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[期刊] 华北农学报
[作者]
高建明 邱丽娜 桂枝
为了研究谷子基因组中SSR的分布偏好，采用生物信息学方法搜索和分析了谷子基因组中SSR在基因座5′侧翼区、3′侧翼区、外显子区和内含子区的分布规律。结果发现，随着5′侧翼区与起始密码子间距离的增加，SSR在5′侧翼区的频率与其基因组频率的比值(相对频率)逐渐下降，在1～700 bp区域内相对频率远大于1.50,而在3′侧翼区、外显子区和内含子区中SSR的相对频率均接近1.00。进一步分析发现，随着5′侧翼区与起始密码子间距离的增加，不同单一SSR类型的相对频率的变化趋势各不相同，总体上，包括CCG、AG、AGG、AGGG、ACC和AGC在内的这6个SSR类型在5′侧翼区的频率和相对频率均较高，其中，AG在5′侧翼区相对频率大于1.5的区域最大(1～1 800 bp),而在CCG的区域最小(1～200 bp)。在外显子区，CCG、AGG、AGC、ACG和ACC这5个高C/G含量的三碱基SSR类型具有较高的频率和相对频率。综上，SSR在基因座5′侧翼区1～700 bp内特异性出现，其中，包括CCG、AG、AGG、AGGG、ACC和AGC在内的6个SSR类型为主要的特异性分布类型；而在基因座3′侧翼区、外显子区和内含子区中，SSR的分布与整个基因组无明显差别，但在外显子区，CCG、AGG、AGC、ACG和ACC这5个SSR类型具有明显的分布特异性。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
高建明 桂枝 施利利 赵飞
【目的】旨在分析简单重复序列(Simple Sequence Repeat，SSR)在粳稻（Oryza sativa ssp japonica)基因组中的分布偏好性。【方法】采用生物信息学的方法搜索和分析全基因组中SSR在基因座5'侧翼区、3'侧翼区、外显子区和内含子区的分布规律。【结果】随着5'侧翼区距起始密码子距离的增加，SSR的相对频率(某一区域的频率与基因组频率的比值)逐渐下降，且在1～500 bp区域内大于1.50；在外显子区和3'侧翼区，SSR的相对频率略大于1.00，而内含子区SSR的相对频率明显小于1.00。进一步分析发现，在5'侧翼区，CCG、AGG和AG这3类SSR的频率最高，其相对频率分别在1～200、1～400、1～600 bp区间内大于1.50；在3'侧翼区，A、ATCG、AAG和AATT等4类SSR表现出较高的频率和较高的相对频率，但它们的相对频率大于1.50的区域并不相同；外显子区的SSR大多数为三碱基类型，其中，CCG、AGG、ACG、AGC和ACC这5种高C/G含量的SSR类型在外显子区的频率和相对频率均较高；在内含子区，A具有较高的频率和相对频率。【结论】SSR在基因座5'侧翼区大约1～500 bp范围内特异性出现，CCG、AGG和AG为主要的3个特异性分布SSR类型；外显子区和3'侧翼区的SSR频率与基因组频率接近，前者的SSR类型以C/G含量较高的三碱基类型，即CCG、AGG、ACG、AGC和ACC为主，后者以A、ATCG、AAG和AATT为主；而内含子区较少出现SSR，但A为主要的特异性分布类型。本研究可为更好地理解SSR的功能和开发水稻SSR分子标记提供参考。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
全德润 王李宝 黎慧 史文军 朱健强 顾舒文 顾晨 任乾 万夕和
为开发虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei, EHP)及其近缘种的分子标记,本研究采用生物信息学方法,对虾肝肠胞虫全基因组中SSR (simple sequence repeat,简单重复序列)位点的数量、分布及频率等信息进行统计分析,并与其他5种微孢子虫真菌物种基因组进行了比较。在虾肝肠胞虫基因组中共搜索到794个SSR,总长度为21773 bp,占基因组的0.72%, SSR的平均长度为27.43 bp,相对丰度为262 loci/Mb,相对密度为7184.43 bp/Mb。6种SSR类型中,四核苷酸SSR数量最多,有570个,总长度为12152 bp,占SSR总数的71.79%,平均长度为21.32 bp,相对丰度为188.08loci/Mb,相对密度为4009.79bp/Mb;二核苷酸SSR数量最少,仅有20个,总长度为280bp,占SSR总数的2.52%,平均长度为14bp,相对丰度为6.6loci/Mb,相对密度为92.39bp/Mb。基因组高频率(≥10)出现的SSR重复类型为:AACT, TTAG, TAGT, ACTA, AGTT, CTAA, AACTA, GTTA, TTAGT, TAAC, AT。选择序列长度不小于20 bp的多核苷酸SSR共计30个,进行引物设计用于物种鉴定。利用GO数据库对含SSR基因进行功能注释,共有28个基因(3.53%)注释到分子功能、生物进程及细胞组分3类中。将虾肝肠胞虫与其他微孢子虫真菌相比,虾肝肠胞虫中SSR的数量及相对丰度适中,由此可知基因组大小与SSR数量无关。本研究为虾肝肠胞虫的种群遗传及进化相关研究奠定了基础。
关键词：
虾肝肠胞虫 基因组 微卫星 分子标记
[期刊] 中国农业科学
[作者]
关玲 章镇 王新卫 薛华柏 刘艳红 王三红 乔玉山
【目的】通过对‘金冠’苹果基因组SSR位点的统计分析,为蔷薇科果树应用SSR分子标记进行高通量的遗传分析提供理论与实践基础。【方法】运用NCBI数据库中‘金冠’苹果基因组数据,分析其SSR位点分布情况,并根据SSR位点的搜索结果,设计68对引物(每条染色体设计4对),利用苹果品种对所设计引物进行应用性验证并利用梨杂交群体进行通用性检测。【结果】苹果基因组中SSR序列主要是完全重复型,17条染色体共存在163 426个SSR位点,平均每隔3.22 kb存在1个。单核苷酸至三核苷酸重复基序在染色体水平上分布较均匀,而四核苷酸至六核苷酸重复基序的分布差异较大。单核苷酸与二核苷酸重复基序所占比例最大,...
关键词：
苹果 基因组 SSR 应用
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王宇 唐冬梅 仲伟敏 马玉华 张敏
【目的】为"红阳"猕猴桃种质资源鉴定与分子标记进行辅助育种提供理论基础。【方法】基于红阳猕猴桃全基因组数据,对其进行SSR标记分析以及基因密码子偏性分析。通过生物信息学方法,分别以全基因组及碱基数不小于300 bp的蛋白质编码序列为研究对象,利用GMATA、Codon W和SPSS对红阳猕猴桃进行SSR标记与基因密码子使用偏性分析。【结果】扫描红阳猕猴桃全基因组得到的247 012个SSR单元中,二核苷酸重复单元最多,占87.7%;长度为10 bp的SSR占比最高,为33.4%。红阳猕猴桃基因的GC平均含量、GC12含量和GC3含量分别为47.10%、47.6%和45.87%;红阳猕猴桃的密码子使用模式与大肠杆菌和酿酒酵母密码子使用模式差异较大,与毕赤酵母较接近;中性作图表明,GC3s与GC12无明显相关性;ENC作图表明,大部分基因位于曲线周围;红阳猕猴桃28个最优密码子中,除CGA以A结尾外,其他密码子均以C或G结尾,说明红阳猕猴桃最优密码子偏好使用以C/G结尾的密码子。【结论】红阳猕猴桃全基因组具有丰富的SSR位点,可用于高效、快速地进行SSR引物的开发。红阳猕猴桃基因密码子使用模式受压力突变和自然选择等多重因素的影响;选取毕赤酵母作为红阳猕猴桃基因的异源表达宿主较合适。
关键词：
红阳猕猴桃 SSR标记 密码子偏性
[期刊] 中国林业科学研究院
[作者]
包文泉
仁用杏是我国特有的生态经济型树种,也是我国六大木本粮油树种之一。仁用杏浑身是宝,被誉为“铁杆庄家”。与其他杏相比,仁用杏具有适应性强、丰产、出仁率高、营养和经济价值高等优良特点,具有极高的生态维护功能和开发利用潜力。但目前关于仁用杏的分类地位在学术界尚有争议,遗传背景不清晰,阻碍了仁用杏长期育种工程研究的进展,从而制约了这一优良遗传资源的产业化开发。本研究选取仁用杏、普通杏和西伯利亚杏,分别采用形态学分类法、叶绿体全基因组序列比对分析及核基因组SSR分析技术,对仁用杏的分类地位进行了系统研究。主要研究结果
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李亚军 杨宇琭 孙蓉 李旭凯 李红英
为探究转座子(Transposable elements, TEs)在谷子、水稻驯化过程中的变异，选取谷子(Setaria italica)、狗尾草(Setaria viridis)、栽培稻(Oryza sativa japonica,Oryza sativa indica)、野生稻(Oryza rufipogon,Oryza nivara)的基因组进行转座子注释，统计分析各类转座子在基因组中的插入数及位置，对调控落粒、分蘖、抽穗期和株高等驯化相关基因进行相似性比对。结果表明：在‘晋谷21’突变体(xiaomi)基因组中插入的转座子数目比狗尾草中多4 865个，‘豫谷1号’基因组中插入的转座子数目比狗尾草中少6 286个，而水稻栽培种基因组中转座子数目及所占比例仅为野生种的1/2。在落粒、米色等驯化相关基因中转座子插入在数目及位置上都存在差异，在谷子落粒基因中，谷子基因存在转座子插入，而狗尾草基因中不存在；在谷子米色相关基因中，狗尾草基因中存在转座子插入，谷子基因中不存在。转座子介导驯化相关基因功能变异，历经较长时间的农业生产将适合栽培的农艺性状稳定了下来。
关键词：
转座子 谷子 水稻 栽培 驯化
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
白翠翠 柳淑芳 庄志猛
为了解虾虎鱼科（Ｇｏｂｉｉｄａｅ）鱼类基因组遗传结构特征，本研究自主开发矛尾复虾虎鱼（ＳｙｎｅｃｈｏＧｏｂｉｕＳ ｈａＳｔａ）微卫星序列１５３条，结合从Ｇｅｎ ｂａｎｋ中筛选出的虾虎鱼科微卫星序列５３５条，合计６８６条微卫星序列，隶属于１９种虾虎鱼，序列总长度为２９５０６２ ｂｐ，包含４７３个微卫星位点，微卫星位点累计长度为３３３７０ ｂｐ。统计微卫星重复类型，发现在所有微卫星重复类型中以二碱基重复出现次数最多，位点数为３６１个，占总微卫星的７６．３２％，其中，重复拷贝类别最多的是ａｃ（３４０个），占全部微卫星的７１．８８％，占二碱基重复微卫星的９４．１８％，在二碱基重复类型中没有发现ａｔ和Ｇ．．．
关键词：
虾虎鱼科 微卫星 基因组
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
金伟波 吴方丽 孔栋 郭蔼光 杨淑慎
一些低丰度的m iRNA和组织特异性m iRNA往往很难发现,利用生物信息学方法,根据已知水稻m iRNA的各种属性,设计m iRNA前体预测程序——P reM iRF ind,从全基因组范围中预测出1 375条m iRNA前体,然后利用已知拟南芥的m iRNA对这1 375条前体进行同源检索,找出166条m iRNA前体,再用水稻已知的m iRNA对这166条序列进行检索,发现其中153条与已知的水稻m icroRNA完全相同,对剩余的13条m iRNA前体预测序列用m Fo ld作进一步结构分析,最后得到10条新的候选m iRNA基因序列。
[期刊] 华北农学报
[作者]
王小国 梁红艳 张薇
引物的通用性研究对于降低引物开发的成本具有重要的意义。为此,本试验选取来源于小麦基因组的41对SSR引物,对其在早熟禾亚科不同属4种植物中的通用性进行了分析。所选取的41对引物在大麦、燕麦、小黑麦和三芒草4种供试植物中的扩增成功率分别为73.2%,82.9%,87.8%和85.4%,有些引物在特定植物中还会出现特异性条带,以上结果表明,从小麦基因组上开发的SSR引物,在早熟禾亚科不同种属植物间有较高的通用性。
关键词：
小麦基因组 SSR 早熟禾亚科 通用性
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
周思琦 龚文兵 夏志兰 吴秋云 王亚东
利用GenBank数据库中秀珍菇(Pleurotus pulmonarius)的全基因组序列进行简单重复序列(SSR)位点挖掘。在秀珍菇PM＿ss5基因组中共检测出2348个SSR位点，相对丰度为平均1 Mb中含有59个SSR位点；所有SSR位点中，以二核苷酸SSR为主(51.8%)，三核苷酸SSR次之(27.7%)；经鉴定的秀珍菇SSR位点包含141种碱基基序，优势碱基基序为GA/TC、CT/AG;SSR长度变化范围为10～156 bp，其中，10～15 bp的SSR位点占比为77.2%；在秀珍菇和其他4种侧耳属真菌基因组中，都是以短核苷酸SSR为主，秀珍菇二核苷酸SSR占比高于其他侧耳属菌株；利用筛选的53对多态性引物对18个秀珍菇菌株进行遗传多样性分析，结果发现参试菌株表现出中度遗传多样性，平均Shannon信息指数为0.38，平均Nei’s基因多样性为0.23，平均有效等位基因数为1.35。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李海梅 沈佳 赵娟 娄群峰 李季 陈劲枫
[目的]基于黄瓜线粒体父系遗传特性,研究线粒体基因组SSR(mitochondria genome simple sequence repeat,mt SSR)标记技术在黄瓜杂交种纯度鉴定上的可行性。[方法]根据黄瓜线粒体基因组序列开发特异性标记,选用不同生态型的黄瓜品种对标记进行筛选,利用多态性引物对人为掺假的黄瓜F1种子进行纯度检测。[结果]从72对标记中,共筛选出4对在30份黄瓜品种呈现出多态性的引物,其中mt SSR4引物扩增出102和107 bp的多态性片段;mt SSR10引物扩增出196、224和242 bp的多态性片段;mt SSR29引物扩增出226、239和280 bp的多...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
周思琦 龚文兵 夏志兰 吴秋云 王亚东
利用GenBank数据库中秀珍菇(Pleurotus pulmonarius)的全基因组序列进行简单重复序列(SSR)位点挖掘。在秀珍菇PM＿ss5基因组中共检测出2348个SSR位点，相对丰度为平均1 Mb中含有59个SSR位点；所有SSR位点中，以二核苷酸SSR为主(51.8%)，三核苷酸SSR次之(27.7%)；经鉴定的秀珍菇SSR位点包含141种碱基基序，优势碱基基序为GA/TC、CT/AG;SSR长度变化范围为10～156 bp，其中，10～15 bp的SSR位点占比为77.2%；在秀珍菇和其他4种侧耳属真菌基因组中，都是以短核苷酸SSR为主，秀珍菇二核苷酸SSR占比高于其他侧耳属菌株；利用筛选的53对多态性引物对18个秀珍菇菌株进行遗传多样性分析，结果发现参试菌株表现出中度遗传多样性，平均Shannon信息指数为0.38，平均Nei’s基因多样性为0.23，平均有效等位基因数为1.35。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
林恩文 林榕榕 陈钦常 雷雯 徐秀明 方静平
基于龙眼基因组和转录本数据，共鉴定了260 204个SSR位点，平均每1 Mb含有538.24个SSR位点.在全基因组中，二核苷酸重复基序所占比例最大，为36%;在转录本中，三核苷酸重复基序所占比例最大，达50%.在基因组序列和转录本中，发现不同长度基序的SSR重复次数的分布规律基本相似，均表现为基序越短，重复次数越多，出现频率越高.在全基因组中，共有20 761个基因含有SSR位点，16 381个基因不含SSR位点，SSR位点多分布于基因的内含子区域.此外，龙眼及其近缘种全基因组SSR分布规律比较分析表明，龙眼SSR的分布规律与荔枝最为相似，龙眼与荔枝的近缘关系也高于其他物种；在本研究所有物种的SSR序列中，A+T含量均显著高于G+C含量，表明含有A/T核苷酸的SSR位点在无患子科植物中的含量尤为丰富.
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