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[期刊] 西南农业学报
[作者]
戚珊珊 周礼红 胡久平 刘敏 赵辉 熊燕
【目的】了解西藏多地区土壤可培养细菌的多样性。【方法】采用梯度稀释涂布分离法分离土壤细菌,根据形态特征、生理生化试验去除冗余,对细菌进行16S r DNA序列系统发育分析,鉴定其种属,研究其亲缘关系及多样性。【结果】经形态特征、生理生化试验以及16S r DNA序列测定,38株细菌菌株归属于四个类群,厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria),拟杆菌门(Bacteroidetes),变形菌门(Proteobacteria),12个科,13个属,包含链霉菌属(Streptom
[期刊] 西南农业学报
[作者]
申云鑫 沈广材 包玲凤 濮永瑜 张庆 周旭东 尹兴盛 张荣琴 陈齐斌 何永宏 杨佩文
【目的】解析保山植烟土壤罹患烟草青枯病病株根际土壤可培养细菌种群多样性特征,揭示烟草青枯病害发生与根际可培养微生物种群间的关系,为利用微生物功能多样性防控烟草青枯病提供理论支撑。【方法】采集隆阳区和施甸县10个乡(镇)、30个村的30份患病烟株根际土壤样品和30份健康烟株根际土壤样品,利用稀释涂布平板法获得可培养细菌种群,基于Illumina-MiSeq高通量测序结果,分析健康烟株和患病烟株根际土壤可培养细菌种群结构组成和多样性的差异。【结果】健康烟株和患病烟株根际土壤可培养细菌的OTU数量和α多样性指数间差异不显著。与健康烟株相比,在门分类水平上,患病烟株根际Proteobacteria和Bacteroidetes的相对丰度提高,Firmicutes和Actinobacteria的相对丰度降低;在纲分类水平上,γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)和拟杆菌纲(Bacteroidia)的相对丰度提高;杆菌纲(Bacilli)和放线菌纲(Actinobacteria)的相对丰度降低;在属分类水平上,假单胞菌属(Pseudomonas)、无色杆菌属(Achromobacter)和剑菌属(Ensifer)的相对丰度提高;假节杆菌属(Pseudarthrobacter)、赖氨酸芽胞杆菌属(Lysinibacillus)和土壤芽孢杆菌属(Solibacillus)的相对丰度降低。鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)、鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)、苯基杆菌属(Phenylobacterium)、假诺卡氏菌目(Pseudonocardiales)和假诺卡氏菌科(Pseudonocardiaceae)是健康烟株根际土壤中富集的细菌种群,而Chitinophaga_sp__MHS12、Azospirillaceae、Azospirillum和Flavitalea则是患病烟株根际土壤中富集的细菌种群。【结论】保山健康烟株与患病烟株土壤根际可培养细菌群落呈分化趋势,烟草青枯病的发生发展可能与烟株根际细菌种群丰度变化有关,利用有差异的可培养细菌种群可进行烟草青枯病的生物防控。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈泽斌 陈兴位 夏体渊 林丽 任禛 靳松 华金珠 李健文
采用稀释涂布平板法,从食用玫瑰花瓣中分离到219株内生细菌。利用细菌菌落表征性状和16S rDNA序列对这些内生细菌进行了多样性分析。通过数值分析比较了8个菌落形态表征性状,以类平均连锁聚类法的方式进行聚类分析,在3.60的水平上可分成6个表观群。16S rDNA序列分析表明219株内生细菌可分为10个类群。经测序比对分析表明,这219株内生细菌分别与GeN BANk中3类细菌中的10个已知种相似性达到98.51%~100%。其中约氏不动杆菌(AciNetoBActer johNSoNii)、嗜麦寡养食单胞菌(SteNotrophomoNAS mAltophiliA)、eNhyDroBActe...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
高禾苗 任爱天 张绍聪 袁龙义
【目的】土壤细菌对土壤生态系统功能和健康维持起着重要作用。在了解核桃林土壤细菌群落随林龄的变化规律的基础上,结合土壤因子进一步探究土壤微生物群落与土壤理化性质及土壤酶活性之间的关系。阐明土壤微生物群落变化的驱动因素,为该地区核桃林的高效可持续经营管理提供科学依据。【方法】以不同种植年限(平均年龄8年、50年和100年以上)西藏核桃林为研究对象,基于高通量测序技术,研究不同树龄下土壤微生物组成及多样性的变化,并结合土壤理化因子进一步探究种植年限对土壤微生物群落的影响。【结果】(1)核桃种植年限没有显著影响细菌丰富度,但是古核桃林(100年以上)显著降低了细菌香农指数、优势度指数和均匀度指数。(2)变形菌门、酸杆菌门、厚壁菌门、芽单胞菌门、黏球菌门、放线菌门、拟杆菌门和绿弯菌门是土壤细菌优势菌门。不同树龄下部分微生物类群的相对丰度差异显著,随着种植年限的增长,土壤放线菌门的相对丰度增加,绿弯菌门的相对丰度降低,此外拟杆菌门的相对丰度呈现先增加后降低的趋势。(3)非度量多维尺度分析结果显示,不同种植年限核桃林土壤细菌群落组成之间存在显著差异。同时,冗余分析表明,土壤硝态氮含量对细菌群落组成影响显著。(4)相关性分析也显示土壤酶和土壤理化性质与微生物多样性以及优势菌门之间存在显著相关关系。【结论】核桃定植年限通过改变土壤理化性质和酶活性,改变了土壤微生物群落的多样性和群落结构,其中古核桃林细菌群落多样性显著降低,加剧了土壤微生态失衡。研究结果为明确不同龄林核桃林土壤微生物群落特征研究提供重要补充。在实际生产中除更新核桃树外,可合理使用无机和有机肥或者微生物菌肥,从而维护核桃林土壤生态系统的稳定。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
徐歆雅 陈晴 吴郡颖 戴林刚 温宇珂 齐浩然 余秀梅 陈强
【目的】明确不同地膜覆盖对白及生长及根际土壤可培养细菌遗传多样性的影响,为生物质膜覆盖在白及种植上的应用提供理论支撑。【方法】采用大田试验种植白及,设置不覆膜(CK)、覆盖生物基质膜(BM)、覆盖塑料地膜(PM)3个处理,分别测定田间杂草去除率、白及农艺性状、白及根际土壤理化性质和根际土壤可培养细菌遗传多样性。【结果】覆膜处理(PM、BM)可有效抑制杂草生长,以BM抑制杂草效果最好,杂草去除率达99.74%。生物质膜覆盖可有效促进白及生长,与CK和PM相比,BM处理的白及叶片长宽比分别显著提高26.55%和22.03%,SPAD值显著增加21.68%和18.98%(P<0.05);BM处理可显著提高土壤肥力,土壤有机质、速效氮、速效磷、速效钾含量分别比CK处理上升26.58%、35.34%、49.80%、47.43%(P<0.05)。本实验从CK、PM和BM处理土壤分别获得26、23和29株细菌,BOXA1R形成42个遗传群,代表菌株的16S rRNA基因系统发育分析表明,供试菌株分布于8个属,较好地揭示了菌株间的遗传多样性。同时,不同处理土壤优势类群也存在差异,CK处理的优势细菌为粘着剑菌,占比15.4%,BM为假蕈状芽孢杆菌,占比13.8%,PM为花椒芽孢杆菌,占比17.4%。单独从BM处理白及根际土壤分离得到枯草芽孢杆菌、暹罗芽孢杆菌等9个具有促生功能的细菌种群。【结论】生物质膜覆盖种植白及在去除杂草、促进白及生长、有效提升土壤养分方面表现出优良的效果,具有良好的应用前景。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
于清武 胡丽琴 李菲 易湘茜 孙玉林 高程海
模拟低温(10℃)环境分离纯化培养南海深海沉积物中的细菌,基于16S rrNA基因序列对南海深海沉积物可培养细菌多样性进行分析,并利用滤纸片扩散法测试可培养细菌发酵液的抑菌生物活性。结果表明,从南海深海沉积物中共分离获得相关可培养细菌32株,分属于3个菌门(变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门)的19个种,其中以芽孢杆菌为优势菌群。分离获得的南海深海沉积物可培养菌株中有17株的代谢物对大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、枯草芽孢杆菌和蜡状芽孢杆菌4种指示菌均表现出抑制作用,占分离菌株种类的89.5%。说明低温环境下对深海沉积物可培养细菌多样性和活性均存在一定影响。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
刘欢 俞勇 廖丽 刘双 陈波
研究了南极长城湾潮间带海绵共附生可培养细菌多样性及其疑似新种应用有利于放线菌生长的选择性培养基ISP2从长城湾海绵动物组织中分离出120株细菌,基于这些菌株的16S rRNA基因序列开展系统发育分析。结果显示,所分离菌株隶属于三个细菌门五大类群的11个目、22个属,表明长城湾海绵共附生细菌的种属分布较广、多样性非常高。其中红球菌Rhodococcus属占优势,另外包含α-变形菌纲Puniceibacterium属、放线菌门Aeromicrobium属、β-变形菌纲Limnobacter属等罕见种属。16S
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
游玲 魏琴 郭华 张云
【目的】研究山苍子可培养内生细菌的多样性。【方法】利用添加植物组织浸提液的营养琼脂培养基分离山苍子根、茎、叶及果实中的可培养内生细菌,采用16SrDNA序列鉴定法对分离获得的山苍子可培养内生细菌进行鉴定。同一组织内,对16SrDNA序列及形态完全一样的菌株合并冗余,用Clustalx对分离得到的菌株16SrD-NA进行排序,构建Neighbor-Joining系统进化树,并计算Jaccard指数和多样性指数。【结果】共分离得到52株山苍子可培养内生细菌(根23株、茎8株、叶7株、果实14株),分属于芽孢杆菌属(Bacillus)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、Paenochrob...
关键词:
山苍子 可培养内生细菌 多样性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
周灵芝 劳承英 申章佑 李艳英 黄渝岚 韦本辉 胡泊 周佳
【目的】分析连作淮山根际土壤细菌群落结构,为解决淮山连作障碍提供参考依据。【方法】以淮山品种桂淮2号为试验材料,设置定向栽培连作淮山(T)和对照(CK)两个处理,采用Illumina MiSeq高通量测序技术结合土壤理化性质,分析连作淮山根际土壤细菌群落多样性及其与土壤理化因子的关系。【结果】基于细菌16S rRNA基因分析,对6个土壤样品测序共得到有效序列230961条,可操作分类单元(OTU)3423个。各样本检测到细菌群落含33门95纲242目395科780属1524种。Venn图分析结果显示,T处理和CK共有细菌OTUs数1688个,T处理特有OTUs数1388个。T处理土壤细菌的Shannon指数、ACE指数和Chao l指数均极显著高于CK(P<0.01,下同)。物种群落组成分析结果表明,放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、绿弯菌门(Chloroflexi)、酸杆菌门(Acidobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)是T处理根际土壤细菌的主要优势菌群,占物种群落组成的88.45%。主成分分析结果显示,第一主成分(PC1)和第二主成分(PC2)对细菌群落结构的差异性贡献率分别为81.44%和14.49%,细菌群落结构表现为连作受PC1影响明显。土壤理化性状是影响细菌群落组成的重要因子,与变形菌门、绿弯菌门、拟杆菌门、粘球菌门(Myxococcota)、Patescibacteria、疣微菌门(Verrucomicrobiota)和WPS-2的群落分布显著相关。【结论】淮山连作可提高其根际土壤细菌多样性,其优势细菌群落为放线菌、变形菌、厚壁菌、绿弯菌和酸杆菌;连作淮山土壤pH及水解氮、速效钾和有机质含量的变化是影响其细菌群落组成发生变化的重要因子。
[期刊] 草业科学
[作者]
贾美清 黄静 孟元 韩国栋 金宝花 张国刚
为了探讨气候变化对荒漠草原土壤真菌群落结构和多样性的影响,进而更有效地管理草原,在内蒙古短花针茅(Stipa breviflora)荒漠草原进行远红外线辐射器模拟增温和人工施肥模拟增氮试验。经过6年的连续模拟试验后,采用稀释平板涂布法结合18SrRNA分子鉴定技术,对试验地土壤可培养真菌群落的组成和多样性进行分析。结果表明,1)从内蒙古短花针茅荒漠草原土壤中共分离获得17个属的可培养真菌;2)模拟增氮不增温、增温增氮处理均使可培养真菌的菌落数显著增加(P0.05);3)增氮不增温、增温增氮处理的群落组成和
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
臧建成 孙涛 翟云霞 格桑曲珍
【目的】了解西藏林芝地区青稞地土壤动物群落结构及多样性的变化。【方法】于2014年5-10月,对位于西藏大学农牧学院实习农场青稞田内的土壤动物进行了调查,对土壤动物的类群组成及多样性特征指数进行了分析。【结果】共捕获土壤动物536头,隶属3门9纲19目。其中优势类群为线虫动物门线虫纲咀刺目Enoplida、节肢动物门蜱螨亚纲真螨目acariformEs和弹尾纲弹尾目棘跳科onychiuridaE,分别占土壤动物总数的12.87%,26.31%,17.54%;常见类群为环节动物门寡毛纲正蚓目aranEEida,蛛形纲蜘蛛目aranEaE和甲螨目oribatida,原尾目富芫科fujiEntomi...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李辉信 陈小云 胡锋
从小麦根际土中分离得到一种能取食B1和B2两种细菌的土壤食细菌线虫 ,并在马铃薯蔗糖培养基上富化培养成功。经鉴定该线虫为原小杆线虫属 (Protorhabditissp .) ,B1为假单胞菌属 (Pseudomonassp .) ,B2为醋杆菌属(Acetobactersp .)。用牛肉膏蛋白胨细菌培养基培养B1和B2两种细菌时 ,细菌无多糖产生 ,线虫不能取食细菌而生长繁殖 ;当用马铃薯蔗糖真菌培养基培养B1和B2两种细菌时 ,细菌分泌丰富的多糖 ,线虫生长繁殖较好。多糖是线虫生长繁殖的重要外部环境
关键词:
土壤食细菌线虫 富化培养 多糖
[期刊] 西南农业学报
[作者]
宋宇 王鹏 韦月平
【目的】本文探讨了不同稻田栽培模式下土壤细菌群落组成和多样性的变化。【方法】利用高通量测序技术对河蟹共作稻田(SDHXZ)、非洲雁共作稻田(SDFYZ)和单作稻田(SDKBZ)3种栽培模式表层土壤细菌进行高通量测序及分析。【结果】测序共获得240 070个有效序列,3157个OTU,48个门,115个纲,224个目,391个科,721个属和1343个种。Venn图显示3个处理组共有的细菌OTU数是1525个,SDFYZ特有OUT数最多为357个,SDHXZ的ace指数和shannon指数均高于SDFYZ和SDKBZ,说明SDHXZ土壤细菌多样性和丰富度高于其他2个处理。稻田土壤细菌多样性与pH和氨态氮相关性较大,丰富度则与硝态氮呈正相关。3个处理的优势菌门和优势菌属基本相同。PCoA分析图显示3个处理的土壤细菌群落结构差异较大。【结论】SDHXZ表层土壤细菌群落多样性和丰度最高,具有更好的土壤细菌生态基础。该研究可为合理选择水稻栽培模式提供一定理论支持。
[期刊] 华北农学报
[作者]
张翔 宋水山 黄亚丽 贾振华 黄媛媛 宋聪
为了研究大棚土壤与大田土壤中细菌多样性的差异,利用Miseq高通量测序技术,对河北省南部地区大棚与大田土壤的14个样品进行测序,并得到了2组样品中的物种组成信息与相对丰度信息。结果表明,在大棚(M1)与大田(N1)土壤样品中,优势菌群的组成基本一致,在门水平有变形菌门、放线菌门、酸杆菌门、拟杆菌门、绿弯菌门、厚壁菌门和芽单胞菌门这7个细菌门类,其中,放线菌门在大田中的相对丰度多,厚壁菌门在大棚中的相对丰度较多。在纲水平有α-变形菌纲、酸杆菌纲、γ-变形菌纲、放线菌纲、Δ-变形菌纲、β-变形菌纲、芽单胞菌纲、纤维粘网菌纲等15种优势菌群,其中,大棚中相对丰度明显增高的是纤维黏网菌纲、杆菌纲和黄杆菌纲等,而相对丰度明显降低的是酸杆菌纲和β-变形菌纲等。在属水平有节细菌属、鞘氨醇单胞菌属、德沃斯氏菌属、芽孢杆菌属、黄单胞菌属和溶杆菌属6个优势菌群,其中,节细菌属在大田中较多,而芽孢杆菌属、黄单胞菌属和溶杆菌属在大棚中较多。另外,一些具有固氮和降解修复能力的菌群在大田中的相对丰度要高一些。这应该是由大田与大棚不同的种植环境导致的。研究结果对改善耕地土壤,提高产量与抗病能力有一定的价值。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王谢 张建华 庞良玉 林超文 唐甜 许文志 杨育林 向成华
【目的】通过研究四川盆地丘陵区红棕紫泥土壤细菌群落结构,从而了解区域土壤健康状况、发挥土壤潜在肥力和提升区域农林产品质量。【方法】本文以四川资阳土壤保护站坡耕地的红棕紫泥土为研究对象,利用16S扩增子高通量测序技术获取其土壤细菌群落结构特征。【结果】检测到的土壤细菌种类占所有分类物种的11.39%,Chao指数和Simpson多样性指数分别为2738.54种和0.99。所有样品中都检测到序列分属于25个细菌的大类,且以变形菌门细菌为第一优势菌群,其下β-变形菌纲、γ-变形菌纲、α-变形菌纲和δ-变形菌纲细
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