为揭示豹纹鳃棘鲈(Plectropomus leopardus)生长差异分化的分子调控作用机制，该研究利用豹纹鳃棘鲈中间培育过程中不同生长阶段(42、70和91日龄)的18个幼鱼肌肉组织样本进行全转录组测序，获得lncRNA和mRNA基因表达谱数据，利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法构建生长差异分化相关lncRNA和mRNA的共表达网络。通过特异性基因模块中差异表达基因的GO和KEGG富集对模块生物学功能进行分析，并运用Cytoscape软件构建基因互作网络，挖掘豹纹鳃棘鲈生长差异分化相关的关键候选基因。结果显示，基因差异表达分析共筛选到6 252个差异表达mRNA和367个差异表达lncRNA；共表达网络分析获得MEmagenta、MEgreenyellow和MEblack共3个生长差异分化特异性基因模块；GO和KEGG结果显示，特异性模块中差异表达基因显著富集于肌肉蛋白形成、横纹肌组织发育调控、主轴组织形成等生物学过程，参与了蛋白酶体、肌动蛋白细胞骨架调控及肌醇磷酸代谢等与生长差异分化相关的代谢通路；筛选3个特异性模块中权重和连通度高的lncRNA和mRNA构建基因互作网络，得到包括psmd6、nmt1、als2、brcc3、kank1、ada12、at131、hdac3等在内的生长差异分化关键基因和MSTRG.15660、MSTRG.8694、MSTRG.1896等20个lncRNA，为进一步解析豹纹鳃棘鲈生长差异分化的分子机制提供了新思路。

为揭示豹纹鳃棘鲈(Plectropomus leopardus)生长差异分化的分子调控作用机制，该研究利用豹纹鳃棘鲈中间培育过程中不同生长阶段(42、70和91日龄)的18个幼鱼肌肉组织样本进行全转录组测序，获得lncRNA和mRNA基因表达谱数据，利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法构建生长差异分化相关lncRNA和mRNA的共表达网络。通过特异性基因模块中差异表达基因的GO和KEGG富集对模块生物学功能进行分析，并运用Cytoscape软件构建基因互作网络，挖掘豹纹鳃棘鲈生长差异分化相关的关键候选基因。结果显示，基因差异表达分析共筛选到6 252个差异表达mRNA和367个差异表达lncRNA；共表达网络分析获得MEmagenta、MEgreenyellow和MEblack共3个生长差异分化特异性基因模块；GO和KEGG结果显示，特异性模块中差异表达基因显著富集于肌肉蛋白形成、横纹肌组织发育调控、主轴组织形成等生物学过程，参与了蛋白酶体、肌动蛋白细胞骨架调控及肌醇磷酸代谢等与生长差异分化相关的代谢通路；筛选3个特异性模块中权重和连通度高的lncRNA和mRNA构建基因互作网络，得到包括psmd6、nmt1、als2、brcc3、kank1、ada12、at131、hdac3等在内的生长差异分化关键基因和MSTRG.15660、MSTRG.8694、MSTRG.1896等20个lncRNA，为进一步解析豹纹鳃棘鲈生长差异分化的分子机制提供了新思路。

酪氨酸酶蛋白家族(tyrosinase gene family)是一类调控黑色素合成的关键酶,在黑色素细胞形成的过程中起着不可替代的作用,然而Tyr基因家族在东星斑体色形成中的潜在机制尚不清楚。豹纹鳃棘鲈(Plectropomus leopardus)俗称东星斑,是我国重要的热带经济养殖鱼类,但是人工养殖的东星斑因环境等变化而逐渐出现体色变淡或者变黑的现象,严重影响其品质和经济价值。本研究从东星斑全基因组中共筛选鉴定获得5个Tyr基因家族成员,氨基酸序列比对结果显示不同物种间的同源基因保守性较高,尤其是Tyr家族典型的酪氨酸酶功能域在不同物种各成员之间均具有高度保守性。系统发育和共线分析均显示东星斑Tyr基因家族进化过程中存在基因复制和丢失现象。此外,荧光定量PCR结果表明Tyr基因家族所有成员在东星斑黑色个体的皮肤组织中表达量均显著高于红色个体(P<0.05)。本研究初步鉴定和分析了东星斑Tyr基因家族在其体色形成中的作用,旨为深入解析东星斑酪氨酸蛋白酶基因家族的进化及功能机制提供依据。

为深入探究甜玉米果皮厚度发育的分子机制，利用华南农业大学甜玉米课题组选育的果皮厚度差异较大的甜玉米自交系M03和M08为试验材料，对其授粉后15,19,23 d的果皮进行转录组测序。联合差异表达基因分析与加权基因共表达网络(WGCNA)分析，鉴定甜玉米乳熟期果皮厚度相关的共表达基因模块，根据模块内基因的连接度鉴定核心基因，利用qRT-PCR验证核心基因表达量的可靠性。比较M03和M08不同时期果皮转录组数据共筛选出4 748个差异表达基因(DEGs),DEGs主要富集到碳水化合物代谢过程、植物-病原体相互作用、植物MAPK信号通路。WGCNA分析共构建了18个共表达模块，通过筛选得到4个具有生物学意义且与果皮厚度显著相关(相关系数的绝对值>0.60)的特异性共表达模块，分别是Turquoise、Yellow、Magenta和Pink模块。GO和KEGG功能富集分析结果均表明，特异性模块富集到的天冬氨酸、丙氨酸和谷氨酸代谢、半胱氨酸和蛋氨酸代谢以及植物MAPK信号通路在甜玉米果皮厚度发育中具有重要的作用。选取连接度最高的前20个基因进行核心基因筛选，通过基因功能注释最终筛选到包括MYB转录因子、细胞周期蛋白(CYC15)、β-淀粉酶、细胞凋亡调节基因(BCL-2)在内的13个核心基因。以核心基因为节点构建的共表达网络中还包括生长素转录因子(ARF、AUX/IAA)、乙烯反应元件结合因子(ERF)、亮氨酸拉链(bZIP)等转录因子，功能预测表明，这些基因可能在甜玉米果皮厚度调控中发挥重要作用。

为了解加权基因共表达网络分析（Weighted gene co-expression network analysis,WGCNA）方法在畜禽中的应用研究，本文对近年来国内外通过WGCNA方法对牛、羊、猪、禽等畜禽进行研究的相关文献进行了整理与分析，总结了WGCNA方法应用的一般分析流程、策略及畜禽WGCNA的研究现状。结果表明：WGCNA是一种系统生物学的方法，可分析转录组、蛋白组、代谢组、DNA甲基化和单细胞转录组等高通量数据，解析分子间调控的表达模式，确定关键调控因子；在畜禽的研究中，WGCNA方法已经广泛应用在生长性状、繁殖性状、抗病性状和品质性状等复杂性状的优势功能因子的挖掘。综上，WGCNA方法对分析组学数据具有较强的优势，可为畜禽重要经济性状的挖掘，阐明性状生物学机制提供助力。

哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)是引起豹纹鳃棘鲈(Plectropomus leopardus)患“烂身病”的主要致病菌，每年6―8月发病率极高，严重影响了该品种养殖业的可持续发展。因此，培育抗病良种是豹纹鳃棘鲈养殖业的迫切需求。为评估豹纹鳃棘鲈抗哈维氏弧菌遗传参数，本研究基于高密度单核苷酸多态性位点构建的基因组亲缘关系矩阵，使用4种模型(BLM、BTM、LLM和LTM)拟合了2种抗病表型(测试日性状，TDS；二元死亡存活性状，TS)，并用约束最大似然法(REML)估算方差组分。经分析，豹纹鳃棘鲈抗哈维氏弧菌遗传力为0.182～0.486，属中高遗传力性状，加性遗传方差为0.071～0.262。其中，利用线性模型(BLM和LLM)估算的遗传力分别为0.382和0.476，利用阈值模型(BTM和LTM)估算的遗传力分别为0.182和0.207。表明可以通过遗传选育提高豹纹鳃棘鲈抗弧菌能力。对不同模型估算的基因组估算育种值(GEBV)进行相关性分析，不同模型拟合同种抗病表型时，GEBV之间相关系数> 0.9，属于高强度正相关关系，表明使用同种表型定义时，阈值或线性模型对GEBV排名影响很小。对不同模型估算的GEBV与不同表型进行相关性分析的结果显示，纵向模型(LLM和LTM)估算的GEBV与表型TS之间的相关系数高于横截面模型(BLM和BTM)，说明表型TDS可能比表型TS更适合作为抗病表型。此外，在线性模型中，使用表型TDS和表型TS估算的GEBV之间的相关系数<0.85，说明采用2种表型定义下估计的豹纹鳃棘鲈抗哈维弧菌GEBV排名不一致。但基于表型TDS估算的GEBV与表型TS之间的相关系数较强(0.824)，表明使用表型TDS和纵向模型(LLM)估算豹纹鳃棘鲈抗哈维氏弧菌遗传参数更有优势。本研究补充了豹纹鳃棘鲈抗哈维氏弧菌遗传参数研究，为豹纹鳃棘鲈抗哈维氏弧菌良种选育提供了参考。

该研究利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)探讨茯苓抗食管癌的潜在作用靶点，为食管癌的临床诊治开创新思路.首先在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库中筛选出茯苓的有效活性成分及对应靶点，运用Cytoscape软件中鉴定候选药物作用靶点，接着在癌症基因组图谱(TCGA)数据库和基因表达谱差异(GEO)数据库中下载肿瘤相关基因表达数据集，通过WGCNA鉴定出与食管癌紧密相关的基因，并将鉴定出的基因与茯苓的候选药物作用靶点进行比对，确定茯苓抗食管癌的潜在作用靶点，最后采用RT-PCR的方法对筛选出核心基因在人食管癌细胞中的表达量进行检测.结果共获得34种茯苓有效活性成分，及17个对应靶点，主要候选药物作用靶点为：CHRM1、NCOA2、PGR、ADRA1B、ADH1B、PTGS2.其中ADH1B为茯苓抗食管癌的潜在作用靶点.筛选出DLGAP5、MCM2、CCNA2、CDK1、TPX2、TRIP13、KIF23、KIF2C、CENPF、CHAF1A等10个核心基因，其中CHAF1A和MCM2的表达水平对食管癌患者的预后具有影响.RT-PCR结果显示，CDK1、CHAF1A、TPIP13和MCM2基因经不同浓度的茯苓水煎液处理后，表达量与对照存在显著差异(p<0.05),表明CDK1、CHAF1ATPIP13和MCM2是茯苓水煎液治疗食管癌的主要作用靶点.

为探明养殖豹纹鳃棘鲈体表溃疡症的病因,从患病豹纹鳃棘鲈血液及内脏、体表溃疡处分离到2株优势菌,其中编号为1031的菌株经人工感染证实能够引起被感染鱼的死亡,为引起该豹纹鳃棘鲈溃疡病的病原菌。采用形态学、生理生化特性鉴定,结果表明菌株1031与弧菌属的基本特征相符,分别基于16SrDNA序列及热激蛋白60基因(hsp60)序列构建的系统发育树将菌株1031与哈维氏弧菌聚为一支,置信度均为97%,以1031为模板特异性扩增哈维氏弧菌toxR基因,也得到了预期382bp的核酸片段。综合以上结果,最终确定此次豹纹鳃棘鲈体表溃疡症的病原为哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)。药敏结果显示,该菌株仅...

为了开发一种评估鱼类增殖放流水域适宜性的方法，本实验首先放流了小批量的豹纹鳃棘鲈到自然水域中，之后基于回捕群体和养殖群体的生长特征及肌肉营养成分分析，来反推、评估增殖放流水域的生境适宜性。结果显示，豹纹鳃棘鲈的回捕群体与养殖群体均呈等速生长，回捕群体的生长条件因子a值大于养殖群体，肥满度亦大于养殖群体；两者肌肉中水分、灰分、粗蛋白、粗脂肪、必需氨基酸含量和氨基酸总量差异不显著；豹纹鳃棘鲈的回捕群体其肌肉中单不饱和脂肪酸含量、C20:4n6、C20:5n3、C22:6n3含量显著高于养殖群体；豹纹鳃棘鲈回捕与养殖群体的肌肉中除锰和硒外，其他元素含量均差异不显著；豹纹鳃棘鲈回捕群体的肌肉中铅含量显著低于养殖群体，其他重金属差异不显著。研究表明，放流海域的生境条件能保证各项营养物质的均衡和积累，满足豹纹鳃棘鲈生长发育的需求。本实验验证了基于生长特征和营养成分视角分析增殖放流水域适宜性的可行性，并形成了该方法的流程图，为今后评估鱼类增殖放流水域的适宜性提供了一种新思路，亦可引伸至其他水生生物种类。

应用ＡＢ－ＰＡＳ染色法对工厂化养殖条件下豹纹鳃棘鲈（ＰｌｅｃｔｒｏＰｏｍｕＳ ｌｅｏＰＡｒｄｕＳ）消化道粘液细胞的类型与分布进行了观察研究。结果显示：豹纹鳃棘鲈粘液细胞在消化道各部位均有分布，不同部位的粘液细胞密度和类型均有差异，豹纹鳃棘鲈消化道粘液细胞可分为Ⅰ型、Ⅱ型、Ⅲ型、Ⅳ型。其中，食道粘液细胞以Ⅲ型为主，胃以Ⅰ型为主，幽门盲囊和肠以Ⅲ型为主，直肠以Ⅲ型和Ⅳ型为主；胃部粘液细胞分布密度最大，达（１１１．３７±２１．７４）ｃｅｌｌ·ｍｍ～（－２），极显著高于消化道其它部分，直肠、幽门盲囊、肠的粘液细胞分布密度分别为（３５．０９±８．７４）、（３０．２３±５．３７）、（２８．００±４．６７）．．．

【目的】随着高通量测序技术的发展和完善,海量的转录组测序数据随之涌现,基因网络的方法也越来越多被用于研究中;细毛羊毛囊发育受多个基因及lncRNA共同调控,单独研究某一分子并不足以发现其调控机制,本研究旨在构建毛囊发育相关lncRNA和mRNA的共表达网络,挖掘细毛羊毛囊发育的潜在候选基因。【方法】以苏博美利奴羊胎龄65 d(D65)、85 d(D85)、105 d(D105)、135 d(D135)的胎儿以及出生后7 d(A7)、30 d(A30)的羔羊肩胛部皮肤组织,每个时期有3个生物学重复,共18个样本,进行转录组测序以获得6个不同发育时期的lncRNA与mRNA表达谱数据,筛选出相邻时期的差异表达lncRNA与mRNA,运用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)方法构建共表达模块,使用DAVID在线工具进行GO(gene ontology)和KEGG pathway富集分析以找到与毛囊发育相关的模块,最后从目标模块筛选高连通度的lncRNA与mRNA使用Cytoscape软件进行网络可视化。【结果】从表达谱数据中筛选得到9 070个差异表达的lncRNA与mRNA,运用WGCNA方法得到11个模块,使用DAVID富集分析发现honeydew1、paleturquoise、skyblue2模块中的基因富集在皮肤发育、毛囊发育、毛囊形态发生、Wnt信号通路负调控、细胞粘附等生物过程,以及Wnt信号通路、TGF-β信号通路、Hedgehog信号通路、紧密连接、MAPK信号通路、ECM-受体相互作用等毛囊发育相关的信号通路,并筛选这3个模块中连通度高的lncRNA和mRNA构建了子网络,得到包括TGFB2、CTSB、SFN、SPINT1、FAM83G、GSDMA、MPZL3、VIM、CRABP1在内的毛囊发育相关基因,预测出ENSOART00000029117、TCONS_00489976、TCONS_00376759等24个lncRNA的可能靶基因。【结论】首次运用WGCNA方法构建了苏博美利奴羊毛囊发育相关lncRNA与mRNA的共表达网络,鉴别出3个毛囊发育相关的共表达模块,发现多个与毛囊发育相关的潜在候选基因,并预测出24个lncRNA可能的靶基因。

利用Frank-Copula函数构建相关系数,并应用于权重基因共表达网络分析模型的改进。同时,利用该改进模型分析小鼠基因数据,发现在相关度最大的模块中有67个基因与小鼠肥胖导致的体质量问题相关。其中,模型的筛选结果有效率为62.6%,说明其在功能基因筛选应用前景中的科学性、有效性和可行性。

利用Frank-Copula函数构建相关系数，并应用于权重基因共表达网络分析模型的改进。同时，利用该改进模型分析小鼠基因数据，发现在相关度最大的模块中有67个基因与小鼠肥胖导致的体质量问题相关。其中，模型的筛选结果有效率为62.6%，说明其在功能基因筛选应用前景中的科学性、有效性和可行性。

为探究环境光色对工业化养殖豹纹鳃棘鲈（ＰｌｅｃｔｒｏＰｏｍｕｓ ｌｅｏＰａｒｄｕｓ）幼鱼生长、肤色和生理指标的影响，本试验设计了红色光、蓝色光、黑暗和昼夜４种养殖光照环境处理，进行豹纹鳃棘鲈幼鱼（６４．２ｇ±１．１ｇ）９４ ｄ动物实验及其相关指标检测。结果表明：１）试验鱼增重率，昼夜组较黑暗组和红光组分别显著和极显著提高２８．６％和３９．２％（Ｐ＜０．０５，Ｐ＜０．０１），与蓝光组差异不显著；而蓝光组比红光组显著提高３１．２％（Ｐ＜０．０５）。２）试验鱼皮肤胡萝卜素含量，昼夜组分别显著高于蓝光组和黑暗组４５．７％和６８．５％（Ｐ＜０．０５），与红光组的差异不显著。同时新发现，各处理组试验鱼皮肤．．．

为了探索利用室外大型水泥池进行豹纹鳃棘鲈(Plectropomus leopardus)人工育苗的技术模式,通过在室外大型水泥池顶部加盖遮光太阳板半封闭顶棚,对育苗水体进行控光、控温和防雨,进行该鱼人工育苗过程中水处理技术、饵料培育技术和育苗方法的研究。2010年3～7月,累计放卵5批次,共培育出全长2.5～3.0 cm的鱼苗21.9×104ind,受精卵平均孵化率达81.4%,育苗平均成活率达5.59%;初孵仔鱼平均全长1.6mm,在早期发育阶段每经历一次饵料转变,都会带来仔稚幼鱼的快速增长;该鱼摄食时间主要集中在白天,随着个体生长发育,饵料出现顺序依次为原生动物、轮虫、桡足类、蒙古裸腹蚤。...