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[期刊] 华北农学报
[作者]
黄渺 罗悠悠 倪芮 肇瑾
为研究ARP在观赏辣椒低温胁迫下的响应情况，旨在为后续观赏辣椒低温下基因功能研究提供理论基础。通过RT-PCR技术从观赏辣椒中克隆得到与辣椒、番茄、马铃薯的同源ARP基因，命名为CfARP,分析其在观赏辣椒不同组织以及低温处理下的表达情况；通过利用生物信息学分析进行基因蛋白编码情况、理化性质、基因亲缘关系研究，并利用qRT-PCR技术检测CfARP在观赏辣椒不同组织以及低温处理下的表达量。结果表明，CfARP基因CDS序列为342 bp,与辣椒(遵辣1号)同源性为100%,可编码113个氨基酸，含有一个保守的Auxin-repressed结构域；蛋白理化分析发现，CfARP蛋白分子量为12.156 ku,等电点为10.22,亲水性平均系数为-0.913,初步预测CfARP为亲水性蛋白；与其他物种ARP氨基酸序列对比发现，CfARP在茄科植物中高度保守。实时荧光定量PCR结果显示，CfARP基因在观赏辣椒茎中表达量最高，根中次之，叶和花中相对较少；CfARP基因的表达量随着低温处理时长的增加而不断升高。初步推测CfARP在观赏辣椒响应低温胁迫过程中具有一定作用。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王莹 林多 杨延杰 王莉月 马静
【目的】为研究辣椒耐盐品种,提高耐盐性和抗旱性,对干制辣椒(Capsicum annuum L.)CaNAC61基因进行克隆、生物信息学和表达水平分析。【方法】采用RT-PCR的方法,从辣椒中克隆得到CaNAC61基因,并分析该基因编码蛋白的理化性质、蛋白质二级和三级结构、系统进化树。采用qRT-PCR分析CaNAC61基因在胁迫处理下的表达情况。【结果】获得干制辣椒NAC转录因子CaNAC61(Genebank登录号:XM_016719693.1)基因,该基因的开放阅读框长度为885 bp,编码294个氨基酸,蛋白质相对分子质量为33.67 kD,理论等电点为6.26。CaNAC61与不同植物中NAC家族成员同源性比对和进化树分析表明,CaNAC61属于NAC转录因子家族ATAF亚家族成员。荧光定量分析表明,CaNAC61在6种非生物胁迫处理下均有响应。其中,NaCl处理下表达上调较为显著,其次是干旱处理。【结论】本文成功克隆出CaNAC61基因,为研究辣椒NAC转录因子的功能提供参考依据。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘辰 马宁 付楠 李欣 郭爽 沈火林
【目的】对辣椒差减文库中挑选出的4个育性相关候选基因进行克隆与表达分析,探讨其与辣椒细胞核雄性不育的关系。【方法】通过半定量RT-PCR技术分析候选EST在辣椒可育株和不育株中的表达情况。利用RACE技术获得4个育性相关基因的cDNA全长,结合生物信息学方法进行序列比对和蛋白理化性质分析。采用半定量RT-PCR检测基因在不同器官(花药、子房、花瓣、萼片和叶片)和花药小孢子不同发育时期(四分体时期、单核早中期、单核靠边期和双核期)的表达量。【结果】根据比对注释结果,将4个基因分别命名为CaSEP1、CaPROF、CaOle e 6和CaPCP。CaSEP1全长1 108 bp,编码221个氨基酸...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
胡双发 彭彦 赵燕 刘峰 张学文
对辣椒细胞质雄性不育系‘9704A’和其同核保持系‘9704B’早期花蕾转录组的Solexa测序结果进行分析,发现1个差异性表达基因,其在不育系中的表达比在保持系中的表达高10倍,该基因与番茄、葡萄、拟南芥中的hsf基因同源性分别为87%、73%和70%,推测该基因为辣椒的hsf基因。根据该基因序列设计引物,从辣椒‘9704A’中克隆该基因的全长及核心cDNA序列,克隆到的hsf全长与核心序列与转录组测序获得的序列一致,进一步分析表明,该基因属于hsf基因家族成员。用定量PCR分析hsf基因在‘9704A’和‘9704B’2种辣椒的根、茎、叶和晚期花蕾中的表达情况,结果表明,该基因在不育系叶组...
关键词：
辣椒 雄性不育 热激转录因子 定量分析
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
邹金城 邢玉平 孙华伟 李强楷 吴琦 贾祖群 张孝然 徐敬友 童蕴慧 陈孝仁
通过挖掘辣椒疫霉中的外泌蛋白激发子elicitins的基因序列,分析其转录特征,克隆基因序列并进行瞬时表达,以阐明其在辣椒疫霉生长发育和侵染过程中的作用。本研究利用转录组测序结果和致病疫霉INF1序列作为比对序列,对辣椒疫霉基因组数据库进行elicitins序列挖掘。采用RT-PCR方法分析elicitins基因在辣椒疫霉生长发育(菌丝、游动孢子囊、游动孢子、萌发的休止孢)和侵染寄主阶段(本氏烟灌根1.5、3、6、12、24、36和72 h后)的转录水平。克隆elicitins基因序列,并与其他卵菌的elicitins进行序列比对,分析进化关系。在本氏烟上进行elicitins的瞬时表达分析。...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
黄小云 陈再刚 杨俊年 胡廷章
利用RT-PCR技术,通过同源克隆从辣椒中分离到CaCOI1.2基因,采用生物学软件对序列进行生物信息学分析,采用实时定量RT-PCR技术分析基因的表达模式。结果表明:克隆到的CaCOI1.2基因长度为2041 bp,推测其读码框大小为1812 bp,编码603个氨基酸。在CaCOI1.2蛋白质N-端有一个F-box结构域,C-端有6个富含亮氨酸结构域。CaCOI1.2蛋白的氨基酸与已知其他植物COI1蛋白序列有53.03%~93.37%的一致性。聚类分析结果显示:CaCOI1.2与番茄、烟草和葡萄等双子叶植物的亲缘关系较近,而和水稻、玉米、高粱等单子叶植物的亲缘关系较远。CaCOI1.2在辣...
[期刊] 华北农学报
[作者]
廖铭宇 肖佳林 李丽缘 宋钰 黄湖荣 杨博智
为探究CaMADS6表达量与辣椒花器官发育之间的关系，以辣椒不育系9704A和保持系9704B为试验材料，克隆CaMADS6进行生物信息学预测，并分析该基因在两系中的时空表达特性。结果表明，从9704A和9704B中克隆得到的CaMADS6编码区序列一致，序列长744 bp,编码247个氨基酸残基。CaMADS6蛋白相对分子量为28.67 ku,理论等电点为8.98,为亲水性蛋白，无跨膜结构，二级结构中α螺旋占57.49%、延伸链占8.91%、无规则卷曲占28.74%。CaMADS6与辣椒CaFUL2同源性100%,蛋白结构域具有典型的MADS-box特征；CaMADS6在两系各发育时期不同器官中均有表达，表达量大小均为花蕾中最高、其次为叶和茎，根中几乎不表达。9704A茎中CaMADS6表达量在苗期、花蕾期和成株期3个发育时期中均显著低于9704B茎中的表达量，叶中CaMADS6表达量在成株期极显著低于9704B叶中表达量。花蕾中CaMADS6表达量在花蕾期和成株期均极显著高于9704B花蕾中表达量，分别为9704B的2.2,3.5倍；CaMADS6在两系植株花器官不同部位均能表达，表达量由大到小依次为花萼、花冠、子房、花药，其中9704A花萼和花冠中CaMADS6表达量极显著或显著低于9704B,分别为9704B花萼、花冠中CaMADS6表达量的66%,83%,花药中CaMADS6表达量为9704B表达量的34倍，两者差异极显著，推测CaMADS6基因在花药中的异常表达与辣椒雄性不育密切相关。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李俊 王开峰 张正光 王源超 郑小波
【目的】克隆Phytophthora capsici的elicitin基因并对其原核表达产物的生物活性进行研究。【方法】根据疫霉菌elicitin基因序列的保守性设计了2条引物,采用RT-PCR从P.capsici中克隆到长度为357bp的cDNA片段。【结果】将该cDNA在网上进行分析表明该基因的编码产物为P.capsici的elicitin,即capsicin;该蛋白质N端前20个氨基酸为信号肽,等电点为4.2。同时将该蛋白质的氨基酸序列与Genbank中登录的14个elicitin进行聚类分析,发现所克隆的elicitin与Phytophthora drechsleri的α-elicit...
[期刊] 林业科学
[作者]
耿慧 沈红香 姚允聪 田佶 宋婷婷
以苹果属观赏海棠品种‘王族’叶片提取的总RNA为模板,通过RT-PCR与RACE扩增,获得1条660bp的查尔酮异构酶(CHI)基因的全长cDNA序列,编码219个氨基酸,命名为McCHI。该基因DNA序列全长1180bp,由3个内含子和4个外显子组成,具有CHI基因的典型结构。采用实时荧光定量PCR和紫外可见光分光光度计法,对3类不同叶色类型的观赏海棠品种‘火焰’(绿色类叶片)、‘绚丽’(新叶有色类红色叶片)、‘高原之火’(新叶有色类红色叶片)和‘王族’(常色叶类紫色叶片)幼叶和功能叶中的McCHI表达及其花色苷含量进行测定分析,结果表明:McCHI在4个品种的幼叶和功能叶中均有表达,其表达...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张丽英 陈儒钢 张俊红 欧阳波 肖景华 李汉霞 叶志彪
【目的】利用同源序列法分离辣椒抗病基因同源序列。【方法】根据已知植物抗病基因的NBS-LRR保守结构域设计简并引物,以辣椒品系PR205基因组DNA为模板对抗病基因同源序列进行扩增。【结果】获得了25个抗病基因同源序列(resistance gene analogs,RGAs),聚类分析将其分为7个不同的类别。由其核酸序列推导的氨基酸序列与Mi-1.2、prf、Hero、I2C-1、RPM1基因相应区域的同源性为27.4%～98.2%。其中RGA-p20与Mi-1.2基因的核苷酸和氨基酸序列相似性均达到99%,确认RGA-p20为抗根结线虫基因的一部分,即辣椒中也含有与Mi基因同源的根结线虫抗...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
敖冬慧 胡云飞 向贵生 刘佳 聂石圆 田洋 唐卿雁
【目的】鉴定辣木中MoGAD基因，并对其进行克隆、生物信息学分析和表达水平分析，为探究辣木MoGAD基因的功能与γ-氨基丁酸（GABA）生物合成的关系奠定了基础。【方法】以拟南芥（NP＿197235.1）和葡萄（XP＿002285268.1）GAD蛋白序列为参考，通过本地BLAST方法，利用TBtools软件在辣木转录组数据中挖掘MoGAD家族基因，采用PCR技术对其进行克隆，并通过生物信息学在线分析网站和分子对接技术分析MoGAD蛋白的理化性质和催化活性位点，采用实时荧光定量RT-qPCR技术分析MoGAD基因在不同组织中的表达水平。【结果】在转录组数据中挖掘到4个MoGAD基因并成功对其进行克隆，测序的CDS区长度分别为：1494 bp、1212 bp、1470 bp和942 bp；MoGAD1、MoGAD3和MoGAD4蛋白不存在跨膜结构域，属于膜外蛋白。其中MoGAD2蛋白序列在第5～27和60～82氨基酸位置存在跨膜结构，此段序列编码蛋白为分泌蛋白；系统发育分析显示MoGAD1基因家族所在分枝基因Motif数量最多；分子对接表明4个MoGAD蛋白存在磷酸吡哆醛（PLP）和L-谷氨酸结合位点，且每个蛋白有多个氨基酸残基与PLP，L-谷氨酸形成氢键；荧光定量分析显示MoGAD1和MoGAD2基因在嫩叶、成熟叶和花中的表达量显著高于MoGAD3和MoGAD4基因，但这些基因在茎中表达量较低，推测MoGAD酶主要参与辣木叶部位GABA的生物合成。【结论】文章成功克隆了辣木的MoGAD基因，并分析其编码蛋白的理化性质及与底物结合的功能活性位点，为进一步研究MoGAD基因的功能提供了理论依据。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
李秀敏 董轩 汤冰倩 杨慧萍 陈莹 熊程 邹学校 刘峰
利用辣椒的全基因组数据从辣椒中鉴定出了10个WOX基因，并按照其在染色体上的分布顺序命名为CaWOX1、CaWOX2、 CaWOX3、…、CaWOX10，对它们的理化性质、染色体定位、与番茄的进化关系、蛋白保守基序、组织表达水平及在高温(42℃)、低温(10℃)胁迫下的表达水平进行分析。结果表明：辣椒WOX基因家族各成员的理化性质差异较大，10个家族成员编码的氨基酸长度为127～318 aa，蛋白相对分子质量为14 740～36 070，开放阅读框长度为384～957 bp，蛋白理论等电点(PI)为5.66～10.01；在染色体上的分布较为均匀，大部分分布在染色体的两端；系统进化树分析表明，辣椒WOX基因家族可分为现代、中间、古代3支，与番茄进化关系一致；蛋白保守基序显示，除CaWOX3外，其余蛋白都含有Motif1与Motif2，且二者总是紧密相连出现；组织表达水平分析表明，除了部分CaWOXs具有特异性表达模式外，大部分成员在组织中不表达或弱表达；高温、低温处理能够刺激或抑制WOX基因家族成员的表达。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
杨光彬 王瑾 陈恺琳 单庆云 崔苏菲 熊程 邹学校 刘峰
利用辣椒的全基因组数据鉴定到104个MADS–box基因，对它们的理化性质、染色体定位、系统进化关系、蛋白保守基序和组织表达水平进行分析。结果表明：辣椒MADS–box基因家族各成员在染色体上的分布不均，理化性质差异较大，104个家族成员编码的氨基酸长度为100～567 aa，蛋白相对分子质量为11 203.9～63 559.7，蛋白理论等电点(PI)为4.63～10.46，系统进化树分析结果表明，辣椒MADS–box基因家族可分为2大类，与拟南芥和番茄的进化关系类似；组织表达水平分析结果表明，CaMADSs主要在花、果实和种子中表达，在叶片中表达量相对较低，推测MADS–box基因可能参与调控果实的发育和成熟。
关键词：
辣椒 MADS–box基因家族 基因表达
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
张帆 马艳青 李雪峰 杨博智 郑井元 邹学校 谢玲玲 刘峰
采用生物信息学的方法,共鉴定出22个辣椒Aux/IAA基因,经聚类分析,将其分为A、B、C、D、E、F、G 7个亚族。这些基因非均匀地分布在辣椒7条染色体上,其中第3条染色体上分布最多,有8个Aux/IAA基因。这些基因在辣椒的根、茎、叶、花、花蕾以及果实各个发育时期的表达模式显示:Capana03g000310在每个组织的各个发育时期都能检测到表达,且表达量较高,呈现出明显的组成型表达模式。Capana00g002758只在根和茎中检测到表达,Capana03g000311和Capana06g001465只在花和果实中检测到有较高表达量,呈现出明显的特异型表达模式。以辣椒6421高世代自交系为试验材料,用30μmol/L脱落酸处理幼叶,采用qRT–PCR进行分析,结果表明:辣椒Capana00g002644和Capana01g001423的相对表达量高于对照,而Capana09g001096、Capana06g001308、Capana03g004455、Capana00g000845、Capana03g004568、Capana03g000244和Capana03g000310的相对表达量均低于对照,说明脱落酸胁迫可以对辣椒Aux/IAA部分基因产生明显的正向或负向诱导。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
杨光彬 王瑾 陈恺琳 单庆云 崔苏菲 熊程 邹学校 刘峰
利用辣椒的全基因组数据鉴定到104个MADS–box基因，对它们的理化性质、染色体定位、系统进化关系、蛋白保守基序和组织表达水平进行分析。结果表明：辣椒MADS–box基因家族各成员在染色体上的分布不均，理化性质差异较大，104个家族成员编码的氨基酸长度为100～567 aa，蛋白相对分子质量为11 203.9～63 559.7，蛋白理论等电点(PI)为4.63～10.46，系统进化树分析结果表明，辣椒MADS–box基因家族可分为2大类，与拟南芥和番茄的进化关系类似；组织表达水平分析结果表明，CaMADSs主要在花、果实和种子中表达，在叶片中表达量相对较低，推测MADS–box基因可能参与调控果实的发育和成熟。
关键词：
辣椒 MADS–box基因家族 基因表达
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