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[期刊] 中国水产科学
[作者]
肖婕 王梦娅 吴绍轩 汪波 胡景杰 包振民
酪氨酸酶蛋白家族(tyrosinase gene family)是一类调控黑色素合成的关键酶,在黑色素细胞形成的过程中起着不可替代的作用,然而Tyr基因家族在东星斑体色形成中的潜在机制尚不清楚。豹纹鳃棘鲈(Plectropomus leopardus)俗称东星斑,是我国重要的热带经济养殖鱼类,但是人工养殖的东星斑因环境等变化而逐渐出现体色变淡或者变黑的现象,严重影响其品质和经济价值。本研究从东星斑全基因组中共筛选鉴定获得5个Tyr基因家族成员,氨基酸序列比对结果显示不同物种间的同源基因保守性较高,尤其是Tyr家族典型的酪氨酸酶功能域在不同物种各成员之间均具有高度保守性。系统发育和共线分析均显示东星斑Tyr基因家族进化过程中存在基因复制和丢失现象。此外,荧光定量PCR结果表明Tyr基因家族所有成员在东星斑黑色个体的皮肤组织中表达量均显著高于红色个体(P<0.05)。本研究初步鉴定和分析了东星斑Tyr基因家族在其体色形成中的作用,旨为深入解析东星斑酪氨酸蛋白酶基因家族的进化及功能机制提供依据。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
高进 刘金叶 陈傅晓 王永波 符书源
为揭示豹纹鳃棘鲈(Plectropomus leopardus)生长差异分化的分子调控作用机制，该研究利用豹纹鳃棘鲈中间培育过程中不同生长阶段(42、70和91日龄)的18个幼鱼肌肉组织样本进行全转录组测序，获得lncRNA和mRNA基因表达谱数据，利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法构建生长差异分化相关lncRNA和mRNA的共表达网络。通过特异性基因模块中差异表达基因的GO和KEGG富集对模块生物学功能进行分析，并运用Cytoscape软件构建基因互作网络，挖掘豹纹鳃棘鲈生长差异分化相关的关键候选基因。结果显示，基因差异表达分析共筛选到6 252个差异表达mRNA和367个差异表达lncRNA；共表达网络分析获得MEmagenta、MEgreenyellow和MEblack共3个生长差异分化特异性基因模块；GO和KEGG结果显示，特异性模块中差异表达基因显著富集于肌肉蛋白形成、横纹肌组织发育调控、主轴组织形成等生物学过程，参与了蛋白酶体、肌动蛋白细胞骨架调控及肌醇磷酸代谢等与生长差异分化相关的代谢通路；筛选3个特异性模块中权重和连通度高的lncRNA和mRNA构建基因互作网络，得到包括psmd6、nmt1、als2、brcc3、kank1、ada12、at131、hdac3等在内的生长差异分化关键基因和MSTRG.15660、MSTRG.8694、MSTRG.1896等20个lncRNA，为进一步解析豹纹鳃棘鲈生长差异分化的分子机制提供了新思路。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
高进 刘金叶 陈傅晓 王永波 符书源
为揭示豹纹鳃棘鲈(Plectropomus leopardus)生长差异分化的分子调控作用机制，该研究利用豹纹鳃棘鲈中间培育过程中不同生长阶段(42、70和91日龄)的18个幼鱼肌肉组织样本进行全转录组测序，获得lncRNA和mRNA基因表达谱数据，利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法构建生长差异分化相关lncRNA和mRNA的共表达网络。通过特异性基因模块中差异表达基因的GO和KEGG富集对模块生物学功能进行分析，并运用Cytoscape软件构建基因互作网络，挖掘豹纹鳃棘鲈生长差异分化相关的关键候选基因。结果显示，基因差异表达分析共筛选到6 252个差异表达mRNA和367个差异表达lncRNA；共表达网络分析获得MEmagenta、MEgreenyellow和MEblack共3个生长差异分化特异性基因模块；GO和KEGG结果显示，特异性模块中差异表达基因显著富集于肌肉蛋白形成、横纹肌组织发育调控、主轴组织形成等生物学过程，参与了蛋白酶体、肌动蛋白细胞骨架调控及肌醇磷酸代谢等与生长差异分化相关的代谢通路；筛选3个特异性模块中权重和连通度高的lncRNA和mRNA构建基因互作网络，得到包括psmd6、nmt1、als2、brcc3、kank1、ada12、at131、hdac3等在内的生长差异分化关键基因和MSTRG.15660、MSTRG.8694、MSTRG.1896等20个lncRNA，为进一步解析豹纹鳃棘鲈生长差异分化的分子机制提供了新思路。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
古珍珍 杨新鑫 胡建尊 项松平 王剑 王军 徐志彬 王成辉
酪氨酸酶是生物体黑色素合成的关键限速酶，黑色斑纹是瓯江彩鲤（Ｃｙｐｒｉｎｕｓ Ｃａｒｐｉｏ ｖａｒ．Ｃｏｌｏｒ）体色的主要特点之一。以瓯江彩鲤的５种体色选育系Ｆ５为材料，探讨酪氨酸酶基因５个外显子及其在不同体色间的变异特性和承受选择压力的敏感性。结果发现：酪氨酸酶基因外显子１和外显子５的核苷酸变异率最高，选择性位点最多，易承受到选择压力；５个外显子的非同义替换率（ｄ＿ｎ）与同义替换率（ｄ＿ｓ）的比值（ω值）均小于１（０．１０～０．６７），表明它们均受到净化选择压力；不同体色瓯江彩鲤的酪氨酸酶基因也均受到净化选择压力（ω＝０．１２～０．２３）。应用ｐａＭｌ软件中的Ｍ２ａ和Ｍ８两种模型检测显示：无．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
王良炎 田雪 庞小磊 李梦荣 李学军
为探究Tyrosinase(Tyr)基因在黄河鲤体色形成中的作用,利用生物显微镜对黄河鲤黑色鳞片、银色鳞片、鳍条色素细胞的组成进行观察,并利用RACE克隆黄河鲤Tyr基因全长cDNA序列,荧光定量PCR分析其在不同组织中的表达情况,Western blot印迹和免疫组织化学方法检测其蛋白的表达定位。结果显示,黄河鲤具有黑色素细胞、黄色素细胞和虹彩细胞3种色素细胞,3种色素细胞的数量、种类和分布在不同组织中存在较大差异。黄河鲤Tyr基因cDNA全长1717 bp(GenBank ID:No.KY305667
关键词：
黄河鲤 体色 黑色素 Tyr基因
[期刊] 水产学报
[作者]
王巍 胡红霞 孙向军 牛翠娟
为了解色素控制基因与体色分布的关系,实验用分子克隆技术得到了锦鲤酪氨酸酶(tyrosinase,Tyr)cDNA基因序列,并利用半定量PCR的方法分析了酪氨酸酶基因在锦鲤不同品系和组织中的表达差异。实验得到了长约1 779 bp锦鲤酪氨酸酶cDNA基因,其包括长1 608 bp开放阅读框,编码535个氨基酸。cDNA、蛋白水平序列分析和系统发育分析都表明酪氨酸酶在鱼类间的保守性要高于鱼类与其他脊椎动物间的保守性。半定量分析研究显示,酪氨酸酶基因在皮肤、肝、心、脑和眼中都有表达,其中眼部和黑色皮肤表达最高,其次是脑,红色和黄色皮肤,肝和心的表达最低。不同品系同组织间眼、肝、心、脑的酪氨酸酶基因表...
关键词：
锦鲤 酪氨酸酶基因 半定量分析 黑色素
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
瞿诗雨 卢昇 陈松林 刘洋 周茜 王磊 徐文腾 宋煜
哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)是引起豹纹鳃棘鲈(Plectropomus leopardus)患“烂身病”的主要致病菌，每年6―8月发病率极高，严重影响了该品种养殖业的可持续发展。因此，培育抗病良种是豹纹鳃棘鲈养殖业的迫切需求。为评估豹纹鳃棘鲈抗哈维氏弧菌遗传参数，本研究基于高密度单核苷酸多态性位点构建的基因组亲缘关系矩阵，使用4种模型(BLM、BTM、LLM和LTM)拟合了2种抗病表型(测试日性状，TDS；二元死亡存活性状，TS)，并用约束最大似然法(REML)估算方差组分。经分析，豹纹鳃棘鲈抗哈维氏弧菌遗传力为0.182～0.486，属中高遗传力性状，加性遗传方差为0.071～0.262。其中，利用线性模型(BLM和LLM)估算的遗传力分别为0.382和0.476，利用阈值模型(BTM和LTM)估算的遗传力分别为0.182和0.207。表明可以通过遗传选育提高豹纹鳃棘鲈抗弧菌能力。对不同模型估算的基因组估算育种值(GEBV)进行相关性分析，不同模型拟合同种抗病表型时，GEBV之间相关系数> 0.9，属于高强度正相关关系，表明使用同种表型定义时，阈值或线性模型对GEBV排名影响很小。对不同模型估算的GEBV与不同表型进行相关性分析的结果显示，纵向模型(LLM和LTM)估算的GEBV与表型TS之间的相关系数高于横截面模型(BLM和BTM)，说明表型TDS可能比表型TS更适合作为抗病表型。此外，在线性模型中，使用表型TDS和表型TS估算的GEBV之间的相关系数<0.85，说明采用2种表型定义下估计的豹纹鳃棘鲈抗哈维弧菌GEBV排名不一致。但基于表型TDS估算的GEBV与表型TS之间的相关系数较强(0.824)，表明使用表型TDS和纵向模型(LLM)估算豹纹鳃棘鲈抗哈维氏弧菌遗传参数更有优势。本研究补充了豹纹鳃棘鲈抗哈维氏弧菌遗传参数研究，为豹纹鳃棘鲈抗哈维氏弧菌良种选育提供了参考。
关键词：
遗传参数 遗传力 豹纹鳃棘鲈 哈维氏弧菌
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
易晓燕 李丰成 郭凯 张冉 李旭凯 王友梅 彭良才 谢国生
从生物信息学和基因表达的角度,鉴定OsGT61家族成员的结构特征和组织表达特性。结果表明,OsGT61家族含有25个成员,分为3个亚类。A、B和C亚类分别含有19、3和3个成员,其基因的外显子数介于1~7个。其蛋白质大小为49.1~73.8ku,pI为5.4~10.4。该家族蛋白质的C端motif较为保守。而且,它们含有Ser/Thr激酶的磷酸化位点分别为9~29个和3~13个,Tyr激酶的磷酸化位点小于7个。但是,该家族成员的糖基化位点相对较少,16个成员存在1~4个O-糖基化位点,3个蛋白存在1~2个N-糖基化位点。基因表达芯片聚类分析和半定量RT-PCR检测表明,OsGT61基因家族主要...
[期刊] 水产学报
[作者]
刘倩 吕少梁 陈宁 王学锋
为了开发一种评估鱼类增殖放流水域适宜性的方法，本实验首先放流了小批量的豹纹鳃棘鲈到自然水域中，之后基于回捕群体和养殖群体的生长特征及肌肉营养成分分析，来反推、评估增殖放流水域的生境适宜性。结果显示，豹纹鳃棘鲈的回捕群体与养殖群体均呈等速生长，回捕群体的生长条件因子a值大于养殖群体，肥满度亦大于养殖群体；两者肌肉中水分、灰分、粗蛋白、粗脂肪、必需氨基酸含量和氨基酸总量差异不显著；豹纹鳃棘鲈的回捕群体其肌肉中单不饱和脂肪酸含量、C20:4n6、C20:5n3、C22:6n3含量显著高于养殖群体；豹纹鳃棘鲈回捕与养殖群体的肌肉中除锰和硒外，其他元素含量均差异不显著；豹纹鳃棘鲈回捕群体的肌肉中铅含量显著低于养殖群体，其他重金属差异不显著。研究表明，放流海域的生境条件能保证各项营养物质的均衡和积累，满足豹纹鳃棘鲈生长发育的需求。本实验验证了基于生长特征和营养成分视角分析增殖放流水域适宜性的可行性，并形成了该方法的流程图，为今后评估鱼类增殖放流水域的适宜性提供了一种新思路，亦可引伸至其他水生生物种类。
[期刊] 水产学报
[作者]
殷晓雯 谭素建 许飞 郇聘 刘保忠
为研究软体动物贝壳发育区形成机制，实验通过扫描电子显微镜观察分析了皱纹盘鲍贝壳发育区的形态特征，鉴定了皱纹盘鲍的酪氨酸酶(Hdi-Tyr1和Hdi-Tyr2)、过氧化物酶(Hdi-Prx1、Hdi-Prx2)和碱性磷酸酶(Hdi-Alp)等5个贝壳形成相关的候选基因，并通过整装原位杂交技术解析了各基因在皱纹盘鲍早期幼虫发育过程中的表达模式。结果显示，皱纹盘鲍贝壳发育区由至少3种特征差异明显的细胞组成，酪氨酸酶基因(Hdi-Tyr1和HdiTyr2)在担轮幼虫的贝壳发育区呈“U”形表达，在面盘幼虫外套膜的长柱状细胞中表达，而碱性磷酸酶(Hdi-Alp)和过氧化物酶(Hdi-Prx1和Hdi-Prx2)基因仅表达在幼虫的担轮环和头部。研究表明，Hdi-Tyr1和Hdi-Tyr2基因可能参与了皱纹盘鲍担轮幼虫和面盘幼虫的贝壳形成过程，而过氧化物酶基因Hdi-Prx1和Hdi-Prx2以及碱性磷酸酶基因Hdi-Alp并不参与初生壳的发育过程，实验结果为深入解析软体动物的贝壳发育机制和贝壳相关性状的种质创新提供了基础支撑。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王贤丽 张玉喜 孟亮 陈松林
本研究采用cDNA末端快速扩增技术(RACE)从大菱鲆(Scophthalmus maximus)脾脏cDNA文库中克隆得到T淋巴细胞酪氨酸激酶(LCK)全长cDNA序列。该序列包含193bp的5′末端非编码区(5′UTR),1506bp的开放阅读框(ORF)和300bp3′UTR,整个开放阅读框编码502个氨基酸。系统发生分析表明,大菱鲆LCK基因与红鳍东方鲀(Fugu rubripes)和黑青斑河鲀(Tetraodon nigroviridis)的亲缘关系最近。在大菱鲆正常组织、胚胎细胞(TEC)和鳗弧菌(Vibrio anguillarum)感染的免疫器官组织中对LCK基因进行了RT-P...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
王小龙 叶坤 王志勇 韩芳
克隆大黄鱼脾酪氨酸激酶基因(Larimichthys crocea spleen tyrosine kinase,LcSyk)并分析其结构,通过荧光定量PCR技术分析该基因的组织表达谱以及受LPS、Poly I:C和灭活副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)免疫刺激后的表达变化规律。结果显示:LcSyk基因cDNA全长2 761 bp,其中开放阅读框为1 851 bp,编码616个氨基酸,预测相对分子质量为70 527,理论等电点为8.13;LcSyk在所检测到的大黄鱼组织(心脏、肝
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
徐晓丽 邵蓬 李灏 任涵玮 张勤
为探明养殖豹纹鳃棘鲈体表溃疡症的病因,从患病豹纹鳃棘鲈血液及内脏、体表溃疡处分离到2株优势菌,其中编号为1031的菌株经人工感染证实能够引起被感染鱼的死亡,为引起该豹纹鳃棘鲈溃疡病的病原菌。采用形态学、生理生化特性鉴定,结果表明菌株1031与弧菌属的基本特征相符,分别基于16SrDNA序列及热激蛋白60基因(hsp60)序列构建的系统发育树将菌株1031与哈维氏弧菌聚为一支,置信度均为97%,以1031为模板特异性扩增哈维氏弧菌toxR基因,也得到了预期382bp的核酸片段。综合以上结果,最终确定此次豹纹鳃棘鲈体表溃疡症的病原为哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)。药敏结果显示,该菌株仅...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
王永波 张杰 李向民
应用ＡＢ－ＰＡＳ染色法对工厂化养殖条件下豹纹鳃棘鲈（ＰｌｅｃｔｒｏＰｏｍｕＳ ｌｅｏＰＡｒｄｕＳ）消化道粘液细胞的类型与分布进行了观察研究。结果显示：豹纹鳃棘鲈粘液细胞在消化道各部位均有分布，不同部位的粘液细胞密度和类型均有差异，豹纹鳃棘鲈消化道粘液细胞可分为Ⅰ型、Ⅱ型、Ⅲ型、Ⅳ型。其中，食道粘液细胞以Ⅲ型为主，胃以Ⅰ型为主，幽门盲囊和肠以Ⅲ型为主，直肠以Ⅲ型和Ⅳ型为主；胃部粘液细胞分布密度最大，达（１１１．３７±２１．７４）ｃｅｌｌ·ｍｍ～（－２），极显著高于消化道其它部分，直肠、幽门盲囊、肠的粘液细胞分布密度分别为（３５．０９±８．７４）、（３０．２３±５．３７）、（２８．００±４．６７）．．．
关键词：
豹纹鳃棘鲈 消化道 粘液细胞
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
许细丹 陈红林 MANDALBIPLABKUMAR 司周旋 王军 王成辉
酪氨酸酶(Tyr)基因在动体的黑色素合成过程中起关键作用，其突变会导致人类和其他物种出现白化现象。以AB系斑马鱼(Danio rerio)为研究对象，应用CRISPR/Cas9基因编辑技术，对纯合亲鱼受精卵进行显微注射，通过编辑损坏Tyr基因的CDS区第二外显子和3′-UTR非poly-A加尾信号区，使基因发生突变，检测基因不同功能区经编辑后对鱼类体色的影响。结果显示：Tyr基因在野生型斑马鱼的胚胎各个发育时期均能正常表达，眼睛出现黑色素时的表达量最高；编辑损坏Tyr基因的CDS区后，突变型斑马鱼的胚胎和仔鱼均未出现黑色素细胞，表现为体表白化，而成鱼会再度出现黑色素细胞，表现为体表黑色条纹断裂。编辑损坏Tyr基因的3′-UTR非poly-A加尾信号区后，突变型胚胎、仔鱼和成鱼均未出现黑色素减褪，黑色素合成未受影响。研究表明，编辑损坏基因的CDS区会对生物表型产生显著影响，而编辑损坏3′-UTR非poly-A加尾信号区对生物表型的影响有限。
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