源基因在花药不同时期中的差异表达可能是‘无子瓯柑’花药发育异常的重要原因,并最终导致‘无子瓯柑’雄性不育。图3表6参15
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
郝颖颖 周明珠 韩开元 杨雄 高钰涵 陈仲
【目的】YABBY是高等植物中特有的转录因子家族,在侧生器官发育和开花过程中发挥重要作用。本研究对毛白杨PtYABBY基因进行克隆和生物信息学分析,并对雌雄花芽8个关键发育时期和根茎叶等组织中PtYABBY基因表达模式进行探究,以期为阐明PtYABBY基因在毛白杨侧生器官发育过程中的功能奠定前期基础。【方法】以毛白杨为试材,采用同源基因克隆法从毛白杨中分离FILAMENTOUS FLOWER (FIL)/YABBY3 (YAB3)同源基因PtYABBY3、PtYABBY4和PtYABBY11的编码区序列,并开展生物信息学分析。通过qRT-PCR研究这3个基因在雌雄花芽8个发育时期及根、茎、幼叶、成熟叶片中的表达规律。【结果】PtYABBY3、PtYABBY4和PtYABBY11编码区长度分别为633、642、639 bp,分别编码210、213、212个氨基酸。所推测的氨基酸序列包含C_2C_2锌指结构域和YABBY结构域。系统进化分析进一步表明这3个基因属于FIL/YAB3亚家族成员。qRT-PCR结果显示这3个基因在根、茎、叶及8个时期雌雄花芽组织中均有表达,但PtYABBY基因间的表达水平存在明显差异。PtYABBY3表达水平在雌雄花芽发育初期下调,发育后期上调;花原基形成到休眠期内PtYABBY3在雌雄花芽中呈现相反的表达变化趋势。PtYABBY4和PtYABBY11基因在雌雄株成花诱导期表达水平最高,成花诱导到伸长期内呈现下降趋势,在雄花芽休眠期和小孢子发生期基因表达水平无明显变化。营养组织表达量测定结果显示这3个基因在幼叶和成熟叶片中表达水平相对较高,根系中表达量最低。【结论】YABBY基因家族成员PtYABBY3、PtYABBY4和PtYABBY11同属FIL/YAB3亚类,在毛白杨雌雄花芽发育的8个时期中表达水平存在较大差异,且在叶片和花芽中表达量较高,表明其可能与叶片和花芽发育相关。本研究为今后深入研究YABBY家族成员在杨树器官生长发育过程中的作用奠定基础。
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