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[期刊] 南京农业大学学报  [作者] 李彬  粟寒  李艳华  缪爱斌  吴翠萍  安榆林  
建立了豇豆两种种传病毒豇豆花叶病毒(CPMV)和黑眼豇豆花叶病毒(BlCMV)RT-Realtime PCR检测方法以及双重RT-Realtime PCR检测方法。在此基础上,根据免疫学抗原抗体特异性吸附的特点,建立了CPMV和BlCMV免疫捕获反转录荧光定量(IC-RT-Realtime)PCR检测方法以及双重IC-RT-Realtime PCR检测方法。该单重及双重IC-RT-Real-time PCR检测方法具有灵敏度高、特异性强和稳定性好等优点,适用于豆类种苗中对CPMV和BlCMV的检测。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 叶志红  廖富荣  郭木金  方志鹏  陈青  陈红运  林石明  林毅  
【目的】建立一个可同时检测豇豆花叶病毒属(Comovirus)和蚕豆病毒属(Fabavirus)病毒的通用RT-PCR检测方法。【方法】通过基因组序列的多重比对分析,在其保守区域设计简并引物,用于这2个病毒属病毒的通用RT-PCR检测,并进行灵敏性、特异性试验。为便于PCR产物直接测序,在简并引物中引入通用测序引物(RV-M和M13-47),并通过序列分析对病毒种类鉴定。利用该方法对来自福建柘荣的太子参病毒进行检测验证。【结果】设计一对简并引物,建立了一个用于扩增豇豆花叶病毒属和蚕豆病毒属病毒部分依赖于RNA的RNA聚合酶(RdRp)基因的通用RT-PCR方法。该方法成功用于检测安第斯马铃薯斑...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 沈建国  高芳銮  蔡伟  金晶  廖富荣  吴祖建  
【目的】针对进境大豆种子上症状相似的菜豆荚斑驳病毒(Bean pod mottle virus,Bpmv)和大豆花叶病毒(soyBean mosaic virus,smv),建立同时快速检测2种病毒的多重rt-pcr技术。【方法】根据GenBank公布的Bpmv、smv外壳蛋白基因序列,设计2对特异性引物,以复合感染Bpmv、smv的大豆种子为材料,提取dsrna作为模板进行多重rt-pcr的引物浓度、退火温度和循环数的优化。利用优化建立的多重rt-pcr方法分别对健康大豆种子、Bpmv、smv及2种病毒复合感染的大豆种子进行检测,测定该方法的特异性。利用健康大豆种子提取的dsrna,将从复合...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)  [作者] 沈建国  林双庆  蔡伟  李海明  王念武  翁瑞泉  黄可辉  
根据GenBank上登录的黄瓜绿斑驳花叶病毒(CGMMV)外壳蛋白基因保守序列,设计特异性引物,利用试管捕捉RT-PCR(TC-RT-PCR)和免疫捕捉RT-PCR(IC-RT-PCR)技术对黄瓜绿斑驳花叶病毒进行检测.结果表明,TC-RT-PCR和IC-RT-PCR均具有良好的特异性,检测灵敏度分别比DAS-ELISA高10和100倍;通过对一批进境黄瓜样品的检测,验证了2种检测技术的实际应用效果.因此,本研究建立的TC-RT-PCR和IC-RT-PCR检测技术,可有效应用于CGMMV的快速检测.
[期刊] 华北农学报  [作者] 曾钢  叶艳英  闫晓红  马荣才  唐乐尘  姚磊  
芜菁花叶病毒(Turnip mosaic virus,TuMV)是侵染十字花科作物和观赏性物种的主要病害之一。利用反转录酶M-MLV和普通Taq酶,使用一步法多重RT-PCR技术,建立了一种快速、简便、特异性强的检测TuMV的方法。该方法简便,不需先对总RNA提纯,只需室温下在提取液中对病样叶片直接碾磨,用粗提液或浓缩后的DNA-RNA混合物为模板进行检测。2套针对TuMV的特异性引物确保了检测的准确性。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)  [作者] 金晶  付翔  沈建国  蔡伟  梅晨  高芳銮  吴祖建  
根据水仙黄条病毒、水仙退化病毒和水仙花叶病毒外壳蛋白(CP)基因的保守区序列设计3对特异性引物,通过优化包括Mg2+浓度、c DNA浓度、Taq DNA聚合酶浓度等在内的反应条件,建立了能同时检测这3种病毒的多重RT-PCR检测体系,并与单一RT-PCR做了比较.应用该体系能成功对3种病毒混合侵染的水仙样品进行多重RT-PCR扩增,获得751、623和483 bp 3条与预期大小相符的特异性条带,且RNA稀释至10-4倍时仍能被检测到.建立的多重RT-PCR检测体系具有良好的特异性和较高的灵敏度,比单一RT-PCR扩增更加方便、快速.
[期刊] 南京农业大学学报  [作者] 李彬  范永坚  许志刚  周益军  吴淑华  程兆榜  
采自江苏省南京市郊区的小麦病毒病样品提纯后 ,经SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳 ,结果表明 ,病毒外壳蛋白 (CP)为单一组分 ,相对分子质量为 36 5× 10 3 。经 1 2g·dL-1琼脂糖凝胶电泳检测 ,病毒核酸有两个组分 ,即RNA1和RNA2。根据AnbeSohn发表的小麦梭条花叶病毒RNA 13′端部分核苷梭序列 ,设计一对引物 ,以提纯样品的RNA1为模板 ,经RT PCR扩增出包含CP基因在内的 1 7kb的特异性目的片段 ,据此鉴定所采集的毒原为小麦梭条花叶病毒 (WSSMV)。
[期刊] 草业科学  [作者] 杜江   马振男   王德富   牛颜冰  
鹅绒藤(Cynanchum chinense)是一种传统中药,为明确造成鹅绒藤叶片花叶症状的原因,本研究采用小RNA深度测序技术结合RT-PCR的方法鉴定引起山西太谷鹅绒藤病毒花叶症状的病原,并通过生物信息学的手段对病毒序列进行分析。结果表明,鹅绒藤样品经小RNA深度测序技术共获得15 039 334个原始序列,将拼接contigs与NCBI中的病毒数据库进行比对注释,结果显示为苜蓿花叶病毒(AMV)和黄瓜花叶病毒(CMV)。利用特异引物克隆了AMV和CMV的外壳蛋白(CP)和移动蛋白(MP)基因全序列,分别命名为AMV-BR和CMV-BR。通过序列比对分析,发现AMV-BR CP氨基酸序列和核苷酸序列与AMV分离物AMV-Gyn(MH332899)、Dich-rep(MW835989)和VIC-320(MF075254)的相似性均达到100%;MP氨基酸序列和核苷酸序列与AMV分离物AMV-Gyn(MH332899)的相似性最高,均为99.3%。CMV-BR CP氨基酸序列和核苷酸序列分别与CMV亚组ⅠA中CMV分离物YA17(MH119159)的相似性最高,分别为100%和99.1%;MP氨基酸序列和核苷酸序列与CMV亚组Ⅰ分离物PV-0185(ON013887)的相似性最高,分别为98.2%和96.4%。MP和CP氨基酸序列系统进化分析表明,CMV-BR属于CMV亚组Ⅰ中的成员。这是首次在山西鹅绒藤上检测到AMV和CMV,该研究有助于深入了解AMV、CMV的分子进化,也为鹅绒藤病毒病的防治提供一定的理论依据。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)  [作者] 朱小甫  张志  李晓成  陈德坤  吴旭锦  
为了优化猪瘟病毒的RT-nested PCR检测方法,对福建省猪瘟流行情况进行了调查。根据GenBank上发表的猪瘟病毒Shimen株基因序列设计并合成了2对引物,优化了猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV)的RT-nested PCR检测方法,并对所优化的RT-nested PCR特异性进行了检验。结果表明,该方法检测CSFV cDNA含量的最低极限为1×10-7ng/mL,只有CSFV扩增出了272 bp的目的条带,从猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪流感病毒(SIV)、猪圆环病毒2型(PCV2)、猪伪狂犬病病毒(PRV)和猪细小病毒(PPV)阳...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 谢丽雪  郑姗  张立杰  张小艳  李韬  
【目的】蓝莓休克病毒(BlueBerry shock virus,Blshv)是蓝莓上主要病毒之一,侵染蓝莓后能够对其产量造成严重影响。研究旨在建立用于Blshv快速检测的ic-rT-nesTed Pcr技术,为该病毒的检测鉴定提供可靠的技术手段。【方法】根据GenBank已报道的Blshv基因序列,设计一对外侧引物(Blshv-F/Blshv-r)和一对内侧引物(Blshv-1/Blshv-2),以感染Blshv的蓝莓病叶为材料,利用免疫ic-rT-Pcr(免疫捕获rT-Pcr)和nesTed Pcr(巢式Pcr)建立Blshv的ic-rT-nesTed Pcr检测技术;分别以Blshv、蓝...
[期刊] 水产学报  [作者] 乌日琴  但学明  刘中勇  林志雄  陈芳  刘芸莉  张艺宜  
根据多重RT-PCR的技术原理,利用对虾传染性表皮与造血组织坏死症病毒、白斑综合征病毒、黄头病毒和桃拉综合征病毒的基因序列分别设计了4对特异引物,建立多重RT-PCR体系用于虾4种病毒的检测。多重RT-PCR体系能特异地扩增出IHHNV、WSSV、YHV和TSV的目的片段:TSV特异性扩增片段508 bp,WSSV特异性扩增片段435 bp,IHHNV特异性扩增片段301 bp和YHV。特异性扩增片段614 bp。结果表明,多重PCR虾病毒检测系统具有较高的特异性和敏感性,并对其它对虾病原呈阴性。IHHNV、TSV、WSSV和YHV模板在多重PCR虾病毒检测体系中的检测下限分别为0.1,1,0...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)  [作者] 郑新添  黄翠琴  黄其春  戴爱玲  谭晓珺  
【目的】建立检测胞内劳森菌的SYBR Green Ⅰ realtime PCR方法,为猪增生性肠炎的准确诊断奠定基础。【方法】针对胞内劳森菌16S rDNA序列设计引物,扩增16s rDNA,构建pTLI16S重组质粒。以pTLI16S为模板建立检测胞内劳森菌的SYBR Green Ⅰ realtime PCR方法,检测其特异性、敏感性和重复性,并用该方法对51份疑似增生性肠炎病例进行检测。【结果】建立的SYBR Green Ⅰ realtime PCR方法特异性强,与大肠杆菌、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌和副猪嗜血杆菌等无交叉反应;在标准质粒含量为1.0×102~1.0×108拷贝/μL时,质粒...
[期刊] 中国水产科学  [作者] 罗卫  李惠芳  刘荭  陈焕春  范万红  刘宗晓  田飞焱  王侃  吕建强  
根据GenBank中登录的鱼类神经坏死病毒CP基因序列,选择高度保守区域设计引物和TaqMan荧光探针,通过对实时荧光RT-PCR反应条件进行优化,建立了用于检测鱼类神经坏死病毒的实时荧光RT-PCR方法。利用该方法检测鱼类神经坏死病毒及其他多种常见的水生动物RNA病毒,结果只能检测到目的病毒,表明其具有良好的特异性。灵敏性试验发现,其最低检测限可达1.2pg/μL的总RNA。与RT-PCR的灵敏度对比试验表明,其敏感度比RT-PCR高100倍。对同一样品进行检测,在组内及组间的变异系数分别为0.9%以及1.5%,证实其重复性极好,并且从抽提核酸到得出结果仅需4h。对临床500份样品进行鱼类神...
[期刊] 华北农学报  [作者] 冯丽婷  张剑峰  迟胜起  
针对甘薯生产上发生为害严重的甘薯RNA病毒—甘薯羽状斑驳病毒(SPFMV)、甘薯褪绿矮化病毒(SPCSV)、甘薯G病毒(SPVG)和甘薯C病毒(SPVC),建立了多重RT-PCR检测方法。首先根据GenBank中收录的这些病毒的外壳蛋白(CP)基因的保守序列,利用Premier 5.0软件分别设计并合成了上述4种病毒的特异性引物;以4种病毒的下游特异性引物合成的cDNA为模板,在同一体系中同时加入上述4种甘薯病毒引物进行PCR扩增,初步建立这4种甘薯RNA病毒的最佳多重RT-PCR体系;通过对该多重RT-PCR体系的退火温度、延伸时间、dNTPs量、模板量、引物浓度等条件的优化,建立了能够同时检测这4种甘薯RNA病毒的最优四重RT-PCR检测体系,并对优化的多重RT-PCR体系进行了挑战测试和灵敏度测试。试验结果显示,优化的多重RT-PCR体系,各病毒引物之间不会出现交叉干扰,所扩增的4条目的条带清晰,能够明确区分上述4种甘薯病毒;挑战检测和灵敏度测试显示,此检测体系特异性强且灵敏度高。所建立的上述4种甘薯RNA病毒的多重RT-PCR检测方法能同时检测4种甘薯病毒,不仅准确灵敏,而且降低了检测成本,提高了病毒检测效率。
[期刊] 西南农业学报  [作者] 黎铭  李咏梅  熊建华  陈秀荔  蒋伟明  曾地刚  彭敏  杨春玲  马宁  陈晓汉  
病毒检测在预防和控制对虾病毒性疫病实践中具有重要的作用和意义。为了提高对虾病毒检测的快速性和简便性,建立了一种可同时检测6种对虾病毒的RT-PCR方法,并利用该方法对来自广西沿海地区的130份病虾样品中的黄头病毒(YHV)、白斑综合征病毒(W SSV)、桃拉病毒(TSV)、肝胰腺坏死病毒(HPV)、传染性皮下组织坏死病毒(IHHNV)以及杆状病毒(MBV)进行了检测。检测结果:白斑综合征病毒发病率最高,检出率高达73.8%;传染性皮下组织坏死病毒发病率为18.5%;桃拉病毒检出率为3.1%;未检出黄头病毒、肝胰腺坏死病毒和杆状病毒。该RT-PCR方法扩增得到的片段经测序,结果与标准毒株的核酸数...
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