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[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
姚俊修 李善文 任飞 李庆华 刘学良 吴德军 燕丽萍
转录组SSR引物的开发为接骨木遗传多样性分析、遗传图谱构建和功能基因的挖掘提供丰富的遗传标记。以一株成年西洋接骨木的果实为实验材料,提取RNA后,采用Illumina HiSeq 2000高通量测序获得西洋接骨木转录组数据,共得到西洋接骨木转录组的257 975条Unigene,检测到64 148个SSR位点,分布于51 336条Unigene,SSR位点出现频率为24.87%(SSR位点数与总的Unigene数的比值),其中,单核苷酸重复是主要类型,占总SSR的51.13%。其次是二、三核苷酸重复,分别占总SSR的38.63%和9.11%。A/T和AG/CT是单核酸和二核苷酸的优势重复基元。通过试验优化获得最优的两步荧光引物PCR扩增体系。加M13接头PCR扩增体系:10μL PCR体系中含DNA原液1μL,2×Mix 5μL,10μM引物各0.1μL,灭菌超纯水3.8μL;荧光引物PCR扩增体系:20μL PCR体系中含第一步扩增产物DNA原液2μL,2×Mix 10μL,10μM M13接头及反向引物各0.15μL,灭菌超纯水7.7μL。利用已筛选的100对荧光SSR引物对8个不同种接骨木个体进行SSR扩增,80对可扩增出条带,有效扩增率为80%,25对可成功扩增出多态性,多态性比率为31.25%,从25对具有多态性引物中选择14对多态性较好的引物对不同种接骨木进行遗传多样性分析,14对多态性引物共检测出67个等位基因(Na),每位点3～7个,平均等位基因4.786个;每位点有效等位基因数(Ne)1.684～6.095个,平均有效等位基因数3.413个,观测杂合度(Ho)及期望杂合度(He)分别在0～0.875和0.406～0.836之间,平均值分别为0.313、0.664;Shannon多样性指数(I)在0.736～1.862之间,平均1.310。不同种接骨木具有较高的遗传多样性,25对具有多态性荧光SSR标记开发可为接骨木分子标记辅助育种、杂种优势预测等提供理论基础。
关键词：
西洋接骨木 转录组 SSR 荧光标记
[期刊] 林业科学
[作者]
文亚峰 韩文军 周宏 徐刚标
【目的】为解决杉木SSR标记数量不足、已开发的位点多态性较差等问题,以杉木转录组测序数据为基础,结合多重PCR技术批量挖掘SSR,规模化开发EST-SSR位点,为杉木分子遗传学研究奠定良好基础。【方法】杉木转录组序列数据(Accession:SRX151872)从NCBI的SRA数据库下载。利用CLC和CMi B软件批量挖掘SSR位点;利用四色荧光标记通用引物多重PCR(multiplex-PCR)技术实现SSR标记的规模化开发。【结果】杉木转录组de novo assembly序列拼接共得到35 633个contigs,总长度31.5 Mb,其中最小拼接长度155 bp,最大23 794 b...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
王且鲁 刘奕 宋红梅 汪学杰 刘超 牟希东 胡隐昌 罗建仁
利用ＭＩＳＡ软件对双须骨舌鱼（ＯＳｔｅＯｇｌＯＳＳｕＭ ｂＩｃＩｒｒｈＯＳｕＭ）性腺转录组测序获得的１８８ ４６１条ｕｎＩｇｅｎｅ进行ＳＳｒ检测，结果在１１ ９１７个ｕｎＩｇｅｎｅ中共检测到ＳＳｒ位点１２ ５７８个，其中包含２个及以上ＳＳｒ位点的ｕｎＩｇｅｎｅ有６３３个。ＳＳｒ的发生频率为６．３２％，平均分布距离为９ ９４９ ｂｐ。在筛选到的ＳＳｒ位点中，优势重复基序为二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸，其中二核苷酸重复基序数量最多，占总数的５０．５２％。重复基元类型共２１６种，其中数量最多的类型为二核苷酸重复Ａｃ／ｇｔ，占总数的２０．６６％。从所有筛选出的ＳＳｒ位点中随机选取５０个位点并运用ｐｒＩ．．．
[期刊] 林业科学
[作者]
时小东 朱学慧 盛玉珍 庄国庆 陈放
【目的】通过对楠木转录组数据的分析，开发楠木ＳＳＲ分子标记技术，为楠木遗传多样性分析和资源保护提供保障。【方法】将楠木高通量转录组测序获得的６７ ３３１条Ｕｎｉｇｅｎｅ进行简单重复序列（ＳＳＲ）位点挖掘和分析，并结合引物验证，初步证明其可行性。【结果】通过软件分析，共获得９ ４０５个ＳＳＲ位点，出现频率为１３．９７％，涉及序列数量为６ ６６７条，发生频率为９．９０％。ＳＳＲ序列中包括１６６种重复基元类型，其中，单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸为优势重复类型，ＳＳＲ位点数分别为３ ８９０（４１．３６％），２ ８８５（３０．６８％），２ ４８９（２６．４６％）。ＳＳＲ位点重复次数差别较大，其中重复１０．．．
关键词：
楠木 转录组 SSR
[期刊] 林业科学研究
[作者]
饶龙兵 杨汉波 郭洪英 段红平 陈益泰
［目的］基于转录组数据开发适用于桤木属树种的ＳＳＲ标记，揭示其在转录组序列中的分布类型及特征，为桤木属树种分子标记辅助育种提供有利工具。［方法］利用ＭｉｃＲｏ ＳＡｔｅｌｌｉｔｅ（ＭｉＳＡ）软件对所有转录组序列进行ＳＳＲＳ搜索，并对ＳＳＲ位点的数量、分布特征进行统计分析。设计１００对ＳＳＲ引物，采用琼脂糖凝胶电泳和毛细管电泳分离检测方法对３种不同倍性桤木属植物（１２份材料）进行遗传多样性检测，确定引物多态性及通用性。［结果］８５ ７６９条ＵｎｉｇｅｎｅＳ序列中发现８ ６７８个ＳＳＲ位点，分布在８ ２９８条ＵｎｉｇｅｎｅＳ中发生频率为９．６７％，转录组序列中平均每１４．０４ ｋｂ长度就有一个ＳＳ．．．
关键词：
桤木属 转录组 SSR 引物
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘玉林 李伟 董树斌 沐先运 张志翔
【目的】利用高通量测序技术分析文冠果转录组中SSR位点分布类型与特征,并设计开发EST-SSR标记,为文冠果的遗传多样性分析提供标记资源。【方法】利用MISA软件筛选文冠果51 867条unigenes中的SSR(26bp)位点,统计分析SSR位点的分布特征、发生频率和平均分布距离。利用Prime 3在线软件随机设计合成60对EST-SSR标记,用我国7个省份的16份文冠果材料对所设计的标记进行多态性筛选;用Popgene 32软件分析标记的等位基因数(NA)、观测杂合度(HO)、期望杂合度(HE)和多态
[期刊] 林业科学
[作者]
张振 张含国 莫迟 张磊
【目的】红松已开发的分子标记缺乏共显性的遗传标记,尚不能满足分子标记辅助育种的需要。利用转录组数据开发SSR标记目前仍然是较为经济高效的DNA分子标记开发策略,本研究利用高通量测序技术开发红松EST-SSR标记,掌握其在转录组序列中的分布类型及特征,为红松的SSR多样性分析及变异分析提供基础。【方法】利用SSR检索程序从红松转录组41 476条Unigenes中筛选得到1 757个SSR位点,并对SSR位点的数量、分布特征进行统计分析。设计合成101对SSR引物,采用琼脂糖电泳初步检查和聚丙烯酰胺凝胶电泳分离检测方法确定引物的多态性,并收集扩增产物,送测序验证,最终开发出16对SSR引物。合成...
关键词：
红松 转录组 EST-SSR 遗传多样性
[期刊] 林业科学
[作者]
白玉宏 张钦弟 毕润成
2012年7—10月对山西接骨木分布区进行植物群落学调查,研究山西接骨木群落分布及其与环境因子之间的关系。结果表明:TWINSPAN分析将80个样方分为13个群落类型;CCA第1排序轴主要反映海拔和全钾含量的变化,第2排序轴主要反映坡度和pH值的变化;结合环境因子间的相关关系和CCA排序结果,发现海拔、全钾含量和pH值是影响接骨木群落分布的主要环境因子;实际调查发现,接骨木主要分布在中高海拔地区的阳坡和半阳坡上。
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
王桂清 张涛 孙华
以接骨木当年生枝条的侧芽为外植体,对接骨木(Sambucus williamsii Hance)离体培养和高效的组培快速繁殖体系进行研究。结果表明,接骨木侧芽用加入吐温80的0.1%升汞灭菌时,10min能起到较好的灭菌效果。10h是诱导侧芽的适宜光照时间。MS+6-BA3.0mg.L-1+NAA0.2mg.L-1+TDZ0.03mg.L-1+GA32.0mg.L-1是接骨木不定芽增殖的较优培养基;生根的较优培养基为MS+NAA0.4mg.L-1+IBA0.2mg.L-1,生根率达100%,平均主根数目为16条。生根苗移栽后的成活率达100%。
关键词：
接骨木 离体培养 侧芽
[期刊] 林业科学
[作者]
黄云 叶华智 董宝成 刘紫英 秦芸
Rust of Sambucus williamsii and hyperparasite of the rust were found in Fengtong Zhai national nature sanctuary area. The pathogen was identified as Aecidium sambuci. The hyperparasite occured on lower leaf surface rust spot. The characteristics of hyperparasitism was henna powdery. The hyperparasit...
关键词：
接骨木 锈病 重寄生菌
[期刊] 林业科学
[作者]
胡荣 戚继忠 薛振平 姜炳文
以开发富含α -亚麻酸新油源植物—接骨木为目的 ,通过分析证明 ,接骨木果含油量达 36 7%以上 ,且质地优良 ,油中脂肪酸组成与常用食物油基本相同 ,唯功效成分α -亚麻酸含量高达 2 2 %以上。对接骨木果油的毒性实验和一些功能实验结果表明 ,接骨木果油无毒无害 ,可食用、药用、保健用。
[期刊] 林业科学
[作者]
蔡金峰 杨晓明 郁万文 汪贵斌 曹福亮
【目的】基于转录组测序数据开发苦楝SSR标记,为苦楝种质资源的选育、评价和遗传改良提供理论基础和科学依据。【方法】利用Illumina Hi Seq~(TM)2500平台对苦楝叶片进行高通量测序,分别利用Trinity、MISA软件对转录组数据进行拼接组装、序列检索及SSR分布类型和特征分析。采用Primer 3软件设计合成100对SSR引物,分别用2%琼脂糖凝胶电泳和PAGE凝胶电泳进行初步筛选和多态性筛选。【结果】共获得Unigenes 20 077条,平均长度为1 431.82 bp,N50为1 955 bp;对Unigenes进行SSR位点的发掘和分析,发现4 116条Unigenes序列中含有5 469个SSR位点,SSR的发生频率为20.50%,平均分布距离为8.74 kb;单、二、三核苷酸重复单元分别占总SSR的50.23%、24.43%和22.11%; SSR重复单元以6～10次重复的最多,占总数的51.27%。筛选出16对多态性引物并进行PCR扩增,共检测到56个等位基因片段,平均每个位点含3.5个,平均有效等位基因数为2.31个,平均Shannon多样性指数I为0.861,平均多态性信息含量PIC为0.507。【结论】苦楝转录组SSR位点具有较高的出现频率和分布密度,基元类型和重复次数相对较高,具有高多态性的潜能,可以进行有目的的引物设计和开发。开发的16对SSR引物在苦楝上可检测到较高的多态信息含量,进一步丰富了楝科现有SSR标记数据库资源,可为楝科植物在基因组水平上的遗传多样性分析和分子辅助育种等提供参考。
关键词：
苦楝 转录组 EST-SSR 引物
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
尹跃 安巍 赵建华 王亚军 樊云芳 曹有龙
分析黑果枸杞Lycium ruthenicum转录组中简单重复序列(SSR)位点信息,开发SSR分子标记。采用MISA软件在黑果枸杞转录组中共检测到73 896个SSR位点,分布于56 170条单基因簇(unigenes)中,出现频率为26.36%,平均分布距离为3.55 kb。优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的74.33%, 13.30%和11.81%;共发现84种重复基序,重复次数为5～33次,其中出现频率最高的基序为A/T, AG/CT, AT/AT, C/G和AAC/GTT。针对SSR位点设计了12 674对引物,随机挑选128对引物进行多态性验证,其中74对(57.8%)得到清晰的扩增产物;用其中的28对高多态性引物对24份枸杞种质进行扩增,共检测到等位基因256个,平均为9.1个。平均主效等位基因频率、观察杂合度、期望杂合度和多态信息量分别为0.432, 0.439, 0.712和0.678。以上结果表明:基于黑果枸杞转录组测序得到的Unigene信息可作为开发SSR标记的有效来源,获得的大批量SSR标记可为枸杞遗传多样性分析和遗传图谱构建提供可靠的标记选择。
[期刊] 林业科学
[作者]
黄海燕 杜红岩 乌云塔娜 刘攀峰
简单重复序列(simple sequence repeat,SSR),又称微卫星,是广泛存在于真核和原核生物基因组中的1～6个核苷酸串联重复单元,研究发现基因组中平均每50kb就有1个SSR(Morgante et al.,1993;Kalia et al.,2011),SSR标记主要包括基因组SSR和表达序列标签SSR(EST-SSR)。SSR标记具
关键词：
杜仲 转录组 SSR 引物
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
陶爱芬 陈婉婷 祁建民 徐建堂 林荔辉 林培清 张立武 方平平
为开发黄麻SSR引物,为黄麻分子标记辅助育种等研究提供有利工具,在黄麻转录组测序的基础上,采用MicroSAtellite(MISA)软件进行SSRs搜索,并对部分SSR引物的多态性进行验证,结果表明:1)在1kb以上的13 718条unigene中,共检测到8 571个SSR位点,占评估序列数目的62.47%,平均每3.47kb有1个SSR;2)所开发的SSR标记中,单核苷酸重复序列最多,占42.15%,二核苷酸和三核苷酸序列也较丰富,分别占14.80%和16.74%;3)利用Primer3.0软件设计了与木质素合成酶基因及MYB转录因子相关的880对引物,随机选取29对引物,以8份不同类型黄麻种质进行多态性验证,获得8对具有稳定多态性的引物,多态性引物比率为27.58%。结果表明,基于黄麻转录组序列的SSR标记开发是可行的,开发的SSR标记可为黄麻属遗传多样性分析、遗传图谱构建及功能基因的挖掘等研究提供有利工具。
关键词：
黄麻 转录组 SSR分子标记 开发
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