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[期刊] 西南农业学报
[作者]
海汀 张成福 信金伟 姬秋梅 柴志欣 曾贤彬 钟金城
为了解西藏牦牛的遗传多样性和群体分化情况,本研究测定了西藏15个牦牛类群的mtDNA ND5基因序列,分析其遗传多样性、亲缘关系及分类。结果表明:1西藏牦牛mtDNA ND5全序列长度在1821~1823 bp,无内含子,T、C、A和G 4种碱基的平均比例分别为32.9%、10.6%、27.5%、29.0%,存在一定的碱基组成偏倚性。2共发现变异位点36个,其中15个单态突变位点,13个简约信息位点;存在碱基缺失、插入、转换和颠换等,插入或缺失位点8个,T/C转换较多,G/C颠换较少。3西藏牦牛mtDNA ND5共有23种单倍型,平均单倍型数(H)、平均单倍型多样性(Hd)、平均核苷酸多样性(...
关键词：
西藏牦牛 ND5基因 遗传多样性
[期刊] 华北农学报
[作者]
者玉琦 柴志欣 武志娟 姜辉 钟金城 信金伟
旨在通过mtDNA ND1探究6个西藏特色牦牛群体的遗传多样性、系统进化及亲缘关系，为西藏牦牛的遗传多样性、历史演化以及遗传资源保护与利用等提供理论依据。利用PCR和直接测序法分别测定了西藏帕里牦牛、嘉黎牦牛、工布江达牦牛、斯布牦牛、江达牦牛、类乌齐牦牛6个群体共95头个体ND1基因蛋白质编码区(CDS)序列，利用DNAMAN、DNASP 5.1、Mega 7.0、Arlequin 3.5.2等软件分析其序列多态性、单倍型多样性、遗传距离等，并构建单倍型网络图及系统发育树。结果表明，西藏牦牛群体ND1基因CDS区序列长度均为956 bp,共检测获得78个变异位点和16种单倍型，平均单倍型多样性(Hd)及核苷酸多样性(Pi)分别为0.670和0.004 21,Tajima′s D均为负值；根据群体遗传差异的分子方差分析可知，西藏牦牛群体内的变异程度大于群体间变异；斯布牦牛与嘉黎牦牛之间的分化程度较大，其余大部分群体间的分化程度为中等或较弱。此外，通过聚类分析发现，类乌齐牦牛单独聚为一类，而嘉黎牦牛、工布江达牦牛、斯布牦牛、江达牦牛先聚为一类，然后再与帕里牦牛聚为一大类；16种单倍型可分为2个聚类簇，说明西藏牦牛可能存在2个母系起源；与其他牛种进行聚类分析，发现家牦牛、爪哇野牛和普通牛可能是西藏牦牛的混合母系起源。西藏牦牛遗传多样性十分丰富，其中类乌齐牦牛遗传多样性最丰富，6个牦牛群体存在2个母系起源。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
赵上娟 陈智华 姬秋梅 柴志欣 张成福 信金伟 钟金城
【目的】探讨西藏牦牛的遗传多样性和类群间的系统进化关系,为西藏牦牛遗传资源的合理保护和利用提供理论依据。【方法】对11个西藏牦牛类群111个个体的mtDNA COⅢ的全序列进行测定,用多种生物信息学软件分析牦牛类群的遗传多样性和它们间的亲缘关系及分类。【结果】①西藏11个牦牛类群的mtDNA COⅢ全序列长度均为781 bp,基因间没有内含子,共编码260个氨基酸,启始密码子AUG(ATG),含一个游离碱基。4种核苷酸的平均比例分别为29.2%(T)、29.4%(C)、26.1%(A)和15.2%(G),有一定的偏倚性。②发现西藏牦牛的mtDNA COⅢ共有18种单倍型,11个牦牛类群的单倍型...
关键词：
西藏牦牛 mtDNA COⅢ 遗传多样性
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
贡嘎 王刚 罗润波 陈明勇 索朗斯珠
为研究西藏牦牛源大肠杆菌的致病性及其遗传进化情况,了解其与其他动物源大肠杆菌的亲缘关系,采集西藏牦牛腹泻粪便240份,采用微生物学方法对其进行细菌的分离培养、血清型鉴定和致病性研究,并运用分子生物学方法对其进行16SrRNA鉴定、测序和系统发育分析。结果表明:获得的16株牦牛致病性大肠杆菌分离株中:3株与猪源致病性大肠杆菌亲缘关系较近;5株与禽源致病性大肠杆菌亲缘关系较近;2株与犊牛源大肠杆菌亲缘关系较近;4株与牛源大肠杆菌亲缘关系较近;1株牦牛源致病性大肠杆菌单独形成一个较远的分支;1株与痢疾杆菌和人源出血性大肠杆菌亲缘关系较近,可能成为对人类造成潜在危险的病原菌。西藏牦牛源大肠杆菌与牛源、禽源、猪源、人源大肠杆菌的之间亲缘性很近,存在跨种间传播风险。该种西藏牦牛源大肠杆菌动物致病试验表明,致死率高达95%,应引起高度重视。
关键词：
西藏牦牛 大肠杆菌 致病性 系统发育
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
赵拴平 贾玉堂 徐磊 阮永明
【目的】分析安徽东流水牛群体的分子遗传特性，为今后开展我国地方水牛品种研究提供科学依据。【方法】采用测序技术测定安徽东至县３１头东流水牛线粒体ＤＮＡ（ｍｔＤＮＡ）Ｄ－Ｌｏｏｐ序列，结合ＧｅＮＢＡＮｋ数据库中已报道的２２个群体的４７１条中国水牛Ｄ－Ｌｏｏｐ序列进行联合分析，利用ＤＮＡＳｐ ５．１软件统计核苷酸多样性和单倍型多样性，利用ｍｅＧＡ ５．１０软件构建Ｎ－Ｊ系统发生树，利用Ｎｅｔｗｏｒｋ ４．６０软件构建单倍型的ｍｅＤｉＡ－ＪｏｉＮｉＮＧ网络。【结果】在２２个中国水牛群体中发现１６３个变异位点，１８０个单倍型，其核苷酸多样性为０．０１８ ２３±０．００２ ２１，单倍型多样性为０．８７７ ．．．
关键词：
水牛 线粒体DNA 遗传多样性 单倍型
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
曹萍 梅萨 陈生梅 李鸿康 郭卫兴 李瑞哲 达桑 才加 莫延新 官却扎西 忠尕 李文浩 刘书杰 崔宏伟 马志杰
为从分子水平上对青海省果洛藏族自治州牦牛遗传资源进行系统评估，分析其母系遗传多样性、群体遗传结构和群体遗传分化，本研究对甘德、班玛、久治和玛多牦牛群体共152头个体进行线粒体DNA(mtDNA)Dloop区测序，并从GenBank下载已公布的37条达日牦牛和32条玛沁牦牛的相应序列，对这6个牦牛群体mtDNA D-loop序列进行综合分析。结果表明：1)221条牦牛mtDNA D-loop序列（636～638 bp）比对分析共检测出57个变异位点，包括8个单一多态位点和49个简约信息位点。根据D-loop序列间核苷酸变异共确定了45种单倍型，其中班玛、达日、甘德、久治、玛多、玛沁牦牛群体分别拥有1、6、5、4、7、6种特有单倍型。2)6个牦牛群体总的单倍型多样度和核苷酸多样度为0.901和0.014，表明其母系遗传多样性丰富。其中，甘德牦牛的单倍型多样度最高（Hd=0.951），久治牦牛的单倍型多样度最低（Hd=0.818）。3）遗传分化和基因流分析表明，除久治牦牛与班玛、甘德、玛沁牦牛群体间分化程度均呈中等遗传分化水平（0.05≤FST<0.15），基因交流相对贫乏外，其他牦牛群体间FST值较小（0
[期刊] 西南农业学报
[作者]
汪琦 柴志欣 钟金城
以胰岛素样生长因子２（ＩＧＦ２）基因内含子８作为影响西藏牦牛生长性状的候选基因，研究并分析其与生长性状的相关性，以期利用分子标记辅助选择等育种措施为我国西藏高山牦牛进行种质资源保种选育提供理论根据。本研究采用ＰＣＲ产物直接测序法对帕里牦牛、申扎牦牛、斯布牦牛和类乌齐牦牛４个品种（类群）共１５１个样本的胰岛素生长因子２（ＩＧＦ２）基因内含子８部分序列进行了单核苷酸多态性研究，并分析候选基因不同基因型与体重、体高、体斜长、胸围和管围等生长性状的相关性。结果表明：①西藏牦牛ＩＧＦ２基因内含子８部分序列长度为４１２ ｂＰ，在帕里牦牛和申扎牦牛中发现ＡＡ、Ａｂ、ｂｂ ３种基因型，与ＡＡ型相比，ｂｂ型在３．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
梁瑞圆 陈晓勇 孙洪新 孙少华 敦伟涛 沈志强 刘军峰 王珏
为探讨我国部分地方种群绵羊的起源进化及遗传多样性。对河北小尾寒羊、山东小尾寒羊、苏尼特羊、洼地绵羊、湖羊等5个地方绵羊种群mtDNA D-loop区全序列进行了测序和遗传变异分析,并利用生物信息学方法分析了种群间的亲缘关系以及母系起源。结果表明,5个绵羊种群mtDNA D-loop区序列共发现了135个多态位点,形成了108种单倍型。单倍型多样度为0.974 00.998 0;核苷酸多样度为0.017 200.022 22;全群平均核苷酸差异数K为20.795。NJ系统发育树表明,河北小尾寒羊与洼地绵羊先
关键词：
地方绵羊 线粒体基因组 起源 遗传多样性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王继英 郭建凤 赵德云 王诚 张印 王怀中 武英
【目的】利用mtDNA CytB基因为标记,从分子水平探讨12个猪种166个样本(8个山东省猪种,3个引进猪种和梅山猪种)的遗传多样性和各猪种间的亲缘关系,为山东省猪种合理利用以及生物多样性保护提供基础资料。【方法】对各猪种样本mtDNA CytB基因进行PCR扩增和测序,采用现代生物信息学方法进行数据处理分析。【结果】山东8个猪种种内遗传变异和种间遗传距离均较小,有共享单倍型。山东各猪种和梅山猪与大约克的遗传距离也较小,但与引进猪种杜洛克和长白的遗传距离较大。利用分子系统进化树和CytB基因4个SNP位点的分类方法将上述样本分为2个独立的支系,第一支以中国猪种为主,将除鲁烟白猪的一种单倍型在...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
徐龙鑫 杨胜林 李爱萍 乜玉丽 杨海兵 戴焰
【目的】利用线粒体细胞色素b(mtDNA Cytb)基因为标记,从分子水平探讨中国5个矮马136个样本的遗传多样性和系统进化研究,为中国矮马的开发利用以及生物多样性保护提供基础资料。【方法】对矮马样本mtDNA Cytb基因进行PCR扩增和测序,运用现代生物信息学方法进行数据处理。【结果】共检测到27个单倍型,40个多态位点,约占分析位点总数的3.51%。云南矮马具有最高的单倍型多样度(Hd)(0.869),最低的为四川矮马(0.740),核苷酸多样度(Pi)最高的为贵州矮马(0.00435),最低的为宁强矮马(0.00227),各群体间的遗传多样性相差不大。系统发育树和NETwork图中每一...
关键词：
中国矮马 Cytb 遗传多样性 系统进化
[期刊] 西南农业学报
[作者]
黄兴 柴志欣 王会 姬秋梅 信金伟 钟金城
【目的】本研究旨在对西藏牦牛MyoD1基因多态性与体高、体重、体斜长、胸围和管围等生长性状进行关联性分析,以期获得对牦牛重要经济性状具有显著效应的遗传标记。【方法】本研究利用DNA池直接测序、PCR-RFLP与生物信息学技术,对西藏帕里(PL)、斯布(SB)、申扎(SZ)和类乌齐(LWQ)4个牦牛类群(品种)共148头个体的MyoD1基因内含子2及外显子3部分序列进行遗传多态性分析,统计基因和基因型频率,进行Hardy-Weinberg平衡性检测,计算纯合度、杂合度、多态信息含量和有效等位基因数等遗传多态指标,分析不同基因型与体高、体重、体斜长、胸围和管围等生长性状的关联性。【结果】①西藏牦牛MyoD1基因外显子3上存在(C1710T)XmaI酶切位点,多态性检测均存在CC、CT和TT 3种基因型,T/C频率分别为:0.308/0.692、0.400/0.600、0.605/0.395和0.527/0.473,处于中度多态。②适合性检验表明,西藏4个牦牛类群MyoD1基因多态位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。③利用最小二乘拟合线性模型,对各标记基因型生长发育指标(体高、体斜长、胸围、管围和体重)进行差异显著性检验,申扎牦牛该位点TT和CT基因型在生长性状上差异显著(P<0.05),CT基因型胸围均高于CC和TT基因型。【结论】可以将MyoD1上的C1710T基因座作为牦牛经济性状选育的一个重要遗传标记,用于育种改良。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
赵燕娟 王刚 索朗斯珠
为调查西藏地区牦牛源肠出血性大肠杆菌的流行情况,利用PCR检测和生物进化分析方法,对西藏林芝、拉萨不同地、市149株牦牛源大肠杆菌的肠出血性大肠杆菌相关毒力基因进行了研究。结果表明:牦牛源肠出血性大肠杆菌6对毒力基因中,只检出ehxA基因,检出率为9.40%;对检测到的14株牦牛源肠出血性大肠杆菌进行克隆测序,经系统发育分析发现牦牛源肠出血性大肠杆菌菌株内同源性达到99.9%左右,与GenBank中所录其他菌株的同源性达到99%。因此,西藏牦牛源肠出血性大肠杆菌基因确实存在,其毒力基因主要为ehxA基因;西藏林芝、阿里、日喀则、昌都均有分布,拉萨、山南和那曲地区未检出,应引起重视。西藏地区要根据各地实际情况需要加强监测肠出血性大肠杆菌引起的腹泻,建立流行毒株预警机制并合理用药。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
郭小兵 黄志鑫 张天祥 丁建红 高云云 付雅君 胡德夫 刘刚
【目的】研究林麝饲养种群的遗传多样性现状及遗传结构，为指导种群遗传管理及其饲养种群种质保护与利用提供理论依据。【方法】遴选陕西省宝鸡市凤县的片仔癀麝场和逢春麝场，汉中市留坝县的太子岭麝场，采用分子粪便学的方法，采集220份新鲜的粪便样品，成功获得112条mtDNA控制区序列，计算单倍型多样性和核苷酸多样性。【结果】在3个林麝繁育基地共检测到96个变异位点，均为简约信息位点，突变形式为转换和颠换，未出现插入和缺失现象；共获得36个单倍型，单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.957 8和0.039 5，单倍型多样性以片仔癀麝场最高，为0.953 9，留坝群体最低，为0.842 8；饲养种群间出现显著的遗传分化，其中，太子岭麝场和逢春麝场的遗传分化系数FST(0.137 7)最高，而太子岭麝场和片仔癀麝场的FST(0.077 2)最低。【结论】饲养林麝种群较之众多濒危有蹄类饲养种群的遗传多样性高，但林麝饲养种群之间基因交流较少，建议实施基于非损伤取样的粪便mtDNA分析技术对群体内和群体间进行遗传管理，保护饲养林麝种群现有的遗传多样性。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
赵生国 刘丽霞 郑王山 权金强 汪文强 郭永博 李永青 焦婷 蔡原
测定并分析了杜洛克猪、长白猪和大白猪3个引入猪种及合作藏猪共178个个体的线粒体DNA D环(mt DNA D-loop)高变区核苷酸序列,研究引入猪种对合作藏猪遗传资源的影响.结果表明:合作藏猪核苷酸多样度和平均核苷酸差异系数均低于杜洛克猪和大白猪,仅高于长白猪,而其单倍型多样度高于3个引入猪种.单倍型分析结果表明:合作藏猪仅分布在亚洲单倍类,杜洛克猪和大白猪同时具有亚洲和欧洲两个单倍类,欧洲起源猪种没有入侵到合作藏猪母系.
[期刊] 西南农业学报
[作者]
田朋佳 廖文华 高小丽 黄海皎 尼玛央宗 拉巴扎西 次珍 曲吉
【目的】挖掘西藏大麦种质资源的优良基因,为育种提供优质材料。【方法】以西藏不同地区的140份种质资源为材料,利用Excel和SPSS 21.0软件对13个农艺性状进行遗传多样性、聚类分析和主成分分析。【结果】西藏大麦资源存在着丰富的遗传多样性,8个农艺性状中单株穗数的变异系数43.7%。系统聚类分析方法将140份材料在遗传距离6水平上聚为5个类群,第Ⅰ类群包含35份材料,第Ⅱ类群包含29份材料,第Ⅲ类群包含33份材料,第Ⅳ类群包含15份材料,第Ⅴ类群包含28份材料。主成分分析结果表明,将8个农艺性状简化为3个主成分,其累计贡献率为72.587%,以单株穗数的贡献率最高,为0.829。【结论】本研究为西藏种质资源保护和利用提供了科学依据。
关键词：
西藏大麦 种质资源 农艺性状 遗传多样性
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